AVAL 1e 2 Bio Molecular

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AVALIAÇÃO 1
1.Com o passar do tempo, as técnicas de sequenciamento ficaram mais sofisticadas e automatizadas. Sobre o sequenciamento de segunda geração, analise as sentenças a seguir:
I- O Next Generation Sequencing (NGS) não utiliza nucleotídeos terminadores de cadeira, permitindo a criação de plataformas mais eficientes e rápidas.
II- Os métodos de segunda geração compreendem o uso de plataformas portáteis com processamento rápido e eficiente, em plataformas do tamanho de um pen drive.
III- Os métodos de segunda geração compreendem o pirosequenciamento, o sequenciamento por síntese, sequenciamento por terminação de cadeia reversível, sequenciamento por hibridização e ligação, dentre outros.
Assinale a alternativa CORRETA:WTGV
a) Somente a sentença II está correta.
 
b) As sentenças I e III estão corretas.
 
c) Somente a sentença I está correta.
 
d) As sentenças I e II estão corretas.
2.Uma das técnicas essenciais em biologia molecular é a capacidade de sequenciar o gene de um organismo. Esse sequenciamento é importante, pois identifica possíveis mutações, cadeias de transmissão e origem da chegada do vírus a uma região específica. De acordo com as técnicas empregadas para o sequenciamento de DNA, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
( ) Os didesoxinucleotídeos (ddNTP) são utilizados para o sequenciamento com o método de Sanger, em que, posteriormente, faz-se a identificação da sequência com eletroforese.
( ) O pirosequenciamento tem como base a formação de pirofosfato a cada novo nucleotídeo adicionado à nova fita.
( ) O método empregado na plataforma Illumina foi a base para o desenvolvimento dos testes de sequenciamento que conhecemos atualmente, sendo a primeira geração de sequenciamento de DNA.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
 
a) V - F - F.
 
b) F - F - V.
 
c) V - F - V.
 
d) V - V - F.
3.Com o desenvolvimento das técnicas de clonagem de DNA, tornou-se possível a construção de bibliotecas de DNA e cDNA. Sobre as bibliotecas, assinale a alternativa CORRETA:
 
a) As bibliotecas de mRNA são originadas a partir da fragmentação do DNA com enzimas de restrição e, posteriormente, da clonagem do DNA.
 
b) As bibliotecas de cDNA contêm somente os éxons de uma molécula de mRNA, que posteriormente é convertido em cDNA pela técnica de transcrição reversa.
 
c) A biblioteca de cDNA contém éxons e íntrons, já que são clonados todos os fragmentos de DNA, incluindo o não codificante.
 
d) Uma biblioteca de DNA contém somente os íntrons de uma molécula de DNA, sendo extremamente específico para identificar o conteúdo expresso em uma célula ou tecido.
4. O uso de bibliotecas de DNA ou cDNA permitem a manutenção e replicação do material genético em grandes coleções mantidas em colônias de bactérias, nas quais um fragmento específico de DNA ou um gene podem ser procurados. Sobre as bibliotecas de DNA e cDNA, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas:
I- A bactéria E. coli é a principal célula hospedeira utilizada no processo de clonagem em vetores, inclusive na construção de bibliotecas de DNA e cDNA, em que cada bactéria irá internalizar apenas um vetor.
PORQUE
II- Assim que o vetor é inserido, em condições adequadas de diluição e meio de cultivo, em poucas horas corre a formação de diversos clones dos fragmentos inseridos, sendo cada um encontrado em uma colônia diferente de crescimento bacteriano.
Assinale a alternativa CORRETA:
 
a) As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
 
b) A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
 
c) As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
 
d) As asserções I e II são proposições falsas.
5. As bibliotecas de DNA e cDNA são essenciais para manter e replicar um fragmento clonado por tempo indeterminado. Sobre essas técnicas, associe os itens, utilizando o código a seguir:
I- Biblioteca de cDNA.
II- Biblioteca de DNA.
III- Hibridização em colônia.
( III ) Técnica que detecta os fragmentos do DNA de interesse com sondas específicas em meio de cultivo sólido.
( II ) Clonagem de fragmentos aleatórios do DNA, permitindo a sua identificação, isolamento e sequenciamento do genoma.
( I ) Clonagem de mRNAs, em que cada célula/tecido pode originar uma biblioteca diferente, considerando o padrão de expressão gênica específico, relacionado sempre a sua função.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
 
a) I - II - III.
 
b) II - I - III.
 
c) I - III - II.
 
d) III - II - I.
6.Para detecção do DNA em bibliotecas de DNA, uma membrana é colocada em contato com as colônias na placa logo após o crescimento das colônias bacterianas em placas de cultivo contendo meio sólido. Algumas células irão se aderir à membrana, formando uma impressão das colônias presentes na placa. Em seguida, as células aderidas sofrem lise celular, a fim de liberar o DNA, que permanece aderido à membrana. Por fim, a membrana é incubada com sondas de hibridização marcadas, complementares à porção do gene de interesse, permitindo a visualização da posição dos clones que contêm o fragmento de interesse. Sobre a técnica exposta, assinale a alternativa CORRETA:
 
a) Hibridização in situ.
 
b) Southern-blot.
 
c) Hibridização em colônia.
 
d) Northen-blot.
7. O mais recente avanço no campo de sequenciamento de DNA foi o desenvolvimento de plataformas portáteis capazes de sequenciar grandes moléculas de DNA em pequenos equipamentos. Um exemplo dessas plataformas é a MinION. Sobre a plataforma MinION, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas:
I- Para que seja realizado o sequenciamento por meio da plataforma MinION, as amostras a serem sequenciadas são ligadas a enzimas de processamento. Essas enzimas induzem o fragmento de DNA a passar pelo nano poro, onde as variações da corrente elétrica são detectadas.
PORQUE
II- Sendo conhecidas as variações características de cada nucleotídeo, a sequência de nucleotídeos é formada rapidamente.
Assinale a alternativa CORRETA:
a) As asserções I e II são proposições falsas.
 b) A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
 c) As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
 d) As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
8 A escolha do gel para a técnica de eletroforese deve-se dar através do tamanho da molécula a ser isolada e do objetivo do isolamento. Com base nas matrizes de agarose e poliacrilamida para a técnica de eletroforese em gel, analise as sentenças a seguir:
I- A poliacrilamida pode separar fragmentos de DNA com até mesmo uma única base nitrogenada de diferença.
II- A agarose, apresenta menor resolução, ou seja, cada banda presente no gel, representa um agrupamento de moléculas de tamanho semelhantes.
III- No gel de poliacrilamida, uma menor faixa de tamanho das moléculas pode se movimentar, enquanto fragmentos maiores de DNA podem migrar facilmente no gel de agarose.
Assinale a alternativa CORRETA:
 
a) Somente a sentença II está correta.
 
b) Somente a sentença III está correta.
 
c) Somente a sentença I está correta.
 
d) As sentenças I, II e III estão corretas.
9. O gráfico a seguir ilustra uma curva de amplificação da PCR em tempo real. De acordo com a interpretação do gráfico, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
( v ) A amostra A possui maior quantidade do gene avaliado, uma vez que possui menor Ct.
( f ) A amostra C possui maior quantidade de amostra, pois quanto maior o Ct, maior a quantidade de material disponível para iniciar a amplificação do gene de interesse.
( v ) A amostra B ultrapassou o Threshold após o ciclo 20, apresentando uma quantidade intermediária de amostra, quando comparadas às amostras A e C.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
a) V - F - F.
 b) F - F - V.
 c) V - V - F.
 d) V - F - V.
10. O qPCR (PCR em tempo real) utilizacorantes fluorescentes ou sondas específicas, que emitem fluorescência quando se encontram ligados ou intercalados à fita de DNA no meio de reação da PCR. Considerando esse fator, a fluorescência emita, é proporcional à quantidade de material disponível para iniciar a amplificação. Sobre os parâmetros para quantificação do qPCR, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas:
I- O threshold, também conhecido como linha de corte, demonstra o momento em que a fluorescência apresentada está livre de ruídos, sendo essencialmente a representação da amplificação da amostra teste.
PORQUE
II- O equipamento é capaz de determinar em que momento a fluorescência detectada é proveniente apenas das amostras que estão sendo amplificadas e, assim, determinar a linha de corte.
Assinale a alternativa CORRETA:
 
a) As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
 
b) A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
 
c) As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
 
d) As asserções I e II são proposições falsas
Prova Objetiva:	 2 
1.Diferentemente do genoma, que é idêntico em todas as células somáticas de um mesmo
 organismo, uma importante característica do transcriptoma é ser específico em cada tipo celular e se apresenta de maneira bastante variável a diferentes condições, refletindo efeitos de diferentes estímulos, sejam eles químicos, fisiológicos, patológicos, entre outros. Sobre as técnicas utilizadas para análise do transcriptoma, assinale a alternativa CORRETA:
 
a) Tanto a metodologia utilizada pela EST quanto a ORESTES, comparam os dados obtidos com bancos de dados disponíveis, como o BLAST, a fim de identificar os genes correspondentes.
 
b) A técnica do microarray, ou microarranjos de DNA limita a busca de genes a um pequeno número de cDNA, pois necessita de sondas específicas marcadas com fluoróforo.
 
c) O método EST tem todo o cDNA clonado sequenciado, fornecendo informações sobre a região codificadora do RNA mensageiro.
 
d) A ORESTES sequencia somente as extremidades do cDNA, identificando o RNA por meio de comparações com bancos de dados, como o BLAST.
 
 
2.No processo de digestão in gel, os spots contendo as proteínas de interesse são submetidos a um processo de hidrólise química e enzimática, formando fragmentos proteicos menores, capazes de migrar pela malha do gel e se difundir no sobrenadante, formando a amostra que será analisada por espectrometria de massas. De acordo com a digestão in gel, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
( V ) As proteínas são apenas separadas de acordo com sua massa molecular, embora, nesse caso, as bandas obtidas do gel representem populações de proteínas com massas similares.
(F ) A análise no espectrômetro de massas necessita que a carga líquida se torne negativa, ou seja, o processo de ionização não é necessário.
( V ) A cromatografia líquida é utilizada como método de fracionamento, em que os peptídeos presentes na amostra são dissolvidos em uma fase líquida, bombeadas para passar por uma fase estacionária e direcionadas para espectrometria de massas.
( V ) As amostras podem ser submetidas a outro fracionamento prévio à análise por MS, com o objetivo de reduzir a complexidade da amostra ou apenas complementar o fracionamento já realizado na eletroforese.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
 
a) V - V - F - V.
 
b) V - F - V - V.
 
c) V - F - F - V.
 
d) F - F - V - F.
3.Existem diferentes técnicas de ionização que podem ser aplicadas aos peptídeos, sendo as principais delas a ionização/dessorção a laser assistida por matriz (MALDI) e a ionização por eletro spray (ESI). Sobre os processos de ionização utilizados nas análises de proteômica, assinale a alternativa CORRETA:
 
a) A ionização ESI é considerada agressiva por desnaturar amostras peptídicas.
 
b) A ionização ESI utiliza cristais que são bombardeados por laser, sendo sublimados (convertidos em fase gasosa) e ionizados durante o processo.
 
c) A ionização por MALDI é considerada branda, sendo aplicável a moléculas sensíveis como DNA e proteínas.
 
d) A ionização por MALDI permite degradação de moléculas como DNA e proteínas.
4. A sigla CRISPR vem do inglês Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats e pode ser traduzida como grupos de repetições palindrômicas curtas e regularmente interespaçadas. Já o Cas 9 se refere à nuclease que se encontra associada ao sistema CRISPR. Com base na técnica CRISPR-Cas9, analise as sentenças a seguir:
I- Uma molécula de RNA guia (gRNA) é inserida em uma sequência maior de RNA. Quando em contato com o DNA, o gRNA se liga uma a sequência específica do DNA, indicando para a enzima Cas9 onde o DNA deve ser cortado.
II- Os mecanismos de reparo de DNA presentes na célula é ativado e utilizado para a inserção, exclusão de pares de bases do DNA ou para efetuar a substituição de segmentos inteiros de DNA por segmentos de DNA personalizados.
III- Os efeitos da edição do genoma em células e animais experimentais, pois essa ferramenta se mostra bastante promissora para o tratamento de doenças relacionadas a determinados genes, como a fibrose cística e a hemofilia, e para auxiliar no tratamento de outras doenças, como o câncer.
Assinale a alternativa CORRETA:
 a) Somente a sentença III está correta.
 b) Somente a sentença I está correta.
 c) As sentenças I, II e III estão corretas. 
d) Somente a sentença II está correta.
5.Uma das descobertas mais intrigantes do projeto genoma humano foi identificar que somente uma pequena porcentagem de todo genoma codificava uma proteína. Com base nas sequências codificadoras e não codificadoras de proteínas, analise as sentenças a seguir:
I- Sequências codificadoras são chamadas de éxons e são responsáveis por originar sequências de aminoácidos específicas, que corresponde a uma proteína.
II- Sequências não codificadoras são denominadas de íntrons, não tendo função conhecida no genoma humano.
III- Sequências reguladoras são aquelas denominadas como éxons, regulando quando e quanto de um gene será expresso.
Assinale a alternativa CORRETA:
 
a) Somente a sentença II está correta.
 
b) Somente a sentença III está correta.
 
c) As sentenças II e III estão corretas.
 
d) As sentenças I e II estão corretas.
6.Com a biotecnologia da transcriptômica, proteômica e metabolômica, tornou-se possível analisar todo o conjunto que esteja sendo expresso em um determinado tipo celular em diferentes fases de desenvolvimento de um organismo. Sobre as funções das "ômicas", avalie as asserções a seguir e relação proposta entre elas:
I- As "ômicas" permitem obter informações relativas à progressão de doenças, à influência de fatores ambientais sobre os processos biológicos que estejam sendo investigados, ou ainda, determinar biomarcadores específicos para uma determinada condição.
PORQUE
II- Com o desenvolvimento e aplicação das "ômicas" obtêm-se informações ou dados em larga escala, capazes de elucidar respostas biológicas complexas.
Assinale a alternativa CORRETA:
 
a) As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
 
b) As asserções I e II são proposições falsas.
 
c) A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
 	
d) As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
7.Os polimorfismos podem ser diferentes tipos, como polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) ou polimorfismos promovidos por inserções ou deleções no DNA, chamadas de polimorfismos indel, os quais podem ser do tipo polimorfismo no número de cópias (CNP), polimorfismo repetido em tandem curta (STRP) ou polimorfismo de repetição em tandem de 
Nú
mero variável (VNTR). Sobre os polimorfismos, assinale a alternativa CORRETA:
 
a) O polimorfismo STRP é conhecido como repetição em tandem de número variável, também denominado como DNA minissatélite, com cerca de milhares de nucleotídeos.
 
b)O polimorfismo VNTR ou DNA microssatélites são difíceis de ser sequenciados, tendo sequências curtas de DNA, com 10 a 100 nucleotídeos.
 
c) O polimorfismo de nucleotídeo único ocorre em um único nucleotídeo.
 
d) As técnicas de PCR e sequenciamento pelo método Sanger conseguem identificar qualquer polimorfismo.
8.Embora a frequência de variações no genoma não seja alta, quando uma determinada variação ocorre em pelo menos cerca de 1% da população, o que a torna uma variação comum, essa variação passa a ser tratada como um polimorfismo genético. Com base nos polimorfismos, analise as sentenças a seguir:
I- Os polimorfismos genéticos podem ser gerados por mudanças como deleção, duplicação ou inversão de apenas um ou vários pares de bases nitrogenadas na sequência do DNA.
II- As alterações no DNA podem ocorrer na região codificadora (éxon) e na região não codificadora (íntron) de um gene.
III- Os polimorfismos em regiões reguladoras não podem afetar o fenótipo do indivíduo.
Assinale a alternativa CORRETA:
 
a) As sentenças I e III estão corretas.
 
b) As sentenças I e II estão corretas.
 
c) Somente a sentença III está correta.
 
d) Somente a sentença II está correta.
9.A interação entre proteínas e o DNA é de extrema importância na genômica funcional, especialmente pelo fato de que diversas proteínas são reguladoras da expressão gênica. Com base nas técnicas utilizadas para identificar os locais de interação, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
( V ) A MNase (nuclease microcócica), uma nuclease específica, capaz de clivar o DNA em pequenos fragmentos, é modificada com a adição de uma proteína, a proteína A (pA) no sequenciamento CUT & RUN.
(F ) A MNase modificada com a pA forma regiões de interação entre a proteína e o DNA que podem ser imunoprecipitadas, formando uma amostra rica de precipitados de regiões de interação da proteína de interesse com o DNA.
( V ) No sequenciamento ChIP, a proteína de interesse é reticulada ao DNA, ou seja, são formadas ligações covalentes entre a proteína e o DNA por meio da adição de anticorpos específicos para essa proteína.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
 
a) V - V - F.
 
b) F - V - F.
 
c) V - F - V.
 
d) F - F - V.
10. A grande vantagem da utilização do RNA-seq é que, nesta tecnologia, não é necessário que se tenha prévio conhecimento do genoma ou dos transcritos que serão avaliados. Algumas das aplicações relacionadas a essa técnica são: a avaliação da expressão gênica diferencial, análise do perfil do transcriptoma e a investigação de SNPs. Com base nas etapas para do método da transcriptoma RNA-seq, ordene os itens a seguir:
I- Fragmentar as moléculas por ação de enzimas de restrição, sonicação ou nebulização, formando fragmentos que serão ligados a adaptadores (pequenas sequências de nucleotídeos que indicam onde o sequenciamento deve ser iniciado em cada molécula).
II- Isolar e fragmentar o RNA a ser sequenciado e convertê-lo em cDNA.
III- Aplicar métodos de sequenciamento para sequenciar pequenas porções, compostas por 30 a 200 pb (pares de bases), de cada um dos fragmentos.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
 
a) I - III - II.
 b) II - III - I. 	
 c) I - II - III.
 d) II - I - III.