Todas as células metabolicamente ativas (procarióticas e eucarióticas), apesar de possuírem uma enorme diversidade funcional e anatômica, possuem estruturas semelhantes que as delimitam fisicamente. Estes limites são feitos por uma membrana externa, chamada membrana plasmática ou plasmalema, responsável pelo controle do trânsito de quaisquer substâncias entre o interior e o exterior celular, entre outras funções. Desta forma, as células conseguem atingir a diferenciação bioquímica e estrutural através da compartimentalização interna, dirigida pelas membranas, formando um sistema metabólico complexo e integrado. A compartimentalização é um princípio funcional geral da organização celular, servindo para ordenar e direcionar todos os processos metabólicos, evitando redundância de funções e gastos metabólicos desnecessários. Dentro da célula, as membranas do retículo endoplasmático, aparelho de Golgi, mitocôndrias e outras organelas envoltas por membrana, mantêm as diferenças características entre os conteúdos de cada organela e o citosol. A presença do conjunto das enzimas do ciclo de Calvin e do ciclo dos ácidos tricarboxílicos (Ciclo de Krebs) nos cloroplastos e mitocôndrias, respectivamente, são exemplos de compartimentalização.
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