A resistência ocorre, principalmente, em virtude do surgimento de mutações que conferem às bactérias proteção contra os antibióticos. Essas mutações ocorrem ao acaso, entretanto, com o uso incorreto de medicamentos, elas acontecem com maior frequência, ou seja, o processo torna-se acelerado.
Ao desenvolverem resistência a antibióticos, as bactérias alteram seu DNA de forma não proposital, e transferem essa mutação para a prole e algumas espécies podem transferir até para bactérias de outras espécies e gêneros.
Se a colônia de bactérias não é exposta ao antibióticos por tempo suficiente para ser eliminada, aumentam suas chances de adquirir uma mutação rapidamente e sobreviver para passar para outras bactérias, sendo que a reprodução bacteriana é extremamente rápida, dessa forma o antimicrobiano torna-se inútil.
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