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O antigo Regulamento do Imposto de Renda (DECRETO 3.000/99) era expresso ao prever a tributação da licença-prêmio, ainda que convertida em pecúnia. Vejamos:

Art. 43.  São tributáveis os rendimentos provenientes do trabalho assalariado, as remunerações por trabalho prestado no exercício de empregos, cargos e funções, e quaisquer proventos ou vantagens percebidos, tais como (Lei nº 4.506, de 1964, art. 16, Lei nº 7.713, de 1988, art. 3º, § 4º, Lei nº 8.383, de 1991, art. 74, e Lei nº 9.317, de 1996, art. 25, e Medida Provisória nº 1.769-55, de 11 de março de 1999, arts. 1º e 2º):

III - licença especial ou licença-prêmio, inclusive quando convertida em pecúnia;

Ocorre que recentemente (23/11/2018) entrou em vigor o Decreto 9.580, de 22 de novembro de 2018, que revogou o Decreto 3.000/99 e passou a dispor sobre a matéria. O novo Decreto, no entanto, ao prever a tributação da licença-prêmio, nada dispôs acerca da hipótese de sua conversão em pecúnia.

Art. 36.  São tributáveis os rendimentos provenientes do trabalho assalariado, as remunerações por trabalho prestado no exercício de empregos, cargos e funções, e quaisquer proventos ou vantagens percebidos, tais como (Lei Complementar nº 109, de 2001, art. 68; Lei Complementar nº 123, de 2006, art. 14; Lei nº 4.506, de 1964, art. 16; Lei nº 7.713, de 1988, art. 3º, § 4º; Lei nº 8.383, de 1991, art. 74; Lei nº 9.250, de 1995, art. 33; Lei nº 9.532, de 10 dezembro de 1997, art. 11, § 1º; e Lei nº 12.663, de 2012, art. 46):

III - licença especial ou licença-prêmio;

Portanto, é preciso aguardar a manifestação dos órgãos competentes (especialmente o Superior Tribunal de Justiça) para saber como a questão será decidida.

Pessoalmente, entendo que o imposto de renda continuará incidindo sobre a licença-prêmio, ainda que convertida em pecúnia. Primeiro porque a conversão por si só não modifica a natureza da parcela. Segundo porque as hipóteses de isenção são taxativas e estão previstas no art. 35 do Decreto 9.580/2018 que não relacionou a licença-prêmio convertida em pecúnia no seu rol.