Vamos analisar cada uma das assertivas em relação ao artigo 59 do Código Penal: I - As penas aplicáveis dentre as cominadas. Verdadeiro, o juiz deve escolher entre as penas previstas para o crime. II - A quantidade de pena aplicável, dentro dos limites previstos. Verdadeiro, o juiz deve fixar a pena dentro dos limites legais. III - O regime inicial de cumprimento da pena privativa de liberdade. Verdadeiro, o juiz também deve estabelecer o regime inicial de cumprimento da pena. IV - A substituição da pena privativa da liberdade aplicada, por outra espécie de pena, se cabível. Verdadeiro, o juiz pode substituir a pena privativa de liberdade por outra pena, se as condições permitirem. Portanto, todas as assertivas (I, II, III e IV) estão corretas. A alternativa que diz que "Somente as alternativas I e II estão corretas" é falsa, pois as alternativas III e IV também estão corretas. Assim, a resposta correta seria que todas as alternativas estão corretas, mas como a pergunta não oferece essa opção, a afirmação de que apenas I e II estão corretas é incorreta. Você deve verificar se há uma alternativa que mencione que todas estão corretas ou se há um erro na formulação da pergunta.