provas 1 e 2 biologia molecular

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A terceira geração de métodos de sequenciamento de DNA, possibilitaram analisar as sequências de nucleotídeos de uma única molécula de DNA, sem a necessidade de amplificar a molécula. Sobre esses métodos, assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	A terceira geração de sequenciamento utiliza DNA fragmento que é transformado em fragmentos de DNA circular, os quais são replicados em chips com nano-poços. A cada novo nucleotídeo adicionado à nova fita, ocorre a emissão de fluorescência e a detecção ocorre em tempo real.
	 b)
	É o mais recente avanço em biologia molecular, que permite o sequenciamento de DNA de forma portátil, capaz de sequenciar grandes moléculas de DNA em pequenos equipamentos, semelhantes a pen drives. A plataforma MinION é a mais utilizada.
	 c)
	Para os métodos de terceira geração, são utilizadas plataformas 454, que são esferas sólidas, nas quais são ligadas as sequências adaptadoras, com o DNA a ser sequenciado, formando uma biblioteca de DNA.
	 d)
	É um método totalmente automatizado, também conhecido como Illumina, em que o DNA a ser sequenciado é fragmentado por nebulização e os fragmentos são acoplados a uma placa de vidro por meio de primers adaptadores, formando uma biblioteca de DNA, que será submetida ao PCR.
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	2.
	Para detecção do DNA em bibliotecas de DNA, uma membrana é colocada em contato com as colônias na placa logo após o crescimento das colônias bacterianas em placas de cultivo contendo meio sólido. Algumas células irão se aderir à membrana, formando uma impressão das colônias presentes na placa. Em seguida, as células aderidas sofrem lise celular, a fim de liberar o DNA, que permanece aderido à membrana. Por fim, a membrana é incubada com sondas de hibridização marcadas, complementares à porção do gene de interesse, permitindo a visualização da posição dos clones que contêm o fragmento de interesse. Sobre a técnica exposta, assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	Hibridização em colônia.
	 b)
	Southern-blot.
	 c)
	Hibridização in situ.
	 d)
	Northen-blot.
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	3.
	A clonagem de DNA se refere à produção, dentro de uma célula, de diversas cópias de uma sequência específica de um fragmento de DNA. Sobre o exposto, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas:
I- A clonagem de DNA depende da utilização de um vetor, do fragmento de DNA e, posteriormente, de um organismo hospedeiro.
PORQUE
II- O fragmento de DNA de interesse, será inserido em uma molécula de DNA genômico com capacidade de autorreplicação (DNA do vetor), originando o DNA recombinante. Essa inserção se dá através de enzimas de restrição e enzimas de ligação.
Assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
	 b)
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	 c)
	A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
	 d)
	As asserções I e II são proposições falsas.
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	4.
	Uma das técnicas essenciais em biologia molecular é a capacidade de sequenciar o gene de um organismo. Esse sequenciamento é importante, pois identifica possíveis mutações, cadeias de transmissão e origem da chegada do vírus a uma região específica. De acordo com as técnicas empregadas para o sequenciamento de DNA, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(    ) Os didesoxinucleotídeos (ddNTP) são utilizados para o sequenciamento com o método de Sanger, em que, posteriormente, faz-se a identificação da sequência com eletroforese.
(    ) O pirosequenciamento tem como base a formação de pirofosfato a cada novo nucleotídeo adicionado à nova fita.
(    ) O método empregado na plataforma Illumina foi a base para o desenvolvimento dos testes de sequenciamento que conhecemos atualmente, sendo a primeira geração de sequenciamento de DNA.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
	 a)
	V - V - F.
	 b)
	V - F - V.
	 c)
	F - F - V.
	 d)
	V - F - F.
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	5.
	A hibridização in situ foi elaborada com o objetivo de isolar e identificar fragmentos, através do anelamento entre duas fitas simples de origens distintas, sejam elas DNA ou RNA. Sobre essa técnica, associe os itens, utilizando o código a seguir:
I- Northen-blotting.
II- Southern-blotting.
III- Hibridização in situ.
(    ) Técnica que utiliza sondas de ácidos nucleicos, com marcação química, no local em que a molécula de interesse deve ser encontrada (RNA dentro da célula, DNA específico em cromossomos).
(    ) Técnica que avalia padrões de sequências de nucleotídeos de genes do DNA e utiliza sondas de DNA molde, os quais são marcados com radiação ou quimicamente.
(    ) Nesta técnica, o RNA mensageiro (mRNA) é utilizado a fim de buscar comparar situações distintas, como, por exemplo, utilizar amostras controle como padrão para expressão do gene de interesse e, assim, comparar com a amostra de interesse.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
	 a)
	II - I - III.
	 b)
	I - II - III.
	 c)
	III - II - I.
	 d)
	I - III - II.
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	6.
	Com o passar do tempo, as técnicas de sequenciamento ficaram mais sofisticadas e automatizadas. Sobre o sequenciamento de segunda geração, analise as sentenças a seguir:
I- O Next Generation Sequencing (NGS) não utiliza nucleotídeos terminadores de cadeira, permitindo a criação de plataformas mais eficientes e rápidas.
II- Os métodos de segunda geração compreendem o uso de plataformas portáteis com processamento rápido e eficiente, em plataformas do tamanho de um pen drive.
III- Os métodos de segunda geração compreendem o pirosequenciamento, o sequenciamento por síntese, sequenciamento por terminação de cadeia reversível, sequenciamento por hibridização e ligação, dentre outros.
Assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	As sentenças I e II estão corretas.
	 b)
	Somente a sentença II está correta.
	 c)
	Somente a sentença I está correta.
	 d)
	As sentenças I e III estão corretas.
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	7.
	O sequenciamento Shotgun, o qual é aplicado como estratégia para o sequenciamento de grandes sequências de nucleotídeos, especialmente genomas inteiros dos mais diversos organismos. Sobre o sequenciamento Shotgun, avalie as asserções a seguir e relação proposta entre elas:
I- Devido ao grande volume de informação gerado por esse procedimento, é necessário que programas computacionais sofisticados sejam utilizados para a determinação da sequência do material em estudo.
PORQUE
II- Na técnica Shotgun, o material clonado é sequenciado diversas vezes, fornecendo uma quantidade de dados de cerca de 10 vezes o tamanho do material genético que está sendo estudado, assegurando que todos os nucleotídeos presentes no material genético sejam detectados e inseridos na sequência final do DNA.
Assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
	 b)
	A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
	 c)
	As asserções I e II são proposições falsas.
	 d)
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!
	8.
	O sequenciamento de DNA permite a identificação de qual nucleotídeo ocupa cada posição na fita de uma molécula ou fragmento de DNA. As primeiras técnicas que permitiram sequenciar o DNA começaram a ser desenvolvidas na década de 70, com o método desenvolvido por Sanger. Sobre o método de Sanger, assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	Os didesoxinucleotídeos são ineficazes para a técnicas de Sanger, sendo utilizados somente os primers e diversas fitas de DNA réplicas da mesma fita molde,com a mesma extremidade 5'.
	 b)
	São utilizados iniciadores (primers), fitas de DNA réplicas da mesma fita molde, ou seja, com a mesma extremidade 5' e diferentes terminações 3', devido à inserção dos didesoxinucleotídeos, que são nucleotídeos terminadores de cadeia (ddNTP: ddATP, ddTTP, ddCTP e ddGTP).
	 c)
	Os didesoxinucleotídeos são similares aos primers ou iniciadores, já que iniciam a reação em diferentes terminações 3'.
	 d)
	A técnica de Sanger, utiliza terminadores de sequência em réplicas de DNA de uma fita molde diferenciada.
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	9.
	As endonucleases de restrição são produzidas naturalmente por diversas bactérias. De acordo com essas enzimas, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(    ) As enzimas de restrição são utilizadas para fragmentar o DNA em regiões específicas, permitindo a manipulação do DNA.
(    ) Cada bactéria produz uma enzima de restrição específica, que pode ser isolada e purificada a partir de colônias dessas bactérias.
(    ) As enzimas de restrição não reconhecem sequências específicas, apresentando regiões de clivagem aleatórias de 4 a 8 nucleotídeos.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
	 a)
	V - V - F.
	 b)
	F - V - F.
	 c)
	F - F - V.
	 d)
	V - F - F.
Você não acertou a questão: Sua resposta está errada.
	10.
	O uso de bibliotecas de DNA ou cDNA permitem a manutenção e replicação do material genético em grandes coleções mantidas em colônias de bactérias, nas quais um fragmento específico de DNA ou um gene podem ser procurados. Sobre as bibliotecas de DNA e cDNA, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas:
I- A bactéria E. coli é a principal célula hospedeira utilizada no processo de clonagem em vetores, inclusive na construção de bibliotecas de DNA e cDNA, em que cada bactéria irá internalizar apenas um vetor.
PORQUE
II- Assim que o vetor é inserido, em condições adequadas de diluição e meio de cultivo, em poucas horas corre a formação de diversos clones dos fragmentos inseridos, sendo cada um encontrado em uma colônia diferente de crescimento bacteriano.
Assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	As asserções I e II são proposições falsas.
	 b)
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
	 c)
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	 d)
	A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!
	A sigla CRISPR vem do inglês Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats e pode ser traduzida como grupos de repetições palindrômicas curtas e regularmente interespaçadas. Já o Cas 9 se refere à nuclease que se encontra associada ao sistema CRISPR. Com base na técnica CRISPR-Cas9, analise as sentenças a seguir:
I- Uma molécula de RNA guia (gRNA) é inserida em uma sequência maior de RNA. Quando em contato com o DNA, o gRNA se liga uma a sequência específica do DNA, indicando para a enzima Cas9 onde o DNA deve ser cortado.
II- Os mecanismos de reparo de DNA presentes na célula é ativado e utilizado para a inserção, exclusão de pares de bases do DNA ou para efetuar a substituição de segmentos inteiros de DNA por segmentos de DNA personalizados.
III- Os efeitos da edição do genoma em células e animais experimentais, pois essa ferramenta se mostra bastante promissora para o tratamento de doenças relacionadas a determinados genes, como a fibrose cística e a hemofilia, e para auxiliar no tratamento de outras doenças, como o câncer.
Assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	Somente a sentença I está correta.
	 b)
	Somente a sentença II está correta.
	 c)
	As sentenças I, II e III estão corretas.
	 d)
	Somente a sentença III está correta.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!
	2.
	A interação entre proteínas e o DNA é de extrema importância na genômica funcional, especialmente pelo fato de que diversas proteínas são reguladoras da expressão gênica. Com base nas técnicas utilizadas para identificar os locais de interação, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(    ) A MNase (nuclease microcócica), uma nuclease específica, capaz de clivar o DNA em pequenos fragmentos, é modificada com a adição de uma proteína, a proteína A (pA) no sequenciamento CUT & RUN.
(    ) A MNase modificada com a pA forma regiões de interação entre a proteína e o DNA que podem ser imunoprecipitadas, formando uma amostra rica de precipitados de regiões de interação da proteína de interesse com o DNA.
(    ) No sequenciamento ChIP, a proteína de interesse é reticulada ao DNA, ou seja, são formadas ligações covalentes entre a proteína e o DNA por meio da adição de anticorpos específicos para essa proteína.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
	 a)
	V - V - F.
	 b)
	V - F - V.
	 c)
	F - V - F.
	 d)
	F - F - V.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!
	3.
	No processo de digestão in gel, os spots contendo as proteínas de interesse são submetidos a um processo de hidrólise química e enzimática, formando fragmentos proteicos menores, capazes de migrar pela malha do gel e se difundir no sobrenadante, formando a amostra que será analisada por espectrometria de massas. De acordo com a digestão in gel, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(    ) As proteínas são apenas separadas de acordo com sua massa molecular, embora, nesse caso, as bandas obtidas do gel representem populações de proteínas com massas similares.
(    ) A análise no espectrômetro de massas necessita que a carga líquida se torne negativa, ou seja, o processo de ionização não é necessário.
(    ) A cromatografia líquida é utilizada como método de fracionamento, em que os peptídeos presentes na amostra são dissolvidos em uma fase líquida, bombeadas para passar por uma fase estacionária e direcionadas para espectrometria de massas.
(    ) As amostras podem ser submetidas a outro fracionamento prévio à análise por MS, com o objetivo de reduzir a complexidade da amostra ou apenas complementar o fracionamento já realizado na eletroforese.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
	 a)
	V - V - F - V.
	 b)
	V - F - V - V.
	 c)
	V - F - F - V.
	 d)
	F - F - V - F.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!
	
	A era da genômica iniciou-se através do Projeto Genoma Humano, através do desenvolvimento de tecnologias que pudessem acelerar o processo. De acordo com o Projeto Genoma Humano, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(    ) A técnica do shotgun hierárquico utiliza dois vetores, sendo um deles o BAC (cromossomo artificial de bactéria), que permite a inserção de grandes fragmentos de DNA, sendo clonado para formação da biblioteca de DNA.
(    ) A técnica do shotgun hierárquico utilizou o vetor plasmidial na etapa final da clonagem, onde cromossomo artificial de bactéria era fragmentado e inserido em vetores plasmidiais clonados com extremidades sequenciadas.
(    ) A técnica do shotgun de genoma inteiro utilizou somente pequena parte do genoma completo de um organismo para formar vetor plasmidiais clonados com extremidades sequenciadas, que formavam os contigs.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
	 a)
	V - F - V.
	 b)
	V - F - F.
	 c)
	F - F - V.
	 d)
	V - V - F.
	 *
	Observação: A questão número 4 foi Cancelada.
	5.
	Os polimorfismos podem ser diferentes tipos, como polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) ou polimorfismos promovidos por inserções ou deleções no DNA, chamadas de polimorfismos indel, os quais podem ser do tipo polimorfismo no número de cópias (CNP), polimorfismo repetido em tandem curta (STRP) ou polimorfismo de repetição em tandem de número variável (VNTR). Sobre os polimorfismos, assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	O polimorfismo STRP é conhecido como repetição em tandemde número variável, também denominado como DNA minissatélite, com cerca de milhares de nucleotídeos.
	 b)
	O polimorfismo de nucleotídeo único ocorre em um único nucleotídeo.
	 c)
	As técnicas de PCR e sequenciamento pelo método Sanger conseguem identificar qualquer polimorfismo.
	 d)
	O polimorfismo VNTR ou DNA microssatélites são difíceis de ser sequenciados, tendo sequências curtas de DNA, com 10 a 100 nucleotídeos.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!
	6.
	Uma das descobertas mais intrigantes do projeto genoma humano foi identificar que somente uma pequena porcentagem de todo genoma codificava uma proteína. Com base nas sequências codificadoras e não codificadoras de proteínas, analise as sentenças a seguir:
I- Sequências codificadoras são chamadas de éxons e são responsáveis por originar sequências de aminoácidos específicas, que corresponde a uma proteína.
II- Sequências não codificadoras são denominadas de íntrons, não tendo função conhecida no genoma humano.
III- Sequências reguladoras são aquelas denominadas como éxons, regulando quando e quanto de um gene será expresso.
Assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	As sentenças II e III estão corretas.
	 b)
	As sentenças I e II estão corretas.
	 c)
	Somente a sentença III está correta.
	 d)
	Somente a sentença II está correta.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!
	7.
	Durante o Projeto Genoma Humano, duas grandes frentes de trabalho independentes foram organizadas, uma formada por cerca de 5.000 cientistas em um consórcio público e a segunda por meio da iniciativa privada da empresa Celera Genomics, cujo objetivo era patentear os genes sequenciados. Com base nas técnicas utilizadas para o sequenciamento, analise as sentenças a seguir:
I- O shotgun hierárquico sequenciava através da fragmentação do DNA total, que era clonado a partir de diferentes tamanhos de fragmentos de 2 mil, 10 mil e 130 mil pares de base.
II- O shotgun de genoma inteiro formava três bibliotecas de DNA, com diferentes tamanhos de fragmentos.
III- O shotgun hierárquico utilizava como vetor plasmídeos bacterianos comuns, a fim de sequenciar diferentes tamanhos de fragmentos do genoma completo.
Assinale a alternativa CORRETA:
	 a)
	As sentenças I e II estão corretas.
	 b)
	As sentenças I e III estão corretas.
	 c)
	Somente a sentença II está correta.
	 d)
	Somente a sentença III está correta.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!
	8.
	As informações obtidas no processo de digestão proteica são relativas à m/z dos diferentes peptídeos. Contudo, é de grande interesse que as sequências de aminoácidos que compõem as proteínas sejam também identificadas. De acordo com a detecção da sequência dos aminoácidos de uma proteína, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(    ) No processo de fragmentação dos íons peptídicos, são utilizadas técnicas que favorecem a formação de fragmentos que sejam opostos e complementares.
(    ) A sequência de aminoácidos dos peptídeos pode ser deduzida por softwares apropriados para o sequenciamento, que podem formar a sequência completa da proteína.
(    ) Os processos de dissociação induzida por colisão (CID) ou por transferência de elétrons (ETD) formam íons de massa molecular elevada, que são aplicados ao primeiro ciclo de cromatografia líquida.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
	 a)
	V - F - V.
	 b)
	V - F - F.
	 c)
	F - F - V.
	 d)
	V - V - F.
	9.
	As ciências ômicas buscam o entendimento do funcionamento celular dos organismos e suas alterações biológicas.  A era das diferentes ciências "ômicas" está intimamente relacionada entre si. Sobre as "ômicas", associe os itens, utilizando o código a seguir:
I- Transcriptoma.
II- Proteoma.
III- Metaboloma.
(    ) Estudo das proteínas e enzimas expressas.
(    ) Estudo dos metabólitos resultantes de processos biológicos.
(    ) Estudo do RNA mensageiro, ou seja, quais genes são lidos.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
	 a)
	I - II - III.
	 b)
	II - I - III.
	 c)
	II - III - I.
	 d)
	I - III - II.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!
	10.
	A grande vantagem da utilização do RNA-seq é que, nesta tecnologia, não é necessário que se tenha prévio conhecimento do genoma ou dos transcritos que serão avaliados. Algumas das aplicações relacionadas a essa técnica são: a avaliação da expressão gênica diferencial, análise do perfil do transcriptoma e a investigação de SNPs. Com base nas etapas para do método da transcriptoma RNA-seq, ordene os itens a seguir:
I- Fragmentar as moléculas por ação de enzimas de restrição, sonicação ou nebulização, formando fragmentos que serão ligados a adaptadores (pequenas sequências de nucleotídeos que indicam onde o sequenciamento deve ser iniciado em cada molécula).
II- Isolar e fragmentar o RNA a ser sequenciado e convertê-lo em cDNA.
III- Aplicar métodos de sequenciamento para sequenciar pequenas porções, compostas por 30 a 200 pb (pares de bases), de cada um dos fragmentos.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
	 a)
	II - III - I.
	 b)
	I - II - III.
	 c)
	II - I - III.
	 d)
	I - III - II.
Parabéns! Você acertou a questão: Sua resposta está correta!