Bioinformatica perguntas e respostas

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Bioinformatica
	03017INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA
	 
		
	
		1.
		(ADAPTADA DE ENADE 2013- biomedicina)
Os mecanismos envolvidos na expressão e interação dos genes, assim como a compreensão das redes funcionais estabelecidas pelas proteínas, fazem com que, no cenário científico atual, a genômica e a proteômica estejam cada vez mais em evidência. Quatro são os principais bancos de dados utilizados para as diferentes análises de nucleotídeos. Um deles é o INSDC (INTERNATIONAL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE), que disponibiliza um repertório de sequências e é resultado da associação de três bancos de dados parceiros, o DDBJ (DATA BANK OF JAPAN), o EMBL (EMBL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE) e o GenBank. Devido à sua designação como provedor de dados primários, EMBL/DDBJ/GenBak é fonte inicial de muitos bancos de dados em biologia molecular. Como exemplos de bancos de dados de sequências genômicas secundárias, pode-se citar o Ensembl, o RefSeq e o Genome Review, que representa uma versão da sequência original de um cromossomo ou plasmídeo, com informações importadas de fontes que incluem o UniProt (UNIVERSAL PROTEIN RESOURCE), o Gene Ontology (GO), o projeto GOA (GO ANNOTATION), o InterPro e o HoGenom, além de serem disponibilizadas referências cruzadas com 18 bancos de dados.
Fonte: ESPINDOLA, F. S. et al. Recursos de bioinformática aplicados às ciências ômicas como genômica, transcriptômica, proteômica, interatômica e metabolômica. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 26, n. 3, p. 463-477, Maio/Junho 2010 (adaptado).
I. As informações disponíveis nos bancos de dados de sequências possibilitam o desenvolvimento de pesquisas in sílico (realizadas em programas de computador), dependendo dos métodos interpretativos e programas de análises envolvidos.  
PORQUE
II. Os bancos de dados de sequências fornecem informações sobre diversos genes, que podem ser utilizadas de forma rápida, independentemente do tipo de processamento.
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta:
	
	
	
	A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.
	
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	
	
	A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa.
	
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I.
	
	
	As asserções I e II são proposições falsas.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:32:29
		Explicação:
Em relação a proposição I e II são verdadeiras, pois as informações disponíveis nos bancos de dados, como sequências de genes, quanto proteínas) possibilitam a sua utilização em pesquisa in sílico de forma rápida.
	
	
	 
		
	
		2.
		Em 2017 a revista "Nature" publicou o artigo "Physical properties of the HIV-1 capsid from all-atom molecular dynamics simulations" de Perilla & Schulten (2017), onde um supercomputador conseguiu fazer uma simulação de todos os átomos presentes no capsídeo do vírus HIV-1 por 400 nanossegundos, foram cerca de 4 milhões de átomos. Qual técnica da bioinformática permite realizar essa análise?
	
	
	
	Dinâmica molecular
	
	
	Alinhamento molecular
	
	
	Ancoramento molecular
	
	
	Modelagem molecular
	
	
	QSAR
	Data Resp.: 24/08/2022 00:37:36
		Explicação:
A dinâmica molecular é um modelo de ajuste induzido que tenta mimetizar o que acontece no ambiente real. Na dinâmica molecular cada átomo, seja da proteína, do ligante ou da água é levado em consideração para calcular a movimentação de todo o sistema por alguns nano ou milissegundos e entender as movimentações existentes e assim concluir como as interações acontecem. O ancoramento molecular utiliza o modelo chave-fechadura, pois a variável tempo não é levada em consideração. O alinhamento molecular visa identificar genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a partir de descritores, visa prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor.
	
	
	 
		
	
		3.
		Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas que o auxiliem na busca por maior fluidez nos trabalhos de pesquisa, acelerando a geração de processos e produtos. A bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na ciência aplicada (....).
Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática, analise as afirmativas a seguir:
I. O projeto Genoma Humano tinha como objetivo a detecção dos genes que compõem o DNA humano. Concluído em 1990, esse projeto contou com o apoio decisivo da bioinformática.
II. A biologia computacional é um campo de pesquisa diferente ao da bioinformática.
III. Uma das aplicações da bioinformática é o alinhamento de sequencias que tem como objetivo principal da comparação de sequências biológicas é encontrar o(s) alinhamento(s) de maior escore de similaridade.
É correto o que se afirma em:
	
	
	
	II. 
	
	
	I. 
	
	
	III. 
	
	
	I e II.
	
	
	I e III.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:45:10
		Explicação:
Bioinformática e a biologia computacional são duas utilizadas como sinônimos e tem como objetivo a aplicação de ferramentas computacionais para coletar, armazenar, analisar, manipular, apresentar e compartilhar dados biológicos. Mas é importante ressaltar que segundo o NCBI a Biologia computacional é uma área de pesquisa que tem como foco principal problemas de pesquisa específicos em biologia. O projeto genoma foi iniciado na década de 90, e tinha como objetivo o desvendar por completo o DNA do ser humano. Após 13 anos para a conclusão desse projeto, a bioinformática mais uma vez foi essencial, pois a partir de programas de computador específicos, os pequenos trechos sequenciados eram adicionados a um grande banco de dados e encaixados no seu devido lugar, formando um único arquivo editável em que todos os participantes do trabalho.
	
	
	02925NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS
	 
		
	
		4.
		Aline é biomédica e trabalha em um laboratório para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos genes mais pesquisados é o brca1, que quando sofre mutações específicas está associado ao risco aumentado de câncer. Para identificar as mutações, é necessário comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada. Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para conseguir uma sequência referência curada para o gene brca1?
	
	
	
	KEGG.
	
	
	PubMed.
	
	
	GenBank.
	
	
	BLAST.
	
	
	RefSeq.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:48:36
		Explicação:
O RefSeq é um banco de dados de sequências de nucleotídeos de referência, curado por funcionários do NCBI, que é o banco que a biomédica deveria usar para conseguir comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada de forma curada. O GenBank também é um banco de dados de sequências de nucleotídeos, mas ele não é curado. O PubMed é banco de dados de textos biomédicos. O KEGG é um banco de dados de vias metabólicas, principalmente. Já o BLAST não é um banco de dados, e sim uma ferramenta para alinhamento de sequências.
	
	
	 
		
	
		5.
		Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a amplificação de várias regiões diferentes do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era encontrar apenas uma região amplificada, somente nas amostras positivas. Para solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par de primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a especificidade. Você diria para Lucas desenhar um novo par de primers com um comprimento maior ou menor que o par de primers que ele havia usado primeiro?
	
	
	
	Igual, pois o comprimento não interfere na especificidade dos primers.
	
	
	Menor,dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
	
	
	Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
	
	
	Menor, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
	
	
	Maior, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:48:44
		Explicação:
A especificidade de um primer garante que a região copiada seja realmente a que você deseja, e não outra qualquer. No caso exposto, houve amplificação de várias sequências não desejadas e, para melhorar a especificidade, faz-se necessário aumentar o número de nucleotídeos, pois quanto maior o comprimento de um primer, mais específico ele é. Sequências pequenas de primers podem ocorrer aleatoriamente ao longo do DNA, e não somente na região de interesse. Quando você usa mais nucleotídeos, você específica melhor o alvo e permite que ele seja amplificado apenas na região desejada.
	
	
	 
		
	
		6.
		Julgue as afirmativas a seguir sobre a ferramenta BLAST, usada para alinhamento de sequências e disponível no portal do NCBI.
I. Muito usada para sequências com apenas alguns trechos/locais conservados.
II. Importante utilizá-la quando duas sequências têm tamanhos próximos, pois toda extensão da sequência será comparada.
III. O alinhamento é feito par a par, comparando apenas duas sequências por vez.
IV. Usada para busca em banco de dados de sequências.
É correto o que se afirma em:
	
	
	
	I, III e IV.
	
	
	II e IV.
	
	
	I e II.
	
	
	II e III.
	
	
	II, III e IV.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:48:48
		Explicação:
O BLAST é uma ferramenta utilizada para o alinhamento de sequências simples (duas sequências) e local (comparadas regiões de maior similaridade). É indicado para sequências mais divergentes e com tamanhos distintos. O BLAST é aplicado em vários bancos de dados de sequência de nucleotídeos ou aminoácidos como uma ferramenta de busca.
	
	
	03015ANOTAÇÃO GÊNICA
	 
		
	
		7.
		(Adaptado de UFCE - 2015 - Engenheiro - Área Engenharia de Pesca)
A transcritômica ou transcriptômica é a ciência que estuda o transcritoma produzido por determinada célula, tecido ou organismo. Sobre esse tema, é correto afirmar que:
	
	
	
	Independente de estágio de desenvolvimento, o transcriptoma é o mesmo.
	
	
	A transcriptômica estuda o conjunto de proteínas.
	
	
	Apesar de sua aplicação em diversos campos da biologia, a transcriptômica não pode ser pesquisada a partir de técnicas de alto desempenho e sequenciamento de nova geração (NGS).
	
	
	Podem haver vários transcriptomas em um único organismo.
	
	
	O transcriptoma é o mesmo em todos tecidos e órgãos.
	
	 
		
	
		8.
		A química de produtos naturais tem empregado novas metodologias com o objetivo de acelerar a descoberta e o isolamento de novos compostos que são originários das plantas e que podem ser empregados com fins terapêuticos. Entre eles, técnicas de separação associadas às espectrométricas de alto desempenho, assim analisando o extrato bruto de uma planta, ou seja, sem prévio isolamento de um composto único, uma vez que esses estudos são realizados para a obtenção das informações qualitativas e quantitativas acerca da maior quantidade possível de tipos diferentes de constituintes de cada amostra. Esse tipo de estudo emprega qual abordagem ômica?
	
	
	
	Genômica.
	
	
	Proteômica.
	
	
	Lipdômica.
	
	
	Transcriptômica.
	
	
	Metabolômica.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:51:04
		Explicação:
O enunciado aponta que as análises são voltadas para a maior quantidade possível de constituintes da amostra e para o isolamento de novos compostos que são originários das plantas e que podem ser empregados com fins terapêuticos, ou seja, produtos (metabólitos) derivados do metabolismo. Além disso, cita a espectrometria como metodologia, uma das técnicas empregadas nesse tipo de estudo ômico. As demais abordagens apontadas nas opções são focadas em um determinado tipo de molécula biológica.
	
	
	02265ANÁLISE FILOGENÉTICA
	 
		
	
		9.
		Existem diversas metodologias para buscar a melhor árvore filogenética. Todas estas abordagens são fundamentais para o avanço da compreensão da evolução. Dentre estes métodos está a aplicação do neighbor-joining. Qual é a melhor definição desta técnica?
	
	
	
	Um protocolo para adicionar táxons a uma árvore construída por parcimônia ou máxima verossimilhança.
	
	
	Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
	
	
	Uma árvore é estimada com base na proximidade dos táxons em uma matriz de dados.
	
	
	Uma busca em árvore é conduzida para encontrar a árvore que minimiza a diferença entre as distâncias observadas e previstas.
	
	
	A árvore mais curta é encontrada sob a suposição de que há uma árvore mais curta.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:59:37
		Explicação:
Gabarito: Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
Justificativa: O método neighbor-joining é um método que utiliza a distância genética calculada a partir de uma matriz táxon/caracter para construir uma árvore. A árvore escolhida é aquela que minimiza a diferença entre as distâncias na matriz e as previstas pela árvore. Assim como outros métodos de distância, o método neighbor-joining conduz uma serie de cálculos em cima da matriz a partir de um algoritmo. Esse é um método rápido. As outras alternativas não se enquadram como definições dessa metodologia.
	
	
	 
		
	
		10.
		Existem diversas formas de buscarmos a melhor hipótese filogenética com uma matriz de táxons × caractere. Dentre as possibilidades temos a máxima verossimilhança. Qual das alternativas a seguir define melhor este conceito?
	
	
	
	A melhor árvore calculada a partir da quantidade de passos, ou mudanças, nos ramos.
	
	
	A probabilidade de que uma hipótese seja falsa através do método dos mínimos quadrados.
	
	
	A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
	
	
	A probabilidade de que um evento ocorra.
	
	
	A proporção das probabilidades de duas hipóteses alternativas.
	Data Resp.: 24/08/2022 01:00:33
		Explicação:
Gabarito: A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
Justificativa: Para calcular a probabilidade de um evento ocorrer entre outros é necessário usar o teorema de Bayes. O método dos mínimos quadrados é utilizado em métodos de distância e não em probabilidades. A máxima verossimilhança procura a probabilidade de cada hipótese fornecida os dados. A quantidade de passos é utilizada na parcimônia. A inferência Bayesiano é um método que avaliar a probabilidade posterior de uma árvore e incorporam informações prévias sobre a probabilidade de hipóteses alternativas.