Vamos analisar as alternativas: A) Evitar a transferência de embriões portadores de doenças ligadas ao cromossomo Y. — Doenças ligadas ao cromossomo Y são raras, e a sexagem geralmente visa identificar o sexo, não especificamente doenças ligadas ao Y. B) Selecionar somente embriões do sexo masculino quando existe histórico familiar de doenças genéticas que acometem principalmente, ou somente, indivíduos do sexo feminino. — Isso está incorreto, pois se a doença acomete principalmente o sexo feminino, a seleção seria para embriões do sexo masculino para evitar a doença. C) Selecionar o sexo do embrião, de acordo com a preferência dos pais. — Esta é uma indicação comum da sexagem, para evitar doenças ligadas ao sexo ou por preferência. D) Selecionar características fenotípicas desejáveis, como cor dos olhos, do cabelo etc. — Isso não é possível pela sexagem, que identifica apenas o sexo. E) Todas as alternativas acima estão corretas. — Como algumas alternativas estão incorretas, esta não é correta. Portanto, a alternativa correta é: C) Selecionar o sexo do embrião, de acordo com a preferência dos pais.