O sistema imune inato reconhece moléculas padrões presentes nas bactérias assim como moléculas padrões de fungos e de demais microrganismos. Essas porções que são reconhecidas são chamadas de padrões moleculares associadas a patógenos (PAMPs). As células conseguem reconhecer esses patógenos através de receptores na sua membrana, chamados receptores de reconhecimento de padrão (PRR)
RNA virais de cadeia simples ou de dupla-hélice e são reconhecidos pelos receptores TLR-3,-7,-8.
LPS bacteriana (endotoxinas, componentes da membrana exterior de bactérias gram-negativas) e é reconhecido pelo receptor TLR-4.
DNA CpG não metilado é reconhecido pelo receptor TLR-9.
RNA produzido por vírus no citosol que é reconhecido pelo receptor do tipo RIG.
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