O apêndice é colocado após a referencia bibliográfica. O apêndice são dados que o autor(você coletou, ou fez), pode ser questionários, tabelas, quadros e dados de pesquisa. E o anexo pode ser normas, leis, que você pesquisou e quis complementar no seu trabalho.
Apêndices são os documentos ou textos elaborados por você mesmo, com o objetivo de complementar e explicar a sua argumentação, exemplificando, o apêndice é uma maneira de provar que os entrevistados para o seu trabalho autorizaram o uso da fala ou imagem deles.
Os apêndices são elaborado pelo próprio autor do trabalho, deve estar no sumário e vem depois das referências.
Portanto, o objetivo do apêndice de um artigo científico é complementar e explicar a sua argumentação.
Fontes:
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Metodologia e Técnicas de Pesquisa Científica
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