BLAST P-Introdução Alinhamento Local - Blast P 2018

Prévia do material em texto

Alinhamento Local – BLAST P 
Prof. Dr. Rodrigo Matheus Pereira
rodrigopereira@ufgd.edu.br
Faculdade de Ciências Biológicas e Ambentais
FCBA-UFGD
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Funcionamento do Blast
Há 5 opções de utilização do BLAST:
Variam de acordo com o objetivo da comparação e origem da sequencia;
Blastp, blastn, 
Blastx: nt traduzido contra banco de aa 
tBlastn: aa contra banco de nt traduzido
tBlastx: traduz nt contra banco nt traduzido
Funcionamento do Blast
Diferentes comparações do Blast
Funcionamento do Blast
Funcionamento do Blast
Funcionamento do Blast
Funcionamento do Blast 
Opções de bancos de dados para Blast-P
7
Funcionamento do Blast 
Opções do BLAST P
8
BlastP comparar a proteína de entrada com um banco de dados de proteínas.
QuickBLASTP é uma versão acelerada do BLASTP que é muito mais rápida e trabalha melhor se a percentagem de identidade do alvo é maior do que 50% ou mais.
Funcionamento do Blast 
9
PSI-BLAST permite ao usuário escolher a construção de um PSSM (matriz de pontuação posição específica) usando os resultados de uma primeira corrida BlastP.)
Esta variante realiza uma busca interativa, onde as seqüências resultantes de uma interação são utilizadas para construção de um modelo de score específico por posição (profile).
Estudos comparativos têm mostrado que o PSI-BLAST é mais sensível para detectar relações distantes que o BLAST tradicional (Altschul et al., 1997).
Funcionamento do Blast 
Funcionamento do Blast 
PHI-BLAST realiza a busca por similaridade entre proteínas, mas limita o resultado a alinhamentos que apresentem, o mesmo padrão da query. 
DELTA-BLAST constroi uma PSSM usando os resultados do banco de dados de domínios conservados.
Blast P Resultado
Alinhamento
Blast - Conceitos importantes
Termos importantes:
CDS – coding sequence (códon, éxon);
Filtering – retirada de baixa “complexidade”;
Matriz de substituição;
Blast - Conceitos importantes
Tamanho da sequência afeta e-value
Sequencias pequenas e-values ruims
Score
Pontuação obtida de acordo com a matriz usada e a similaridade entre as sequências;
Identidade
Pareamentos corretos (match)
Blast - Conceitos importantes
GAP
Espaço introduzido no alinhamento (inserção/deleção)
Simlaridade = identidade
Identificadores
gi código único usado para seqs de nt ou aa
Apostilas no site de bioinfo
Capítulo 4 - XIONG, Jin. Essential bioinformatics. Cambridge: Cambridge University Press, 2006. 339p. 
Capítulo 3 - AGOSTINO, Michael. Practical bioinformatics. New York: Garland Science, ©2013. 367p. 
Capítulo 4 - AGOSTINO, Michael. Practical bioinformatics. New York: Garland Science, ©2013. 367p. 
Bibliografia