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PRÁTICAS LABORATORIAIS EM MICROBIOLOGIA CLÍNICA • Letícia Cavalcanti dos Santos • Biomédica • Especialização em Microbiologia • Gestão da Qualidade em Saúde • Conceitos e princípios de coloração de Gram, pesquisa de BK e fungos • Processamento de materiais clínicos, finalidade dos meios de culturas mais utilizados e técnicas de semeadura • Interpretação de crescimento nas culturas aeróbias mais frequentes (urinas, fezes, líquidos cavitários, LCR, hemocultura, trato genital, trato respiratório superior e inferior) • Princípios da cultura anaeróbia • Técnicas de identificação bacteriana manual e automatizada • Testes de sensibilidade manual, automatizado e detecção fenotípica de resistências • Princípios de cultura para fungos • Princípios de cultura para micobactérias Coloração de Gram • Hans Christian Gram - Inventor da Coloração de Gram (1884) • Rápido e barato • Informações preliminares • Resposta Inflamatória • Qualidade da amostra • Orientação da conduta Coloração de Gram • Gram positivas: o Parede de peptideoglicano espessa o Grande quantidade de ácido teicoico • Gram negativas: o Camada delgada de peptidoglicano Retém o cristal violeta Coloração de Gram Coloração de Gram Cristal Lugol Álcool- Fucsina Violeta acetona 1 min 1 min 15 a 30 s 30 s Coloração de Gram Coloração de Gram Coloração de Gram • Urina: oBacilo Gram negativo o Levedura oCoco Gram positivo oBacilo Gram positivo • 1º Jato: o Trichomonas vaginalis oDiplococos Gram negativos oBacilo Gram negativo Liberar Verificar leucocitúria ou aguardar cultura Não liberar Coloração de Gram • Uretral, esperma, endocervical: o Leucócitos o Leveduras oDiplococos Gram negativos o Trichomonas vaginalis Coloração de Gram • Pesquisa de Haemophilus ducreyi • Pesquisa de Treponema e Leptospira Coloração de Gram • Líquidos nobres: o Amostras com aspecto turvo ou purulento, fazer lâmina direto da amostra o Amostras com aspecto límpido, centrifugar e usar sedimento o Centrifugar a 3500 rpm por 10 minutos as amostras com volume maior ou igual a 3mL, usando o sedimento para o preparo das lâminas Coloração de Gram • Liquor: o Preparar a lâmina na citocentrífuga, usando um volume de amostra entre 100 a 400μl por caçapa o Deve ser centrifugado para uma maior sensibilidade de leitura o Quando apresentado qualquer microrganismo, refazer lâmina o Não depende do aspecto da amostra o Os resultados são quantificados e devem ser tratados como pânico Coloração de Gram • Liquor: MICROSCOPIA IDENTIFICAÇÃO Neonatos e infantes (até 2 meses) Coco Gram + Bacilo Gram – Bacilo Gram + Streptococcus grupo B E. Coli Listeria monocytogenes Crianças (2 meses a 10 anos) Bacilo Gram – Coco Gram + (aos pares, aspecto de vela) Diplococo Gram – H. Influenzae S. Pneumoniae Neisseria meningitidis 10 a 18 anos Diplococo Gram – Neisseria meningitidis 18 a 70 anos Diplococo Gram – Coco Gram + (aos pares, aspecto de vela) S. Pneumoniae Neisseria meningitidis Idoso (> 70 anos) Coco Gram + (aos pares, aspecto de vela) Bacilo Gram + S. Pneumoniae Listeria monocytogenes Coloração de Gram • Hemocultura: oBacilo Gram negativo o Fungos oCocos Gram positivos em cadeia oCocos Gram positivos agrupados (analisar via e tempo de positividade) Coloração de Gram • Escarro: o Facilidade de contaminação com saliva o Lâmina realizada diretamente da amostra o Score determinante para qualidade da amostra Quantificação de todos morfotipos e celularidades encontrados, exceto levedura Avaliação do escarro (Objetiva de 10) Classificação Cel. Epiteliais Leucócitos Grupo 1 > 25 < 10 Grupo 2 > 25 10 a 25 Grupo 3 > 25 > 25 Grupo 4 10 a 25 > 25 Grupo 5 < 10 > 25 Coloração de Gram • Secreção traqueal: o Atenção nos leucócitos x células epiteliais o Lâmina realizada diretamente da amostra o Quantificação de todos morfotipos e celularidades encontrados, exceto levedura o Rejeitar: >25 células epiteliais por campo e ausência de bactérias. Coloração de Gram • Lavado brônquico: o Quantificação de todos morfotipos e celularidades encontrados o Lâmina realizada diretamente da amostra Coloração de Gram Coloração de Gram Coloração de Gram Coloração de Gram Pesquisa de BAAR • Princípios: o Bacilos Álcool-Ácido Resistentes (BAAR): bactérias com parede celular constituída de ácidos micólicos resistentes a descoloração por álcool-ácido o Importante para diagnóstico e acompanhamento de tratamento de tuberculose (bactérias de crescimento lento) o Coloração utilizada para pesquisa de bacilo de Hansen (hanseníase) o Sinonímias: baciloscopia, pesquisa de BK, pesquisa de microbactéria, pesquisa de lepra, pesquisa de Hansen Pesquisa de BAAR • Parede: 60% do peso em componentes lipídicos e 15% proteicos Pesquisa de BAAR Bacilo Álcool-Ácido Resistente Mycobacterium spp. Nocardia spp. Gordonia spp. Rodhococcus spp. Pesquisa de BAAR • Esfregaço direto Pesquisa de BAAR • Coloração de Ziehl-Neelsen o Fixar o esfregaço no calor o Cobrir com Fucsina fenicada o Aquecer até emissão de vapores, sem deixar ferver, por três vezes o Aguardar 5 minutos o Lavar com água corrente o Descorar com solução descorante (álcool-ácido 3%) o Lavar com água corrente o Corar com azul de metileno por 30 segundos. o Lavar com água corrente o Secar em temperatura ambiente Pesquisa de BAAR • Baciloscopia ID EN TI FI C A Ç Ã O Pesquisa de BAAR • Materiais do trato respiratório Ziehl-Neelsen (objetiva 100x) Resultado 0/100 campos Negativo/Não foram observados BAAR em 100 campos observados 1 a 9 BAAR/100 campos observados Relata-se número total de bacilos encontrados 10 a 99 BAAR/100 campos observados Positivo (+) 1 a 10 BAAR/campo, primeiros 50 campos observados Positivo (++) >10 BAAR/campo, primeiros 20 campos observados Positivo (+++) Pesquisa de BAAR • Outros materiais Ziehl-Neelsen (objetiva de 100x) Resultado Ausência de BAAR Negativo/Não foram observados BAAR Presença de BAAR em qualquer quantidade Positivo/Presença de BAAR Pesquisa de BAAR Pesquisa de BAAR Pesquisa de Hansen • Coloração de Ziehl-Neelsen a frio (Kynyoun) Recomendado por preservar as condições morfotintoriais do bacilo. o Fixar o material no calor o Cobrir o esfregaço com a fucsina de Ziehl-Neelsen o Aguardar 20 minutos o Lavar a lamina com água o Descorar com solução de álcool-acido a 1% até que os mesmos tomem uma coloração rosada o Lavar com água corrente o Cobrir com azul de metileno por 2 a 3 minutos o Lavar com água corrente o Deixar secar e realizar leitura Pesquisa de Hansen Pesquisa de Fungos • Exame rápido, simples, baixo custo • Importante no diagnóstico preliminar de infecções fúngicas • Visa encontrar leveduras, filamentos ramificados com ou sem septos Pesquisa de Fungos • Micológico direto: o Colocar amostra clínica na lâmina o Acrescentar uma gota de KOH (atua como clarificador, pois dissolve a queratina e melhora o contraste das estruturas fúngicas) o Colocar lamínula o Aguardar a clarificação do material por 30 min na câmara úmida em temperatura ambiente o Examinar no microscópio no aumento de 10x e 40x o Técnica utilizada em raspados de unhas, lesão de pele, pelos, escarro, líquidos, tecidos, etc. Pesquisa de Fungos • Tinta da China o Técnica utilizada para identificação de Cryptococcus spp. em Liquor o Colocar 1 ou 2 gotas do LCR centrifugado (1500 a 2000xg por 15 min) o Acrescentar 2 gotas de tinta da China, homogeneizar, colocar lamínula e observar em microscópio Cryptococcus spp. halo são cápsulas de polissacarídeos “Céu estrelado” Pesquisa de Fungos Pesquisa de Fungos Pesquisa de Fungos Meios de Transporte • Preservam a viabilidade, mantem a proporção e quantidade dos micro-organismos presentes •Swabs de algodão com algintado de cálcio inibem algumas bactérias fastidiosas • Swabs de rayon ou poliéster (dacron) são mais recomendados. Meios de Transporte • Cary-Blair: conservante de fezes para isolamento de enteropatógenos • Salina tamponada: meio líquido utilizado no transporte de fezes • Amies: ou carvão ativado Conserva micro- organismos fastidiosos e menos exigentes, utilizado em vários materiais biológicos. • Stuart: Sem fonte de nitrogênio. Conserva patógenos como Neisseria spp, Haemophilus spp, Streptococcus spp, etc Meios de cultura • Nutrição ✓Carbono ✓Oxigênio (aeróbios) ✓Nitrogênio ✓Fósforo ✓Enxofre ✓Oligoelementos ✓Fatores de crescimento • Temperatura ✓Termófilos ✓Mesófilos ✓Psicrófilos • pH ✓Procariontes – alcalinos ✓Fungos - ácido O que os micro-organismos precisam para crescer? Meios de cultura • Seletivos • Thayer-Martin: Neisseria gonorrhoeae e Neisseria meningitidis • CNA (Colistin Nalidixic agar): Streptococcus spp. e Enterococcus spp. • TETRA (caldo tetrationato): Salmonella spp. • Karmali ou AS Campy: Campylobacter spp. • TODD (caldo Todd-Hewit): Streptococcus spp. Meios de cultura • Seletivos e Diferenciais • MacConkey: Gram negativos. Diferencia lactose + e – • EMB (eosin methiline blue): Gram negativos. Diferencia lactose + e – • SS: Salmonella spp. e Shigella spp. Detecta produção de H2S • Hektoen enteric: Salmonella spp. e Shigella spp. Diferencia bactérias em lactose e sacarose + e – • Cromogênicos: opções para Candida spp, urina, fezes, vigilâncias epidemiológicas, pesquisa de bactérias resistentes a alguns antibióticos Meios de cultura • Ricos ou não seletivos • Ágar sangue: também é diferencial, pois visualiza hemólise β (total), α (parcial) e γ (sem hemólise) • Chocolate: crescimento de Haemophilus spp, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis e Moraxella spp. • CLED (cystine lactose electrolyte deficiente agar): inibe véu do Proteus spp. Técnicas de Semeadura Semeadura Qualitativa ou Esgotamento Semeadura Quantitativa Técnicas de Semeadura • Ponta de cateter • Semi- quantitativa pelo método de Maki • Rolagem por toda superfície do ágar sangue, com auxílio de uma alça estéril, três vezes em três diferentes direções. • Considerar > ou = 15 UFC/segmen to de cateter Cultura de Biópsia Cultura de Secreção Traqueal • Método Quantitativo com alça calibrada de 1µL Cultura de Lavado Brônquico • Método Quantitativo com alça calibrada de 1µL Cultura de Urina 1º Jato • Semeadura quantitativa Urocultura Urina Jato médio Alça calibrada 1µL ou CPS (cromogênico) CLED/MacConkey Laminocultivo ou Coprocultura Intepretação de crescimento nas culturas aeróbias • Avaliar crescimento dos micro-organismos • Diferenciar entre patógeno, contaminação ou microbiota (considerar sítio analisado) • Correlacionar com clínica do paciente, idade, sexo, etc • Observar características das colônias Urocultura • Infecções do trato urinário (ITU) são causas mais comuns de infeções bacterianas • Acomete mais mulher do que homens devido a anatomia • Correlacionar com exame de urina tipo 1 • Coleta: jato médio, saco coletor, cateter vesical (ruim devido ao biofilme), sonda de alívio, punção suprapúbica (anaero) e primeiro jato (uretrite) Urocultura • Bacteriúria assintomática: presença patógeno em grande quantidade sem sintomatologia • Cistite: aderência a bexiga • Pielonefrite: acomete rins e pélvis • ITU complicada: considerada em pacientes com falhas no tratamento ou comorbidade no sistema urinário que impede o fluxo normal • ITU não complicada: sem anormalidades funcionais do sistema urinário • Piúria assintomática: idosos e diabéticos com incontinência urinária • Piúria sem bacteriúria: ocorre por clamídia ou tuberculose renal Urocultura • Isolados mais frequentes: o Escherichia coli Maior prevalência oKlebsiella spp. oProteus mirabilis oPseudomonas aeruginosa o Staphylococcus aureus o Staphylococcus saprophyticus o Enterococcus spp. Urocultura 1 patógeno Coleta não invasiva Leucocitúria Presente <104 = ID ≥104 = ID+ATB ≥103 = ID+ATB* Ausente ≥105 = ID+ATB <105 = ID (ATB a critério médico) Coleta invasiva ≥102 = ID+ATB *Em mulheres de 14 a 30 anos e homens sintomáticos Fonte: Procedimentos Básicos em Microbiologia, 4ª ed, 2020. Urocultura 2 patógenos Coleta não invasiva Leucocitúria Presente ≥105 = ID+ATB dos 2 <105 = ID* Ausente ≥105 = ID Coleta invasiva (incubar até 48h) ≥103 = ID+ATB <103 = ID *ATB a critério médico Fonte: Procedimentos Básicos em Microbiologia, 4ª ed, 2020. Urocultura 3 patógenos Coleta não invasiva Leucocitúria Presente ou ausente Reportar múltiplos micro-organismos e sugerir nova coleta Coleta invasiva (incubar até 48h) Consultar médico assistente sobre melhor conduta Fonte: Procedimentos Básicos em Microbiologia, 4ª ed, 2020. Urocultura Ausência de crescimento Leucocitúria e/ou bacteriúria Gram da alíquota Bactérias não visualizadas Piúria asséptica: causada por desidratação, inflamação, cálculos, utilização prévia de antibióticos, infeção por clamídia, gonococo ou ureaplasma Presença de bactérias Semear 10µL em AS ou Choco Incubar por 48h em CO2 Presença de BGP ou bacilos Gram variáveis = provável contaminação da amostra com microbiota vaginal e deve ser reportada Fonte: Procedimentos Básicos em Microbiologia, 4ª ed, 2020. Urocultura Houve crescimento de diferentes micro-organismos sugestivo de contaminação. Nova coleta a critério médico Crescimento de diferentes espécies bacterianas Gram- positivas (microbiota urogenital), provável contaminação na coleta. Bacterioscópico: muitos bacilos Gram positivos próprios da microbiota vaginal. Cultura positiva com ≥3 micro- organismos Não houve crescimento de micro- organismos na amostra analisada Cultura negativa Ex: 100.000UFC/mL de Escherichia coli Cultura positiva Coprocultura • Cultura de fezes para identificação de patógenos associados à gastroenterites (causadas por bactérias, vírus ou parasitas) • Isolados de importância: • Salmonella spp. • Shigella spp. • Escherichia coli sorotipos • Campylobacter spp. • Yersinia spp. • Vibrio spp. • Aeromonas spp. • Edwarsiella tarda • Clostridium spp. • Plesiomonas spp. Coprocultura • Mecanismos de patogenicidade Produção de toxina Invasão tecidual Aderência Aeromonas spp. Campylobacter jejuni E. coli enteropatogênica (EPEC) Clostridium botulinum Edwarsiella tarda E. coli enteroaderente (EAEC) Clostridioides difficile E.. coli enteroinvasora (EIEC) E.. coli enterotoxigênica (ETEC) Salmonella spp. E.. coli enterohemorrágica (EHEC/STEC) Shigella spp. Vibrio cholerae Yersinia enterocolitica Vibrio parahaemolyticus Coprocultura • Realizar a coleta nos primeiros dias de sintomas • Enviar em meio para transporte, exceto pesquisa para Clostridioides difficile • Semear em meios seletivos e/ou cromogênicos o Repique em Rugai ou EPM-MILi das colônias suspeitas o Identificação e sorotipagem Coprocultura Coprocultura Coprocultura Organismo Sintomas frequentes Sorotipos polivalente/monovalente EPEC – E. coli enteropatogenica Vômitos, febre, diarreia, fezes com muco A (O111, O119, O55) B (O114, O125, O142, O158) C (O86, O126, O127, O128) EIEC – E. coli enteroinvasora Diarreia com sangue e muco A (O28ac, O29, O136, O144, O152) B (O112ac, O124, O143, O164, O167) EHEC/STEC – E. coli produtora de toxina de Shiga (M) – enterohemorrágica Diarreia aquosa, sanguinolenta, febre, dor abdominal 52 sorotipos envolvidos, o mais pesquisado é O157:H7 EAEC – E. coli enteroaderente ou enteroagregativa Diarreia 11 sorotipos envolvidos Apresenta aderência a células Hep-2 e HeLa ETEC – E. coli enterotoxigênica Diarreia aquosa, náuseas, vômitos e febre 23 sorotipos envolvidos Pesquisa produção de enterotoxinaLT e ST Coprocultura • Rugai sugestivo de Salmonella ou Shigella • Soroaglutinação polivalente • Identificação • Antibiograma • Para Salmonella: o se a soroaglutinação for negativa aquecer a suspensão a 100°C por 10 minutos e repetir o Se for positiva, aglutinar com soro D e d Negativo Salmonella não Typhi Positivo Salmonella Typhi Coprocultura • Campylobacter spp. o Incubar a 42ºC por 48h em microaerofilia (5% de O2, 10% de CO2 e 85% de N2) *90% ou mais das cepas são hipurato positivo. **Cepas resistentes tem sido relatadas. R = resistente; S = sensível; V = variável Espécie Hipurato Sensibilidade a Cefalotina Ácido nalidíxico C. jejuni subsp. jejuni +* R S** C. jejuni subsp. dolyei C V S C. lari - R R C. coli - R S** Coprocultura • Vibrio spp, Plesiomonas spp, Aeromonas spp. *Eventualmente podem crescer colônias azul-esverdeadano meio TCBS Teste de string: preparar solução de desoxicolato de sódio a 0,5% em solução fisiológica, colocar 1 gota da solução sobre uma lâmina e emulsionar a colônia com uma alça. Se ao suspender a alça houver formação de um fio, a prova é positiva **A 25ºC Micro-organismo Aspecto da colônia no TCBS Teste de string Esculina DNase Vibrio cholerae Amarelo + - +** Vibrio parahaemolyticus Azul- esverdeado + - +** Plesiomonas sp -* - - - Aeromonas sp -* - V + Coprocultura • Clostridioides difficile o Causa colite pseudomembranosa o Método padrão-ouro é a cultura toxigênica, porém é demorada (3 a 6 dias) o Testes imunocromatográficos, ELISA ou moleculares para detecção do antígeno GDH (glutamato desidrogenase), toxinas A (enterotoxina) e B (citotoxina) o Alguma cepas produzem a toxina O27/NAP altamente toxigênica Coprocultura • PCR multiplex (detecta, vírus, bactérias e parasitas) Coprocultura Não houve crescimento de enteropatógenos na amostra analisada Obs.: Nessa amostra foram pesquisados Salmonella spp, Shigella spp, Escherichia coli enteropatogênica (citar grupos pesquisados), Eschericia coli enteroinvasiva (citar grupos pesquisados) Cultura negativa Ex.: Houve crescimento de: Salmonella Typhi Obs.: Nessa amostra foram pesquisados Salmonella spp, Shigella spp, Escherichia coli enteropatogênica (citar grupos pesquisados), Eschericia coli enteroinvasiva (citar grupos pesquisados) Cultura positiva Líquidos Cavitários • Líquidos ou fluidos estéreis do corpo humano • Coleta em tubo estéril ou frascos de hemocultura • Deve ser enviado ao laboratório em até 2 horas • Principais agentes: o Streptococcus spp. o Staphylococcus aureus o Enterococcus spp. o Enterobactérias o Pseudomonas aeruginosa o Acinetobacter baumannii o Cutibacterium spp. o Bacteroides spp. Líquidos Cavitários • Presente em condições normais na região abdominal e pélvica. Ascite é o aumento do volume de líquidos nessa região com origem infecciosa ou inflamatória Líquido ascítico/peritoneal • Introdução de solução hidroeletrolítica na cavidade peritoneal para remoção de toxinas e troca de íons em pacientes com insuficiência renal Líquido de diálise peritoneal • Líquido presente entre as membranas que revestem o pulmão. Aumento pode ser causado por pneumonia, câncer, tuberculose (exsudato) ou insuficiência cardíaca, hepática ou renal (transudato). Empiema quando há pus, normalmente causado por pneumonia bacteriana Líquido pleural Líquidos Cavitários • Presente no saco embrionário. Pode ser contaminado por via acesdente (canal vaginal) por ruptura prolongada ou via hematogênica que causa a coriomionite Líquido amniótico • Reveste as articulações. A infecção ocorre por via hematogênica ou por outras lesões no corpo Líquido sinovial • Encontrado entre as membranas de epicárdio e pericárdio. Pericardite compromete a função cardíaca e se de origem bacteriana pode ser fatal Líquido pericárdico • Importante no diagnóstico de infecções fúngicas ou micobactérias Medula óssea Volume > 0,5mL ou < 4mL Centrifugar 3000 a 5000rpm/15min Semear em AS, CHOCO, MC, THIO e ASANA Incubar a 35ºC por até 72h em CO2 (AS, CHOCO), aeróbia (MC e THIO) e anaerobiose (ASANA) Negativo: Não houve crescimento microbiano Positivo: ID=ATB Volume > 4 mL Incubar em frasco de hemocultura Negativo: Não houve crescimento microbiano Positivo: ID+ATB Líquidos Cavitários Cultura de fungos ou micobactérias à pedido médico Liquor • Líquido Cefalorraquidiano produzido no plexo coroide dentro do sistema ventricular • Localizado entre as membranas: dura- máter, pia-máter e aracnoide Liquor • Límpido • Incolor • Estéril • Pobre em células • Baixo teor de proteínas Liquor • Proteção mecânica • Sustentação • Flutuação • Controle de volume intracaniano • “Sink action” • Remoção de metabólitos gerados pelos neurônios e células da glia • Transporte • Metabólitos • Neurotransmissores • Nutrientes Liquor • Coleta o Punção Lombar o Punção Suboccipital o Punção Ventricular o Transfontan ela o Punção dispositivos o DVE o Ommay a Liquor Liquor • Diagnóstico etiológico das meningites • Nunca refrigerar a amostra antes de semear • Crescimento de qualquer colônia deve ser valorizado • Não é recomendado realizar cultura para anaeróbios, exceto: • Abcessos • Traumatismos • Todo resultado positivo no LCR é considerado pânico • Correlacionar o resultado da cultura: • Bacterioscopia • Análise bioquímica • Análise citológica Liquor • Análise Citológica • Contagem global • Contagem específica (diferencial) • Análise Bioquímica • Proteína • Glicose • Lactato: diferenciar meningites • Análise Microbiológica • Bacterioscopia: Gram • Pesquisa de antígenos (látex) • Cultura • Análise Molecular • PCR Enterovírus, herpes • Biofire (Filmarray) Meningite em estágio inicial a pesquisa de antígeno pode ser negativa Liquor • Relação bioquímica/celularidade • Proteína em RN o valor é maior que em adultos • Na meningite viral pode ocorrer presença de PMN na fase aguda Classificação cel/mm³ Proteína (mg/dL) Glicose Célula predominante Lactato (mg/dL) Normal Até 5 15-50 45-100 Nenhuma Até 20 Viral 2-2.000 Pouco elevada ou normal (50-100) Normal Mononuclear Normal Bacteriana 5-20.000 Elevada >100 Baixa <45 PMN Aumentado Tuberculosa 5-2.000 Elevada >50 Normal ou diminuída Mononuclear Aumentado Liquor • Relação bacterioscopia/cultura Faixa Etária Morfologia Identificação Neonatos e infantes (até 2 meses) Coco Gram + em cadeia Bacilo Gram – Bacilo Gram + Streptococcus agalactiae Escherichia coli Listeria monocytogenes Crianças (2m - 10a) Cocobacilo Gram – Coco Gram + aos pares, chama de vela Diplococo Gram - Haemophilus influenzae S. pneumoniae Neisseria meningitidis 10 - 18 anos Diplococo Gram - Neisseria meningitidis 18 - 70 anos Diplococo Gram – Coco Gram + aos pares, chama de vela Neisseria meningitidis S. pneumoniae Idoso (>70 anos) Coco Gram + aos pares, chama de vela Bacilo Gram + S. pneumoniae Listeria monocytogenes Paciente imunodeprimido Tinta da China + Cryptococcus neoformans Liquor Hemocultura • Importante no diagnóstico de septicemia • Bacteremias classificadas em: o Transitória: com duração de minutos ou horas. Ocorre com a manipulação de tecido infectado. Ex: furúnculos, endoscopia, desbridamento de queimadura, procedimentos odontológicos, etc o Intermitente: quando a transitória é recorrente. Relacionado a processos infecciosos de abscessos intra-abdominais, pélvicos, hepáticos, etc o Contínua: característica da endocardite aguda ou subaguda ou outras infecções intravasculares o Escape: paciente em uso de antibiótico apropriado para o micro-organismo recuperado nas culturas anteriores. Pode ocorrer devido a resistência bacteriana ou administração de concentrações menores do fármaco. Hemocultura • Micro-organismos mais frequentes o Staphylococcus aureus o Staphylococcus coagulase-negativa (SCN) o Enterococcus spp. o Streptococcus spp. o Escherichia colio Klebsiella pneumoniae o Enterobacter spp. o Pseudomonas aeruginosa o Acinetobacter spp. Hemocultura • Frascos de hemocultura: manual ou automatizado (contém inibidores de antibiótico) o Aeróbio o Anaeróbio o Pediátrico (baixo volume de amostra) o Micro-organismos especiais Hemocultura • Conjunto de laminocultivo e caldo enriquecido • Laminocultivo: • Face larga: Agar Chocolate suplementado com vitaminas • Face dividida direita: Agar MacConkey • Face dividida esquerda: Agar Sabouraud e Água Purificada. • Indicador de CO2, detecta a presença de gás no interior do frasco, ocasionando a alteração de coloração de creme para rosa intenso a vermelho. Hemocultura Hemocultura • Bactec FX o Sistema automatizado desenvolvido para detectar crescimento de microrganismos em amostras de sangue. o Funciona como incubador e agitador. o Os frascos são monitorados quanto à atividade metabólica microbiana ao longo do tempo Hemocultura • Bact/Alert o Sistema automatizado o Produção de CO2 resulta em alteração de pH o Alteração de pH resulta em mudança de cor detectada pelo sensor colorimétrico, indicando positividade Hemocultura • VersaTREK ThermoFisher Scientific o Sistema automatizado o Detecção de qualquer gás consumido ou produzido por microrganismos ( ex: CO2, N2, O2) o Permite detecção de micobactéria e teste de sensibilidade para Mycobacterium tuberculosis Hemocultura • Redução de trabalho manual • Redução de acidentes com agulhas • Redução de custos com terapia • Aumento na velocidade de detecção • Aumento da sensibilidade Hemocultura Frasco positivo Crescimento: ID+ATB** Ausência de crescimento: reincubar placas ou liberar negativo (avaliação clínica) Semear em AS ou CHOCO Bacterioscopico Positivo: Parcial e comunicação de resultado crítico* Negativo: Semear em AS e incubar em microaerofilia *Realizar Maldi-tof do pelete ou PCR **Se crescimento de SCN analisar número de frascos positivos e ID das bactérias. Se mais de uma via positiva com o mesmo agente = ID+ATB, caso divergentes conversar com médico assistente Hemocultura • Como reportar o resultado Não houve crescimento de micro-organismos Se contaminação (após avaliação médica): Crescimento de micro- organismo sugestivo de contaminação, nova coleta a critério médico. Negativo Parcial: Bacilo Gram negativo em identificação. Resultado preliminar. Positivo após 12 horas de incubação Final: Escherichia coli Positivo após 12 horas de incubação Positivo Trato genital • Doenças assintomáticas ou sintomas leves • Diagnóstico assertivo depende do bom direcionamento na indicação dos exames laboratoriais • Agentes nas DSTs: Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Herpes virus simples, Chlamydia trachomatis, Treponema pallidum, Mycoplasma genitalis, Haemophilus ducreyi, Klebsiella granulomatis e HPV • Desequilíbrio hormonal e do pH vaginal micro-organismos da microbiota podem tornar- se patógenos Trato genital • Métodos de diagnóstico: o Cultura o Gram o Métodos moleculares o Exame a fresco (pesquisa de Trichomonas vaginalis o Microscopia de campo escuro, imunofluorescência • Materiais clínicos: o Secreção vaginal o Secreção endocervical o Secreção uretral o Secreção prostática o Introito anal/vaginal (pesquisa de S. agalactiae) o Lesão genital o Urina 1º jato o Esperma Trato genital • Principais patógenos: o Chlamydia tracomatis o Candida spp (C. albicans 85%) o Neisseria gonorrhoeae o Trichomonas vaginalis o Gardnerella vaginalis o Streptococcus agalactiae (em gestantes) Video trichomonas Trato genital • Score de Nugent: microscopia da secreção vaginal para determinação da vaginose (comum em mulheres com idade fértil) o Grande variedade de microbiota – “Morfotipos similares à flora urogenital normal.” o Espécies de Candida sempre reportadas, “Espécies de Candida são provenientes da flora normal de 30-40% das mulheres. A presença de Candida deve ser correlacionada com a clínica.” o Score > 7: “Gram consistente com vaginose bacteriana” Trato genital • Score de Nugent: o Clue Cells: células típicas de pacientes com VB o Grandes quantidade de BGN pequenos ou CBGN ou gram variáveis o Amsel criteria - Alta correlação Nugent o Mudança visual na secreção o Clue cells o Odor semelhante ao de peixe quando adicionado KOH 10% o pH vaginal acima de 4,5 Trato genital • Score de Nugent • 0 a 3 – Presença de morfotipos bacterianos consistentes com microbiota vaginal normal • 4 a 6 – Presença de morfotipos bacterianos misto consistente com transição da microbiota vaginal normal • 7 a 10 – Presença de morfotipos bacterianos misto consistente com vaginose bacteriana • Reportar se houver presença de Clue cells, leveduras, tricomonas e leucócitos Morfotipo Nenhum 1+ 2+ 3+ 4+ Bacilos Gram positivos (lactobacilos) 4 3 2 1 0 Bacilos pequenos/cocobacilos Gram lábil 0 1 2 3 4 Bacilos Gram Negativos curvos 0 1 2 3 4 Trato genital NormalMista Vaginose Trato genital • Semeadura por esgotamento em AS, CHOC, TM (iniciar pelo meio menos seletivo) • Pesquisa para estreptococos do grupo B (S. agalactiae): realizar semadura em caldo TODD ou caldo Carrot ou meio cromogênico Trato genital • Correlacionar cultura x Gram Não houve crescimento de patógenos que possam estar associados a esta localização Negativa Esgotamento: Streptococcus agalactiae (beta- hemolítico do grupo B) Quantitativo: (urina 1º jato) 3 x 103UFC/mL Escherichia coli Positiva Trato Respiratório • Trato respiratório superior o Seios maxilares o Nasal o Oral • Trato respiratório inferior o Escarro o Secreção traqueal o Lavado bronquico Trato Respiratório Superior • Microscopia o Diagnóstico de candidíase oral (C. albicans) – importante em RN e imunocomprometidos o Diagnóstico de angina de Plaut Vicent – associação do fuso- espiralar (espiroquetas (Borrelia spp.) e bacilos fusiformes (Fusobacterium spp.) Trato Respiratório Superior Teste rápido – detecção de antígenos estreptococo do grupo A (S. pyogenes) Trato Respiratório Superior • Cultura: semear por esgotamento em AS e CHOC, incubar por até 72h a 35ºC em CO2 • Pesquisar crescimento de colônias: o Beta-hemolíticas o Alfa-hemolíticas (suspeita de pneumococo) o Marrons (Haemophilus spp. e Moraxella catarrhalis (colônia “arrasta” na placa) Trato Respiratório Superior • Micro-organismos mais frequentes Doença/Portadores Micro-organismos Faringite, tonsilite Estreptococos beta-hemolíticos dos grupos A (S. pyogenes), C e G Sinusite aguda (aspirado sinusal) Em crianças: Moraxella catarrhalis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae Em adultos: M. catarrhalis, S. pneumoniae, H. influenzae, S. aureus, S. pyogenes e anaeróbios Sinusite crônica (aspirado sinusal) Bacilos Gram negativos (especialmente P. aeruginosa), anaeróbios (menos comuns) e fungos (pacientes diabéticos e imunodeprimodos) Faringite gonocócica Neisseria gonorrhoeae Pesquisa de portadores S. aureus (incluindo MRSA) Candidíase oral Candida spp. Trato Respiratório Superior H. influenzae, S. aureus, N. meningitidis e S. pneumoniae não são patógenos de faringite aguda e não devem ser identificados ou reportados no laudo. Houve crescimento de micro-organismos da microbiota habitual. Cultura para estreptococo beta-hemolítico dos grupos A, C e G - NEGATIVA Não houve crescimento de patógenos que possam estar associados a esta localização Negativa Ex: Houve crescimento de Streptococcus pyogenes Positiva Trato Respiratório Inferior • Diagnóstico de pneumonia adquirida em comunidade ou ambientes hospitalares (associada a ventilação mecânica) • Possíveis patógenos: o S. pneumoniae o H. influenzae o S. aureus o M. catarrhalis o K. pneumoniae o Legionella spp. o Mycoplasma pneumoniae o Chlamydia pneumoniae o P. aeruginosa o E. coli o Enterobacter spp. o A. baumannii o S. maltophiliao Mycobacterium spp. o Pneumocystis jiroveci (P. carinii) o Vírus Sincicial Respiratório (VSR) o B. cepacia (muito importante em paciente com fibrose cística) Trato Respiratório Inferior • Enviar em temperatura ambiente (20 a 27º C) logo após a coleta e processada em máximo 2 horas. Se não possível, refrigerar (2 a 8ºC) • Critérios de análise da qualidade da amostra (coloração de Gram) Aceitável Inaceitável ˂ 10 células epiteliais/campo ≥10 células epiteliais/campo ≥ 25 leucócitos/campo ˂ 25 leucócitos/campo Trato Respiratório Inferior • Escarro: o Semeadura por esgotamento em AS, CHOC e MC o Pacientes com fibrose cística: semear nos meios indicados, além dos específicos como CHOC para Haemophilus, CNA e BCSA (seletivo para Burkolderia cepacia) Trato Respiratório Inferior • Escarro • Staphylococcus coagulase negativa • α hemolíticos não pneumococo • γ hemolíticos não Enterococcus • Leveduras • BGP • Neisseria sp. • Staphylococcus aureus • Streptococcus pneumoniae • β hemolíticos Grupo A, C e G • Enterococcus sp. • Moraxella catarrhalis • BGN (fermentadores ou não) • Haemophilus sp. Não ValorizarValorizar Valorizar Trato Respiratório Inferior • Secreção Traqueal: Semeadura quantitativa em CHOCO Diluir em 1:1 a amostra com mucolítico, homogeneizar e aguardar 15min Semear quantitativo com alça de 1µL em AS e MC Incubar AS e CHOCO em CO2 a 35ºC, MC em estufa aeróbia a 35ºC Avaliar crescimento de patógenos, realizar a quantificação (a partir de ≥ 10⁵ UFC/mL), ID+ATB Trato Respiratório Inferior • Secreção traqueal Trato Respiratório Inferior • Secreção traqueal Não ValorizarValorizar • Staphylococcus coagulase negativa • α hemolíticos não pneumococo • γ hemolíticos não Enterococcus • BGP • Neisseria sp. • Staphylococcus aureus • Streptococcus pneumoniae • β hemolíticos Grupo A, C e G • Enterococcus sp. • Moraxella catarrhalis • BGN (fermentadores ou não) • Haemophilus sp. Trato Respiratório Inferior • Lavado Brônquico: o Semeadura quantitativa com alça de 1µL em AS, CHOCO e MC o Incubar AS e CHOCO em CO2 a 35ºC e MC em estufa aeróbia a 35ºC Trato Respiratório Inferior • Lavado Brônquico NÚMERO DE COLÔNIAS QUANTIFICAÇÃO CORRESPONDENTE (LIBERADO NO LAUDO) O QUE PROCEDER 1 - 9 103 UFC/ml ID+ATB 10 - 99 10 4 UFC/ml ID+ATB >= 100 >=10 5 UFC/ml ID+ATB Trato Respiratório • Lavado Brônquico Não ValorizarValorizar • Staphylococcus coagulase negativa • α hemolíticos não pneumococo • γ hemolíticos não Enterococcus • BGP • Neisseria sp. • Staphylococcus aureus • Streptococcus pneumoniae • β hemolíticos Grupo A, C e G • Levedura • Enterococcus sp. • Moraxella catarrhalis • BGN (fermentadores ou não) • Cocobacilos gram negativo (Haemophilus sp.) Trato Respiratório • Métodos moleculares o Biofire (Filmarray) – Pneumonia Panel ✓Pesquisa 18 bactérias ✓Principais genes de resistência ✓7 vírus Cultura para Anaeróbios • Bactérias capazes de sobreviver e multiplicar-se na ausência de oxigênio o Bacilos Gram negativos: o Bacteroides spp. o Prevotella spp. o Porphyromonas spp. o Fusobacterium spp. o Cocos Gram negativos: o Veillonella spp. o Bacilo Gram positivos: o Clostridium spp. o Actinomyces spp. o Bifidobacterium spp. o Cocos Gram positivos: o Peptostreptococcus spp. Cultura para Anaeróbios • Semeadura: o Inocular material em frascos de hemocultura (líquidos com bastante volume) o Inocular em tioglicolato anaeróbio (uma gota ou uma alçada até o fundo do tubo) o Semear diretamente em ágar anaeróbio (O2 reduzido*) o Materiais sem conservantes devem ser inoculados imediatamente *Manter as placas de ASANA em anaerobiose até o momento do seu uso Cultura para Anaeróbios Cultura para Anaeróbios • 48 horas: Ausência de crescimento Gram + Incubar mais 72 horas Ausência de crescimento Ausência de crescimento Gram - Incubar mais 72 horas Cultura para Anaeróbios • 48 horas: Crescimento + Gram + Incubar mais 72 horas Observar crescimento de novas colônias Prova de aerotolerânci a Cultura para Anaeróbios Primeira triagem com 48 horas. Incubação até 5 dias Frasco anaeróbio positivo Cultura para Anaeróbios • Colônias suspeitas: • MALDI-TOF • Gram • Prova para anaerobiose • Prova Negativa: • Crescimento nas duas placas ANAERÓBIO FACULTATIVO • Prova Positiva: • Crescimento em Ágar Anaeróbio e ausência em Ágar Chocolate • Identificação Ágar Anaeróbio Ágar Chocolate Cultura para Anaeróbios Bacilos Gram Positivos Esporos (Gram) Sim Suspeita de Clostridium spp. Não Cutibacterium acnes Bifidobacterium spp. Lactobacillus spp. Eggerthella spp. Actnomyces spp. Cultura para Anaeróbios • Identificação presuntiva de Gram negativos anaeróbios R = resistente, halo <10mm; S = sensível, halo >10mm. *Crescimento em ágar BBE: colônias em centro negro devido à produção de H2S **a maioria das cepas negativas, porém algumas positivas ND = não determinado Morfologia no Gram Crescimento em ágar BBE* Vancomicina (5µg) Canamicina (1000µg) Colistina (10µg) Pigmento (no ASANA) Nitrato Catalase Indol Micro-organismos Bacilo ou cocobacilo + R R R - - V V Bacteroides sp. e Parabacteroides sp. -** S R R + - - + Porphyromonas spp. R R V + - - V Prevotella spp. R S S ND - - V Fusobacterium spp. R S S ND + + - Bilophilia wadsworthia Cocos R S S - + V - Veionella spp. Técnicas de identificação bacteriana manual e automatizada • Crescimento ou inibição nos meios de cultura • Características das colônias (cor, aspecto, tamanho) • Odor característico NÃO CHEIREM PLACA!!! Identificação Bacteriana Manual • Cocos Gram positivos Catalase positiva Catalase negativa Sthapylococcus Streptococcus Coagulase + Coagulase - Alfa hemolítico Beta hemolítico Gama hemolítico S. aureus S. epidermidis S. saprophyticus S. haemolyticus S. pneumoniae S. viridians S. pyogenes S. agalactie Enterococcus Não Enterococcus Identificação Bacteriana Manual • Provas de identificação dos principais Staphylococcus spp. Espécie Coagulase tubo Coagulase lâmina Staphytest Hemólise no AS PYR Resistência à novobiocina DNase S. aureus + + + + ND - + S. epidermidis - - - V - - - S. lugdunensis - + + + + - - S. haemolyticus - - - V + - - S. pseudointermedius + - + + + - + S. schleiferi - + + + lenta + - + S. saprophyticus - - - - - + - Identificação Bacteriana Manual • Identificação de estreptococos alfa-hemolíticos o Optoquina < 14mm (R) ➢Streptococcus do Grupo Viridans o Optoquina > 14mm (S) ➢S. pneumoniae Identificação Bacteriana Manual • Provas para identificação de estreptococos beta- hemolíticos Espécie Grupo de aglutinação (Lancefield) Sensibilidade à bacitracina PYR CAMP Trealose Hidrólise do hipurato S. pyogenes A + + - + - S. agalactiae B - - + V + S. dysagalactiae A, C, G, L - - - + - S. equi C - - - - - S. canis G - - + V - S. anginosus A, C, G, F - - + + - Identificação Bacteriana Manual • Provas para identificação de enterococos Espécies Motilidade Pigmento Arginina Arabinose Manitol Rafinose Sorbitol Crescimento a 45ºC Vancomicina E. avium - - - + + - + + S E. raffinosus - - - + + + + + V E. faecium - - + + + V V + V E. gallinarum + - + + + + - + R E. casseliflavus + + + + + + V + R E. mundtii - + + + + + V + S E. faecalis - - + - + - + + V E. durans - - + - - - - - S E. hirae - - + - - + - - S E. dispar - - + - - + - - S Identificação Bacteriana Manual • Identificação de Haemophilus spp. oCrescimento fatores X e V Espécie Crescimento dos fatores Catalase Xilose Sacarose Urease H. influenzae X e V + + - V H. aegyptius X e V + lenta - - + H. haemolyticus X e V + V - + H. parainfluenzae V V - + V H. parahaemolyticus V V - + + H. paraphrohaemolyticus V + - + + H. ducreyi X - - - - Identificação Bacteriana Manual • Identificação de Neisseria spp. o Maltose positiva ➢Neisseriameningitidis o Maltose negativa ➢Neisseria gonorrhoeae Identificação Bacteriana Manual • Identificação de Bacilos Gram Positivos Micro-organismo Catalase Motilidade Hidrólise de esculina Ácido de glicose H2S Ureia Nitrato Corynebacterium diphtheriae + - - + - - + Listeria monocytogenes + + + + - - - Erysipelotrix rhusiopathiae - - - + + - - Lactobacillus spp. - - v + - - V Gardnerella vaginalis - - - + - - - Arcanobacterium haemolyticum - - - + - - - Rhodococcus spp. + - - - - + V Identificação Bacteriana Manual • Identificação inicial de Bacilos Gram Negativos Fermentador da glicose Oxidase - Enterobactérias Oxidase + Aeromonas Plesiomonas Vibrio Não fermentador Oxidase - Acinetobacter Burkholderia cepacia Stenotrophomonas Oxidase + Pseudomonas Burkholderia spp. Campylobacter spp. Identificação Bacteriana Manual • Identificação de Não Fermentadores o Oxidase o Motilidade* o O/F Glicose / Controle o Crescimento em Mac Conkey* o Gelatina o DNAse o Uréia o Lisina o Arginina • Crescimento em MC: ➢Colônias esverdeadas, oxidase + - P. aerugionosa ➢Sem cor verde, oxidase +, Dnase + - Stenotrophomonas maltophilia ➢Lactose +, mucóide, oxidase -, cresce a 44ºC – Acinetobacter baumannii ➢Aspecto rugoso, oxidase +, amido + - Pseudomonas stutzeri Identificação Bacteriana Manual • Identificação de Fermentadores Identificação Bacteriana Semiautomatizada • Sistemas de provas bioquímicas em miniatura • Leitura visual com comparação a padrões preestabelecidos • Consulta de resultado em tabela ou software de análise Identificação Bacteriana Automatizada • MicroScan o Realiza identificação bacteriana e testes de sensibilidade a antimicrobianos. o Apresenta duas modalidades: Colorimétrica e Fluorimétrica Identificação Bacteriana Automatizada • BD Phoenix o Automação para identificação rápida de bactérias e teste de sensibilidade a antimicrobianos. o Utiliza um indicador de redox colorimétrico otimizado para AST e diversos indicadores colorimétricos e fluorométricos para ID. Identificação Bacteriana Automatizada • Vitek Biomerieux o Equipamento automatizado para identificação de bactérias e fungos e teste de sensibilidade o Baseada na tecnologia da colorimetria e turbidez(mudança de cor das reações bioquímicas) Identificação Bacteriana Automatizada • MALDI-TOF o Sistema de identificação microbiana de espectrometria de massa o Utiliza tecnologia de Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight (MALDI-TOF) VITEK M Biomérieux Microflex Bruker Identificação Bacteriana Automatizada 1. Selecionar colônias mais isoladas para preenchimento do spot 2. Adicionar 1µL de Matrix ao spot 3. Inserir a placa no equipamento Identificação Bacteriana Automatizada • A matriz fornece prótons (H+) para o processo de ionização dos componentes da amostra • A matriz absorve a energia emitida pelo laser e ocorre a transferência de prótons para os componentes da amostra • Neste momento desencadeia-se o processo de desorssão, o que possibilita a passagem da amostra do estado sólido para gasoso Identificação Bacteriana Automatizada • A amostra ionizada e dessorvida é direcionada para o analisador • Essas moléculas são aceleradas por um campo elétrico dentro de um tubo a vácuo até que atinjam o detector • Neste tubo as moléculas são separadas de acordo com sua massa/carga, chegando ao detector em tempos diferentes • Gráficos são gerados, fornecendo vários picos • Para cada espécie obtém-se um gráfico específico que é interpretado por um software e liberado o resultado • CLSI (Clinical and laboratory Standards Institute – USA) • EUCAST (European Commitee on Animicrobial Susceptibility Testing) • Atualiza periodicamente as recomendações detalhadas de como realizar, a metodologia e a interpretação dos testes • 2013 - BrCAST (Brazilian on Animicrobial Susceptibility Testing) • Acordo de cooperação técnica (SBAC, SBI, SBM e SBPC-ML) • Portaria nº64, 11 de dezembro de 2018 - Fica determinado aos laboratórios da rede pública e rede privada, de todas as Unidades Federadas, a utilização das normas de interpretação para os testes de sensibilidade aos antimicrobianos (TSA), tendo como base os documentos da versão brasileira do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST/BrCAST) Testes de Sensibilidade Manual, Automatizado e Detecção Fenotípica de Resistências Testes de Sensibilidade Manual, Automatizado e Detecção Fenotípica de Resistências • Sensível, dose padrão (S): Alta probabilidade de sucesso terapêutico utilizando o regime de dosagem padrão do agente • Resistente (R): alta probabilidade de falha terapêutica mesmo quando há aumento da exposição • Sensível, aumentando a exposição (I): alta probabilidade de sucesso terapêutico porque a exposição foi aumentada ajustando-se o regime de dosagem ou sua concentração no local de infecção. Testes de Sensibilidade Manual, Automatizado e Detecção Fenotípica de Resistências AIT (Área de Incerteza Técnica) • Para algumas combinações microrganismo-antimicrobiano, os resultados podem estar em uma área na qual a interpretação é incerta. O EUCAST designou este intervalo de Área de Incerteza Técnica (AIT). • Esta área corresponde a um valor de CIM e/ou intervalo de halo de inibição onde a categorização é incerta. • O termo AIT no teste de sensibilidade é um alerta necessário para advertir o laboratório sobre a incerteza do resultado do TSA Classes de Antimicrobianos Testes de Sensibilidade Manual • Disco-Difusão (Kirby e Bauer) o Resultado qualitativo o Para microrganismos de crescimento rápido o Discos impregnados com concentração padronizada do antimicrobiano o Colocados em cima do ágar Mueller- Hinton, previamente semeado com uma suspensão padronizada do micro-organismo a ser testado Testes de Sensibilidade Manual • Preparar inóculo - suspensão de colônia bacteriana a 0,5 da escala de McFarland (1,5 X 108 UFC/mL)* • Semear em MH ou MH-F em 3 direções diferentes • Colocar no máximo 12 discos em placas de 150 mm e até 5 discos em placas de 90mm. A distancia entre um disco e outro deve ser no mínimo de 24mm • Incubar de 16 a 24 horas a 35ºC *Bactérias de difícil suspensão, realizar o método de cultura em caldo Testes de Sensibilidade Manual • O halo de inibição é medido em milimetros e interpretado em sensível, sensível aumentando a exposição, resistente ou AIT • Fazer a leitura na parte posterior (fundo) das placas de MH, contra fundo escuro, sob luz refletida. Testes de Sensibilidade Manual • Método epsilométrico/fita gradiente o Quantitativo o Um lado da fita está impressa uma escala do MIC* em µl/ml, e do outro lado existe um gradiente exponencial do antimicrobiano seco e estabilizado *MIC = Concentração Inibitório Mínima Testes de Sensibilidade Manual • Diluição em caldo o Quantitativo o Macrodiluição (em tubos) o Microdiluição (placa com 96 poços) o Concentrações seriadas do antibiótico. Ex: 0,25 – 0,50 – 1 – 2 – 4 – 8 – 16... Testes de Sensibilidade Manual • Placa com MH, concentrações do antibiótico e suspensão bacteriana (0,5 McFarland) • Incubadas em estufa de 16 a 20 horas a 35ºC • A leitura é feita pela observação da turbidez do caldo Testes de Sensibilidade Automatizado • Utilizam cartões, placas ou painéis contendo diferente concentrações pré-estabelecidas de diversos antimicrobianos • Equip • amento realiza leitura pela turbidez dos poços Detecção Fenotípica de Resistências • Detecção de Resistência à Oxacilina/Meticilina em Staphylococcus spp. o Proteína de ligação à penicilina (PBP2a ou PBP2c) – resistência a OXA (MRSA/ORSA) o Triagem com disco de Cefoxitina: ≤21mm (R) ≥22 (S) o Cromogênico de MRSA • Detecção de Resistência à Vancomicina em Staphylococcus spp. o VRSA: MIC > 8µg/mL – mediados por VanA o VISA/hVISA: espessamento da parede celular MIC 4- 8µg/mL (VISA), MIC >2µg/mL(hVISA) Detecção Fenotípica de Resistências • Detecção de Resistência a Macrolídeos, Lincosamidas e Estreptograminas (MLS) – D teste ➢ Staphylococcus spp., Streptococcus beta-hemolíticos e Streptococcus pneumoniae o Metilação ribossomal codificada pelo gene erm: resistência induzível a clindamicina o Efluxo codificada pelo gene msr(A) em Staphylococcus spp ou gene mef em Streptococcus spp. Detecção Fenotípica de Resistências • Detecção de Resistência à Penicilina em S. pneumoniae e Streptococcus spp. ➢S. pneumoniae o PBPs (PBP2x) são codificadas pelos genes “mosaicos” – baixa afinidade pela penicilina o Halo ≥20mm (S) – Todos betalactâmicos são sensíveis o Halo ≤19mm (R) – Fazer MIC penicilina, meropenem e ceftriaxona ➢Streptococcus spp. o Pode ser usado disco de penicilina ou ampicilina • Detecção de Resistência à Vancomicina em Enterococcus spp. (VRE) ➢Disco ou meio cromogênico VRE (ler com 24h de incubação) o VanA: resistência a vancomicina e a teicoplanina (E. faecalis e E. faecium) o VanB: resistência a vancomicina e sensível a teicoplanina (E. faecalis e E. faecium) o VanC: intermediário a vancomicina e sensível a teicoplanina (E. gallinarum e E. casseliflavus) o VanD: moderada resistência a vancomicina e sensível ou baixa resistência a teicoplanina (E. faecium) o VanE: intermediário a vancomicina e sensível a teicoplanina o VanG: resistência a vancomicina e sensível a teicoplanina (similar ao VanD) Detecção Fenotípica de Resistências • Teste de triagem de resistência de alto nível aos aminoglicosídeos em Enterococcus spp. o Testar discos de gentamiacina 30µg e estreptomicina 300µg • Detecção de betalactamases ➢Hidrólise do anel betalactâmico (Haemophilus influenza, Moraxella catharralis, Neisseria gonorrhoae, Staphylococcus spp, Enterococcus spp e anaeróbios o Método iodométrico, acidimétrico e cromogênico (nitrocefim/cefinase) Detecção Fenotípica de ResistênciasC • Betalactamase espectro ampliado (ESBL) ➢Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca e Proteus mirabilis o Resistência as cefalosporinas (cefepime, ceftazidima, ceftriaxona, aztreonam e cefopodoxima) o Métodos: disco combinado, Etest ESBL (Biomerieux®), disco aproximação, sistema automatizado o AmpC: cromossômica e plasmidial o CTX Detecção Fenotípica de Resistências • Detecção de resistência aos carbapenêmicos em Bacilos Gram negativos o Hiperprodução de betalactamases associada a diminuição da permeabilidade da membrana externa (porinas e bomba de efluxo) o Serina-carbapenemases – classes A e D, enzimas IMI/NMC, SME (cromossômicas) e KPC, GES-, OXA (plasmidial) o Metalobetalactamases – Classe B, enzimas NDM, VIM e IMP o Métodos: discos combinados de AFB (ácido fenilborônico), CLOXA e EDTA; Carba NP; BLUE-CARBA Detecção Fenotípica de Resistências Detecção Fenotípica de Resistências Detecção Fenotípica de Resistências • Detecção de resistência as fluoroquinolonas em Salmonella spp. o Reportar o resultado de ciprofloxacina através do teste de disco-difusão de pefloxacino 5µg • Resistência aos aminoglicosídeos (Gentamicina, Netilmicina, Tobramicina e Amicacina) o Produção de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos o Alteração de sítios de ligação nos ribossomos o Redução da permeabilidade da membrana ▪ Acetiltransferase (AAC), fosfotransferase (APH) ou nucleotidiltransferase (ANT) Detecção Fenotípica de Resistências • Detecção de resistência às polimixinas o Colistina e Polimixina B o Tranferência de resitência por plasmídeos o Mutações cromossômicas Detecção Fenotípica de Resistências • Métodos moleculares: GeneXpert Detecção Fenotípica de Resistências • Métodos moleculares: BD Max o Sistema aberto do BD MAX o Detecção de genes de resistência para carbapenemases e MCR-1 o Genes carbapenemase→ blaKPC, blaNDM, blaOXA48 o Gene MCR-1 que confere resistência a polimixina o Amplificação por PCR em tempo real Detecção Fenotípica de Resistências • Métodos moleculares: Biofire o Sistema Filmarray multiplex Extração e purificação de ácidos nucleicos de uma amostra bruta através de lise mecânica (disrupção por esferas) e tecnologia de pérolas magnéticas PCR Multiplex da primeira fase (incluindo transcrição inversa de RNAs alvo) PCR Singleplex da segunda fase e análise de fusão Cultura para Fungos • Eucarióticos, um ou mais núcleos; não possuem clorofila, pigmento fotossintético, não armazenam amido • Possuem núcleo envolvido por membrana nuclear • Parede celular: glucanas, mananas, glicoproteínas e quitina • Ergosterol (não colesterol) • Fungos estão classificados em três grupos principais: o Leveduras o Bolores o Dimórficos Cultura para Fungos • Amostras: • Líquidos, secreções, materiais sólidos, raspados, medula óssea entre outros. • Meios: • Sabouraud, Mycosel, Myco-F, Chromagar Candida, Ágar batata dextrose, Ágar fubá • Incubação sabouraud e mycosel (25°C e 35°C) • Acompanhamento durante 21 dias, observando todos os dias Meio MycoselMeio Sabouraud Cultura para Fungos • Leveduras: o Unicelulares, arredondados e geralmente se reproduzem por brotamento ou cissiparidade o Apresentam características micromorfológicas semelhantes o Colônias úmidas, cremosas e opacas o Apresentam pseudo- hifas o Temperatura: 35º – 39ºC Cultura para Fungos Micélio reprodutivo Micélio vegetativo Pseudohifas Blastoconídios . C. albicans Cultura para Fungos • Identificação de leveduras o Exame direto da colônia com solução fisiológica ou azul de algodão, reisolar em Chromagar Candida e incubar 18h- 24h para identificação • Crescimento: o Verde: C. albicans o Azul: C. tropicalis o Rosa colônia seca: C. krusei Cultura para Fungos • Tubo germinativo: o Projeção que emerge da levedura quando em contato com soro humano, bovino, cavalo ou albumina de ovo. o Diferenciar Candida albicans e Candida dubliniensis de outras espécies Cultura para Fungos • Testes da ureia: o Ágar a base de ureia – Indica a capacidade do fungo de hidrolisar a ureia o Utilizado na identificação de leveduras como: Cryptococcus spp., Trichosporon spp., Rhodotorulla spp. e Malassezia pachydermatis o Observar mudança de cor: o Amarela – Negativo (C. albicans) o Cor-de-rosa forte – Positivo (Cryptococcus spp., Trichosporon spp., Rhodotorulla spp.) Cultura para Fungos • Sistemas comerciais manuais – API 20C Cultura para Fungos • Bolores: o Bolores: longas estruturas tubulares (hifas), cujo agrupamento forma (micélio) o Colônias: pulverulentas, aveludadas, cotonosas ou lanosas o Coloração variada – Amarela, castanha, cor de vinho, marrom, branca, verde, laranja, etc. o As hifas crescem no interior do meio de cultura formando o micélio vegetativo, e na superfície o micélio aéreo (corpo de frutificação) o A identificação é feita com base nas características macromorfológicas e micromorfológicas o Reprodução sexuada ou assexuada com formação de esporos e conídios, respectivamente Cultura para Fungos Lanosa Pulvulenta Cotonosa Cultura para Fungos • Microcultivo em lâmina • Para fungos de baixa virulência • Realizar a observação do crescimento do fungo (difusão do fungo pela lamínula) • Colocar sobre uma lâmina com 2 gotas de azul de algodão Cultura para Fungos • Técnica de esgarçamento • Adicionar uma gota de azul de algodão em uma lâmina e colocar uma pequena porção do fungo a ser identificado sobre a lâmina • Com auxílio de agulhas, proceder o esgarçamento do material até que o micélio esteja bem separado • Cobrir com lamínula e observar em microscópio óptico a presença de hifas, conídios, esporos e estruturas de frutificação Cultura para Fungos • Técnica do duréx o Adicionar uma gota de azul de algodão em uma lâmina o Cortar um pedaço de durex e pressionar a parte adesiva sobre a colônia fúngica a ser identificada o Depositar o durex com a parte adesiva para cima sobrea lâmina, pingar mais uma gota de azul de algodão e cobrir com lamínula Cultura para Fungos SeptoSepto Hifas septadas hialinas Hifas septadas demácias Hifas cenocíticas ou não septadas Cultura para Fungos Fíalide Conidióforo Fiálide Vesícula Conídio Penicillium sp Aspergillus sp Cultura para Fungos Hifas cenocíticas hialinas Esporângio (assexuado) (sem ou com raros septos) esporangiosporos esporângio columela esporangióforo Cultura para Fungos • Classificação clínica o Superficiais : Pele, pêlo, unha (dermatofitose, pitiríase versicolor, piedra branca e piedra negra) o Subcutâneas: Simultaneamente na pele e camada subcutânea (esporotricose, micetoma, cromoblastomicose, etc.) o Sistêmicas: acometem tecidos e órgãos internos (blastomicose, histoplasmose, paracoccidioidomicose, etc) o Oportunísticas: Localização variada (criptococose, candidíase invasiva, aspergilose etc) Cultura para Fungos • Doenças causadas por fungos: o Aspergiloses – Aspergillus sp (A. fumigatus mais comum) o Dermatofitoses – Microsporum sp, Trichophyton sp e Epidermophyton sp o Máculas hipocrômicas – Malassezia furfur o Piedra branca – Trichosporon sp o Piedra preta – Piedrai hortae Cultura para Fungos • Doenças causadas por fungos o Micoses sistêmicas – Cryptococcus sp o Micoses oportunistas – Zigomicetos, Candida spp, Aspergillus spp/Penicillium spp. o Fusariose – Fusarium spp. o Entomoftoromi cose - Conidiobolus coronatus Cultura para Micobactérias • Características: o Bacilos aeróbio o Imóveis o Não esporulados o Dimensões :0,2 a 0,5 por 1 a 10 µm o Parede celular complexa o Exigente nutricionalmente o Crescimento lento o Parasita intracelular facultativo (macrófagos) Cultura para Micobactérias • Amostras clínicas: o Escarro espectorado ou induzido; o Lavado broncoalveolar, escovado brônquico e aspirado endotraqueal; o Urina o Líquor o Aspirado/lavado gástrico o Tecidos, biópsias ou líquidos orgânicos o Sangue o Medula óssea o Fezes o Secreções e aspirados de gânglios Cultura para Micobactérias • Cultura: o Lowenstein-Jensen e Ogawa- Kudoh o MGIT o Myco/F o GeneXpert • Incubação: o Culturas clássicas são incubadas em estufa à 35º C (+/- 2), por 60 dias; o Outras micobactérias com M. marinum, M. ulcerans e M. haemophilus crescem melhor em temperaturas que variam de 25º C a 30º C estas são pesquisadas em materiais como: partes moles, osso e pele. Estes materiais devem ser inoculados em, além do LJ, ágar chocolate tubo inclinado, e incubados na estufa de 30°C por 60 dias. o Culturas automatizadas são incubadas nos aparelhos, por 42 dias. Gênero Mycobacterium Grupo Não- Runyon Micobactérias Não - tuberculosas Complexo Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium lepare Grupo Runyon I Grupo Runyon II Grupo Runyon III Grupo Runyon IV M.kansasii e M.marinum M.scrofulaceum, M. gordonae e M. szulgai Complexo Mycobacteriu m avium, M. haemophilum, M.ulcerans, e M. terrae M.abscessus e M. fortuitum M.tuberculosis M. africanum M. bovis M. microti M. caprae M. bovis- BCG M. canetii M. pinnipedii Lento Rápido Cultura para Micobactérias Cultura para Micobactérias Morfologia das colônias: • lisa, rugosa ou levemente rugosa Pigmento • Grupo I: Fotocromógena – Exemplo: M. kansasii, M. marinum e M. simiae. • Grupo II: Escotocromógena - Exemplo: M. gordonae. • Grupo III: Acromógena – Exemplo: CMTB e M. avium Colônia escotocromógena em LJ Colônia acromógena em LJ Colônia fotocromógena em Middlebrook 7H11 Cultura para Micobactérias • Testes bioquímicos • Espectometria de massa (MALDI-TOF) • Testes moleculares (Xpert MTB/RIF) • Teste imunocromatocráfico (Kit Alere TB AG MPT64) Referências • Oplustil CP, Zoccoli CM, Tobouti NR, Scheffer MC. Procedimentos básicos em microbiologia clínica. 4ª ed. São Paulo: Sarvier Editora; 2020. • Microbiologia_clinica_ANVISA_Meios_de_cultura.pdf (ccihadm.med.br) • Microsoft Word - Introducao2ManualMicrobiologia _2_.doc (saude.gov.br) • Brazilian Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing - BrCAST Tabelas de pontos de corte para interpretação de CIMs e diâmetros de halos (2021). http://ccihadm.med.br/legislacao/Microbiologia_clinica_ANVISA_Meios_de_cultura.pdf https://bvsms.saude.gov.br/bvs/publicacoes/manual_microbiologia_completo.pdf OBRIGADA!!!
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