Processo com parecer favorável do Ministério Público pode ter decisão contrária do juiz?

Sim, o magistrado pode divergir do parecer.

O parecer do orgão ministerial é apenas opinativo ,de forma que o magistrado , fundamentando sua decisão,  poderá divergir do entendimento de um membro do parquet. 

Pode. O parecer ministerial, como o próprio nome sugere, não vincula o juiz, que possui livre convencimento motivado para decidir.