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Nucleotídeos, Ácidos Nucleicos e Organização do material genético DISCIPLINA:BASES MOLECULARES DOS SISTEMAS ORGÂNICOS PROFª DENISE CASTRO PARENTE http://learn.genetics.utah.edu/content/basics/dna CARACTERÍSTICAS IMPORTANTES DO DNA A informação genética do DNA é transportado pela seqüência dos seus nucleotídeos; O material genético precisa se replicar de forma confiável; O material genético precisa ter a capacidade de se variar; - diferentes espécies e membros de uma mesma espécie As amostras de DNA isoladas de diferentes tecidos de uma mesma espécie tem a mesma composição de bases Fluxo da Informação Genética Polipeptídeo O DNA é o material genético em todos os organismos exceto em alguns vírus (vírus de RNA- ex:mosaico do tabaco) AS ESTRUTURAS DO DNA E DO RNA Análise da estrutura do DNA em 3 níveis de complexidade: •Composição do nucleotídeo; A ESTRUTURA PRIMÁRIA DO DNA • Cadeia de nucleotídeos unidos A ESTRUTURA PRIMÁRIA DO DNA : COMPONENTES DO NUCLEOTÍDEO 1-Um grupo fosfato 2-Um açúcar (pentose) 3- Uma base nitrogenada: compostos fracamente básicos(bases) A e G são bases com dois anéis: PURINAS C, T e U são bases com um anel: PIRIMIDINAS Ligação glicosídica Carga - DNA RNA •O DNA é constituído por muitos nucleotídeos ligados por ligações covalente • A hidroxila do C3’ faz um ataque nucleofílico ao fosfato alfa do novo nucleotídeo q vai ser adicionado e os outros fosfatos são liberados na forma de pirofosfato • Só pode ser incorporado nucleotídeo trifosfatado • Vários nucleotídeos ligados dessa forma constituem uma cadeia de POLINUCLEOTÍDIOS; • Sentido 5’-3’ • Catalisado por DNA polimerase (DNA) RNA polimerase (RNA) • Dupla-hélice; •As ligações açúcar-fosfato estão no lado externo da hélice (esqueleto) •Antiparalelas •Ligação entre duas cadeias: PONTES DE HIDROGÊNIO (entre o grupo ceto e amino) •Especificidade do pareamento A=T/ C=G ESTRUTURA SECUNDÁRIA DO DNA: estrutura helicoidal • As bases puricas e pirimídicas são hidrofóbicas e relativamente insolúveis em água perto do pH neutro da célula • Os pares de base são empilhados entre duas cadeias perpendiculares ao eixo da molécula(degraus de uma escada em caracol)- Cerne Hidrofóbico (apolar) devido ao anel aromático das bases •O pareamento de bases é específico: • A T G C DNA ricos em GC tem ponto de fusão do que os ricos em AT Todos os pares de base consistem em uma purina e uma pirimidina • Os dois filamentos são COMPLEMENTARES Estrutura do DNA: Dupla hélice • James Watson e Francis Crick – 1953 Deduziram a estrutura correta do DNA BASEADAS EM DOIS TIPO PRINCIPAIS DE EVIDÊNCIAS: -Dados químicos de Chargaff "regra de Chargaff" • T=A / C=G • Conc. de purina=conc. de Pirimidina (existe uma inter-relação fixa) - Padrões de difração de raios X (Rosalin Franklin): estrutura helicoidial e as bases estão perpendiculares ao eixo da molécula CONCLUSÃO DE WATSON E CRICK: O DNA tem uma CONCLUSÃO DE WATSON E CRICK: O DNA tem uma estrutura de dupla hélice com giro para direita Estrutura do DNA: Dupla hélice 1- Se uma molécula de DNA de dupla fita tem 15% de timina, quais são as porcentagens das outras bases?? Adenina= 15% Guanina =35% Citosina=35% 2. Estabilidade da molécula de DNA • Pontes de hidrogênio – cerne hidrofóbico contribui para estabilidade das moléculas de DNA •Ligações hidrofóbicas (forças de empilhamento) – As bases são relativamente insolúveis em água e tendem a se empilhar umas sobre as outras; No RNA- única fita devido a presença da hidroxila(atrai água) •Ligações covalentes – unem os átomos, ligações fosfodiéster • O papel do DNA como um repositório da informação genética depende em parte da sua estabilidade inerente. • Processos como carcinogênese e o envelhecimento podem estar intimamente ligados ao acúmulo lento e irreversível de alterações no DNA. Estrutura do DNA: Formas alternativas da dupla hélice • DNA: não é uma molécula estática • Alteram-se em função do seu ambiente A B Z B – 10 Å Forma clássica descrita por Watson e Crick e mais abundante; Dupla-hélice gira para a direita; Conclui uma volta a cada 10pb (pares de base). Obs: Em solução, geralmente o DNA assume a conformação B. Quando há pouca água disponível ou em altas concentrações de sais para interagir com a dupla hélice, o DNA assume a conformação A. DNA TIPO B Sulco menor Sulco maior •Distância dos pares de base: 0,34nm • 10 pares de base por giro de 360º •Sulco menor e Sulco maior (Interação proteínas) A formação dos sulcos ocorre em função da ligação glicosídica entre a pentose e a base não estarem diretamente opostas na dupla-hélice; -Importante na interação do DNA com proteínas que regulam a expressão gênica DNA TIPO B DNA TIPO A Dupla-hélice gira para a direita; Conclui uma volta a cada 11pb (pares de base); Apresenta estrutura mais curta e larga; Pouco provável essa conformação in vivo DNA TIPO Z Dupla-hélice gira para a esquerda; Cadeia aparece na forma de zigue-zague; Apresenta estrutura mais longa e fina; Conclui uma volta a cada 12pb (pares de base); Em eucariotos o DNA tende a assumir a conformação Z-DNA devido à metilação do DNA. ESTRUTURAS ESPECIAIS PODEM SE FORMAR DO DNA E NO RNA DNA PODEM FORMAR ESTRUTURAS SECUNDÁRIAS: H-DNA •Uma base se pareia com outra base que está formando uma ponte de hidrogênio; •Ocorre em longas sequências contendo apenas purinas(a/g) ou pirimidinas(c/t) •Se degrada mais facilmente- maiores taxas de mutação ESTRUTURAS ESPECIAIS PODEM SE FORMAR DO DNA E NO RNA ESTRUTURAS ESPECIAIS PODEM SE FORMAR DO DNA E NO RNA Metilação do DNA Checagem dos conceitos 3 que aspectos da estrutura do DNA contribuem para a estabilidade da molécula? Por que o RNA é menos estável que o DNA? -Dupla hélice -Pontes de hidrogênio --ligações fosfodiéster -RNA: fita única, hidroxíla no carbono 2 torna o RNA menos estável e a a presença da hidroxila(atrai água) ESTRUTURA DOS CROMOSSOMOS Como comprimir a imensa quantidade de DNA nos limites da fronteira da célula? *DNA humano: 6 bilhões de pares de base= 2 metros -Dobrado e condensado= deixa o DNA inascecível, incapaz de ser copiado ou lido; -O DNA funcional deve ser capaz de se expandir e se abrir. SUMÁRIO -Estrutura terciária: super enovelamento -Estrutura dos cromossomos eucariotos -Centrômeros e telômeros SUPERENROLAMENTO Enrolado Super enrolado •O DNA pode formar superenrolamento para a direita (negativo) ou para a esquerda (positivo). •A maior parte do DNA nas células apresenta o superenrolamento negativo- facilita a separação da dupla fita de DNA durante a replicação e transcrição •Depende de topoisomerases A ESTRUTURA DOS CROMOSSOMOS EUCARIOTICOS Nas células eucarióticas, enormes moléculas de DNA de fita dupla são empacotadas em cromossomos; •Para que o DNA se encaixe no núcleo, é necessário um enorme esforço, cuja a intensidade varia durante o ciclo celular; •Interfase: cromossomos menos condensados •Mitose e meiose: extremamente condensados A ESTRUTURA DOS CROMOSSOMOS EUCARIOTICOS A estrutura terciária (cromossomo) não é estática-ela muda em resposta aos processos celulares - Puffs cromossômicos: regiões da cromatina relaxada onde ocorre transcrição ativa Fonte: Alberts., 2016 CROMATINA •O DNA eucarioto está intimamente associado a proteínas –histonas (mais abundantes); •Essa combinação é chamada de cromatina •EUCROMATINA (menos condensada): muitos genes, replicado durante toda a fase S, transcrição frequente; •HETEROCROMATINA: poucos genes, replicado na fase S tardia, transcrição rara As histonas são proteínas que compactam o DNA nos cromossomos Octâmero de 8 proteínas(duas cópias H2A, H2B, H3 e H4) são responsáveis pelo primeiro nível fundamental de compactação à cromatina, o nucleossomo Carga positiva (elevadaconcentração de arginina e lisina)- atrai as cargas negativas dos fosfatos de DNA HISTONAS Fonte: Alberts., 2016 NUCLEOSSOMO • Cada nucleossomo é composto por 8 proteínas histonas- onde o DNA se enrola cerca de 2 vezes (cerca de 167pb) •DNA ligador: entre os nucleossomos (30 a 40 pb) - Onde se ligam as proteínas não histonas. •Os nucleossomos se dobram para produzir uma fibra de 30 nm; H1: Quinto tipo de histona - Uma histona de ligação: auxilia a manter os nucleossomos unidos em uma fibra de 30 nm •Que formam alças de 300nm; •As fibras de 300nm são comprimidas e dobradas Checagem dos conceitos Mudanças na estrutura da cromatina Embora o DNA precise estar compactado para caber no núcleo da célula, ele precisa ser desenrolado periodicamente para que ocorra replicação e transcrição. Qual a natureza da alteração da estrutura da cromatina que produz puffs cromossômicos? A enzima acetiltransferase prende grupos acetil no AA lisina na calda das histonas, reduzindo a carga positiva desse AA , desestabilizando o nucleossomo -Acetilação -Metilação-sequências metiladas apresentam baixos níveis de transcrição Os cromossomos eucariotos têm centrômeros e telômeros Os cromossomos se separam na mitose e meiose e permanecem estáveis durante muitas divisões celulares devido a estruturas especiais dos cromossomos: - Centrômeros e telômeros Figura: Típico cromossomo mitótico altamente compactado Centrômero -Local onde as fibras do fuso mitótico e meiótico se prendem- fundamental para o deslocamento correto dos cromossomos -Rico em heterocromatina -Tem uma histona diferente, CenH3, traz mudança ao na estrutura da cromatina e permite a fixação das fibras mitose Os cromossomos eucariotos têm centrômeros e telômeros Telômeros: • extremidades naturais de um cromossomo •função é impedir o desgaste do material genético e manter a estabilidade estrutural do cromossoma. •Apresentam sequências repetidas de TTAGGG, seguido por vários nucleotídeos de guanina(sobressai do cordão complementar) •Proteínas especiais se ligam a fita única rica em G- protege da degradação e evita a união com a extremidade de outro cromossomo Protuberância 3’= 50 a 500 nucleotídeos https://pt.wikipedia.org/wiki/Timina https://pt.wikipedia.org/wiki/Adenina https://pt.wikipedia.org/wiki/Guanina O DNA eucarioto tem várias classes de variação de sequências DNA de sequência única: ocorre 1 vez ou apenas algumas vezes no genoma -1 cópia: 25 a 50% dos genes que codificam proteínas nas maioria dos eucariotos -Família de genes- genes de sequência única em cópias semelhantes, mas não idênticas. -Ex: B-globina (7 genes da globina nos seres humanos- cromossomo 11) Os polipeptídeos codificados por esse gene se unem aos polopeptídeos da alfa-globina para aformar a hemoglobina DNA moderadamente repetitivo: 150 a 300pb repetidas milhares de vezes (em tandem ou intercaladas) Os genes para rRNA e para tRNA compõe o DNA repetitivo DNA altamente repetitivo Sequências curtas (10pb em tandem) Localizadas especialmente nos telômeros e centrômeros Rara transcrição O DNA eucarioto tem várias classes de variação de sequências São processos importantíssimos para a replicação, recombinação e transcrição do material genético; Desnaturação: pontes de hidrogênio entre as fitas complementares são rompidas; Renaturação: inverso da desnaturação. DESNATURAÇÃO E RENATURAÇÃO
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