De modo bem sucinto podemos dizer que o problema é o ponto chave da pesquisa, é questão que você investigará, ou seja, o objeto da sua pesquisa. É importante que o problema tenha relevância para a sua área do conhecimento.
Já as hipótese são possíveis respostas para esse problema, elas são suposições apenas e por isso são temporáreas. É a pesquisa propriamente dita e a discussão teórica que vão confirmar, ou não, essas hipósteses ao final. É através das hipóteses que se escolhe a metodologia e os instrumentos metodológicos mais adequados.
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