Rizópodes: Locomovem-se por pseudópodes e se reproduzem por cissiparidade. Exemplos: amebasFlagelados: Locomovem-se por flagelos e se reproduzem por cissiparidade. Os flagelos são longos filamentos em pequeno número, geralmente apenas um. Alguns flagelos apresentam pseudópodes.Ciliados: Locomovem-se por cílios e podem se reproduzir por cissiparidade (assexuada) ou conjugação (sexuada). Os cílios são filamentos curtos e numerosos. Pode ocorrer a fusão de cílios, formando cirros, que são mais grossos, e membranelas. Exemplo: Paramecium.Esporozoários: São protozoários parasitas que não possuem organelas de locomoção. Sua reprodução ocorre por esporulação (assexuada) ou sexuada através de células que se diferenciam em gametas no corpo do hospedeiro. Exemplos: Plasmodium e Toxoplasma.
Os protozoários ciliados são aqueles que se locomovem por auxílio de estruturas denominadas de cílios, como o Paramecium. Os flagelados, por sua vez, utilizam como meio de locomoção os flagelos, como é o caso do Tripanosoma cruzi, causador da doença de Chagas.
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