A partir da virada do século novas abordagens para o sequenciamento de DNA, que romperam totalmente com os métodos de Sanger, foram desenvolvidos.

Denominados de sequenciamento de nova geração eles apresentam uma superioridade sobre as técnicas anteriores, principalmente evidenciados por mudanças como: As mudanças que as técnicas na nova geração apresentam é somente o baixo custo, já que o método de sequenciamento é apenas uma adaptação da metodologia de Sanger.A única mudança realmente significativa das técnicas de nova geração foram as baixas concentrações nas quais as técnicas podem ser realizadas, tendo a possibilidade de usar pequenas quantidades de DNA.As técnicas de nova geração só receberam esse nome pois utilizam sequenciamento automatizado com base em marcadores fluoresecentes de baixo custo e alta especificidade.O que diferencia os sequenciamentos de nova geração dos anteriores é a quantidade de bases que cada um pode obter, sendo as outras características preservadas iguais as técnicas anteriores.A velocidade e quantidade de etapas, a baixa concentração das amostras de DNA e o custo extremamente baixo são as mudanças mais significativas das tecnologias de nova geração.