Os microrganismos patogênicos estão presentes no organismo na superfície de epitélios, na circulação, no lúmen de órgãos respiratórios e intestinais. Os patógenos possuem um padrão molecular estruturalmente repetido, e em geral o mecanismo mais comum para eliminação destes é a fagocitose, que envolve principalmente células como macrófagos, neutrófilos e células dendríticas, as quais reconhecem os chamados padrões moleculares associados a patógenos (PAMPs - pathogen-associated molecular patterns). As PAMPs são moléculas estimulantes da imunidade inata, e são reconhecidas por PRRs (Receptores de Reconhecimento de Padrões), que são as moléculas presentes na superfície de fagócitos. Em seguida deste reconhecimento, os patógenos são fagocitados, e por ação de enzimas e reações químicas são eliminados.
Portanto, o reconhecimento de um patógeno ocorre por meio de moléculas que estimulam a imunidade inata (PAMPs), reconhecidas por outras moléculas presentes nas superfícies de fagócitos (PRRs). O fato dos patógenos possuírem padrões moleculares bem previsíveis permite que esse mecanismo de reconhecimento ocorra.
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