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A ATPase de hidrogênio e potássio consiste em uma subunidade proteica α e β , que juntas formam uma enzima estável e funcional. A subunidade α consiste em 10 passagens transmembranares conectadas por laços intracelulares e extracelulares. Hidrolisa o ATP durante o ciclo da reação, é fosforilada na região da grande alça citoplasmática M4-M5 e transporta os íons hidrogênio e potássio. Portanto, também é chamada de unidade catalítica.
A subunidade β é uma glicoproteína do tipo II com um trânsito de membrana única. Na enzima funcional, ele está localizado próximo às passagens transmembranares M7 e M10 da subunidade α e interage com seu loop M7 / M8 extracelular M7 / M8, bem como com suas regiões intracelulares.
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