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O art. 29, V, da Constituição Federal determina que os Secretários Municipais sejam remunerados por subsídios.

Art. 29. O Município reger-se-á por lei orgânica, votada em dois turnos, com o interstício mínimo de dez dias, e aprovada por dois terços dos membros da Câmara Municipal, que a promulgará, atendidos os princípios estabelecidos nesta Constituição, na Constituição do respectivo Estado e os seguintes preceitos:

V - subsídios do Prefeito, do Vice-Prefeito e dos Secretários Municipais fixados por lei de iniciativa da Câmara Municipal, observado o que dispõem os arts. 37, XI, 39, § 4º, 150, II, 153, III, e 153, § 2º, I; 

Sobre esse instituto, Rafael Carvalho Rezende Oliveira assim ensina:

“Subsídios: parcela única, fixada em lei, sendo vedada a percepção de vantagens pecuniárias.

A instituição do regime de subsídio por meio de pagamento da parcela única, sem adicionais (vantagens), tem por objetivo garantir maior transparência e controle dos gastos públicos com pessoal. Não obstante a louvável pretensão constitucional, certo é que o pagamento de subsídio não será realizado, necessariamente, em “parcela única”, tendo em vista duas razões:

a) o art. 39, § 3.º, CRFB determina a aplicação de diversos direitos trabalhistas (ex.: décimo terceiro salário, adicional noturno, salário-família) aos servidores ocupantes de cargo público, sem qualquer distinção em relação ao respectivo sistema de remuneração, razão pela qual deve ser reconhecida a aplicação dessa norma aos servidores que recebam subsídios;

b) independentemente de previsão expressa na Constituição, deve ser reconhecido o direito ao pagamento de verbas indenizatórias, ao lado da parcela única, aos servidores que recebem subsídios, pois, caso contrário, o servidor sofreria danos irreparáveis pelo simples exercício da função.” (Curso de Direito Administrativo. e-book. 6ª ed. pg.774)

Art. 39. A União, os Estados, o Distrito Federal e os Municípios instituirão, no âmbito de sua competência, regime jurídico único e planos de carreira para os servidores da administração pública direta, das autarquias e das fundações públicas.

§ 3º Aplica-se aos servidores ocupantes de cargo público o disposto no art. 7º, IV, VII, VIII, IX, XII, XIII, XV, XVI, XVII, XVIII, XIX, XX, XXII e XXX, podendo a lei estabelecer requisitos diferenciados de admissão quando a natureza do cargo o exigir. 

§ 4º O membro de Poder, o detentor de mandato eletivo, os Ministros de Estado e os Secretários Estaduais e Municipais serão remunerados exclusivamente por subsídio fixado em parcela única, vedado o acréscimo de qualquer gratificação, adicional, abono, prêmio, verba de representação ou outra espécie remuneratória, obedecido, em qualquer caso, o disposto no art. 37, X e XI. 

Diante do exposto, percebe-se que o agente público terá direito a uma série de benefícios trabalhistas. Dentre esses benefícios, no entanto, não se inclui o FGTS porque ausência de previsão legal (o art. 39, §3º da Constituição Federal não prevê esse direito).