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NOÇÕES BÁSICAS SOBRE A ESTRUTURA DE ÁCIDOS NUCLÉICOS Prof.: Dra. Juliana Milani Araujo REVISANDO... Cromossomos: DNA associados a proteínas. Genes: regiões curtas de DNA que detêm as informações necessárias para construir e manter o corpo. Genes têm locais fixos: cada gene está em um lugar especial em um cromossomo em particular Diplóides têm duas cópias de cada cromossomo, (um do pai e um da mãe). Isto significa a existência de duas cópias de cada gene . As interações entre as duas cópias de cada gene dão origem às diversas formas de dominância. ÁCIDOS NUCLÉICOS Função: armazenamento e transmissão da informação genética. DNA – ácido desoxirribonucléico: armazenador da informação genética na maioria dos seres vivos. RNA – ácido ribonucléico: armazenador da informação genética em alguns vírus, importante na transmissão da informação. DOGMA CENTRAL DA BIOLOGIA MOLECULAR •A informação é perpetuada através da replicação do DNA e é traduzida através de dois processos: •A transcrição que converte a informação do DNA em uma forma mais acessível (uma fita de RNA complementar) e, •A tradução que converte a informação contida no RNA em proteínas. OS ÁCIDOS NUCLÉICOS SÃO UNIDADES DE NUCLEOTÍDEOS Base nitrogenada Grupo fosfato Pentose – desoxirribose (DNA) e ribose (RNA) Ambos os tipos de pentoses, estão na forma β-furanose (anel fechado de 5 membros). Os tipos de açúcar encontrados no DNA são diferentes do RNA – resultando nas distintas formas e geometrias das duplas hélices de DNA e RNA. Setas indicam onde ocorre a ligação glicosídica Ligação glicosídica Para formar um nucleotídeo, um grupamento fosfato é ligado Covalentemente ao C-5` da pentose. Todas essas ligações envolve a perda de uma molécula de H2O. Existem nucleotídeos com grupamento fosfato em posições diferentes do C-5`. Ex.: ribonucleosídeo 2`-monofosfato ou ribonucleosídeos 3`- monofosfato, são produtos finais da hidrólise do RNA por enzimas ribonucleases. LIGAÇÃO FOSFODIÉSTER UNE AS UNIDADES NUCLEOTÍDICAS Os nucleotídeos são ligados covalentemente por um grupamento fosfato “conector”. O grupamento 5`-fosfato de um nucleotídeo é ligado ao grupamento 3`-hidroxila do próximo nucleotídeo – ligação fosfodiéster. Os esqueletos de DNA e RNA são hidrofílicos. Os grupamentos dos resíduos de açúcar formam pontes de H com H2O. O esqueleto covalente de DNA e RNA está sujeito à hidrólise lenta e não enzimática das ligações fosfodiéster. Em condições alcalinas o RNA é rapidamente hidrolisado, mas o DNA não. O grupamento 2`-hidroxila no açúcar do RNA está diretamente envolvido no processo hidrolítico. DNA não possui esse grupamento, por isso não é facilmente hidrolisado em condições alcalinas, sendo mais estável comparado ao RNA. As propriedades químicas das bases nitrogenadas afetam a estrutura dos nucleotídeos dos ácidos nucléicos. As bases de uma cadeia nucleotídica são planares e tendem a se empilhar. A capacidade dos anéis conjugados em formar pontes de H, permite interações específicas entre as bases: A com T (ou U), e G com C. Tal pareamento é que permite a duplicação da informação genética. NUCLEOTÍDEOS POSSUEM OUTRAS FUNÇÕES NAS CÉLULAS Além de construtores do DNA e RNA, possuem outras funções. O grupamento P ligado ao grupamento 5`- hidroxila de um nucleosídeo pode ter um ou dois P adicionais ligados. Moléculas resultantes são: nucleosídeos mono, di ou trifosfato (, β, γ). Nucleosídeos trifosfato são precursores ativados da síntese de DNA e RNA Nucleosídeo adenosina também faz parte da estrutura de cofatores enzimáticos diversos. Ex.: nicotinamida adenina dinucleotídeo (NAD+) – produção de energia. Ex.: cofator relacionando, NADP+- síntese de lipídeos, ácidos nucléicos e fotossíntese. Ex.: flavina adenina dinucleotídeo (FAD) – forma ativa da B2 (riboflavina) – transfere e- em determinadas reações. Alguns nucleotídeos atuam como reguladores. Ex.: CAMP ou AMP cíclico (adenosina 3`,5`- monofosfato cíclico) – formada a partir do ATP, sua atividade está relacionada com o estado metabólico da célula. Ex.: cGMP (guanosina 3`,5`- monofosfato cíclico). DNA Isolado muito antes de sua importância ser reconhecida. Isolado inicialmente pelo bioquímico suíço Fredrich Miescher 1860 de pus de curativos (obtenção de glóbulos brancos). Chamado de ácido nucléico porque ele foi isolado no núcleo e era ácido. Na virada do séc. Albrecht Kossel, investigou a estrutura química do DNA e RNA. Kossel identificou cinco tipos de bases nitrogenadas. Em 1910, outros cientistas determinaram que as bases eram componentes de uma unidade maior – nucleotídeos. Década de 1920 – acreditava-se que a base da herança estava nos cromossomos. Cromossomos = DNA + proteínas. Este papel pensava-se ser desempenhado pelas proteínas que, aparentemente, tinha maior potencial de variação. 20 aminoácidos ao invés de quatro diferentes nucleotídeos. Qual é o composto da herança???? 1940 – Oswald T. Avery et al. – estudos bioquímicos apontam o DNA como molécula genética. Ponto de início – observação feita em 1928 por Frederick Griffith. Trabalhou com Streptococcus pneumoniae – existem dois tipos desse pneumococo: virulento e não virulento. 1943 – Avery et al., reproduziram os resultados de Griffith. Analisaram o extrato das bactérias virulentas mortas por calor sua natureza química e fator transformante. 1944 – DNA carreador da informação genética. Outro experimento clássico – por Alfred Hershey e Martha Chase. Mostrou definitivamente que o DNA é o material genético. O fago T2 é feito de somente duas classes de macromoléculas : Proteína e DNA. Aproveitaram de uma diferença química chave entre essas moléculas. O fago T2 foi marcado com 35S (somente proteínas) ou foi marcado como 32P (somente DNA). Os dois foram misturados e rapidamente misturados (liquidificador) e centrifugados. O 35S foi achado no sobrenadante. Portanto, as proteínas do fago não foram transferidas para a bactéria. Quando o experimento reverso foi realizado, o 32P foi achado no precipitado. Indicando que o DNA foi transferido para a bactéria. MOLÉCULAS DE DNA POSSUEM COMPOSIÇÕES DE BASES CARACTERÍSTICAS Ainda na década de 1940, Erwin Chargaff et al., fizeram uma importante descoberta. Seus dados mostraram o seguinte: 1. A composição das bases do DNA varia de uma espécie para outra. 2. Amostras de DNA isoladas de tecidos diferentes, mas da mesma espécie, possuem a mesma composição de bases. 3. A composição das bases de uma determinada espécie não é alterada com a idade do organismo, com seu estado nutricional ou com o ambiente. 4. Em todos os DNAs celulares, independente da espécie, o nº de resíduos de A, equivale ao nº de resíduos de T, e o mesmo acontece com os resíduos de C e G. Assim, a soma dos resíduos de purinas, é igual à soma dos resíduos de pirimidinas (A+G=T+C). Se timina perfaz 15% das bases em uma certa fita de DNA, qual seria a percentagem de citosina neste mesmo DNA? timina = 15%, então adenina = 15% A + T = 30%, então G + C = 70% Assim, citosina é 1/2 de 70% = 35% A ESTRUTURA DO DNA 1953, James Watson e Francis Crick - postularam o modelo estrutura de dupla hélice, informação que desvendou o quebra cabeça. Duas cadeias longas de polinucleotídeos = fita. Cada fita = esqueleto de açucar-fostato, mantidas juntas por ligações covalentes (fosfodiester). As fitas são mantidas juntas por pontes de H entre as bases nitrogenadas: A, G, C, T. Cada fita de DNA tem uma “direção”. Em uma extremidade, o átomo de C terminal no esqueleto é o átomo de C 5’ do açúcar terminal. Na outra extremidade, o átomo de C terminal é o 3’ do açúcar terminal. Em uma dupla hélice, as fitas são antiparalelas. A propriedade mais significativa da hélice duplade DNA, como portadora da informação genética, é a formação dos pares de bases por pontes de H. Esse pareamento, permite que cópias exatas da informação genética sejam replicadas. Essa complementaridade entre as duas fitas faz com que a sequência de uma fita, defina a sequência da fita parceira. A descoberta da dupla hélice, sugeriu o mecanismo de transmissão da informação genética. Como proposto por Watson e Crick, tal estrutura poderia ser reproduzida pela separação das duas fitas. Cada fita preexistente atua como molde para direcionar a síntese da fita complementar. DNA ASSUME FORMAS HELICOIDAIS DIFERENTES Ácidos nucléicos são inerentemente flexíveis. Ligações no esqueleto açúcar-fosfato, podem sofrer rotação. Variação térmica pode causar dobramento, estiramento e ruptura do pareamento das duas fitas. DNA contém desvios significativos – alguns ou todos com funções importantes no metabolismo do DNA. Variações da estrutura tridimensional do DNA refletem três situações: 1. As diferentes conformações possíveis da desoxirribose, 2. A rotação sobre ligações contíguas que formam o esqueleto de açúcar-fosfato ou, 3. A rotação livre sobre a ligação glicosídica. A estrutura de Watson e Crick é conhecida como forma B do DNA, ou B-DNA. Como é a estrutura mais estável para uma molécula aleatória de DNA em condições fisiológicas, B-DNA é padrão de referência em qualquer estudo das propriedades do DNA. As duas variantes estruturais bem caracterizadas por cristalografia de raio-X são a forma A (A- DNA) e a forma Z (Z-DNA). B-DNA Forma mais estável (padrão) Predominante no DNA cromossômico 10,5 bases por volta A-DNA Favorecido em soluções com ausência relativa de água. 11 pares de bases por volta Predominante em híbridos DNA- RNA ou RNA-RNA (dupla fita) Z-DNA Rotação para a esquerda 12 pares de base por volta Formado em alta concentração de sal, ou sequências ricas em C=G Suspeita-se que é importante para a regulação da expressão gênica e recombinação. Outras estruturas de DNA com sequências específicas podem afetar a função e o metabolismo de segmentos de DNA. Algumas sequências repetidas podem inclinar a hélice de DNA de modo diferente. A estabilidade e a geometria do empilhamento dos pares de bases influenciam a direção preferencial da torção do DNA. Essa inclinação favorece determinadas proteínas – fatores de transcrição – a se ligarem aos sítios de ligação do DNA-alvo. DNA E ESTRUTURAS NÃO USUAIS Quais? Arranjos cruciformes Fita tripla Dobramento Por que acontece? Devido a presença de sequências específicas no DNA. Importantes no processo de reconhecimento do DNA por certas proteínas e enzimas. Palíndromos – regiões nas quais, as duas fitas complementares possuem a mesma sequência quando lidas de 5` 3`e 3` 5`. Ocorrem com relativa frequência. Formados por repetições invertidas adjacentes – ocorrem em uma das fitas de DNA ou nas duas fitas da hélice dupla. Repetição espelhada – arranjo relacionando, na qual a sequência invertida não constitui um palíndromo. Repetição em Espelho Essas sequências possuem funções importantes: Redução ou bloqueio da síntese de proteínas pelos ribossomos – atenuação da tradução. Formação de sítios de reconhecimento para enzimas de restrição, que catalisam a quebra da fita dupla de DNA. As repetições invertidas em duas fitas de DNA são autocomplementares em cada fita. Capazes de constituir estruturas em forma de grampo ou cruciforme. Repetição em Espelho Encontradas em praticamente todas as moléculas longas de DNA – podem compreender uns poucos pares de bases ou milhares. Extensão da ocorrência das repetições invertidas cruciformes nas células – não conhecida. Essas estruturas são formadas temporariamente durante a recombinação das moléculas de DNA. Informação genética de dois cromossomos é trocada durante a divisão celular. As sequências autocomplementares provocam a formação de curvaturas de fitas simples de DNA (ou RNA), formando estruturas complexas contendo vários grampos. Diversas estruturas de DNA não usuais envolvem 3 ou até mesmo 4 fitas de DNA. Embora raras, merecem atenção. Tendência de serem formadas em locais de início ou de regulação de eventos importantes do metabolismo do DNA (replicação, recombinação e transcrição). Nucleotídeos que participam do pareamento de bases de Watson e Crick, apresentam possibilidade de formar pontes de H adicionais. Sobretudo com grupamentos funcionais do sulco maior. Formação de bases triplas. Triplex – formados mais rápido em sequências longas contendo apenas pirimidinas ou apenas purinas em determinada fita. A formação de hélice tripla pode ser altamente específica para a sequência. Ex.: a formação do triplex entre um pequeno segmento de DNA cromossômico e uma fita simples de DNA modificada quimicamente permitiu que Peter Dervan et al., clivassem um cromossomo humano em único sítio. Conseguido pela síntese de pequenos oligonucleotídeos capazes de formar interações de triplex com vários segmentos no DNA cromossômico. Cada oligonucleotídeo possuía modificação química em uma extremidade capaz de provocar cisão do DNA, fragmentando em sítios específicos – mapeamento da localização do gene para a doença de Huntington. Sequências de DNA com alta proporção de resíduos G, podem formar tetraplex (ou quadruplex). G tetraplex é bastante estável em diversas condições. Telômeros – normalmente consistem de segmentos ricos em G com tendência em formar tetraplex quando avaliados em laboratório. DNA de células vivas – os sítios dispostos com palíndromos e sequências que podem formar triplex. São encontradas em regiões envolvidas na regulação da expressão de alguns genes eucariotos. ESTRUTURA DO RNA RNA – centrais na conversão de informação genética contida no DNA em proteínas que desempenham funções estruturais e catalíticas. Isso motivou a busca para determinar a estrutura do RNA. Início da década de 1970 – tRNA carregam aminoácidos usados na síntese protéica nos ribossomos. Estudo definhou por quase 20 anos. Dificuldades técnicas na preparação das amostras. Não conhecimento da variedade das funções biológicas. 1990 – descoberta de novos tipos de moléculas de RNA em células e vírus. Variação das funções do RNA – reflete diversidade estrutural mais rica do que a observada no DNA. RNA pode adotar formas curvadas compactas. Essas estruturas mostram que uma fita de RNA é dobrada sobre si mesma – forma pequenos segmentos de bases pareadas unidos por regiões não pareadas – estrutura secundária. Permite que as moléculas de RNA se dobrem produzindo inúmeras formas diferentes – várias funções biológicas distintas. Fitas pareadas de RNA (como DNA) – são antiparalelas e tendem a adotar uma conformação helicoidal com inclinação para direita (estabilizada pelas interações de empilhamento de bases). Estruturas secundárias de RNA incluem regiões de nucleotídeos não pareados – capazes de interagir com sequências não contíguas para estabilizar a estrutura tridimensional curvada. Essas interações produzem formas compactas contendo superfícies ou fendas que se ligam a outras moléculas ou formam sítios (atuam como catalisadores de reações químicas). A grande variedade estrutural do RNA em relação ao DNA reflete três principais diferenças químicas entre eles: 1. A pentose (2`-desoxirribose no DNA X ribose no RNA) 2. Composição das bases (timina X uracila) 3. Geometria do açúcar (C-2`endo X C-3`endo) A presença do grupo 2`-hidroxila no açúcar dos nucleotídeos de RNA propicia um sítio extra para formação de pontes de H, estabilizando as curvas tridimensionais. Hélices duplas de RNA – genoma de alguns vírus. Existem como longas estruturas helicoidais semelhantes ao DNA. Alguns RNA não formam estruturas tridimensionais estáveis. mRNA – parecem desempenhar sua função como carreadores temporários da informação genética sem adotar nenhuma estrutura tridimensional específica. São curvados, constituindo estrutura tridimensional apenas na presença de proteínas ligadas a eles – complexo ribonucleoproteínas (RNPs). TIPOS DE RNA Representam cerca de 4% do RNA celular total. Contém a informação codificada no DNA, a qual será traduzida em proteína. Têm vários tamanhos e são constituídos por diferentes tipos de bases nitrogenadas, em função da proteína a ser codificada. RNA MENSAGEIRO – MRNA. Pode ser: Monocistrônico (eucariotos) – cada mRNA é derivado de um gene individual. Codificam apenas para um polipeptídeo. Policistrônico (procariotos) - RNA poligênico, isto é um mRNA com vários genes um atrás do outro. Codificam para mais de um polipeptídeo. Correspondem a 10% do RNA total da célula. Denominados de adaptadores – moléculas que carregam aminoácidos que se ligam, de modo específico às bases do molde de RNA. Portanto, são adaptadores para os aminoácidos durante a síntese proteica. Cada tRNA tem uma estrutura específica que reconhece uma determinada sequência no molde de DNA. RNA TRANSPORTADOR – TRNA. Correspondem a 85 % do RNA total da célula. São encontrados nos ribossomos (local onde ocorre a síntese proteíca). Se agregam a proteínas ribossômicas para integrarem as partículas ribossomais. Ribossomo – complexo constituído por moléculas de RNA individuais e mais de 50 proteínas. Arranjados em uma subunidade pequena e uma subunidade grande. As proteínas das duas subunidades diferem, assim como as moléculas de rRNA. RNA RIBOSSÔMICO – RRNA. PROPRIEDADES QUÍMICAS E TERMODINÂMICAS DOS ÁCIDOS NUCLÉICOS Para entender como atuam é necessário entender suas propriedades químicas e estruturas. O papel do DNA como depósito da informação genética, depende, em parte de sua estabilidade. Armazenamento da informação sem alteração a longo prazo é muito importante. Mesmo alterações muito lentas podem ser significativas para sua fisiologia. Alterações não destrutivas – ocorrem e são essenciais: DNA – separação das fitas – replicação e transcrição. RNA – modificações químicas para assegurar a estrutura e função adequadas. DESNATURAÇÃO DO DNA E RNA A Separação das fitas de DNA ocorre pela destruição das ligações de H se: pH (7,0) de uma solução de DNA for alterado A solução for aquecida (temperatura de fusão: +80ºC) Perda da viscosidade – alteração física. Desnaturação: perda da estrutura helicoidal do DNA e RNA. Renaturação: refazer a dupla hélice com fitas complementares – anelamento. Restabelecimento dos pares de bases da dupla hélice. Cada tipo de DNA - ºC de desnaturação característica. Quanto maior o conteúdo dos pares de bases G-C, maior a ºC de desnaturação. Caso as fitas tenham sido completamente separadas, a renaturação ocorre em duas etapas. 1. Lenta – as sequências complementares nas duas fitas encontram-se por colisão aleatórias e formam um pequeno segmento de hélice dupla. 2. Rápida – as bases não pareadas restantes são sucessivamente registradas como pares de bases e as duas fitas unidas como um zíper. A interação das bases empilhadas nos ácidos nucléicos, tem efeito de diminuir a absorção da luz UV. Efeito hipocrômico – quando as pontes de H e o empilhamento da hélice dupla limitam a ressonância dos anéis aromáticos das bases – diminuem a absorção. Efeito hipercrômico – quando o DNA for desnaturado, separando as duas fitas. As ressonâncias das bases de cada fita não estão mais limitadas – absorção 40% maior. A transição de fita dupla para simples pode ser monitorada pela absorção da UV. Capacidade de fitas complementares formarem pares, pode ser usada para identificar sequências similares. No mesmo genoma ou em espécies diferentes. Duplex híbridas. A capacidade de hibridização de DNA de espécies diferentes é importante para a exploração de relações evolucionárias. ÁCIDOS NUCLÉICOS DE ESPÉCIES DIFERENTES PODEM FORMAR HÍBRIDOS Espécies diferentes apresentam proteínas e RNAs com funções semelhantes – muitas vezes com estruturas similares. DNAs que codificam essas proteínas e RNAs, podem ter sequências semelhantes. Hibridização – fundamental para a genética molecular moderna. Uma sequência de DNA ou RNA de um gene pode ser detectada em meio a várias sequências utilizando uma sonda. Sonda – sequência cuidadosamente escolhida complementar ao gene de interesse. HIBRIDIZAÇÃO EM COLÔNIA SOUTHERN OU NORTHERN BLOTTING DESAMINAÇÃO DO DNA Purinas e pirimidinas e nucleotídeos podem sofrer alterações espontâneas na estrutura covalente. Velocidade dessas reações – muito lentas – significativas. Várias bases nucleotídicas sofrem desaminação – perda espontânea do grupo amino exocílico. Ex.: desaminação da C (no DNA) para U – 1vez a cada 107 resíduos C em 24 horas = 100 eventos espontâneos / dia em uma célula. Desaminação de A e G é cerca de 1/100 dessa taxa. Composição do DNA – essencial para a hereditariedade de todos os organismos. A consequência genética da desaminação é a mudança do pareamento do código genético. A uracila é o produto de desaminação da citocina. Quando ocorre desaminação – reconhecida de imediato como estranha no DNA e removida pelo sistema de reparação. ENTENDA... É quase certo que esta seja a razão de o DNA conter T em vez de U. Caso o DNA tivesse U, o reconhecimento dos resíduos U pela desaminação da C seria mais difícil. U não corrigidas provocariam alterações permanentes na sequência. A desaminação muda o programa genético no interior da célula e pode causar mutações perigosas, resultando em doenças. A U, por não ter um radical como as moléculas de C ou T, podem acabar se ligando com diversas bases nitrogenadas sem seguir o pareamento clássico (A/T(U) e C/G). Isso só acontece na molécula de RNA e é isto que torna este ácido nucléico mais maleável na sua estrutura tridimensional. Sendo possível encontrar diferentes tipos de RNA na célula. UMA RAZÃO PARA CONTER U NO RNA E NÃO NO DNA. Proteínas APOBECS catalisam a desaminação da C no genoma viral – durante fase inicial de replicação do HIV. Essa hipermutação – produção de partículas virais inviáveis – destrói a capacidade de codificação viral. Alguns vírus possuem uma proteína Vif – liga-se as APOBECS e promove sua degradação. Vif atua como antiviral – vírus que não possuem Vif têm menor capacidade de causar infecção crônica em humanos. DESAMINAÇÃO DA C FAVORECE DEFESA INATA CONTRA INFECÇÕES VIRAIS. Algumas bases dos nucleotídeos no DNA são enzimaticamente metiladas – em geral, após término da síntese. A e C são metiladas com mais frequência do que a G. Metilação – costuma ser restrita a determinadas regiões ou segmentos de uma molécula de DNA. Ex.: mais da metade de todas as sequências de CpG nos genomas de mamíferos são metiladas no resíduo C. METILAÇÃO DE BASES NO DNA A metilação no DNA tem função importante na regulação da expressão gênica. Tende a inibir a expressão gênica – DNA metilado não é copiado em RNA com eficiência. Câncer – regiões de regulação gênica no DNA são anormalmente hipermetiladas. Pode resultar no silenciamento de genes que, caso tivessem ativos, controlariam o crescimento celular. Também pode afetar a transcrição gênica pelo bloqueio físico de acesso de proteínas que favorecem a transcrição. No entanto, outras proteínas, ligam de forma específica ao DNA metilado. Recrutam proteínas adicionais que auxiliam na formação de regiões inativas – DNA cromossômico. E.coli – possui sistemas proeminentes de metilação. Um atua como parte de mecanismo de defesa. Marca seu próprio DNA com grupamentos metila e destrói DNA estranho não metilado – processo conhecido como restrição e modificação. O outro metila resíduode A – corrige pares de bases errôneos formados de maneira esporádica durante a replicação do DNA. Células eucarióticas – metilação mais comum em sequências CpG – simetricamente nas duas fitas. A extenção da metilação varia de acordo com a região molecular. A metilação suprime a migração de segmentos de DNA – transposons. MOLÉCULAS DE RNA SOFREM MODIFICAÇÕES IN VIVO RNAs sofrem modificações pós-transcricionais em nucleotídeos específicos. Ex.: grupamento metila pode ser adicionado ao grupamento 2`- hidroxila da ribose – bloqueando a capacidade de formar pontes de H. Muitas enzimas que catalisam as modificações químicas do RNA são conhecidas. Em geral, conservadas na evolução – modificações do RNA ocorre há muito tempo. Evidências confirmam que tais modificações estabilizam as estruturas de RNA e auxiliam a interação de RNAs com proteínas. Entenderam a importância disso tudo???
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