Qual é o programa atualmente mais usado no design gráfico?

a frequencia que se usa o programa vai de acordo com as necessidades, o illustrator é o mais usado quando se trata de vetores e, sem duvidas, o photoshop é o mais usado quando se vai trabalhar com bitmap ;)

Depende muito do que você quer fazer, mas em geral são utilizados Photoshop, Illustrator e Indesign para criação de peças e projetos digitais, além dos softwares 3D como o Sketchup.