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Nas cristas das mitocôndrias encontramos proteínas dispostas em sequência denominadas cadeias transportadoras de elétrons. Nelas acontece o transporte dos elétrons presentes no NADH e no FADH2 até a molécula de oxigênio. As proteínas que faz essa transfência dos elétrons são chamadas de citocromos.
Quando passapela cadeia respiratória, os elétrons perdem energia e, então, combinam-se com o gás oxigênio, formando água na reação final.
A que é liberada nessa cadeia faz com que os íons H+ aumentem sua concentração no espaço entre as cristas mitocondriais, voltando à matriz. Para os íons hidrogênio voltarem para o interior da mitocôndria, é necessário passar por um complexo proteico chamado de sintase do ATP, onde ocorre a produção de ATP.
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