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REPLICAÇÃO DO DNA SUMÁRIO 1. Princípios da Replicação do DNA ....................... 3 2. Origem de Replicação .............................................. 6 3. Forquilhas de Replicação ......................................10 4. Dna-Polimerase ........................................................15 5. Proteínas Acessórias da Replicação ................24 6. Reparo do DNA ........................................................32 Referências Bibliograficas .........................................43 3REPLICAÇÃO DO DNA O processo biológico fundamental da reprodução requer a transmissão fiel da informação genética dos pais para os filhos. Portanto, a replicação acu- rada do DNA genômico é essencial para a existência de todas as células e organismos. A cada vez que uma célula se divide, todo o seu genoma deve ser duplicado, sendo necessária uma complexa maquinaria enzimáti- ca para copiar as grandes moléculas de DNA que constituem os cromos- somos procarióticos e eucarióticos. Além disso, as células desenvolve- ram mecanismos para corrigir os er- ros eventuais que ocorrem durante a replicação do DNA e para reparar as lesões que resultam da ação de agentes ambientais tais como as ra- diações. Anormalidade nestes pro- cessos resultam na falta de acurácia na replicação e na manutenção do DNA genômico – falha esta que pode ter consequências desastrosas, como o desenvolvimento de câncer. 1. PRINCÍPIOS DA REPLICAÇÃO DO DNA A replicação do DNA é um proces- so semiconservativo no qual cada fita parental serve como molde para a síntese de uma nova fita-filha. Para tal, ocorre a separação das fitas da dupla hélice de DNA com a quebra das ligações de hidrogênio entre as bases nitrogenadas, e então cada fita atuará como molde para a produção de uma nova fita. Assim, cada nova molécula de DNA é uma cópia per- feita de uma molécula preexistente. Ocorre durante a fase S da interfase e a enzima central envolvida é a DNA polimerase, que catalisa a junção de desoxirribonucleosídeos 5’-trifosfa- tados (dNTPs) para formar a cadeia crescente de DNA. Fita S molde Fita S’ nova Fita S nova Fita S’ molde Fita S Fita S’ Dupla-hélice de DNA original Figura 1. A dupla-hélice atua como um molde para sua própria duplicação. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 4REPLICAÇÃO DO DNA SE LIGA! A replicação correta da dupla hélice original do DNA é assegurada pelo pareamento adequado das bases nitrogenadas, isto é, cada timina é pa- reada com uma adenina e cada guani- na está associada a uma citosina. Erros nesse pareamento podem (ou não) ge- rar mutações. Contudo, a replicação do DNA é mui- to mais complexa que uma simples reação enzimática. Outras proteínas estão envolvidas e mecanismos de correção de erros são necessários para garantir que a exatidão da re- plicação seja compatível com a baixa frequência de erros exigida para a re- produção celular. Proteínas adicionais e sequências específicas de DNA são necessárias para iniciar a replicação e copiar as extremidades dos cromos- somos eucarióticas. SE LIGA! A replicação do DNA é um processo bastante complexo tendo em vista que envolve a duplicação de bi- lhões de pares de nucleotídeos cada vez que a célula se divide. O processos de cópia deve ocorrer com alta velocidade e precisão, isto é, com o mínimo de er- ros possível. Esse feito é realizado por um grupo de proteínas que formam uma máquina de replicações. SAIBA MAIS! A replicação do DNA também é dita assincrônica. Isto porque, em um dado tipo celular, re- giões específicas do material genético, ou genes individuais, começam e terminam sua du- plicação em momentos definidos na fase S. A eucromatina, que constitui a cromatina gene- ticamente ativa, começa a replicar primeiro, fazendo-o desde o início da fase S, enquanto a heterocromatina geralmente é a última a replicar, no final do período S, sendo considerada, portanto, de replicação tardia. 5REPLICAÇÃO DO DNA MAPA MENTAL – VISÃO GERAL DA REPLICAÇÃO DO DNA Fase S da interfase Processo semiconservativo REPLICAÇÃO DO DNA Pareamento adequado das bases nitrogenadas Principal enzima Outras proteínas Quando ocorre? Assincrônica Alta velocidade Alta precisão Regiões específicas do material genético replicam-se em definidos momentos na fase S DNA polimerase Máquina de replicação Erros MutaçõesSeparação das fitas na dupla - hélice Fita parental Duas fitas - filhas Molde Cópias exatas 6REPLICAÇÃO DO DNA 2. ORIGEM DE REPLICAÇÃO Para que o DNA de fita dupla atue como molde durante a replicação, as duas fitas pareadas devem ser sepa- radas, ou desnaturadas, para tornar as bases disponíveis ao pareamen- to com as bases dos dNTPs que são polimerizados nas novas fitas-filhas recém-sintetizadas. A separação das fitas parentais de DNA é realizada por helicases específicas, começando em segmentos únicos de uma molécula de DNA, chamados origens de repli- cação, ou simplesmente origens. As sequências nucleotídicas das origens de replicação de diferentes organis- mos variam bastante, embora geral- mente contenham sequências ricas em A – T (Adenina e Timina). Figura 2. A dupla hélice de DNA é aberta na origem de replicação. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p. 7REPLICAÇÃO DO DNA SE LIGA! As origens de replicação são compostas por sequências de DNA que atraem as proteínas iniciadoras e são segmentos de DNA particularmente fá- ceis de separar. Nesse contexto, sabe- mos que o par de bases A – T é unido por menos pontes de hidrogênio do que o par G – C (Guanina e Citosina). Portan- to, um segmento de DNA rico em pares de bases A – T é relativamente mais fácil de ser separados e, com isso, esses pa- res são normalmente encontrados nas origens de replicação. A velocidade de duplicação do DNA é calculada em torno de 30 mm por mi- nuto, na bactéria Escherichia coli, e de 0,5 a 2,0 mm por minuto, nos núcle- os das células eucariontes dos ver- tebrados. Com essa velocidade, se o processo começasse por um extremo da molécula de DNA e terminasse no outro, o genoma dos vertebrados gastaria um tempo muito longo para sua replicação. Isso realmente não acontece, pois enquanto em células procariontes a molécula de DNA ini- cia a replicação em um único local, em células eucariontes existem múltiplas origens. Assim, essas células solu- cionaram o problema de replicar seu enorme genoma no curto espaço de tempo do intervalo S e superaram a baixa velocidade de sua replicação. O número de origens de replicação de- pende do organismo, do tipo celular e é regulado ao longo do desenvol- vimento. Como exemplo, em um cro- mossomo humano médio existem, pelo menos, 200 pontos de origem. Como muitos genes ativos replicam no início da fase S, é possível que o papel de origens de replicação espe- cíficas seja o de coordenar a replica- ção do DNA com a transcrição dos genes. 8REPLICAÇÃO DO DNA Origem de replicação Início da replicação Término da replicação Duas moléculas – filhas de DNA circular Origem de replicação Início da replicação Término da replicação Figura 3. A replicação do DNA de um genoma bacteriano. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 9REPLICAÇÃO DO DNA Para ser ativada, a origem de replica- ção é reconhecida por um complexo proteico chamado complexo de re- conhecimento de origem (ORC, em inglês). Ele liga-se às origens de re- plicação e sinaliza para que outras proteínas reguladoras venham a se ligar também. Entre essas proteínas, está o complexo pré-replicativo ou pré RC. Quando o complexo pré-RC se liga a uma origem de replicação, o complexo ORC é fosforilado e o pro- cesso de replicação é iniciado. Depois de ocorrida a replicação,o complexo pré-RC se desliga daquela origem de replicação, impedindo outra leitura da mesma origem. Iniciação da replicação Forquilhas movem-se em direções opostasDNA-recém sintetizado Figura 4. A replicação em eucarióticos inicia em múltiplas origens (ori). Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Haus- man. (2007). A Célula. Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p. 10REPLICAÇÃO DO DNA 3. FORQUILHAS DE REPLICAÇÃO A região do DNA na qual todas estas proteínas se reúnem para realizar a síntese de fitas-filhas é chamada de forquilha de replicação, em forma de Y. Nessas forquilhas, a máquina de replicação se desloca sobre o DNA, causando a abertura das duas fitas da dupla-hélice e usando cada um das fitas como um molde para pro- duzir uma nova fita-filha. Duas for- quilhas de replicação são formadas a partir de cada origem de replicação, e essas se afastam da origem nas duas direções, separando o DNA à medida que vão se afastando. Dessa forma, a replicação do DNA nos cromossomos bacterianos e eucarióticos é dita bi- direcional. As forquilhas se deslocam muito rapidamente – cerca de 1.000 pares de nucleotídeos por segundo em bactérias e 100 pares de nucle- otídeos por segundo em humanos. A velocidade mais lenta do movimento da forquilha em humanos (e em todos os eucariotos) pode ser devida às di- ficuldades geradas pela presença da estrutura da cromatina, mais com- plexa, encontrada nos organismos superiores. MAPA MENTAL – ORIGEM DE REPLICAÇÃO Células eucarióticas ORIGEM DE REPLICAÇÃO Local de início da separação das fitas parentais de DNA Complexo de reconhecimento de origem (ORC) Sequências ricas em A - T Células procarióticas Ação das helicases Única origem Múltiplas origens Recruta as proteínas envolvidas na replicação 11REPLICAÇÃO DO DNA SE LIGA! O processo replicativo ocorre muito mais rapidamente, pois o geno- ma é menor e encontra-se em um es- tado de compactação bem mais sim- ples em comparação com os eucariotos, proporcionando a adição mais veloz de nucleotídeos. No centro da máquina de replicação está a enzima DNA-polimerase, que sintetiza o DNA novo utilizando uma das fitas existentes como molde. Essa enzima catalisa a adição de nucleotí- deos à extremidade 3’ de uma cadeia crescente de DNA pela formação da ligação fosfodiéster entre a extremi- dade 3’ e o grupo 5’-fosfato do nucle- otídeo a ser incorporado. Os nucleo- tídeos entram na reação inicialmente como trifosfatos de nucleosídeo que Origens de replicação Direção do movimento da forquilha Forquilhas de replicação Figura 5. As forquilhas de replicação se movem em direções opostas, a partir de diversas origens de replicação nos cromossomos eucarióticos. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p. 12REPLICAÇÃO DO DNA fornecem energia para a polimeriza- ção. A hidrólise de uma ligação de alta energia do trifosfato de nucleosídeo fornece a energia para a reação que liga um monômero nucleotídico à ca- deia e libera pirofosfato (PPi). Desoxirribinucleosídeo trifosfato a ser incorporado Extremidade 5’ da fita Extremidade 3’ da fita Extremidade 5’ da fita Extremidade 3’ da fita FITA INICIADORA FITA - MOLDE Pirofosfato Figura 6. Química da síntese de DNA. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 A DNA-polimerase acopla a liberação dessa energia à reação de polimeriza- ção. O pirofosfato é ainda hidrolisado a fosfato inorgânico (Pi), tornando a reação de polimerização irreversível. 13REPLICAÇÃO DO DNA SE LIGA! A DNA-polimerase não se dis- socia do DNA cada vez que adiciona um novo nucleotídeo na cadeia crescente; ao contrário, permanece associada ao DNA e se desloca, a cada etapa, sobre a fita-molde por vários ciclos da reação de polimerização. A síntese de novas fitas complemen- tares para ambas as fitas da molécu- la parental apresentou um problema importante para o entendimento da bioquímica da replicação do DNA. Uma vez que as duas fitas em uma molécula de DNA têm orientação opostas, ou seja, são antiparalelas, a síntese contínua das duas novas fitas na forquilha de replicação exigiria que uma delas fosse sintetizada na dire- ção 5’ para 3’, ao passo que a outra fita seria sintetizada na direção opos- ta (3’ para 5’). Fita - molde Fita iniciadora Direção 5’ para 3’ do crescimento da cadeia 5’ - trifosfato Pirofosfato Figura 7. A síntese de DNA é catalisada pela DNA – polimerase: A DNA-polimerase catalisa a adição sequencial de um desoxirribonucleotídeo à extremidade 3’-OH de uma cadeia polinucleotídica, a fita iniciadora crescente que está pareada à um fita-molde já existente. A fita de DNA recém-sintetizada é, então, polimerizada na direção 5’-3’. Como cada desoxirri- bonucleosídeo trifosfato deve formar par com a fita-molde para ser reconhecido pela DNA-polimerase, essa fita determina qual dos quatro desoxirribonucleotídeos possíveis (A, C, G ou T) será adicionado. A reação é promovida por uma grande alteração favorável da energia livre causada pela liberação do pirofosfato e sua subsequente hidrólise em duas moléculas de fosfato inorgânico. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 HORA DA REVISÃO! As cadeias do DNA são tipicamente encontradas em uma dupla hélice, uma estrutura na qual duas cadeias complementares estão ligadas. Os açúcares e fosfatos localizam-se na parte externa da hélice, formando o arcabouço do DNA; esta porção da molécula é, algu- mas vezes, chamada de esqueleto açúcar fosfato. As bases nitrogenadas se estendem para o interior, como os degraus de uma escada, em pares; as bases de um par se unem entre si por ligações de hidrogênio. As duas fitas da hélice vão em direções opostas, isto é, o final 5’ de uma fita é pareado com o final 3’ da sua fita correspondente. Nos referimos a isso como orientação antiparalela. Por exemplo, se você sabe que a sequência de uma fita é 5’ -AATTGGCC-3’, a fita complementar deve ter a sequência 3’-TTAACCGG-5’. Isso permite que cada base se combine com sua parceira. Quando duas sequências de DNA se combinam desse jeito, possibilitando a ligação entre si de modo antiparalelo e forman- do uma hélice, elas são consideradas complementares. 14REPLICAÇÃO DO DNA Entretanto, como já citado, a DNA- -polimerase só é capaz de sintetizada uma fita nova de DNA na direção 5’ → 3’. Este problema foi resolvido por experimentos que mostraram que so- mente uma das fitas de DNA é sinteti- zada de maneira contínua, na direção da replicação da forquilha. A outra fita é formada de pedaços curtos e des- contínuos de DNA que são sinteti- zados no sentido inverso em relação à direção da forquilha de replicação. Esses pequenos pedaços de DNA re- cém-sintetizados, chamados de frag- mentos de Okazaki, são unidos pela ação da DNA ligase, formando uma nova fita intacta. A fita sintetizada de forma contínua é chamada de fita lí- der, pois sua extensão na direção do movimento da forquilha de replica- ção expõe o molde para a síntese dos fragmentos de Okazaki, que formam a fita descontínua ou retardada. A A A A T T G G T T G GC C C C5’ 5’3’ 3’ Figura 8. Complementariedade das fitas. Fonte: https://pt.khanacademy.org/science/biology/ dna-as-the-genetic-material/structure-of-dna/a/nucleic-acids Fitas parentais Síntese de fragmento de Okazaki União do fragmento de Okazaki à fita descontínua Síntese de um novo fragmento de Okazaki Forquilha de replicação Direção geral da replicação Fragmento de Okazaki Fita contínua Fita descontínua Figura 9. Síntese das fitas contínua e descontínua do DNA. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007). A Célula. Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p. 15REPLICAÇÃO DODNA SE LIGA! Embora sejam diferentes em alguns detalhes, as forquilhas de repli- cação de todas as células, procarióticas e eucarióticas, possuem fitas-líderes e retardadas. Essa característica é comum porque todas as DNA-polimerases uti- lizadas na replicação do DNA polimeri- zam apenas na direção 5’-3’. 4. DNA-POLIMERASE A DNA polimerase é tão precisa que produz apenas cerca de um erro a cada 107 pares de nucleotídeos co- piados. A-T e C-G são, de longe, os pares de bases mais estáveis, mas outros pares, menos estáveis – como G-T e C-A, por exemplo – podem ser formados. Esses pareamentos incor- retos são formados com muito me- nos frequência comparados aos cor- retos, mas, se permanecessem no DNA, matariam a célula pelo acúmulo de mutações. Esses erros são evita- dos devido a duas características da DNA-polimerase que aumentam a precisão da replicação do DNA. Pri- meiro, a enzima monitora cuidadosa- mente o pareamento de bases entre MAPA MENTAL– FORQUILHAS DE REPLICAÇÃO Local onde as proteínas se reúnem para a replicação FORQUILHAS DE REPLICAÇÃO Deslocamento da máquina de replicação Fita contínua (líder) Fita descontínua (retardada) Forma de Y Replicação bidirecionalAlta velocidade Sentido 5’ → 3’ Duas forquilhas se formam a partir de cada origem Fragmentos de Okazaki Ação da DNA-ligase Sentido 3’ → 5’ 16REPLICAÇÃO DO DNA cada nucleotídeo a ser incorporado e a fita-molde. A DNA-polimerase catalisa a reação de adição apenas quando o pareamento está correto. Segundo, quando a DNA-polimera- se produz um erro raro e adiciona um nucleotídeo incorreto, ela pode verifi- car o erro por uma atividade chamada de correção de erros. A correção de erros ocorre ao mesmo tempo que a síntese de DNA. Antes de adicionar um próximo nucleotídeo à cadeia crescente de DNA, a enzima verifica se o nucleotídeo inserido an- teriormente está pareado de forma correta à fita-molde. Se estiver, a po- limerase adiciona o próximo nucle- otídeo; se não, a polimerase remove o nucleotídeo mal pareado e tenta novamente. Portanto, a DNA-poli- merase possui uma atividade de po- limerização 5’-3’ altamente precisa e também uma atividade de correção de erros 3’-5’. Essa correção é rea- lizada por uma nuclease que cliva o esqueleto fosfodiéster. 17REPLICAÇÃO DO DNA DNA - polimerase Fita-molde de DNA A POLIMERASE ADICIONA UM NUCLEOTÍDEO INCORRETO O NUCLEOTÍDEO MAL PAREADO É REMOVIDO PELO MECANISMO DE CORREÇÃO 3’ – 5’ EXTREMIDADE 3’ CORRETAMENTE PAREADA PERMITE A ADIÇÃO DO NUCLEOTÍDEO SEGUINTE A SÍNTESE CONTINUA NA DIREÇÃO 5’ – 3’ Figura 10. Durante a síntese de DNA, a DNA-polimerase verifica seu próprio trabalho. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p. 18REPLICAÇÃO DO DNA SAIBA MAIS! Por que é importante que a síntese da nova fita ocorra sempre no sentido 5’ → 3’? Caso o processo ocorresse no sentido 3’ → 5’, os nucleotídeos seriam inseridos e a fita seria sinte- tizada normalmente. No entanto, a diferença estaria no fato de que a energia para a ligação entre as subunidades viria da quebra da ligação entre os grupos fosfatos do nucleotídeo que já estava inserido na fita. Então caso houvesse algum erro, a subunidade errada seria retira- da, mas não haveria como prover energia para que a correta fosse inserida, pois a energia do nucleotídeo ao qual ela iria se ligar já havia sido gasta. Já no sentido 5’ → 3’, a energia vem da quebra no nucleosídeo livre que será inserido, então mesmo que ele esteja errado e tenha que ser removido, o nucleosídeo correto proverá a energia para ligar-se à fita em síntese. Extremidade 5’ produzida quando um nucleotídeo é removido pelo mecanismo de correção Extremidade 3’ produzida quando um nucleotídeo é removido pelo mecanismo de correção Trifosfato de desoxirribonucleosídeo correto a ser incorporado Trifosfato de desoxirribonucleosídeo correto a ser incorporado MECANISMO DE CORREÇÃO MECANISMO DE CORREÇÃO A REAÇÃO NÃO PODE OCORRER PORQUE NÃO HÁ LIGAÇÃO DE ALTA ENERGIA PARA SER CLIVADA A LIGAÇÃO DE ALTA ENERGIA É CLIVADA, FORNECENDO A ENERGIA PARA A POLIMERAÇÃO FIgura 11. A necessidade de correção explica por que as cadeias de DNA são sintetizadas apenas na direção 5’ – 3’. (A) No mo- delo hipotético de polimerização na direção 3’ – 5’, o mecanismo de correção permitira a remoção de um nucleotídeo incorreto (em verde-escuro), mas bloquearia a adição do nucleotídeo correto (em vermelho), portanto, impedindo o alongamento da cadeia. (B) O crescimento na direção 5’ – 3’ permite que a cadeia seja continuamente alongada quando um nucleotídeo incorreto for adicio- nado e removido pelo mecanismo de correção. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p. 19REPLICAÇÃO DO DNA No entanto, é importante notar que se o sistema de correção simplesmente reconhecesse um mal pareamento no DNA recém-sintetizado e corrigisse de forma aleatória qualquer um dos dois nucleotídeos, o sistema “corrigi- ria” erroneamente o molde original na metade dos casos e, portanto, não re- duziria a taxa total de erros. Para ser eficiente, esse sistema deve ser capaz de diferenciar e remover o nucleotídeo incorreto apenas na fita recém-sinte- tizada, onde o erro aconteceu. Figura 12. Erros originados durante a replicação do DNA devem ser corrigidos para evitar mutações. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 NA PRÁTICA! A importância da correção de pareamento incorreto em humanos é demonstrada em indivíduos que herdam uma cópia defeituosa de um gene de reparo (com uma cópia funcional do gene no outro cromossomo). Esses indivíduos apresentam uma predispo- sição significativa para certos tipos de câncer. Por exemplo, em um tipo de câncer de cólon – câncer de cólon hereditário sem polipose – mutações espontâneas no único gene funcional produzem clones de células somáticas que, devido à deficiência no sistema de reparo de pareamento incorreto, acumulam mutações rapidamente. A maioria dos cânce- res surge a partir de células que acumularam múltiplas mutações, e as células deficientes para esse sistema de reparo apresentam uma chance muito aumentada de se tornarem cancerosas. Felizmente, a maioria dos humanos herda duas cópias corretas de cada gene que codifica uma proteína de reparo de pareamento incorreto; isso nos protege, pois é muito improvável que, na mesma célula, as duas cópias de um mesmo gene sofram uma mutação. 20REPLICAÇÃO DO DNA SAIBA MAIS! Em E. coli, a principal enzima na duplicação do DNA é a DNA-polimerase III, da qual existem apenas 10 moléculas por célula. A DNA-polimerase I (300 a 400 moléculas por célula) e a DNA-polimerase II (40 moléculas por célula) são mais abundantes na célula, uma vez que elas têm funções adicionais, seja no processo de reparo do DNA, seja como exonucleases, removendo nucleotídeos já incorporados. Já em células eucariontes, há cinco DNA polimera- ses clássicas: α, β, γ, δ e ε. A polimerase γ está localizada na mitocôndria e é responsável pela replicação do DNA mitocondrial. As outras quatro enzimas estão localizadas no núcleo e são, portanto, candidatas a um envolvimento direto na replicação do DNA nuclear. As polimera- ses α, δ e ε apresentam maior atividade em células em divisão, o que sugere sua atuação na replicação. Já a polimerase β é ativa tanto em células que estão em divisão quanto naquelas que não estão, o que é consistente com sua função no reparo de danos ao DNA. DNA polimerase I DNA polimerase III Primase Primer Topoisomerase Proteína ligadora de fita simples (SSB) DNA polimerase III Grampo deslizante Fita contínua Fita descontínua DNA ligaseFragmentos de Okazaki Helicase Figura 13. Resumo da replicação do DNA em bactérias. Fonte: https://pt.khanacademy.org/science/biology/ dna-as-the-genetic-material/dna-replication/a/molecular-mechanism-of-dna-replication Como vimos, a DNA polimerase só pode ligar um nucleotídeo a um nu- cleotídeo pareado na dupla-hélice de DNA, ela não pode iniciar uma fita de DNA completamente nova. Uma en- zima diferente é necessária, a qual seja capaz de começar uma nova ca- deia polinucleotídica sem a necessi- dade de uma extremidade pareada. Para isso, existe a primase, enzima que sintetiza pequenos segmentos de RNA, usando a fita de DNA. Esse pequeno segmento de RNA, com cerca de 10 nucleotídeos, é pareado à fita-molde e fornece a extremidade 3’ pareada como ponto de início (ini- ciador) para a DNA-polimerase, sen- do conhecido como primer. 21REPLICAÇÃO DO DNA SE LIGA! A primase é um exemplo de RNA-polimerase, uma enzima que sin- tetiza RNA utilizando DNA como molde. Na fita líder, apenas um iniciador de RNA é necessário para começar a replicação na origem. No entanto, na fita retardada, onde a síntese de DNA é descontínua, novos iniciadores são continuamente necessários. À medi- da que o movimento da forquilha de replicação expõe um novo segmen- to de bases não pareadas, um novo iniciador de RNA é produzido em in- tervalos na fita retardada. Assim, os fragmentos de Okazaki são sintetiza- dos através da extensão, pela DNA polimerase, destes primers de RNA. Fita - molde Iniciação da síntese de RNA Síntese do primer de RNA Extensão do primer de RNA pela DNA polimerase Primase DNA polimerase DNA RNA Figura 14. Iniciação dos fragmentos de Okazaki por primers de RNA. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Haus- man. (2007). A Célula. Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p. Para produzir uma fita nova contínua de DNA a partir dos vários segmen- tos de ácidos nucleicos produzidos na fita retardada, três enzimas adi- cionais são necessárias. Essas atuam rapidamente para remover o inicia- dor de RNA, substituí-lo por DNA e unir os fragmentos de DNA. Portanto, uma nuclease degrada o iniciador de RNA, uma DNA-polimerase chama- da de polimerase de reparo substitui o RNA por DNA (usando as extre- midades dos fragmentos de Okazaki adjacentes como iniciadores), e a en- zima DNA-ligase une a extremidade 5’- fosfato de um fragmento novo de DNA à extremidade 3’–OH do próximo. 22REPLICAÇÃO DO DNA Figura 15. Síntese de um dos vários fragmentos de DNA da fita-retardada. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 Síntese do novo iniciador de RNA pela DNA - primase A DNA – polimerase adiciona – se ao novo iniciador de RNA, iniciando um novo fragmento de Okazaki A DNA – polimerase termina o fragmento de DNA O fragmento antigo do iniciador de RNA é removido e substituído por DNA A DNA – ligase liga os novos fragmentos de Okazaki à cadeia crescente Iniciador de RNA Molde da fita retardada 23REPLICAÇÃO DO DNA MAPA MENTAL – DNA POLIMERASE E DNA PRIMASE Sistema de correção de erros DNA- POLIMERASE Não é capaz de iniciar uma nova fita DNA – PRIMASE Remove o nucleotídeo mal pareado Simultânea à síntese de DNA Nuclease Sentido 3’ → 5’ Alta precisão Síntese de pequenos segmentos de RNA Fita contínua Fita descontínua Primers Apenas um primer Um primer a cada fragmento de Okazaki Para formar uma fita contínua Nuclease DNA-ligase Polimerase de reparo 24REPLICAÇÃO DO DNA 5. PROTEÍNAS ACESSÓRIAS DA REPLICAÇÃO A replicação DNA requer uma série de proteínas que atuam em sintonia, juntamente com a DNA-polimerase e a primase, formando uma máqui- na proteica que empurra a forquilha de replicação para frente e sintetiza o DNA novo atrás dela. Para que a síntese de DNA possa ocorrer, a dupla-hélice deve estar aberta à frente da forquilha de re- plicação, de modo que os trifosfatos de desoxirribonucleosídeo possam ser pareados com a fita-molde. Dois tipos de proteínas de replicação – DNA-helicases e proteína ligadora de fitas simples (Proteína SSB) – se associam para essa tarefa. A DNA- -helicase utiliza a energia da hidrólise do ATP para separar a dupla-hélice, à medida que se desloca sobre o DNA, enquanto a proteína ligadora de fita simples se liga à fita de DNA expos- ta pela helicase, evitando tempora- riamente o repareamento de bases e mantendo a fita alongada de modo que possa atuar como molde para a DNA – polimerase. DNA - polimerase Monômeros da proteína ligadora de fita simples Região de fita simples no DNA – molde com pequenas regiões de bases pareadas, formando “grampos” A ligação cooperativa das proteínas estende as regiões da cadeia Figura 16. Efeito das proteínas ligadoras de fita simples de DNA (proteínas SSB) na estrutura de DNA de fita simples. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 25REPLICAÇÃO DO DNA FIgura 17. Um ensaio para as enzimas DNA-helicases. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 Ligação da DNA - helicase 26REPLICAÇÃO DO DNA Uma outra proteína que participa da replicação é chamada de gram- po deslizante e ela atua mantendo a DNA-polimerase firmemente ligada ao DNA-molde enquanto sintetiza novas fitas de DNA. O grampo desli- zante forma um anel ao redor da hé- lice de DNA e, como está fortemente ligado à polimerase, permite que essa se desloque sobre a fita-molde sem se desligar, à medida que sintetiza o DNA de novo. SE LIGA! Sem os grampos deslizantes, a maioria das moléculas de DNA-poli- merase sintetizaria apenas pequenos segmentos de nucleotídeos e então se desligariam da fita-molde. A montagem desse grampo em vol- ta do DNA necessita da atividade de uma proteína adicional de replicação, o montador do grampo, que hidrolisa ATP cada vez que prende um gram- po ao redor da hélice de DNA. Essa montagem deve ocorrer apenas uma vez por ciclo de replicação na fita-lí- der; na fita retardada, porém, o gram- po é removido e recolocado cada vez que um novo fragmento de Okazaki é produzido.` O deslocamento da forquilha de repli- cação ao longo da fita dupla de DNA cria o chamado “problema do enrola- mento”. As duas fitas parentais, que estão enroladas uma sob a outra, de- vem ser desenroladas e separadas para ocorrer a replicação. Em princí- pio, esse desenrolamento pode ser obtido pela rotação acelerada de todo cromossomo à frente da forquilha em movimento; contudo, isso é mui- to desfavorável energeticamente (em especial em cromossomos longos) e, pelo contrário, o DNA à frente da for- quilha torna-se supertorcido. Se o DNA não girar rapidamente, o estresse da torção se acumulará Molde da fita-líder Molde da fita retardada Figura 18. O “problema do enrolamento “ que surge durante a replicação do DNA – Se as extremidades da dupla- -hélice de DNA permanecerem fixas, a tensão se acumula à frente da forquilha de replicação à medida que vai sendo supertorcida. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 27REPLICAÇÃO DO DNA Essa supertorção, por sua vez, é continuamente aliviada por proteí- nas conhecidas como DNA-topoiso- merases. Uma DNA-topoisomerase pode ser entendida como uma nu- clease reversível que se liga cova- lentemente a um fosfato da cadeia principal do DNA, clivando uma liga- ção fosfodiéster na fita de DNA. Essa reação é reversível, e a ligação fos- fodiéster é regenerada quando a pro- teína é liberada. Existem dois tipos de topoisomerases: as topoisomerases I quebram somente uma das fitas do DNA, enquanto as topoisomerases II introduzem quebras simultâneas em ambas as fitas. SE LIGA! As topoisomerases atuam quebrando ligações fosfodiéster entre nucleotídeos para desenrolar as fitas em duplas hélices e depois reconstituem as ligações. Dessa maneira, a tensão criada na moléculacom a ampliação das for- quilhas é reduzida, evitando um possível rompimento da molécula. Uma das extremidades da dupla – hélice de DNA não pode girar em relação à outra extremidade DNA – topoisomerase do tipo I com uma tirosina no sítio ativo A ligação covalente da DNA topoisomerase a um fosfato do DNA promove a quebra de uma ligação fosfodiéster em uma das fitas do DNA As duas extremidades da dupla – hélice de DNA podem agora girar livremente uma em relação à outra, aliviando a tensão acumulada A energia da ligação fosfodiéster original é armazenada na ligação fosfotirosina, tornando a reação reversível A reformação espontânea da ligação fosfodiéster regenera a hélice de DNA e a DNA - topoisomerase Figura 19. Reação reversível de quebra de DNA catalisada pela enzima DNA – topoisomerase I eucariótica. OBS.: As duas imagem se completam na vertical – a imagem da direita é a continuação da esquerda. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 28REPLICAÇÃO DO DNA SE LIGA! A maioria das proteínas envolvidas na replicação do DNA é mantida unida em um grande complexo multienzimático que se desloca sobre o DNA como uma unidade, permi- tindo que ele seja sintetizado de modo coordenado nas duras fitas. No entanto, sua forma de atuação, com as proteínas funcionando em conjunto, ainda não é totalmente elucidada. Figura 20. Essa figura mostra as enzimas funcionando independentemente; na célula elas estão unidas formando uma máquina de replicação, como mostrando na imagem a seguir. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p. Figura 21. Esse diagrama mostra um modelo atual de como as proteínas da replicação estão dispostas na forquilha de replicação em movimento. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p. 29REPLICAÇÃO DO DNA Ao contrário do cromossomo bacte- riano, os cromossomos de eucariontes são lineares (forma de bastonetes), que significa que têm extremidades. Essas extremidades representam um problema para a replicação do DNA. O DNA da extremidade do cromos- somo não pode ser totalmente copia- do em cada ciclo de replicação, resul- tando em um encurtamento lento e gradual do cromossomo. SE LIGA! Por que isso acontece? Na fita descontínua, quando a forquilha de replicação alcança a extremidade do cromossomo, há um pequeno prolon- gamento do DNA (em muitas espécies, incluindo os seres humanos) que não é coberto por um fragmento de Okazaki – essencialmente não há maneira de ini- ciar o fragmento porque o primer cairia além da extremidade do cromossomo. Graças a esse problema, parte do DNA na extremidade dos cromossomos eu- carióticos seguem sem serem copia- dos, a cada ciclo de replicação, deixan- do uma extensão de fita simples. Ao longo de vários ciclos de divisão celular, o cromossomo vai se encurtar cada vez mais e mais, enquanto o processo de repetir. Para evitar a perda de genes com o desgaste dos cromossomos, as ex- tremidades dos cromossomos euca- rióticos têm tampões de DNA espe- cializados chamados de telômeros. Telômeros consistem em centenas ou milhares da mesma curta sequência de DNA, a qual varia entre os organismos, mas é 5’ – TTAGGG – 3’ em humanos e outros mamíferos. As repetições que formam os telômeros são consumidas lentamente ao longo dos vários ciclos de divisão, estabelecendo uma barrei- ra que protege as regiões internas dos cromossomos que contêm os genes (ao menos por certo tempo). SE LIGA! O encurtamento de telômeros foi relacionado ao envelhecimento de cé- lulas e a perda progressiva dos telômeros pode explicar a razão pela qual as células somente podem se dividir um determina- do número de vezes. Algumas células têm a capacidade de reverter o encurtamento dos telômeros através da expressão da telomerase, uma enzima que estende os telômeros dos cromossomos. A telomerase é uma DNA polimerase RNA dependente, ou seja, uma enzima que pode produzir DNA usando o RNA como molde. Como funciona a telomerase? A en- zima se liga a uma molécula especial de RNA que contém uma sequência complementar à repetição do telômero. Ela prolonga (adiciona nucleotídeos) a extensão da fita do DNA do telômero usando um RNA como molde. Quan- do a extensão está longa o suficiente, pode-se fazer uma fita complementar através do mecanismo comum de repli- cação de DNA (isto é, usando um RNA primer e DNA polimerase), produzindo uma fita dupla de DNA. 30REPLICAÇÃO DO DNA DNA telomérico com extremidade 3’ protendida Fita descontínua recém-sintetizada Ligação ao RNA da telomerase RNA da telomerase Telomerase Atividade da transcriptase reversa da telomerase Extremidade 3’ da fita contínua é estendida por uma unidade de repetição Extensão da fita descontínua pela primase e polimerase Remoção do primer de RNA DNA telomérico estendido por uma unidade de repetição Figura 22. Ação da telomerase. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007). A Célula. Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p. SAIBA MAIS! A telomerase não é geralmente ativa na maioria das células somáticas (células do corpo), mas é ativa nas células germinativas (as células que constituem o esperma e o óvulo) e em algumas células-tronco adultas. Esses são tipos celulares que precisam passar por diversas divisões ou, no caso das células germinativas, dar origem a um novo organismo. 31REPLICAÇÃO DO DNA MAPA MENTAL – PROTEÍNAS ACESSÓRIAS DA REPLICAÇÃO PROTEÍNAS ACESSÓRIAS DA REPLICAÇÃO Proteína ligadora de fitas simples Grampo deslizante Telomerase Topoisomerase DNA-helicase Montador do grampo Separa a dupla-hélice Energia oriunda da hidrólise do ATP Estende os telômeros dos cromossomos DNA polimerase RNA dependente Tipo I Tipo II Nuclease reversível que evita a supertorção do DNA “Problema do enrolamento” Prende o grampo deslizante ao redor da hélice de DNA Energia oriunda da hidrólise do ATP Mantem a DNA- polimerase aderida à fita de DNA Atua em ambas as fitas Quebra ligações fosfodiéster e depois as reconstituem Atua sobre uma fita Mantem a fita alongada para ação da DNA-polimerase 32REPLICAÇÃO DO DNA 6. REPARO DO DNA O DNA, assim como qualquer outra molécula, pode sofrer uma variedade de reações químicas. Contudo, uma vez que o DNA serve à função de có- pia permanente do genoma celular, mudanças em sua estrutura apresen- tam consequências muito complexas. As mutações podem ser resultantes da incorporação incorreta de bases durante a replicação do DNA, pas- sando despercebida pela correção da DNA-polimerase. Além disso, diver- sas alterações químicas podem ocor- rer no DNA de maneira espontânea ou como resultado da exposição a agen- tes químicos ou radiação ionizante. Tais lesões no DNA podem bloquear a replicação ou a transcrição, poden- do resultar em uma alta frequência de mutações. Para manter a integridade de seus genomas, as células, portanto, desenvolveram mecanismos para o reparo de lesões no DNA. Principais alterações no dna Embora o DNA seja um material bas- tante estável – como exigido para o armazenamento da informação ge- nética – ele é uma molécula orgâni- ca complexa susceptível a alterações espontâneas, mesmo nas condições normais da célula, que resultariam em mutações caso não fossem corrigidas. Por exemplo, o DNA de cada célula humana perde cerca de 18 mil puri- nas (adenina e guanina) todos os dias em função da hidrólise das ligações N-glicosil à desoxirribose, uma rea- ção espontânea denominada depu- rinação. Similarmente, uma desami- nação espontânea da citosina para uracila no DNA ocorre a uma propor- ção deaproximadamente 100 bases por célula por dia. SAIBA MAIS! Nas células eucariontes, como o DNA está ligado a proteínas, constituindo a cromatina, não é apenas o DNA que deve ser replicado na fase S, mas também as histonas. O processo repli- cativo envolve então a passagem do conjunto de enzimas da replicação através da molécula de DNA, que se apresenta organizada em nucleossomos. A fibra nucleossômica certamen- te se desorganiza durante essa passagem, mas ainda não se sabe se, nesse momento, as histonas são completamente dissociadas do DNA. A montagem do DNA recém-duplicado em nucleossomos parece ocorrer logo atrás da forquilha de replicação, de tal modo que, con- forme esta avança, a fibra nucleossômica vai sendo imediatamente reestruturada nas duas novas moléculas de DNA nascentes. Essa montagem é mediada por proteínas específicas que se ligam às histonas nucleossômicas e as transferem ao DNA, primeiramente ocorrendo a associação dos tetrâmeros de histonas H3 e H4, seguida da associação de dímeros de H2A e H2B. Esses nucleossomos são formados tanto a partir de histonas recém-sintetizadas em S como de histonas provenientes da desagregação de nucleossomos preexistentes, em uma combinação ao acaso. 33REPLICAÇÃO DO DNA As bases do DNA também são da- nificadas ocasionalmente por meta- bólitos reativos produzidos na célula, incluindo as formas reativas do oxi- gênio, ou pela exposição a produtos químicos no ambiente. Da mesma forma, a radiação ultravioleta do Sol pode produzir uma ligação covalente entre duas pirimidinas adjacentes no DNA, como veremos a seguir. SE LIGA! Caso não fossem corrigidas, quando o DNA foi replicado, grande par- te dessas alterações resultaria na dele- ção de um ou de mais pares de bases ou na substituição de um par de bases na cadeia-filha de DNA. As mutações se- riam propagadas em todas as gerações celulares subsequentes. Uma proporção tão alta de alterações aleatórias na se- quência de DNA fatalmente teria conse- quências desastrosas. Figura 23. Depurinação e Desaminação. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 34REPLICAÇÃO DO DNA Mecanismos de reparo do DNA Esses mecanismos de reparo do DNA podem ser divididos em duas clas- ses gerais: (1) reversão direta da re- ação química responsável pelo dano ao DNA, e (2) remoção de bases ou nucleotídeos alterados seguida por substituição com DNA recém-sinte- tizado. Onde o reparo do DNA falha, mecanismos adicionais desenvol- vem-se para possibilitar que as célu- las lidem com o dano provocado. Reversão direta da lesão Somente alguns poucos tipos de le- sões no DNA são reparados desta maneira, particularmente os dímeros de pirimidina (timina e citosina) que resultam da exposição à luz ultravio- leta (UV) e resíduos de guanina al- quilados que foram modificados pela adição de grupos metila ou etila na posição O6 do anel purínico. O tipo principal de lesão induzida pela luz UV é a formação de dímeros de pirimidina, nos quais pirimidinas ad- jacentes na mesma fita de DNA são unidas pela formação de um anel ci- clobutano, anel este resultante da sa- turação das ligações duplas entre os carbonos 5 e 6. A formação de tais dí- meros distorce a estrutura da cadeia de DNA e bloqueia a transcrição ou a replicação adiante do local da le- são. Portanto, o reparo de tais lesões está intimamente ligado à habilidade das células sobreviverem à irradiação com luz UV. SE LIGA! A luz UV é uma das principais fontes de dano ao DNA, sendo também aquela mais estudada com relação aos mecanismos de reparo. Sua importân- cia é ilustrada pelo fato de que a expo- sição à radiação UV solar é a causa da maioria dos tipos de câncer de pele em humanos. Figura 24. Como as modificações químicas dos nucleotídeos produzem mutações. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 35REPLICAÇÃO DO DNA O reparo de dímeros de pirimidina induzidos por luz UV se dá pela re- versão direta da reação de dimeriza- ção, um processo conhecido como fotorreativação. Recebe esse nome porque a energia derivada da luz visí- vel é utilizada para quebrar a estrutu- ra. As bases pirimídicas originais per- manecem no DNA, restituídas ao seu estado normal. Figura 25. Tipo mais comum de dímero de timina. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 36REPLICAÇÃO DO DNA Dímero de timina Luz Enzima fotorreativante Figura 26. Reparo direto de dímeros de timina. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007). A Célula. Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p. SAIBA MAIS! Considerando que a radiação UV solar é uma grande fonte de lesão para diversos tipos ce- lulares, o reparo de dímeros de pirimidinas por fotorreativação é comum a diversos tipos de células procarióticas e eucarióticas, incluindo E. coli, leveduras, bem como algumas espécies de plantas e animais. Contudo, não é um processo universal; muitas espécies (incluindo os seres humanos) não apresentam este mecanismo de reparo do DNA lesado. 37REPLICAÇÃO DO DNA Outra forma direta de reparo lida com os danos resultantes da reação de agentes alquilantes com o DNA. Agentes alquilantes são compostos reativos capazes de transferir grupos metila ou etila para uma base do DNA, modificando quimicamente essa base. Um tipo importante de lesão é a metilação na posição O6 da guani- na, uma vez que o produto resultante, O6-metilguanina, forma pareamento com a timina em vez da citosina. Esta lesão pode ser reparada por uma enzima, a O6-metilguanina me- tiltransferase, que transfere o grupo metila da O6-metilguanina para um resíduo de cisteína em seu centro ati- vo. Portanto, a modificação química potencialmente mutagênica é remo- vida, e a guanina original é restaurada. Cisteína Metilcisteína O6-metilguanina Guanina O6-metilguanina metiltransferase Figura 27. Reparo de O6-metilguanina. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007). A Célula. Uma abor- dagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p. 38REPLICAÇÃO DO DNA SE LIGA! Enzimas que catalisam dire- tamente esta reação de reparação estão presentes tanto em procariotos quanto em eucariotos, incluindo humanos. Reparo por excisão É uma forma mais geral para reparar uma ampla variedade de alterações químicas no DNA, constituindo os mecanismos mais importantes tanto em procariotos, quanto em eucariotos. Nesse tipo de reparo, a lesão é remo- vida, a sequência de DNA original é restaurada por uma DNA-polimerase que utiliza a fita não danificada como molde, e a quebra resultante na du- pla-hélice é ligada pela DNA-ligase. Para tal, existem duas vias que dife- rem na maneira pela qual a lesão é removida do DNA. Excisão de bases O reparo por excisão de bases, envol- ve uma bateria de enzimas denomina- das DNA-glicosilases, cada um capaz de reconhecer um tipo específico de base alterada no DNA e de catalisar sua remoção hidrolítica. Existem pelo menos seis tipos dessas enzimas, in- cluindo as que removem citocinas de- saminadas, adeninas desaminadas, diferentes tipos de bases alquiladas ou oxidadas, bases com anéis rompi- dos e bases nas quais a ligação dupla carbono-carbono foi acidentalmente convertida em ligação simples entre carbonos. SAIBA MAIS! Como a DNA-glicosilase encontra a base alterada na dupla-hélice? É fundamental a projeção do nucleotídeo alterado para fora da hélice, em um processo mediado por enzimas que per- mite que a DNA-glicosilase procure uma lesão em todas as faces da base. Acredita-se que essas enzimas se deslocam pelo DNA usando a projeção das bases para avaliar a situação de cada par de bases. Uma vez reconhecida a lesão, a enzima remove a base do açúcar. 39REPLICAÇÃO DO DNA Figura 28. Reconhecimento de um nucleotídeo incomum no DNA pela torção de base. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. PortoAlegre: Artmed, 2017 A “lacuna” criada pela ação da DNA- -glicosilase é reconhecida por uma enzima chamada endonuclease AP (AP para apúrica ou apirimídica, e endo para indicar que a nuclease cliva dentro da cadeia polipeptídica) que cliva a cadeia principal fosfodiéster, depois do qual a lacuna resultante é corrigida. Excisão de nucleotídeos A segunda principal via de repa- ra é chamada de reparo por excisão de nucleotídeos. Esse mecanismo pode corrigir uma lesão causada por praticamente qualquer alteração vo- lumosa na estrutura da dupla-hélice de DNA. Essas “lesões volumosas” incluem aquelas produzidas pela li- gação covalente de bases do DNA aos hidrocarbonetos (como o carci- nógeno benzopireno, encontrado na fumaça do tabaco, alcatrão e exaus- tão do diesel) e os vários dímeros de pirimidina (T-T, T-C e C-C) causados pela luz do sol. Nessa via, um enorme complexo multienzimático verifica o DNA à procura de distorções na du- pla-hélice, em vez de uma alteração específica de bases. Uma vez encon- trada uma lesão, a cadeia fosfodiéster 40REPLICAÇÃO DO DNA da fita anormal é clivada nos dois lados da distorção, e a DNA-helica- se remove o oligonucleotídeo de fita simples contendo a lesão. O intervalo produzido na hélice de DNA é, então, corrigido pela DNA-polimerase e pela DNA-ligase. REPARO POR EXCISÃO DE BASES REPARO POR EXCISÃO DE NUCLEOTÍDEOS C desaminado Dímero de pirimidina Pares de bases ligados por ligações de hidrogênio Pares de bases ligados por ligações de hidrogênio Hélice de DNA faltando uma base Hélice de DNA com intervalo de um único nucleotídeo Hélice de DNA com lacuna de 12 nucleotídeos URACINA DNA - GLICOSILASE ENDONUCLEASE AP E FOSFODIESTERASE REMOVEM O AÇÚCAR - FOSFATO DNA – POLIMERASE ADICIONA O NOVO NUCLEOTÍDEO, DNA- LIGASE SELA A QUEBRA NUCLEASE DE EXCISÃO DNA- HELICASE DNA-POLIMERASE E DNA-LIGASE Figura 29. Comparação entre as duas principais vias de reparo do DNA. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017 41REPLICAÇÃO DO DNA MAPA MENTAL – MECANISMOS DE REPARO DO DNA Reversão direta MECANISMOS DE REPARO DO DNA Resíduos de guanina alquilados Reversão por excisão Reparo Principal tipo Transferência de grupos metila ou etila para uma base Ação da enzima O6-metilguanina metiltransferase Metilação na posição O6 da guanina Dímeros de pirimidina Reparo Causados pela radiação UV Formação de um anel ciclobutano Energia derivada da luz visível quebra o dímero Fotorreativação Excisão de bases Excisão de nucleotídeos Em ambos os casos, após a excisão, a DNA-polimerase reconstitui a fita Lesões volumosas Remoção dos nucleotídeos pela DNA - helicase Ação das DNA-glicosilases Presença de uma “lacuna” pela retirada das bases Ação da endonuclease AP 42REPLICAÇÃO DO DNA MAPA MENTAL – RESUMO GERAL REPLICAÇÃO E REPARO DO DNA Etapas Outras enzimas da replicação Objetivo Principais alterações no DNA Mecanismos de reparo do DNA Durante a fase S da interfase Processo semiconservativo Sentido 5’ → 3’ Pareamento das bases REPLICAÇÃO E REPARO DO DNA Guanina - Citosina Adenina - Timina Desaminação Depurinação Ação de metabólitos reativos Exposição a produtos químicos Manter a integridade do genoma Evita a propagação das mutações Desenrolamento da dupla - hélice Compactação da cromatina Excisão de bases Excisão de nucleotídeos Reparo da ação de agentes alquilantes Reparo de dímeros de pirimidina Ação da enzima O6-metilguanina metiltransferase Fotorreativação Causados por radiação UV Reparo por excisão Reversão direta Grampo deslizante Proteína ligadora de fita simples Telomerase Montador do grampo Descompactação da cromatina Identificar a(s) origem(ns) de replicação Complexo de reconhecimento de origem (ORC) Sequências ricas em A - T DNA - helicasesDNA topoisomerase Evita a supertorção da hélice Separação das fitasDNA - helicases Deslocamento da maquinaria de replicação Fita contínua Fita descontínua Formação da forquilha de replicação Fragmentos de Okazaki DNA - polimerase DNA - primase Síntese das novas fitas Primers 43REPLICAÇÃO DO DNA REFERÊNCIAS BIBLIOGRAFICAS https://pt.khanacademy.org/science/biology/dna-as-the-genetic-material Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Peter Walter, Ketih Roberts, David Morgan, John Wilson, Tim Hunt. (2017). Biologia Molecular da Célula, 6ª Ed. Edito- ra Artmed, Porto Alegre, 1464p. Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p. Harvey Lodish, Arnold Berk, Chris A. Kaiser, Monty Krieger, Anthony Bretscher, Angelika Amon, Hidde Ploegh. (2015). Fundamentos da Biologia Celular. 7ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 1241p. Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007). A Célula. Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p. David L. Nelson & Michael M. Cox. (2014). Princípios de Bioquímica de Lehninger. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 1328p. https: //pt .khanacademy.org/science/biology/dna-as-the-genetic-material/ dna-replication/a/telomeres-telomerase/ 44REPLICAÇÃO DO DNA https://www.instagram.com/sanarflix/ https://www.youtube.com/sanarflix https://twitter.com/sanarflix
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