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Introdução à Biologia Molecular APRESENTAÇÃO MÓDULO 1 MÓDULO 2 CONCLUSÃO DESCRIÇÃO A construção história da Biologia Molecular e seu emprego no estudo das moléculas presentes nas células responsáveis pela manutenção da vida, como o DNA, o RNA e as proteínas. PROPÓSITO Compreender como o RNA e o DNA foram descobertos e a importância destas moléculas para as células procariontes e eucariontes. OBJETIVOS Módulo 1 Descrever a história da Biologia Molecular, a origem da vida e a organização gênica nos organismos Módulo 2 Reconhecer alguns dos mecanismos de regulação da expressão gênica nos procariotos e eucariotos INTRODUÇÃO A Biologia Molecular é a área da Biologia que estuda as moléculas presentes nas células responsáveis pela manutenção da vida. Vamos iniciar nosso aprendizado sobre, possivelmente, as moléculas mais importantes para a existência da vida na Terra: Os ácidos nucleicos RNA e DNA. Você sabia que até mesmo os vírus, microrganismos intracelulares obrigatórios apresentam ácidos nucleicos? Não existe sequer um ser vivo que não tenha moléculas de RNA ou DNA. Vamos explorar um breve histórico sobre como começaram os estudos da Biologia Molecular, passando pela provável origem da vida na Terra, conhecendo as estruturas e composições dos ácidos nucleicos e observando como é dada a organização deste material em diferentes seres vivos. Aprenderemos alguns dos mecanismos de regulação gênica dos procariotos e os eucariotos e por fim noções de epigenética. Vamos juntos? MÓDULO 1 Descrever a história da Biologia Molecular, a origem da vida e a organização gênica nos organismos HISTÓRICO DA BIOLOGIA MOLECULAR Nosso histórico começa em 1869 com um bioquímico suíço chamado Johannes Friedrich Miescher (Figura 1). Em seus estudos, ele buscava determinar quais os componentes químicos que existem dentro dos glóbulos brancos (leucócitos), presentes no pus de feridas, que, de modo geral, possuem um núcleo grande e bem definido. No interior desse núcleo, ele observou uma grande quantidade de um composto ácido que continha átomos de nitrogênio e fósforo, nomeando-o de nucleína por estar localizado no núcleo. Mal ele sabia da importância desta descoberta! Figura 1: Friedrich Miescher. Diversos outros cientistas continuaram investigando o tal composto nucleína, entre eles Albrecht Kossel, que em 1880 demonstrou que na nucleína existiam diferentes bases nitrogenadas. Richard Altmann em 1889 conseguiu purificar a nucleína e nomeou o purificado de ácido nucleico. Com o tempo, os ácidos nucleicos foram ainda mais estudados, pareciam muito importantes já que praticamente todas as células possuíam esse material. Foram descobertas quatro diferentes bases nitrogenadas, as bases púricas: adenina e guanina e as bases pirimídicas: citosina e timina, todas com um glicídio desoxirribose (Figura 2). Figura 2: Nucleotídeo, contendo a base nitrogenada, o fosfato e a pentose. Essas bases podiam estar ligadas entre si, sempre obedecendo a um padrão, onde a adenina se associava à timina por 2 ligações de hidrogênio e a guanina se associava à citosina por 3 ligações, sendo esta interação a mais estável devido à maior quantidade de ligações (Figura 3). Figura 3: Bases nitrogenadas e suas interações por ligação de hidrogênio. O grupamento R nas riboses consiste em um OH e nas desoxirriboses de um H. Entretanto, havia um fato curioso: a presença de uma base diferente, chamada de uracila, em alguns desses materiais. Essa base apresentava uma ribose no lugar da desoxirribose e se ligava à timina no lugar da adenina. As moléculas que continham desoxirribose foram nomeadas de ácido desoxirribonucleico (ADN), em inglês Deoxyribonucleic Acid, o famoso DNA. As moléculas com ribose como glicídio foram nomeadas de ácido ribonucleico (ARN), em inglês Ribonucleic Acid, conhecido como RNA (Figura 4). Figura 4: Todas as bases nitrogenadas. Vamos agora juntar todos os conceitos estabelecidos para entendermos como é a estrutura do DNA e do RNA. Um nucleotídeo é um conjunto formado por uma base nitrogenada, que pode ser uma purina ou pirimidina. Dentre as purinas, temos a adenina e a guanina; entre as pirimidinas, temos a citosina e a timina, no caso de uma molécula de DNA, e o uracil(a), no caso de uma molécula de RNA. A ligação entre as bases é realizada entre a molécula de açúcar, de uma ribose para o RNA ou uma desoxirribose para o DNA, com o grupamento fosfato da base adjacente, na ligação conhecida como ligação fosfodiéster (Figura 5). Figura 5: Ligação fosfodiéster entre nucleotídeos da mesma fita de DNA. A estrutura do DNA se encontra em fita dupla. A união entre as duas fitas se dá por ligações de hidrogênio entre as bases nitrogenadas, como demonstrado na Figura 3. Vamos voltar para a nossa história. Em 1953, uma dupla de cientistas, James Watson e Francis Crick, publicou um artigo na revista Nature chamado de Molecular Structure of Nucleic Acids. Eles eram contrários às ideias que existiam na época a respeito da estrutura do DNA. Entre os modelos antigos, o que mais se destacou foi o de Linus Pauling; ele acreditava que o DNA era interligado pelos grupamentos fosfatos, formando uma coluna. Watson e Crick, baseados em uma foto tirada por Rosalind Franklin, propuseram uma nova estrutura para essa molécula. A estrutura era uma dupla hélice, com as bases nitrogenadas purinas se ligando às pirimidinas no centro da hélice espiralada, sendo muito parecida com a que usamos até hoje (Figura 6). Figura 6: Foto de raios X tirada por Rosalind Franklin, responsável pelas conclusões de Watson e Crick. Com a estrutura do DNA resolvida e com o conhecimento sobre a química dessas moléculas, faltava agora entender a atuação e a organização delas nas células e porque eram tão importantes. Ao longo dos anos, o conhecimento sobre o DNA e o RNA vem crescendo. Hoje, com técnicas de sequenciamento do DNA, podemos, por exemplo, ver rapidamente se algum indivíduo possui propensão a determinado câncer analisando a sua sequência de DNA. Estamos começando a ter mais segurança na edição genética, e um dia poderemos curar doenças que ainda nem se manifestaram. Atualmente, podemos quantificar esse material genético que expressamos para diagnosticar doenças, como a COVID-19, e modificar outros organismos para que produzam nossas proteínas. É dessa forma que algumas das insulinas vendidas na farmácia são produzidas. Existem inúmeras possibilidades decorrentes do desenvolvimento da Biologia Molecular. A origem da vida A origem da vida sempre despertou curiosidade. Ao longo dos anos, existiram diversas teorias, algumas se provaram erradas e outras se mantêm até hoje. Você imagina como a vida começou? Vamos conhecer um pouco dessas teorias? Sabemos que átomos podem fazer ligações de maneira espontânea desde que estejam em um ambiente favorável e tenham afinidade um pelo outro, ou seja, ao se ligarem encontram uma estabilidade, assim são construídas as moléculas. Dentre as teorias existentes, uma delas, a teoria de Oparin e Haldane, era justamente a ideia da formação espontânea de pequenas moléculas orgânicas, as quais, com o tempo, passaram a se organizar de maneira cada vez mais complexa até se replicarem e evoluírem, formando as células primitivas. Em 1953, Stanley Miller tentou provar que era possível existir a criação espontânea de moléculas orgânicas na Terra, desde que o ambiente fosse favorável. Ele fez um experimento simulando como possivelmente era a atmosfera primitiva da Terra, cerca de 4 bilhões de anos atrás. No seu experimento, tinham moléculas, como gás hidrogênio, metano e vapor de água, que eram bastante comuns no ambiente primitivo. Esses gases, na presença de uma descarga elétrica, como um raio, ligavam-se formando diversas moléculas orgânicas, dentre elas os aminoácidos alanina, glicina e ácido aspártico (Figura 07). Figura 7: Experimento de Miller. A teoria de Oparine Haldane continuou ganhando relevância à medida que novos estudos foram realizados, dentre eles os estudos do geólogo Michael Russell. Russell demonstrou que existem fontes de águas termais no fundo dos oceanos aquecidas pelo manto da Terra, que jorram água alcalina. Essas fontes são ricas em minérios de ferro, níquel e enxofre dissolvidos. A reação desses minérios com o gás carbônico, hidrogênio reativo e moléculas de água é capaz de produzir compostos orgânicos, como hidrocarbonetos e até mesmo nucleotídeos! Uma das descobertas mais incríveis sobre essas fontes termais são as reações químicas que lá ocorrem e como a geração dessas moléculas orgânicas acontece. As fontes termais são ricas em minerais, sendo assim, possuem um elemento que pode ser oxidado, como o ferro. O elétron oriundo da oxidação é carregado pelos núcleos metálicos desses minerais até chegar ao aceptor final de elétrons, este pode ser o monóxido ou o dióxido de carbono, que vai ser reduzido gerando a energia necessária para a confecção das moléculas orgânicas. Você já ouviu falar de um mecanismo parecido com esse anteriormente? Onde um elétron percorre uma cadeia até chegar ao seu aceptor gerando energia? Exatamente! É de maneira muito semelhante a esta que diversos seres vivos produzem energia como nós! Esse mecanismo ocorre durante a fosforilação oxidativa nas mitocôndrias, etapa metabólica da nossa respiração celular. Isso mostra um elo entre todos os nossos ancestrais, fortalecendo a hipótese de que a vida se originou dessas fontes de águas termais há muitos anos. No entanto, ainda temos diversas perguntas para serem respondidas. Nos dias atuais, essa é a teoria melhor aceita para a origem da vida (Figura 8). Figura 8: Fonte termal vulcânica, a possível origem da vida. A teoria da panspermia surgiu a partir da observação de compostos orgânicos presentes em meteoritos e ganhou força a partir de 1997 com a análise do Meteorito de Muchinson (Figura 9). Os pesquisadores encontraram diversos aminoácidos e adenina, presente no nosso DNA, que datavam de aproximadamente 7 bilhões de anos, sendo assim mais antigos que nosso próprio planeta, que possui cerca de 4,5 bilhões de anos. Apesar de muito interessante, essa teoria não possui evidências científicas suficientes para explicar a origem da vida no nosso planeta, diferente da teoria de Oparin e Haldane. Figura 9: Fragmento de meteorito. Entretanto, é muito interessante imaginar que, em outros lugares do Universo, existem compostos orgânicos e quem sabe até mesmo vida. Essas amostras extraterrestres evidenciaram também que é possível a criação de matéria orgânica, incluindo bases presentes no DNA e no RNA. Em um mundo onde existiam alguns nucleotídeos, aminoácidos e hidrocarbonetos, essas moléculas começaram a interagir entre si, formando cadeias cada vez mais complexas, ligações entre diferentes nucleotídeos formaram os primeiros RNAs e ligações entre diferentes aminoácidos formaram os oligopeptídeos. A interação entre os oligopeptídeos e o RNA leva a benefícios mútuos, gerando, por exemplo, estabilidade na estrutura de ambos, originando maiores quantidades de determinadas estruturas. Imagine essas diversas interações por milhares e milhares de anos, é natural que, com o tempo, estruturas mais complexas se formem e se mantenham. Hoje em dia, temos o conhecimento que tanto o RNA quanto pequenos peptídeos conseguem realizar reações químicas com diversas funções (neurotransmissores, hormônios, regulação gênica etc). Recentemente, foi descoberto que o RNA seria capaz até mesmo de se autorreplicar, gerando outras moléculas de RNA também capazes de se autorreplicarem, assim a evolução poderia acontecer ainda mais rápido, isso é o chamado “Mundo RNA”. Naquele mesmo ambiente, existiam outros compostos orgânicos, como os primeiros lipídeos oriundos dos hidrocarbonetos formados. Você já jogou um pouco de óleo na água? Sabe que não se misturam certo? Isso se dá a partir da característica anfipática dos lipídeos que, em um ambiente aquoso, tendem a formar micelas, estruturas circulares formadas naturalmente devido à forma que interagem com a água, expondo a parte hidrofílica e escondendo a parte hidrofóbica da água. Atenção Nem todos os lipídeos possuem características anfipáticas, portanto nem todos são capazes de formar estruturas de micelas. Dos lipídeos anfipáticos, o mais importante na formação da membrana celular é o fosfolipídeo. Desse modo, esses lipídeos formavam grandes micelas, originando “membranas” celulares rudimentares com moléculas de RNA em seu interior, surgindo as primeiras células primitivas, com material genético com capacidade replicativa. Hoje em dia, grande parte dos seres vivos ainda possui seu material genético disperso no citoplasma, chamamos esses organismos de procariontes ou procariotos (Figura 10). É importante ressaltar que, ao longo dos anos, o mundo RNA evoluiu, o DNA, constituído de uma dupla fita, é mais estável que o RNA. Sendo assim, possui uma maior confiabilidade para armazenar informações de um determinado ser vivo e tem as informações responsáveis pela manutenção da vida. O DNA passa pelo processo de transcrição que dá origem a um RNA mensageiro (RNAm), este pode ser traduzido e passa a ser uma proteína, unidade que vai realizar as funções que a célula precisa, como catalisar reações, servir para replicar o DNA, formar estruturas etc. Figura 10: Como poderiam ser as primeiras células vivas da Terra. ENTENDENDO MELHOR COMO A VIDA PODE TER SURGIDO Organização do material genético em procariotos Os procariotos são os organismos mais antigos da Terra. Todos são unicelulares e não possuem um núcleo organizado, ou seja, o seu material genético, o DNA, não é separado por uma membrana nuclear, chamada de carioteca, muito parecido com as primeiras células encontradas no nosso planeta. Esses organismos são os mais simples e toda a sua expressão gênica é diferente da nossa. Nós, seres humanos, pertencemos ao grupo dos eucariontes, temos o material genético separado do citoplasma pela carioteca (Figura 11). Figura 11: Núcleo disperso nas células procariontes e núcleo compartimentado pela carioteca nas células eucariontes. Antes de falar da organização do material genético dos procariotos, vamos conhecer alguns conceitos básicos para lembrarmos de certas nomenclaturas: O gene É um segmento codificante do DNA, ou seja, de fato, será transcrito e traduzido. O genoma Contém toda a informação hereditária, todo DNA que será passado da célula mãe para a células filha, incluindo os genes e as sequências não codificantes. O cromossomo É uma estrutura formada por uma molécula de DNA altamente compactada e associada a proteínas auxiliadoras, que ajudam a compactar e descompactar o DNA para facilitar o acesso de outras proteínas a essa região, por exemplo. Os procariotos possuem apenas um cromossomo linear ou circular que contém todo o seu material genético, chamado de DNA cromossomal. Além do cromossomo, eles também podem possuir elementos genéticos móveis (EGM), os responsáveis por transmitir algumas características genéticas a outros indivíduos vizinhos a fim de conferir alguma vantagem ou desvantagem. O cromossomo dos procariotos possui uma quantidade de DNA que pode variar entre 0,16 a 13 Mpb. Apenas para termos um exemplo, o DNA da bactéria E. coli possui cerca de 4,6 Mpb contido em uma célula de 2 μm! Esse volume só é possível devido ao alto grau de condensação do DNA. A condensação é feita através da formação de grandes alças na molécula de DNA, que originam alças menores, possibilitando que o DNA ocupe um menor volume na célula. As alças são formadas com o auxílio das proteínas DNA girase e topoisomerase l, a região formada por este único cromossomo condensado é chamada de nucleoide (Figura 12). Figura 12: Compactação do DNA procarionte. Os EGMs são partes fundamentais do DNA dos procariotos,mesmo não pertencendo ao cromossomo e possuem diversas funções que serão detalhadas posteriormente. É importante saber que existem diferentes tipos de EGMs, vamos estudar os três principais: plasmídeos, bacteriófagos e os transposons. Os plasmídeos são moléculas circulares de DNA fita dupla, independentes do cromossomo e possuem capacidade de replicação autônoma. Seu tamanho é de cerca de 1 a 35 kpb. Cada célula pode conter diversos ou nenhum plasmídeo, com uma ou várias cópias. Os plasmídeos são considerados elementos de herança extracromossômica, já que possuem replicação autônoma, independentemente do cromossomo. Eles também não são vitais, não causam malefícios à célula hospedeira, geralmente, possuem informações que serão aproveitadas para produção de toxinas, pilinas, adesinas e diversos outros tipos de proteínas que podem conferir algum tipo de vantagem para a célula hospedeira. Justamente por isso, podem ser chamados também de elementos genéticos acessórios (Figura 13). Figura 13: Plasmídeo e DNA bacteriano. Os plasmídeos não são normalmente sintetizados, e sim adquiridos através de um fenômeno chamado conjugação bacteriana, onde uma bactéria transfere os seus plasmídeos para outra e mantém uma cópia destes para si. Os plasmídeos são de grande importância na Biologia Molecular pela facilidade de manuseio e replicação. São utilizados como vetores onde uma sequência de interesse é inserida no plasmídeo, o qual é difundido entre os indivíduos de determinada colônia de bactérias. As bactérias, ao se replicarem, possibilitam originar uma grande quantidade de cópias da sequência de interesse. A partir disso, podemos purificar esse material e usar para os mais diversos fins. Exemplo Uma das formas de obtenção e produção de insulina é utilizando os plasmídeos como vetores. Os bacteriófagos podem se inserir no DNA cromossomal e se replicar junto com o organismo. Após a inserção, os genes contidos no bacteriófago são expressos e podem codificar fatores de virulência e toxinas entre outras proteínas. Eles são perigosos porque podem transformar uma bactéria não patogênica em uma bactéria patogênica. Alguns até mesmo podem produzir capsídeo viral e se multiplicar diversas vezes, iniciando um ciclo lítico que termina na eclosão da célula hospedeira (Figura 14). Figura 14: Bacteriófago. Os transposons são pequenas sequências de DNA que serão inseridas de forma aleatória no DNA do organismo hospedeiro, formando novos trechos de genoma, evento chamado de transposição e catalisado por enzimas chamadas de transposases. As transposases são capazes de cortar o DNA na região do transposon, liberando essas sequências, que se difundem pela célula. Os transposons são identificados a partir de mudanças fenotípicas nas bactérias. Como quase todo o DNA bacteriano é codificante, essas inserções podem causar algumas alterações funcionais no procarioto, como a perda de atividade enzimática. Existem três principais subgrupos de transposons: As sequências de inserção (chamadas de IS, do inglês Insertion Sequence) Os transposons compostos (simbolizados pela sigla Tn) Transposons complexos ou elementos TnA Os ISs são os transposons mais simples, podem se inserir tanto no cromossomo quanto nos plasmídeos, possuem cerca de 700 a 2.500 pb e são nomeados pela sigla IS, seguido de um número, por exemplo IS3 ou IS37. Eles contêm os genes responsáveis pelo próprio mecanismo de transposição, que codificam as transposases e possuem sequências muito parecidas em suas extremidades para que a sua respectiva transposase corte essa região, liberando o IS para ser reinserido em um outro sítio. A transposição acontece no momento de abertura da dupla fita de DNA, que antecede a replicação, onde o transposon é inserido na fita de DNA e replicado junto com o DNA do procarioto (Figura 15). Figura 15: Estrutura esquemática do ISs. O segundo subgrupo é formado pelos transposons compostos (Tn), são chamados de transposons compostos porque são formados por duas sequencias de ISs em suas extremidades. Os Tn podem conferir vantagens a bactérias como, por exemplo, o caso do Tn9, que gera resistência ao antibiótico cloranfenicol. Os transposons complexos (TnA), o último subgrupo, possuem cerca de 500 pb. Ao invés de ISs em suas extremidades, possuem pequenas sequências indicando o local de corte pela transposase. Os TnA induzem a replicação do procarioto com objetivo de se multiplicarem. É importante destacar que os EGMs possibilitam que as bactérias troquem informação genética de maneira muito rápida. Desse modo, caso apareça algum desses elementos como, por exemplo, a capacidade de gerar resistência a um antibiótico, logo todas as bactérias daquela colônia também ganham essa mesma resistência. Essas características foram fundamentais para a evolução e manutenção da vida dos organismos procariontes. Organização do material genético em eucariotos Conforme já aprendemos, a maior diferença entre procariotos e eucariotos é a presença da carioteca, uma membrana nuclear que engloba o material genético, isolando o citoplasma, no conjunto chamado de núcleo. O núcleo permite um maior nível de organização celular e modifica a organização e a estrutura gênica. Para começarmos a entender o nível de complexidade da organização do material genético em eucariotos, vamos a algumas contas básicas. Todo o genoma humano possui cerca de 3.2 Gpb, enquanto isso a espécie Polychaos dubium, um pequeno parasita unicelular eucarionte, possui 670 Gpb, ou seja, cerca de 200 vezes maior que o nosso. A esse fenômeno damos o nome de paradoxo do valor C, onde a complexidade do organismo não está associada ao tamanho do seu material genético, uma vez que nós seres humanos somos mais complexos que este parasita. O paradoxo do valor C pode ser explicado pela maneira com que o DNA é codificado e processado. Outro fator relevante é o nível de compactação do DNA. Vamos agora fazer um comparativo entre duas células que já conhecemos os valores de pares de base existentes: a humana, com 3,2 Gpb, e a E. coli, com 4,6 Mpb. O DNA humano é contido em um diâmetro de cerca de 5 a 10 μm, enquanto na E. coli esse valor é de 2 μm, ou seja, um DNA 700 vezes maior ocupando um espaço quase semelhante ao da bactéria. Isso é possível graças a uma diferente forma de estruturação e compactação do DNA. O genoma dos eucariotos é compactado em cinco níveis diferentes. No primeiro, todo DNA, que possui 2 nm, é acoplado a proteínas chamadas histonas, essa estrutura é conhecida como nucleossomo. O nucleossomo possui 11 nm e se compacta formando uma estrutura solenoide de 30 nm. Essas histonas ficam bem juntas formando uma estrutura ainda mais densa como se fossem fibras. Nos terceiros e quartos níveis de compactação, são formadas alças dos solenoides (parecidas com as alças dos procariotos), as quais possuem 300 e 700 nm, respectivamente. No último grau de compactação, ocorre a formação de uma alça ainda maior, 1.400 nm, que dá origem à estrutura chamada de cromátide cromossômica. Duas cromátides unidas por uma estrutura chamada de centrômero formam o cromossomo. O conjunto de cromossomos, ou seja, o DNA e as proteínas acessórias, principalmente, as histonas, formam a cromatina. O cromossomo também possui em suas extremidades os telômeros, que são estruturas fundamentais para a estabilidade do cromossomo e indicadores da idade celular, uma vez que um pequeno trecho desse telômero é perdido devido à forma com que o DNA replica (Figura 16). Figura 16: Compactação do DNA em eucariotos. O grau de compactação do DNA eucarionte pode variar de acordo com a fase do ciclo celular que se encontra, pois a cromatina se organiza de diferentes formas, obedecendo à necessidade de expressão gênica. Quando o DNA está menos condensado (um estado mais aberto), pode ser exposto a toda a maquinaria de transcrição e/ou replicação existente, e a cromatina se encontra em um estadode eucromatina. Quando o DNA está bastante condensado, a célula não consegue expressar ou replicar tal região, e ele se encontra no estado de heterocromatina. Há ainda a heterocromatina constitutiva, formada por trechos que nunca serão transcritos (Figura 17). Saiba mais Normalmente, chama-se estado de eucromatina/heterocromatina porque não é algo fixo. Logo, o mesmo trecho pode ficar ora em estado de eucromatina ora em de heterocromatina. Porém, não é errado chamar apenas de eucromatina ou heterocromatina. Figura 17: Transcrição do DNA descompactado. Os eucariotos possuem também um DNA extracromossomal, presente nas mitocôndrias e nos cloroplastos (nas células vegetais) e completamente independentes do DNA cromossomal. Existem teorias de que essas organelas eram outros organismos que acabaram sendo inseridos nas células eucariontes e lá permaneceram, pois o ambiente era favorável. Em troca do ambiente seguro, eles geravam energia para as células hospedeiras, formando uma relação de simbiose. VERIFICANDO O APRENDIZADO 1. Estudamos as teorias do surgimento da vida e as características estruturais das moléculas que compõem o genoma. Sobre esses assuntos, leia as afirmativas abaixo e responda. I. A teoria de Oparin e Haldane era a mais aceita até a descoberta do meteoro de Murchinson, a partir de então a teoria mais aceita foi a da panspermia. II. A teoria mais aceita atualmente para a origem da vida na Terra é derivada da teoria de Oparin e Haldane, onde a vida surgiu de forma espontânea a partir de pequenas moléculas orgânicas. III. O RNA e o DNA são moléculas capazes de armazenar informação genética, entretanto o DNA é mais estável e se consolidou nesta função. IV. O mundo RNA dependia de organismos complexos. Estão corretas as afirmativas: I e II I e III II e III II, III e IV Responder Comentário 2. Vimos as principais diferenças na organização das células procariontes e eucariontes. Sobre a organização nos eucariotos, como você espera que esteja organizado o DNA de uma célula pronta para se replicar? DNA completamente enovelado em estado de eucromatina. DNA parcialmente desenovelado, em estado de heterocromatina. DNA desenovelado, em estado de eucromatina. DNA desenovelado em estado de heterocromatina. Responder Comentário MÓDULO 2 Reconhecer alguns dos mecanismos de regulação da expressão gênica nos procariotos e eucariotos INTRODUÇÃO Todos os seres vivos estão em um ambiente sujeito a constantes alterações. Às vezes, podem faltar nutrientes, ou a temperatura fica muito alta. Existem inúmeras possibilidades e nossos genes precisam responder a essas variações. Se faltar nutriente, o indivíduo que melhor conseguir economizar recursos, vai sobreviver; já aqueles que continuarem usando normalmente tendem a morrer. Portanto, há uma seleção natural daqueles que conseguem se adaptar rapidamente ao novo meio em detrimento dos que não têm essa habilidade. Você sabe que isso tem a ver com a capacidade dos mecanismos de regulação gênica? Poupar recursos depende que determinados genes que gastam muita energia fiquem menos ativos, mais condensados. Já genes responsáveis pelo armazenamento de recursos, como os que expressam as proteínas promotoras da formação do glicogênio, ficam mais ativos, ou seja, descompactados, para que a maquinaria de transcrição possa acessá-los. É importante ressaltar que existem ainda os genes que são essenciais para a manutenção da vida, chamados de genes constitutivos. Não podemos simplesmente economizar energia expressando uma menor quantidade desses genes, caso contrário, há uma alta possibilidade de isso levar à morte. Vamos agora entender os ajustes finos e as diferentes estratégias entre procariotos e eucariotos com relação à regulação da expressão gênica, começando pelos organismos procariontes. Mecanismos de regulação gênica em procariotos A regulação da expressão em procariotos pode acontecer em diferentes pontos, com maior custo energético, durante a estabilização da proteína, que é o produto da fase de tradução, ou durante a transcrição, com menor custo de energia, pois ainda não ocorreu a tradução do RNAm (RNA mensageiro). A transcrição ocorre a partir do acoplamento da RNA polimerase em uma sequência de DNA, chamada de região promotora. Todos os genes (sequências de DNA codificantes) possuem uma região promotora. Essa região pode inclusive favorecer uma maior ou menor expressão gênica, fazendo um controle negativo ou positivo, dependendo da ligação de determinadas proteínas conhecidas como fatores transcricionais, que inibem ou ativam a expressão gênica. Vamos ver um exemplo mais concreto desse conceito de regulação baseado em fatores transcricionais repressores (controle negativo) ou efetores (controle positivo). Uma regulação negativa pode acontecer de algumas formas. Um fator repressor se liga à região promotora e impede que a RNA polimerase acople na fita de DNA, inibindo a transcrição. Além disso, um fator repressor pode se ligar a um fator efetor, impedindo a sua atuação e diminuindo a expressão de determinado gene. O mesmo conceito pode ser aplicado inversamente, um fator efetor se liga à região promotora aumentando a transcrição ou pode se ligar a um fator repressor e impedir a inibição do gene (Figura 18). Figura 18: Regulação da expressão gênica negativa (esquerda) e positiva (direta). Antes de continuarmos, vamos relembrar a jornada que se inicia na molécula de DNA até a formação de uma proteína. Um complexo proteico chamado RNA polimerase (existem diferentes subtipos de polimerases, para fins didáticos, vamos considerar apenas como RNA polimerase) acopla na região promotora de um gene e começa a construção de um RNAm. Nos procariotos, a região codificante é chamada de operon e é composta por mais de um gene, geralmente, com função final relacionada (de uma mesma via metabólica), ou seja, todos os genes de um determinado operon irão formar proteínas com funções de alguma forma vinculadas umas às outras, como veremos em breve. O RNAm oriundo da transcrição de um operon é formado por mais de um gene e é chamado de RNAm policistrônico. De modo diferente, nos eucariotos, todas as regiões promotoras estão associadas a apenas um gene, logo o RNAm final possui informações apenas deste gene, sendo chamado de RNAm monocistrônico; apesar do RNAm dos eucariotos ser formado por apenas um gene, ele precisa ser processado para continuar a sua jornada (Figura 19). Figura 19: Diferenças no RNAm de eucariontes e procariontes. UTR é uma sigla do termo inglês untranslated region que significa região não codificante. Após a formação e o processamento do RNAm nos eucariotos, ele precisa sair do núcleo para encontrar o ribossomo. Nos procariotos, por não possuir carioteca, o RNAm encontra-se no citoplasma, e um RNAt (RNA transportador) é responsável por levar o RNAm contendo as informações do DNA para o ribossomo, local onde irá iniciar a tradução. O processo de tradução inicia a partir de um código de leitura presente no RNAm (conhecido como códon) e segue com a leitura das bases de três em três nucleotídeos até um determinado ponto onde teremos um códon de parada (Stop códon). Um conjunto de 3 bases de nucleotídeos traduzidas corresponde a 1 aminoácido, e a união dos aminoácidos origina uma cadeia polipeptídica, que é modelada por proteínas conhecidas como chaperonas, dando origem a uma proteína funcional. Vamos entender mais a fundo como o ribossomo traduz 3 bases de nucleotídeos em um aminoácido verificando o exemplo a seguir: Quando um ribossomo identifica os nucleotídeos UUA, insere um aminoácido a leucina a cadeia peptídica que está sendo formada. Os códons e seus respectivos aminoácidos são os mesmo para qualquer organismo, o código genético é universal. Atenção Todos os seres vivos compartilham o mesmo código de códons. Esse é mais um indício da teoria da evolução, segundoa qual todos nós viemos de um mesmo ancestral comum. Agora, podemos continuar falando sobre a regulação gênica dos procariotos. Para facilitar a compreensão, vamos ver um exemplo prático: a regulação do operon Lac da bactéria Escherichia coli. Esse operon é responsável pelo metabolismo da lactose, um açúcar importante para a nutrição dessas bactérias. O operon Lac é composto de diferentes trechos, em sequência, temos: 1. P1, Promotor 1 (promotor do gene I) 2. Gene I (gene repressor) 3. O2, Operador 2 (operador secundário) 4. P2, Promotor 2 (promotor dos genes Z, Y e A) 5. O1, Operador 1 (operador secundário) 6. Gene Z 7. O3, Operador 3 (operador secundário) 8. Gene Y 9. Gene A Os promotores são responsáveis por iniciar a transcrição do gene adjacente. Os operadores são regiões regulatórias, onde podem ativar ou reprimir a transcrição do operon. Nesse caso, o O1 é um sítio em que o repressor Lac se liga e O2 e O3 são operadores secundários. Os operadores sempre se localizam próximos aos genes que regulam. Temos ainda os três genes estruturais LacZ (gene Z), LacY (Gene Y) e LacA (Gene A), que codificam as enzimas β- galactosidase, permease e transacetilase e o Gene 1, que codifica o inibidor do próprio operon, este possui uma região promotora exclusiva para ele (Figura 20). Figura 20: Operon Lac. Por ser um recurso muito valioso, as células tentam tornar o consumo de energia o mais eficiente possível. Na ausência de lactose, não existem motivos para que os genes Z, Y e A sejam expressos, uma vez que são ligados ao metabolismo da lactose, mas a expressão do gene I é constitutiva, ou seja, ele é sempre expresso mesmo quando não tem presença de lactose intracelular. O gene I dá origem a uma proteína repressora do promotor 2 (repressor Lac) que se liga à região do O1, inibindo a expressão de Z, Y e A, mesmo que a RNA polimerase acople em P2 os genes não são expressos. A lactose não atua diretamente no operon Lac, entretanto, quando algumas moléculas de galactose entram na célula, as poucas enzimas β-galactosidase conseguem converter a galactose em alolactose; essa se liga ao repressor Lac, favorecendo uma mudança conformacional da proteína, que leva à desassociação entre o repressor e o operador 1, liberando o funcionamento da RNA polimerase, que transcreve os genes Z, Y e A (Figura 21). Figura 21: Esquema de regulação do operon Lac mediado pela lactose. Pol: RNA polimerase, mRNA lac: mRNA mensageiro lactose. Outra forma de regulação é a dependente de glicose, cuja presença inibe o operon Lac, pois a célula deve priorizar o metabolismo da glicose antes dos outros carboidratos. Quando os níveis de glicose estão baixos, ocorre a ativação do operon Lac, a indução é feita por uma pequena molécula efetora, o cAMP (AMP cíclico), e uma proteína regulatória chamada de CRP (sigla para cAMP receptor protein, ou seja, proteína receptora de cAMP, CRP, também pode ser chamada de CAP, catabolite activator protein). Vamos entender como isso acontece? Na ausência de glicose, a concentração de cAMP aumenta e essa molécula se liga ao CRP (CAP), formando o complexo CRP-cAMP (ou CAP-cAMP). O complexo se liga ao DNA em uma região operadora dependente de CAP-cAMP próxima ao operador 3, ativando a transcrição dos genes Z, Y e A, para a metabolização da lactose. Na presença de glicose, os níveis de cAMP diminuem e não é formado o complexo CAP-cAMP, logo o operon Lac fica inibido. É importante destacar que, quando os níveis de glicose estão altos, a presença de lactose, não leva à expressão dos genes Z, Y, A, devido à ausência do indutor CAP-cAMP. Esse fato é justificado pela necessidade do consumo de glicose antes da lactose (Figura 22). Figura 22: Regulação do operon Lac mediado por glicose. cAMP: AMP cíclico; CAP: proteína receptora de cAMP; Pol: RNA Polimerase; ATP: adenosina trifosfato; P: região promotora. A regulação gênica do metabolismo de lactose para as bactérias E. coli é de grande importância para a sobrevivência. Elas se adaptam ao meio e à presença de diferentes nutrientes, consumindo-os de modo inteligente. Estudar o operon Lac nos possibilita entender os principais métodos de regulação gênica em procariotos, pois ele engloba fatores repressores e efetores em diferentes estratégias e meios nutricionais. Agora, podemos ir adiante e aprender sobre a regulação gênica nos eucariotos. OPERONS MECANISMOS DE REGULAÇÃO GÊNICA EM EUCARIOTOS Os organismos eucariontes podem ser multicelulares, com cada célula com funções diferentes e atuando em locais diferentes. Entretanto, todas as células possuem o mesmo DNA. Vamos considerar a estrutura e a organização dos procariotos, seres unicelulares cujo material genético quase todo é codificante, têm os operons gerando RNAm policistrônico (não existem operons em organismos eucariontes), proteínas interligadas de uma mesma via metabólica sendo expressas, regulações básicas de ativação ou repressão genética e os promotores. As células procariontes funcionam muito bem ao pensar que são unidades individuais, buscando a sobrevivência. De modo diferente, se considerarmos os organismos multicelulares, eles possuem um maior nível de complexidade e, ao mesmo tempo, o percentual de gene codificante e não codificante é muito menor. Nos humanos, cerca de 2% do DNA é codificante. É um pouco contraintuitivo pensar que um organismo mais complexo, onde todas as células, mesmo com funções variadas, possuam o mesmo DNA, e este ainda por cima tem proporcionalmente uma menor porcentagem de genes codificantes. Vamos a um exemplo? Ao pensarmos em especialização celular, uma célula do seu intestino precisa absorver e transportar nutrientes com muita eficiência. Já uma célula da sua pele tem que se multiplicar mais, conferir resistência e acumular queratina. No entanto, ambos os tipos celulares têm os mesmos genes, praticamente todo o DNA é igual! Mas como isso é possível? O segredo desse paradoxo é a regulação gênica e o processamento do RNAm. Para podermos transcrever uma fita de DNA, primeiro, temos o acoplamento da RNA polimerase na fita dupla. Esse DNA precisa estar acessível à maquinaria de transcrição, logo em um estado descompactado. Atenção Durante todo o texto, utilizaremos o termo “maquinaria de transcrição”, o qual é mais correto, uma vez em que, nos eucariotos, apenas a RNA polimerase sozinha é incapaz de iniciar a transcrição, ela necessita do auxílio de fatores gerais de transcrição adicionais. A compactação e descompactação do DNA em eucariotos são dadas pelas proteínas histonas, sendo um tipo de regulação gênica. As histonas ditam a compactação da cromatina e são moduladas por pequenas alterações químicas em sua estrutura, sendo elas: metilação (adição de grupamentos metila favorecem a compactação do DNA pelas histonas, impossibilitando a atuação da maquinaria transcricional) e a acetilação (a adição de grupamentos acetil favorecem a descompactação do DNA, possibilitando a atuação da maquinaria de transcrição. Esse mecanismo é catalisado pelas proteínas histona acetil transferase (HAT) e é reversível) (Figura 23). Assim, uma das maneiras de regular o que vai ser expresso é dependente do padrão de acetilação/metilação de histonas. Figura 23: Acetilação de histonas mediada por histona acetil transferase (HAT). Voltando ao exemplo dado anteriormente, as células do seu intestino certamente possuem trechos do DNA menos compactados do que as células da sua pele. Esses trechos irão expressar proteínas responsáveis pela absorção dos nutrientes. Nas células da pele, os mesmos trechos irão estar com as suas respectivas histonas metiladas, ou seja, mais compactadas. Determinados fatores transcricionais podem promover a acetilação e a metilação das histonas de maneira direcionada, gerando especializações celulares. Em resumo, o padrão de histonas do seu DNA é um dos fatores que faz com que diferentes células tenham funções diferentes.Outro mecanismo de inibição da expressão gênica é dado pela metilação do próprio DNA, mais especificamente na posição 5 do anel de citosina, que dificulta a interação com a RNA polimerase, impedindo a transcrição (Figura 24). Figura 24: Citosina metilada na posição 5 do anel pirimidina. A metilação é a adição de um grupo metil (CH3) de forma covalente. Enzima responsável DNA metiltransferase (DNMT). As citosinas metiladas formam as chamadas ilhas CpG ou ilhas CG (ilhas citosina- guanina); essa metilação não é reparada pela maquinaria de reparo celular, não sendo transcrita e traduzida, constituindo assim partes não codificantes. No entanto, essa metilação pode ser passada para as células filhas no processo de replicação durante a multiplicação celular, garantido a sua hereditariedade. Elas se localizam, principalmente, próximas do sítio de início da transcrição de genes constitutivos. Nos eucariotos, ainda levando em consideração a regulação da transcrição, existem ainda as sequências reguladoras, bastante semelhante aos operadores dos procariotos. No entanto, nos eucariotos, essas sequências podem estar localizadas a milhares de pares de base de distância do promotor. Até agora vimos alguns fatores de regulação associados à transcrição do DNA, mas a expressão gênica dos eucariotos pode ser regulada em diversos outros pontos, como: no processamento pós-transcricional, na degradação do RNAm, na tradução, no processamento pós-traducional e na degradação e transporte da proteína gerada. Como sabemos, os eucariotos são organismos bastante complexos, existem milhares de diferentes interações. A cada dia, os cientistas descobrem novos conceitos e novas formas de regulação gênica. Por isso, vamos focar em algumas das regulações mais relevantes, como o splicing alternativo e a maturação do RNAm, a nível de processamento pós-transcricional, e nos recém- descobertos miRNA (microRNA) e siRNA (small interference RNA), para degradação do RNAm. Agora, já sabemos por que todas as células, mesmo possuindo o mesmo DNA, têm especializações diferentes. Entretanto, falta ainda entender a proporção de DNA codificante e não codificante. Temos apenas 2% de DNA codificante, será que é suficiente para dar conta de toda complexidade de um organismo multicelular? A resposta é sim. Afinal, estamos vivos, não é? A chave para entender esse dilema está no splicing alternativo. Cada célula possui um padrão de splicing (conjunto de informação de como vai realizar esse processo) de acordo com suas funções, originando assim proteínas diferentes a partir do mesmo gene. Após a transcrição do gene, é formado um pré-RNAm, o qual é processado por um complexo de RNA e proteínas chamado de spliciossomo, onde, dependendo do padrão de splicing celular no momento da transcrição, alguns trechos do pré-RNAm são considerados éxons e outros são considerados íntrons. Os trechos íntrons são removidos do pré-RNAm e os trechos éxons são ligados pelo spliciossomo, gerando um pré-RNAm formado apenas com éxons, de acordo com o padrão de splicing (Figura 25). Figura 25: Diferentes isoformas do RNAm. Um mesmo gene pode dar origem a uma enorme quantidade de diferentes RNAm e, por consequência, proteínas diferentes. Desse modo, os eucariotos conseguem com uma quantidade relativamente baixa de genes codificantes gerar um número muito elevado de diferentes proteínas. Junto ao splicing alternativo, o pré-RNAm também precisa passar por um processamento, que o torna capaz de sair do núcleo para chegar ao ribossomo onde será traduzido. O pré-RNAm passa por duas etapas, uma adição do cap 5’, dada pela ligação de um nucleotídeo alterado, e o GMP metilado (Guanosina monofosfato metilada), na ponta 5’ do RNAm, por uma ligação trifosfato. O cap 5’ é fundamental para o reconhecimento do RNAm maduro, a exportação do RNAm para fora do núcleo e o endereçamento do RNAm em direção ao ribossomo. Ele promove a ligação na organela, além de também ter ação protetora. Você sabia A palavra cap significa boné e, nesse caso, pode ser traduzida para capacete 5’. Por isso, o nome cap 5’ ou capacete 5’, uma vez que esse nucleotídeo alterado, protege a perda de informação contida no RNAm oriunda da degradação pela ação de ribonucleases e fosfatases. A segunda etapa do processamento do RNAm é uma adição de uma cauda chamada de “poliA” na extremidade 3’ do RNA. A cauda tem esse nome por ser formada de 80 a 250 resíduos de adenina. A cauda também serve para proteger o RNAm de degradação enzimática durante todo o processo de locomoção em direção ao ribossomo, a cauda poliA é clivada por endonucleases quando o RNAm encontra o ribossomo. Uma vez com a adição do cap 5’ e da cauda poliA, o RNAm se torna maduro e pode ser traduzido pelo ribossoma no citoplasma. A regulação desse processo se dá pela remoção de uma dessas adições. Caso a célula não precise mais de determinada proteína, sinalizações regulatórias são enviadas para o núcleo, onde são removidas e o RNAm agora “não maduro” é degradado (Figura 26). Figura 26: Processamento do RNAm. A última regulação genética que iremos estudar é a mediada por pequenos RNAs: os miRNAs e os siRNA. Os miRNAs apresentam cerca de 19 a 28 pb (pares de base), são endógenos e formados a partir do pareamento imperfeito de uma fita dupla de RNA (double stranded RNA, conhecido como dsRNA). Esse pareamento gera uma estrutura em forma de grampo de cabelo, conhecida como hairpin, que é clivada por uma endonuclease dicer (endonucleases são proteínas que cortam a fita de RNA ou DNA de forma precisa) formando os miRNAs. Os siRNAs, com cerca de 22 a 23 pb, são exógenos (oriundos do RNA viral) ou endógenos (oriundos de retrotransposons) e formados a partir de um pareamento perfeito de uma dsRNA. Também são clivados pela endonuclease dicer, gerando esses fragmentos de siRNA. A regulação é dada pela ligação entre o miRNA ou siRNA no RNAm induzindo a degradação deste ou impedindo sua tradução (Figura 27). Figura 27: Mecanismo de ação do miRNA e siRNA. Os siRNA e miRNA foram recentemente descobertos e possuem um papel muito importante no controle da expressão gênica em eucariotos. No entanto, ainda estamos tentando entender melhor como funcionam, embora suas aplicações médicas pareçam ser muito promissoras. Imagine, por exemplo, uma pessoa que tenha o metabolismo alterado para produzir grandes quantidades de colesterol endógeno. Ela pode ter diversos problemas de saúde oriundos do alto colesterol. No futuro, talvez seja possível construir siRNAs específicos para silenciar a expressão de HMG-CoA redutase, principal enzima da síntese de colesterol endógeno, abrindo possibilidades para uma nova terapia genética. EPIGENÉTICA A genética é o estudo dos genes, das características hereditárias de determinados organismos, guardadas nas moléculas de DNA. A epigenética é o estudo das características que vão acima dos genes, pois “epi” deriva do radical grego que indica a posição superior. Essa ciência estuda as variações nos traços fenotípicos pela ação de fatores externos ou ambientais que afetam a expressão gênica de modo reversível. A compreensão da epigenética pode nos ajudar a estabelecer relações entre a forma com que vivemos e o surgimento de determinadas doenças. Relembrando o que estudamos anteriormente, como um neurônio sabe que tem que ser um neurônio e não um osteoblasto durante o desenvolvimento embrionário? A resposta está nos fatores de transcrição específicos de cada linhagem celular que leva a especialização destas células para a sua forma final e nas marcas epigenéticas no DNA. As marcas epigenéticas são características do material genético que possibilitam ou não sua expressão, seja por metilação do DNA, modificação de histonas (metilação ou acetilação) ou presença de mi e siRNA, que degradam o RNAm. A epigenética é tudo que está acima dos genes e estuda alterações na expressão gênica que não alteram a estrutura primáriada sequência de nucleotídeos. Na verdade, explora modificações no DNA decorrentes da interação do indivíduo com o ambiente. Exemplo Um indivíduo fumante consome grandes quantidades de nicotina, cuja molécula modifica o padrão metilação em diversos genes. Então, os genes que, em condições normais, não estariam sendo expressos passam a ser. E quais são as consequências dessa alteração na expressão gênica? É difícil precisar todas as alterações causadas por determinada substância no nosso organismo, temos milhares de diferentes células expressando diferentes proteínas. Entretanto, a comunidade científica estuda incansavelmente as diversas modificações genéticas causadas por alimentos, comportamentos, drogas etc. Agora, ainda utilizando o caso da nicotina como exemplo, é sabido que o cigarro faz mal à saúde e, segundo estudos, podem reduzir em cerca de 14 anos a expectativa de vida de adultos fumantes. Apenas nos Estados Unidos, o cigarro tem algum tipo de relação com a morte de 400 mil pessoas por ano. As consequências de fumar incluem câncer, doenças cardiovasculares e respiratórias. Muitas grávidas continuam fumando durante a gestação, sendo a causa de morte infantil evitável mais importante. O cigarro consumido pelas mães atrasa o desenvolvimento neural e cardiopulmonar do embrião. Essas crianças também tendem a ter uma maior frequência de doenças respiratórias como asma (Figura 28). No entanto, estudos recentes mostram que mães fumantes podem não só ter os filhos com asma, como também os netos, mesmo que as filhas não fumem. Além disso, foram encontrados alguns mecanismos epigenéticos nos filhos e netos de fumantes. Figura 28: Cigarro. Os conceitos sobre hereditariedade genética evoluíram com o passar dos anos, não apenas os genes são responsáveis por transmitir as informações dos pais para os filhos, mas também os padrões epigenéticos são fundamentais, os quais podem ser passados através de gerações. Marcações no DNA e nas histonas (acetilações e metilações) modificam o padrão de expressão genética, principalmente, no período de desenvolvimento embrionário, causando uma reprogramação gênica. As modificações epigenéticas ocorrem não apenas pela exposição recorrente a determinadas substâncias químicas, mas também devido a fatores ambientais e comportamentais. O holocausto durante a Segunda Guerra Mundial deixou marcas visíveis e invisíveis tanto nos que sofreram o horror nazista quanto em seus filhos e netos. As marcas invisíveis foram reveladas nos cromossomos, que representam um tipo de memória biológica do nosso organismo. Os sobreviventes do holocausto tinham pesadelos frequentes, ansiedade, depressão, dificuldade de ressocialização, entre outros distúrbios psicológicos. De alguma maneira, esses traumas se internalizaram e foram passados adiante, pois os descendentes da guerra tendem a ser mais vulneráveis ao stress e propensos a desordens mentais, evento conhecido como transmissão transgeracional de trauma (TTT). A TTT também já foi descrita na literatura a partir de indivíduos que sofreram abusos, refugiados, vítimas de tortura etc. (Figura 29). Figura 29: Soldado com stress pós-traumático. A compreensão da TTT trouxe avanços na vida de diversas crianças e adultos que passaram por eventos traumáticos, permitindo o diagnóstico e tratamento precoce das consequências do trauma, uma espécie de medicina epigenética. É importante lembrarmos que os mecanismos epigenéticos são maleáveis e podem ser alterados durante a nossa vida, dependendo de fatores químicos e socioambientais, que nos leva a boas perspectivas de tratamento. Diversas outras associações epigenéticas têm sido testadas. Compreender os ajustes finos desses mecanismos pode gerar uma revolução na maneira com que enxergamos a medicina e a genética. Podemos citar alguns exemplos, como: pessoas que sofreram fome durante os anos iniciais de suas vidas possuem um menor risco de câncer colorretal; crianças que passaram por trauma tendem a desenvolver depressão quando adultos devido a uma hipermetilação do gene NR3C1 (responsável pela expressão de receptores ligados ao stress); associação de metilação do DNA, formando ilhas CpG em determinadas regiões, é correlacionada com maior prevalência de diabetes tipo 2 e obesidade em populações árabes, dentre outros estudos. A terapia genética, com o uso de miRNA, siRNA e edição genética parece muito promissora, mas ainda são estudos preliminares e temos muitos mistérios a desvendar (Figura 30). Figura 30: Terapia genética. VERIFICANDO O APRENDIZADO 1. Estudamos as regulações gênicas nos procariotos e vimos que existem operons, que são trechos responsáveis por alguma função biológica. Leia as afirmativas abaixo e responda. I. Considerando o operon Lac, a expressão do gene I é constitutiva, uma vez que não temos lactose sempre no meio intracelular. II. Em procariotos, os genes com funções de uma mesma via metabólica estão localizados próximos uns aos outros em um operon e transcrevem para um RNAm monocistrônico. III. O RNAm monocistrônico é capaz de ser traduzido em diferentes proteínas de uma mesma via metabólica. IV. O operon Lac tem seu funcionamento reprimido na presença de glicose, mesmo que com altas concentrações de lactose. Estão corretas as afirmativas: I, II e III II e III II, III e IV I e IV Responder Comentário 2. A epigenética estuda como componentes externos e ambientais modificam nosso genoma através de determinadas marcações. São exemplos de marcadores epigenéticos que podem modificar a expressão de genes: I. Metilação do DNA, metilação de histonas e presença de miRNAs. II. Acetilação do DNA, splicing alternativo e presença de miRNAs. III. Ubiquitinação de proteínas, metilação de histonas e nicotina. IV. Metilação do DNA, stress e presença de miRNAS. Estão corretas as sentenças: I e II I III e IV II Responder Comentário CONCLUSÃO CONSIDERAÇÕES FINAIS Conhecemos como a Biologia Molecular foi estabelecida como ciência a partir da descoberta do DNA e do RNA, explorando principalmente a sua estrutura e a sua função. Além disso, vimos a teoria mais aceita, atualmente, para explicar como a vida surgiu no nosso planeta. Aprendemos como o material genético nos eucariotos e procariotos e como esses grupos se organizam e os diferentes mecanismos de regulação da expressão gênica. Por fim, todos os conceitos aprendidos sobre os eucariotos foram concatenados para termos uma noção sobre o que é a epigenética. A epigenética é uma ciência recente que estuda o comportamento de todos os componentes que estão presentes influenciando o genoma e, por consequência, influenciando na expressão gênica. PODCAST 0:00 24:46 REFERÊNCIAS AL MUFTAH, W. A. et al. Epigenetic associations of type 2 diabetes and BMI in an Arab population. In: Clinical epigenetics, v. 8, n. 1, p. 13, 2016. ALBERTS, B. Molecular biology of the cell. 2018. AMBROS, V. The functions of animal microRNAs. Nature, v. 431, n. 7006, p. 350-355, 2004. BETZ, F. Managing Science: Innovation, Technology, and Knowledge Management. 2011. BORGES-OSÓRIO, M. R.; ROBINSON, W. M. Genética Humana. 3 ed. Artmed Editora, 2013. COSTA, E. de B. O.; PACHECO, C. Epigenética: regulação da expressão gênica em nível transcricional e suas implicações. In: Semina: Ciências Biológicas e da Saúde, v. 34, n. 2, p. 125-136, 2013. DAHM, R. Friedrich Miescher and the discovery of DNA. In: Developmental biology, v. 278, n. 2, p. 274-288, 2005. DUBEY, R. C. D. K. 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Michael Russell demonstrou que existem fontes de águas termais no fundo dos oceanos, aquecidas pelo manto da Terra, que jorram água alcalina. Essas fontes são ricas em minérios de ferro, níquel e enxofre dissolvidos. Para conhecer mais, leia o livro Questão vital: Por que a vida é como é?, de Nick Lane e Talita Rodrigues. Para conhecer um pouco mais sobre os avanços da epigenética na área biomédica, leia o livro Epigenética aplicada à saúde e a doença de Elsner e Siqueira. Para conhecer um pouco mais sobre a história da Biologia Molecular, visite a matéria do Rogerio Meneghini Os genes e o gene, publicada na revista FAPESP. Qual foi papel de Roselind Franklin no modelo da dupla hélice do DNA de Watson e Crick? Para saber mais, visite o artigo As controvérsias a respeito da participação de Rosalind Franklin na construção do modelo da dupla hélice, de Marcos Rodrigues da Silva. CONTEUDISTA Eldio Gonçalves dos Santos Currículo Lattes Ao clicar nesse botão, uma nova aba se abrirá com o material preparado para impressão. Nela, acesse o menu do seu navegador e clique em imprimir ou se preferir, utilize o atalho Ctrl + P. Nessa nova janela, na opção destino, direcione o arquivo para sua impressora ou escolha a opção: Salvar como PDF. Isolamento de Ácidos Nucléicos APRESENTAÇÃO MÓDULO 1 MÓDULO 2 CONCLUSÃO DESCRIÇÃO Isolamento dos ácidos nucleicos: coleta, transporte e armazenamento de amostras; extração e quantificação de DNA e RNA; síntese de cDNA; desenho experimental. PROPÓSITO Compreender as etapas para o isolamento dos ácidos nucléicos, a partir do desenho experimental até a sua extração e quantificação é o primeiro passo para obtenção de amostras de qualidade para a realização dos métodos moleculares, garantindo, assim, resultados fidedignos. OBJETIVOS Módulo 1 Descrever o desenho experimental e as fases pré-analíticas do isolamento dos ácidos nucleicos Módulo 2 Descrever os procedimentos de extração e quantificação do DNA e RNA e síntese do cDNA INTRODUÇÃO A Biologia Molecular é responsável por estudar as moléculas que realizam a manutenção da vida. São elas: DNA, RNA e proteínas, que têm como função principal, considerando o dogma central da Biologia, armazenar informações e enviar essas informações para a síntese das proteínas que realizaram as funções celulares, respectivamente. Atualmente, os inúmeros avanços obtidos na área médica, na ciência animal e vegetal, são resultado da elaboração de técnicas moleculares que nos proporcionaram novas formas de estudar o DNA e o RNA. Técnicas essas que estão em constante evolução. No entanto, antes de analisar o material genético propriamente dito, é necessário extrair esse material das células. Para isso, é essencial que a coleta, o armazenamento, o transporte e o processo extrativo sejam realizados de maneira satisfatória e que tenhamos uma quantidade de material genético suficiente, de qualidade, livre de contaminantes e íntegro para realizar a análise. Você imagina como é feito o processo extrativo? Será que a extração de DNA ou RNA empregam a mesma metodologia? E o que é cDNA e qual sua importância? Vamos juntos, ao longo desta jornada, explorar todos esses questionamentos, visitando a coleta, transporte e armazenamento do material para análise molecular (fase pré-analítica). Após essa fase, vamos aprender sobre as técnicas de extração de DNA e RNA, quantificação, análise da pureza e, por fim, a síntese do cDNA. Além disso, estudaremos o desenho experimental e entenderemos a sua aplicabilidade, etapas e importância no desenvolvimento e conhecimento científico! MÓDULO 1 Descrever o desenho experimental e as fases pré-analíticas do isolamento dos ácidos nucleicos 1 – DESENHO EXPERIMENTAL O desenho experimental é um planejamento de um estudo realizado em algumas etapas e é uma ramificação do método científico, que é a ferramenta mais poderosa de todas para o avanço tecnológico da humanidade e muda até mesmo a forma que pensamos nas coisas do dia a dia. Veja a aplicação desse método em uma atividade do nosso cotidiano: Clique nas setas para ver o conteúdo. Leonardo tem o hábito de assistir ao telejornal todos os dias. Enquanto assistia ao programa, viu que o prefeito da sua cidade participou de uma pequena entrevista e fez algumas afirmações sobre o funcionamento da prefeitura naquele trimestre. Primeiro, Leonardo deve parar, pensar sobre tal afirmação e aplicar o método científico, observando o que foi falado e questionando “Será que é verdade o que o prefeito falou?” Em seguida, ele estabelecerá hipóteses: “É verdade que tal coisa aconteceu” ou “É mentira que tal coisa aconteceu”. A próxima etapa é realizar um experimento, que nesse caso é a busca de fontes confiáveis de notícia, com credibilidade, para identificar se o que o político falou é verdade ou não, analisar o discurso e, finalmente, Leonardo poderá tomar a sua conclusão baseado no método científico. Pronto! Agora ele pode validar a hipótese “É verdade” ou “É mentira” ao invés de simplesmente aceitar a afirmação dita. O método científico foi utilizado para produzir quase tudo que existe, indo do aparelho em que você está lendo este texto até a cadeira em que está sentado(a). Nós utilizamos esse método muitas vezes de forma inconsciente, mas temos que ter em mente que ele existe e que devemos pensar sempre de forma criteriosa. Resumindo, as etapas do métodocientífico são: observação, questionamento, hipótese, experimento, análise dos resultados e conclusão. Método científico. Fonte: EnsineMe. Agora que já entendemos o método científico, podemos falar sobre desenho experimental. Ele é um conjunto de etapas que devem ser realizadas para conduzir uma hipótese utilizando o método científico, com objetivo de estabelecer um resultado confiável e reprodutível. A reprodutibilidade é um dos pontos mais importantes da ciência. Exemplo Vamos entender melhor com um exemplo: Sua equipe do laboratório desenvolveu uma nova técnica de quantificação de DNA. Você deverá escrever sua metodologia passo a passo, com detalhes dos tipos de solventes necessários, as concentrações, pressão, temperatura de incubação etc. Os dados devem ser claros para que quando outra pessoa ler essa metodologia (por exemplo, alguém do outro lado do mundo, cinco anos depois) ela consiga chegar no mesmo resultado, considerando que todas as condições e manipulação foram realizadas conforme o descrito. As etapas do desenho experimental, são: Escolha uma das Etapas a seguir. 1. Definir a relação causa-efeito 2. Planejamento 3. Execução 4. Análise e interpretação 5. Formular as conclusões A partir do desenho experimental, pretendemos dizer de que modo ou por que causas o fenômeno é produzido. Assim, a partir da ideia de relação de causa- efeito em que se acredita que existe uma relação entre a construção da causa e o efeito observado, formulamos as hipóteses a serem testadas, temos os vários tratamentos (variáveis independentes) e executamos o experimento e observamos os resultados (variáveis dependentes). Se o experimento for bem elaborado e planejado, podemos formular conclusões a respeito da relação de causa-efeito para a hipótese estabelecida. 1.1 – VARIÁVEIS DEPENDENTES E INDEPENDENTES Mas o que são variáveis dependentes e independentes? Para responder a essa pergunta, aprenderemos alguns conceitos essenciais para o desenho experimental! Sempre que fazemos um experimento, queremos verificar os seus resultados. Todos os resultados (outputs) são originados a partir das entradas do experimento (inputs). Considerando que eu quero extrair o DNA com sucesso, meu input vai ser o material coletado, por exemplo, o raspado da face interna da bochecha, e o output vai ser o DNA extraído desse material. Os inputs são suscetíveis às diversas variáveis. Elas são agrupadas em dois grupos: variáveis dependentes e variáveis independentes. Escolha uma das Etapas a seguir. Variáveis independentes Variáveis dependentes Exemplo O experimento será medir a concentração plasmática do meu colesterol. As variáveis independentes, ou seja, as que eu posso controlar, seriam: Fiz jejum? Me alimentei bem? Usei algum medicamento nos últimos dias? Essas perguntas irão influenciar diretamente no resultado do colesterol encontrado, ou seja, na minha variável dependente, que nesse caso é a concentração de colesterol dosada no soro. 1.2 – HIPÓTESE NULA E HIPÓTESE ALTERNATIVA Após os resultados do nosso experimento, baseado nos dados coletados e processos realizados, como garantir que o dado obtido em uma amostra pode ser generalizado para toda a população e verificar se a hipótese inicial estava correta? Resposta Para tentar responder a essas perguntas, os cientistas utilizam modelos estatísticos e testes de hipóteses para analisar os dados e testar a validade desses resultados. Por meio da inferência estatística, os testes de hipótese são utilizados para tomar a decisão de aceitar ou rejeitar uma hipótese estabelecida no início do desenho experimental. Existem dois tipos de hipóteses: a hipótese nula (H0) e a hipótese alternativa (H1). Hipótese nula Indica que não há uma relação causa-efeito. Hipótese alternativa Afirma que existe uma relação causa-efeito, ou seja, rejeita a hipótese nula. Vamos entender melhor a partir de um exemplo: Para provar que existe um padrão, ou seja, uma relação causa-efeito, vamos estudar se, ao falar com um papagaio, ele repete exatamente o que eu falo. Nesse caso, minha hipótese inicial, aquela que eu quero provar, é que o papagaio repete o que eu falo. Para isso, o experimento será falar várias vezes para o papagaio a palavra Vasco e observar o que ele diz. Como resultado, podemos esperar que ele repita a mesma palavra (Vasco) ou não (Flamengo, ou qualquer outra palavra diferente de Vasco). Assim, teremos duas hipóteses: a hipótese nula (aquela em que não há relação causa-efeito), que ele não repete o que falamos, ou seja, ao ouvir Vasco, ele diz Flamengo. Quando isso acontece, dizemos que a H0 é verdadeira; E a hipótese alternativa (aquela que confirma a relação causa-efeito), em que ele repete o que estamos falando, ao ouvir Vasco, ele repete Vasco. Nesse caso, rejeitamos a H0 e a H1 é verdadeira. Objeto com interação. Hipóteses nula e alternativa. Fonte: EnsineMe. 1.3 – TIPOS DE ERROS Todos os experimentos e análises de resultados são passíveis de erros de interpretação e/ou do processo realizado. Os erros são causados quando temos uma interpretação errônea dos dados, o que nos leva a rejeitar uma hipótese verdadeira (falso positivo) ou não rejeitar uma hipótese falsa (falso negativo). Os erros podem ser classificados como tipo 1 e 2, de acordo com a hipótese que será rejeitada. A hipótese nula é verdadeira Decisão Decidimos rejeitar a hipótese nula. Erro tipo 1 (rejeição de uma hipótese nula verdadeira) Decisão corr Aceita-se a hipótese nula. Decisão correta Erro tipo 2 (n Erros do tipo 1 e 2. Vamos voltar ao exemplo anterior para entender melhor esses erros: Como aprendemos anteriormente, ao falar para o papagaio a palavra “Vasco” e ele repetir “Flamengo” ou qualquer outra palavra além de “Vasco”, a hipótese nula é verdadeira (sem relação causa-efeito). No entanto, quando falamos “Vasco” para o papagaio e ele repete outra palavra, enviesados para a obtenção de uma relação de causa-efeito, rejeitamos a H0, mesmo ela sendo verdadeira. Temos um erro do tipo 1 ou falso positivo. Nesse tipo de erro, a hipótese nula é verdadeira (ou seja, ele não repetiu a palavra Vasco) e nós a rejeitamos (pois entendemos Vasco). Vimos também que quando falamos Vasco e ele repete Vasco, a H0 é falsa. Qualquer outra palavra dita pelo papagaio torna a H0 verdadeira, pois ele não repetiu a palavra que queríamos (Vasco). No entanto, se ao falar Vasco ele repetir a exata palavra Vasco, e nós entendermos “Asco” por engano, vamos entender que a H0 é verdadeira, porém, neste caso, a hipótese nula é falsa, uma vez que ele de fato repete a palavra “Vasco”. Esse é um erro do tipo 2 ou falso negativo: aceitamos uma H0 verdadeira (pois entendemos que ele disse Asco), mas, na verdade, a hipótese nula era falsa (ou seja, ele disse “Vasco”). Você sabia Esses conceitos podem ser utilizados em qualquer desenho experimental e são muito comuns na área médica, principalmente em testes de diagnóstico clínico, onde kits de diagnóstico demonstram resultado positivo para uma doença inexistente ou resultado negativo, quando na verdade há presença de doença. Assista ao vídeo abaixo e entenda melhor o desenho experimental. 1.4 – SELEÇÃO DE PARTICIPANTES A seleção dos participantes, população de estudo, deve ser a mais representativa possível, para termos uma menor chance de errar ao generalizar os resultados. A seleção de participantes de um estudo também pode ser chamada de amostragem, que pode ser não probabilística ou probabilística. A não probabilística ocorre quando a probabilidade da seleção de cada participante não é conhecida, a seleção da amostra depende do julgamento do pesquisador e esta pode ser feita pela amostragem por conveniência (o pesquisador escolhe quem está disponível) ou julgamento (o pesquisador escolhe quem ele acha interessante). Já na amostragem probabilística, cada elemento da população possui a mesma probabilidadede ser selecionado para compor a amostra. Nesse caso, a probabilidade da seleção de cada participante é conhecida. Por exemplo, em uma amostra aleatória simples com 10 participantes, a chance de um deles ser escolhido é 1/10, ou seja, 10%. A amostragem probabilística pode ser: Clique na barra para ver as informações. AMOSTRAGEM ALEATÓRIA SIMPLES Participantes são selecionados aleatoriamente em uma determinada população. Em uma população de 12 participantes, eu escolho 9 de forma aleatória, ou seja, ao acaso. Isso poderia ser realizado por sorteio, por exemplo. Amostragem aleatória simples. Fonte: Bakhtiar Zein/Shutterstock.com. AMOSTRAGEM SISTEMÁTICA O primeiro participante é selecionado a partir de um número preestabelecido e os outros participantes são escolhidos seguindo um mesmo coeficiente. Por exemplo, em uma população com 13 participantes, vamos padronizar um coeficiente de 3. Além disso, vamos utilizar a fórmula 1 + (K x N), onde K é meu coeficiente e N o número do participante. Se definimos o primeiro participante como o número 1 (poderia ser qualquer outro), quais seriam os outros participantes? O segundo participante será o número 1 + o coeficiente (3) X a quantidade de participantes já escolhidos, assim teríamos 1 + 3 (coeficiente) X 1 (número já selecionado). Ou seja, o participante seria o número 4. O terceiro participante será o número 1 + 3 x 2 = 7. O quarto 1 + 3 x 3 = 10. O quinto 1 + 3 x 4 = 13, fechando, assim, a amostra. Amostragem sistemática. Fonte: Bakhtiar Zein/Shutterstock.com. Com os conceitos básicos sobre desenho experimental estabelecidos, podemos seguir para as próximas etapas da fase pré-analítica do isolamento de ácidos nucleicos. Os conceitos aprendidos neste tópico são valiosos e podem ser utilizados em qualquer situação da vida, seja ela profissional ou do nosso cotidiano. 2 – COLETA, TRANSPORTE E ARMAZENAMENTO DE AMOSTRAS BIOLÓGICAS DESTINADAS AOS TESTES MOLECULARES Atualmente, o mercado dos testes moleculares está em intensa expansão. O marketing feito pelos laboratórios, as divulgações promovidas por celebridades, as regulações nos preços dos testes, o desenvolvimento de marcadores e os kits acessíveis, entre outros fatores colaboram para o crescimento desse ramo de mercado. São várias as empresas fazendo testes utilizando material genético para diferentes fins, por exemplo, indicar a ancestralidade e a origem genética e apontar marcadores genéticos para doenças, além dos testes laboratoriais para diversos tipos de infecções (incluindo COVID-19). Saiba mais Num passado recente, pensar nesse tipo de tecnologia de diagnóstico era deixado para filmes de ficção científica, aqueles onde um médico high- tech coleta o sangue do paciente, passa em uma máquina e depois de alguns segundos um papel é impresso indicando todas as doenças e quais medicamentos utilizar. Hoje em dia esse tipo de abordagem é real, ou pelo menos bem parecido com filmes, pois a população tem acesso aos testes de forma mais fácil e barata. É importante ressaltar que no Brasil existem algumas empresas com esse perfil! Sempre que pensamos nos testes moleculares, automaticamente temos a ideia de perfeição, por se tratar de tecnologia de ponta, pela propaganda ser sempre bem feita e por ser algo muito misterioso, de entendimento distante do senso comum. Apesar de muitos acharem que os resultados de testes genéticos são absolutos, isso não é uma verdade: eles estão sujeitos a erros assim como qualquer teste de laboratório e a maioria desses erros ocorrem justamente na fase pré-analítica (que compreende desde a coleta do material até o cadastro e armazenamento das amostras no laboratório, antes da análise propriamente dita). Você sabia Diferentes amostras biológicas podem ser coletadas para os testes moleculares, como sangue, escarro, amostra de tecidos, um fio de cabelo, dentre outras. A partir dessas amostras, podemos detectar a presença tanto do nosso material genético (DNA/RNA) quanto o de microrganismos, conseguindo verificar e quantificar a presença de vírus, bactérias, protozoários; analisar a predisposição ou estado de doenças genéticas; e fazer os famosos testes de paternidade. Além disso, é amplamente utilizado em perícias médicas: o jornalista Tim Lopes foi identificado com auxílio dos testes moleculares. É importante destacar que além das amostras biológicas, os testes moleculares podem ser realizados a partir de cultura de células e de microrganismos. Nesses casos, também é essencial os cuidados com a fase pré-analítica, para um resultado de qualidade. A coleta e manipulação de todas essas amostras, assim como na coleta de qualquer material biológico, deve ser realizada seguindo todas as normas de biossegurança, com utilização dos Equipamentos de Proteção Individual, para evitar contaminação. Além disso, as amostras devem estar devidamente identificadas com o nome do paciente e data da coleta, assinatura de quem coletou e um código numérico para dupla verificação. Amostras que não estiverem identificadas corretamente ou aquelas que apresentem características que impossibilitem o teste, como a presença de hemólise no tubo de sangue, devem ser descartadas. Alguns tipos de testes possuem critérios específicos de acordo com o procedimento realizado. É obrigação do laboratório deixar evidente para os pacientes os critérios de aceitação e exclusão de amostras para cada tipo de ensaio. A quantidade de material genético extraído depende diretamente do local de coleta, do número de células presentes e pode variar conforme a idade do paciente, além de depender diretamente das condições de transporte e armazenamento. Atenção Em algumas ocasiões, um resultado negativo em um exame pode ser resultado de um erro durante a fase pré-analítica, uma vez que o material genético tem que estar viável para conseguir realizar as técnicas moleculares que envolvem sua amplificação. É sempre preferível trabalhar com amostras frescas para melhorar o rendimento. Veja alguns cuidados para extração de amostras de DNA e RNA: Clique nas barras para ver as informações. EXTRAÇÃO DE DNA Para extração de DNA, a coleta deve seguir alguns cuidados, pois, no nosso organismo, existem moléculas capazes de degradar o DNA, como as desoxirribonucleases (DNases) que necessitam de íons metal para a sua atividade. Então, para inativação da enzima, pode ser necessária a utilização de agentes quelantes como o EDTA. Ela também é inativada pelo calor durante 10 minutos a 65°C. EXTRAÇÃO DE RNA A coleta de amostras para a extração de RNA requer mais cuidados. O RNA é uma molécula altamente instável e que apresenta grande fragilidade e se degrada rapidamente pela ação de ribonucleases (RNase). Essas enzimas não precisam de cofator para se ativar, são estáveis, ficando ativas mesmo após a fervura e autoclavagem, e estão presentes em uma série materiais biológicos e na nossa pele. É muito importante a adição de agentes estabilizadores de RNA o mais rápido possível e que o recipiente utilizado seja certificado como Ribonucleases (RNase) free, ou seja, livre de agentes degradantes de RNA, estéril, e sempre deve ser manipulado com luvas! Vamos agora conhecer a peculiaridade de algumas amostras destinadas à extração do DNA/RNA. 2.1 – SANGUE E ASPIRADO DE MEDULA ÓSSEA Amostras de sangue e aspirado de medula óssea precisam ser armazenadas junto a agentes anticoagulantes para manter a estabilidade da amostra, impedindo a coagulação sanguínea. Entretanto, a heparina (agente anticoagulante amplamente utilizado) é um potente inibidor de algumas técnicas moleculares, dentre elas o famoso PCR (Polymerase Chain Reaction). Você sabia A impossibilidade do uso de heparina fez com que outros anticoagulantes fossem preferíveis, normalmente são utilizados o EDTA (ácido etilenodiaminotetracético) ou o ACD (citrato de dextrose) para estas amostras. A coleta de amostras com o anticoagulante
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