Aula Dectin-1 - Da notícia ao projeto de pesquisa - IBM

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Da notícia ao projeto de pesquisa
Disciplina: Introdução à Bioinformática – IBM1029
MSc. Elvira R. Tamarozzi
elvira@usp.br
1
Projeto de Pesquisa
Questão biológica a ser respondida.
Como encontrar algo interessante e relevante?
Problema Biológico
Problema Biológico: Proteína Dectin-1
Dectin-1
Ampliação do conhecimento.
Dectin-1
Ampliação do conhecimento.
Dectin-1
Ampliação do conhecimento.
Dectin-1
Ampliação do conhecimento.
>sp|Q9BXN2|CLC7A_HUMAN C-type lectin domain family 7 member A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CLEC7A PE=1 SV=1
MEYHPDLENLDEDGYTQLHFDSQSNTRIAVVSEKGSCAASPPWRLIAVILGILCLVILVIAVVLGTMAIWRSNSGSNT
LENGYFLSRNKENHSQPTQSSLEDSVTPTKAVKTTGVLSSPCPPNWIIYEKSCYLFSMSLNSWDGSKRQCWQLGSN
LLKIDSSNELGFIVKQVSSQPDNSFW IGLSRPQTEVPWLWEDGSTFSSNLFQIRTTATQENPSPNCVWIHVSVIYDQ
LCSVPSYSICEKKFSM 
>NM_197950.2 Homo sapiens C-type lectin domain containing 7A (CLEC7A), mRNA 
AGCATAGTTTCATTTCCTGCTCTTGAATATCTGGTTGAACTACTTAAGCTTAATTTGTTAAACTCCGGTA AGTACCTAGCCCACATGATTTGACTCAGAGATTCTCTTTTGTCCACAGACAGTCATCTCAGGAGCAGAAA GAAAAGAGCTCC
CAAATGCTATATCTATTCAGGGGCTCTCAAGAACAATGGAATATCATCCTGATTTAGA AAATTTGGATGAAGATGGATATACTCAATTACACTTCGACTCTCAAAGCAATACCAGGATAGCTGTTGTT TCAGAGAAAGGGGTTCTTTCCAG
CCCTTGTCCTCCTAATTGGATTATATATGAGAAGAGCTGTTATCTAT TCAGCATGTCACTAAATTCCTGGGATGGAAGTAAAAGACAATGCTGGCAACTGGGCTCTAATCTCCTAAA GATAGACAGCTCAAATGAATTGGGATTTATAGTA
AAACAAGTGTCTTCCCAACCTGATAATTCATTTTGG ATAGGCCTTTCTCGGCCCCAGACTGAGGTACCATGGCTCTGGGAGGATGGATCAACATTCTCTTCTAACT TATTTCAGATCAGAACCACAGCTACCCAAGAAAACCCATCTCCAAA
TTGTGTATGGATTCACGTGTCAGT CATTTATGACCAACTGTGTAGTGTGCCCTCATATAGTATTTGTGAGAAGAAGTTTTCAATGTAAGAGGAA GGGTGGAGAAGGAGAGAGAAATATGTGAGGTAGTAAGGAGGACAGAAAACAGAACA
GAAAAGAGTAACAG CTGAGGTCAAGATAAATGCAGAAAATGTTTAGAGAGCTTGGCCAACTGTAATCTTAACCAAGAAATTGAA GGGAGAGGCTGTGATTTCTGTATTTGTCGACCTACAGGTAGGCTAGTATTATTTTTCTAGTTAGTA
GATC CCTAGACATGGAATCAGGGCAGCCAAGCTTGAGTTTTTATTTTTTATTTATTTATTTTTTTGAGATAGGG TCTCACTTTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGACTCACTGCAGCTATCTCTCGCCTCAG CCCCTCAA
GTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCACCATGCCAGGCTAATTTTTGGTGTTTTTTGTAGAGA CTGGGTTTTGCCATGTTGACCAAGCTGGTCTCTAACTCCTGGGCTTAAGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTC CCAAAGTGCTGGGATTACAGA
TGTGAGCCACCACACCTGGCCCCAAGCTTGAATTTTCATTCTGCCATTG ACTTGGCATTTACCTTGGGTAAGCCATAAGCGAATCTTAATTTCTGGCTCTATCAGAGTTGTTTCATGCT CAACAATGCCATTGAAGTGCACGGTGTGTTGCCA
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TCTTAGTAAAAAGCAGGAACTCCT ACTTTTTCTTTATCAATTAAATAGCTCAGAGAGTACATCTGCCATATCTCTAATAGAATCTTTTTTTTTT TTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGCACGA
TCTCGGCTCAC CGCAACCTCCGCCCCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGTCA GGCACCACCACACCCGGCTAATTTTGTATTTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGTCGGTCAGGGTA GTC
CCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGC CACTGCACCCAGCCTAGAATCTTGTATAATATGTAATTGTAGGGAAACTGCTCTCATAGGAAAGTTTTCT GCTTTTTAAATACAAAA
ATACATAAAAATACATAAAATCTGATGATGAATATAAAAAAGTAACCAACCTC ATTGGAACAAGTATTAACATTTTGGAATATGTTTTATTAGTTTTGTGATGTACTGTTTTACAATTTTTAC CATTTTTTTCAGTAATTACTGTAAAATGGT
ATTATTGGAATGAAACTATATTTCCTCATGTGCTGATTTG TCTTATTTTTTTCATACTTTCCCACTGGTGCTATTTTTATTTCCAATGGATATTTCTGTATTACTAGGGA GGCATTTACAGTCCTCTAATGTTGATTAATATGTGAAAAGAAAT
TGTACCAATTTTACTAAATTATGCAG TTTAAAATGGATGATTTTATGTTATGTGGATTTCATTTCAATAAAAAAAAACTCTTATCAAAAAAAAAAAAAAAA 
Dectin-1
Ampliação do conhecimento.
Dectin-1
Breve revisão da literatura.
Caracterização genômica e funcional
Caracterização estrutural
Estudos recentes apontam relação de Dectin-1 com inflação ligada a obesidade.
Dectin-1 está ligada ao reconhecimento de patógenos na imunidade inata.
 
Função de proteínas sempre ligada a estrutura.
Já existe estrutura terciária de Dectin-1?
Já é conhecido o mecanismo de interação dela com alvos moleculares?
Identificação do Problema Biológico
2
11
4
12
Qual a motivação para continuar?
Estrutura desconhecida
Poucos estudos funcionais
Proteína envolvida em processos patológicos 
7
13
O que preciso fazer para ampliar o conhecimento e encontrar possíveis soluções?
Obter a estrutura tridimensional de Dectin-1 humana
 Como posso fazer isso? 
Traçando os Objetivos
14
14
Determinar os Materiais e Métodos
Genes
Proteínas
Estruturas Tridimensionais
Notação de Função