A maioria das cianofícias possui uma bainha mucilaginosa, ou envoltório, que é, com freqüência, fortemente pigmentado, em particular nas espécies que às vezes ocorrem no ambiente terrestre. As cianofíceas fotossintetizantes possuem clorofila a, carotenóides e ficobilinas. O principal produto de reserva das cianofíceas é o glicogênio. Elas possuem numerosas camadas de membranas no interior das células e massas de ribossomos, que lembram os cloroplastos, inclusive podem ter originado pelo menos alguns tipos de cloroplastos por simbiose
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