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Fernando Castro - PUC Minas 1° Período - Aula 3 – 11 e 18/08/20 1 ESTRUTURA E REPLICAÇÃO DO DNA A vida depende da capacidade das células em armazenar, recuperar e traduzir as instruções genéticas necessárias para produzir e manter o organismo vivo. A célula para sobreviver e proliferar → ambiente caótico depende da duplicação precisa da vasta → informação genética transportada → DNA. Processo de duplicação = replicação do DNA: deve ocorrer antes que uma célula possa se dividir para produzir duas células-filhas geneticamente idênticas. • Replicação Celular: a célula deve copiar todo o seu genoma com precisão extraordinária. o Só acontece quando a célula tem a intenção de se dividir MAPA QUE PODERIA SER TRANSMTIDO Existia a ideia de que características hereditárias e os genes que as determinam estavam associados aos cromossomos. Cromossomos são como estruturas em forma de cordão, no núcleo das células eucarióticas, que se tornavam visíveis quando as células começavam a se dividir. Cromatina e cromossomos são a mesma coisa, mas com organizações morfológicas e fisiológicas diferentes. • Cromatina o ‘Descondensado’ de DNA + Proteína o Exercer funções celulares naturais • Cromossomos o Condensado de DNA + Proteína o Replicar material genético PROPRIEDADES QUE DEFINIRAM O DNA • As características estruturais do DNA devem permitir uma replicação fiel o Essência da espécie = genoma • O material genético deve ter conteúdo informacional o Passível de ser expressado = proteínas • O material genético deve ser capaz de mudar em raras ocasiões o Seleção evolutiva = mutação* ▪ *Boa = Melhor adaptação ▪ *Ruim = Câncer Estrutura da molécula de DNA DNA é um longo polímero composto por apenas quatro tipos de subunidades nucleotídicas muito similares, isto é, conjunto de 4 blocos estruturais em sequência e ligados entre si. • Bloco estrutural = Nucleotídeo o Fosfato + Açúcar (pentose) + Base Nitrogenada (A e T; C e G) • Composto por duas fitas enroladas em uma hélice → Modelo dupla hélice • Existe complementariedade entre as 2 fitas Blocos estruturais (monoméricos) do DNA 1. Fosfato → responsável pela junção do esqueleto a. Faz ligações fosfodiéster i. Liga o grupo 5’-fosfato de um nucleotídeo com 3’-hidroxila do próximo 2. Pentose → açúcar dá a identidade do nucleotídeo a. O DNA a ribose perde um oxigênio i. 2’-desoxi-ribose 3. Base Nitrogenada → compostos químicos derivados de moléculas nitrogenadas a. PURINAS (purinag) i. A – Adenina ii. G – Guanina b. PIRAMIDINAS i. T – Timina ii. C – Citosina Fernando Castro - PUC Minas 1° Período - Aula 3 – 11 e 18/08/20 2 As bases se ligam por ligações de hidrogênio • A quantidade de A é sempre igual a de T o A se liga à T por ligação dupla de hidro. • A quantidade de C é sempre igual a de G o C se liga à G por ligação tripla de hidro. A fita é dupla, complementar e antiparalelas entre si Antiparalelas = orientação oposta = polaridade inversa Os nucleotídeos estão ligados por ligações fosfodiéster entre um grupo 3’-hidroxila (–OH) de um açúcar e o 5’- fosfato (–OPO3) do nucleotídeo seguinte • Extremidade 5’ → está livre o 5’-fosfato o -OPO3 ligado à posição 5’ do açúcar • Extremidade 3’ → está livre a hidroxila o -OH ligado à posição 3’ do açúcar Maioria dos genes → contém informação → produção de proteínas A célula humana contém 2 cópias de cada cromossomo (1, 2, 3 ... 21, 22 e XY)*, uma herdada da mãe e a outra herdada do pai. • Cromossomos maternos e paternos de um par*, são os cromossomos homólogos o único par de cromossomos não homólogos é o dos cromossomos sexuais nos homens A apresentação organizada do conjunto completo dos 46 cromossomos humanos é o cariótipo humano Para um cromossomo ser funcional, a molécula de DNA deve fazer mais do que simplesmente portar os genes. • Deve ser capaz de se replicar, e as cópias replicadas devem ser separadas e distribuídas igualmente entre as duas células-filhas a cada divisão celular. FASE S Gene é geralmente definido como um segmento de DNA Genes estão organizados ao longo dos cromossomos Informação genética total contida em todos os cromossomos da célula consiste em seu genoma Fernando Castro - PUC Minas 1° Período - Aula 3 – 11 e 18/08/20 3 Características principais Semiconservativa Modelo proposto para a formação de um novo DNA, no qual uma das fitas serve de molde para o pareamento de bases. • Cada um dos dois filamentos separados serve de molde para estruturar uma nova fita complementar – Pesquisa E.coli N15 O DNA é replicado pela deselicoidização dos dois filamentos da dupla hélice e construção de filamentos complementares a cada um dos filamentos separados da dupla hélice original. Possui origens de replicação Ocorre em vários lugares ao longo do DNA, o processo inicia-se em diferentes pontos, simultaneamente ou não, com o intuito de acelerar a replicação. • São centenas de pontos de origem Locais com um contexto de sequência específico, no qual se ligam proteínas específicas que quando acionadas, permitem o início da replicação • Sequências ricas em A=T o Lig. dupla → mais fácil de separar O pareamento de bases possibilita à replicação do DNA 1 origem = 7 dias → Várias origens = ±6 horas Descontínua A presença de forquilha de replicação (zíper de replicação), determina o local no qual a dupla hélice é desenrolada para produzir os dois filamentos únicos. Forquilha = região que está se abrindo e não o buraco • Forquilha de replicação ou Replissomo • Filamento contínuo (LEADING): síntese ocorre de maneira contínua e no sentido da forquilha • Filamento descontínuo (LAGGING): síntese ocorre de modo descontínuo e no sentido oposto da forquilha o Forma o Fragmentos de Okazaki As duas forquilhas afastam-se da origem em direções opostas, dando origem à característica bidirecional do processo de replicação. É bidirecional As duas fitas após sofrerem a separação, começam a se duplicar simultaneamente (dada as particularidades), para os dois lados da fita, abertos pela forquilha. • Transcrita no “Sentido da Vida”: 5’ → 3’ Fernando Castro - PUC Minas 1° Período - Aula 3 – 11 e 18/08/20 4 Replicação do DNA A dupla-hélice de DNA é normalmente muito estável: as fitas de DNA são firmemente unidas uma à outra por um grande número de ligações de hidrogênio nas bases • Somente temperaturas próximas à da água em ebulição fornecem energia térmica suficiente para separar as duas fitas, ou recorremos à ajuda de proteínas. • O processo de síntese de DNA é iniciado por proteínas iniciadoras que se ligam a sequências de DNA específicas nas origens o localmente abrem a dupla-hélice • A abertura atrai um grupo de proteínas que realizam a replicação do DNA. o As forquilhas afastam-se em direções opostas abrindo a dupla-hélice e, as proteínas atuam replicando o DNA à medida que forquilhas abrem caminho o O processo é passível de erro, por isso, o tempo inteiro as próprias proteínas estão se corrigindo • Uma enzima especial denominada telomerase replica o DNA nas extremidades dos cromossomos. O processo de replicação se resume em 3 etapas: • Iniciação: desnaturação da dupla fita + formação da forquilha de replicação • Alongamento: síntese das fitas líder e atrasada o Alongamento = Deselicoidização o fita líder = fita contínua o fita atrasada = fita descontínua • Terminação: encontro das forquilhas A tal da beta-globina: todo ser humaninho tem o gene dela no seu DNA, em uma sequência específica de aminoácido. Quando algum fator durante a altera esse código (mutação) e insere um componente errado na construção desse pedaço de DNA, o gene pode se expressar de talmaneira que leva à famigerada doença dos professores de cursinho – Anemia falciforme (alteração estrutural na hemoglobina). Resumo do conto da carochinha da replicação 1. As duas fitas de uma dupla-hélice de DNA são afastadas em uma origem de replicação para formar as forquilhas de replicação em forma de Y. 2. DNA-polimerases, em cada forquilha, produzem nova fita de DNA complementar a partir de cada fita parental. a. SÃO VARIAS PROTEÍNAS POLIMERASES b. devido a um processo de autocorreção, no qual a enzima corrige seus próprios erros à medida que se move ao longo do DNA. 3. A DNA-polimerase sintetiza um novo DNA somente em uma direção a. Apenas a fita líder (leading): na forquilha de replicação pode ser sintetizada de um modo contínuo. b. Na fita retardada (lagging), o DNA é sintetizado em um processo de “pedaço atrás de pedaço” descontínuo, produzindo pequenos fragmentos de DNA c. Em seguida são unidos → DNA-ligase. DNA-polimerase não faz preliminar ela só quer o trem depois que já ta quente e finalizar o trem 4. DNA-polimerase é incapaz de iniciar uma nova cadeia de DNA desde o princípio. a. A síntese de DNA é iniciada por uma RNA- polimerase = PRIMASE 5. RNA-polimerase (Primase) produz pequenos fragmentos de iniciadores de RNA que são então alongados pela DNA-polimerase a. Esses iniciadores são subsequentemente removidos e substituídos por DNA. • Uma cooperação de muitas proteínas, formam a máquina de replicação multienzimática que copia ambas as fitas à medida que se movem. o Danos a uma das duas fitas, causados por N fatores, são reparados por uma variedade de enzimas de reparo que reconhecem o DNA danificado e corrigem (ressintetizando) trecho. 6. A telomerase (enzima especial) replica o DNA nas extremidades dos cromossomos 0 Em sentido mais amplo, o expressão gênica se refere ao processo pelo qual a informação codificada na sequência de DNA é traduzida em um produto que desencadeia um efeito determinado em uma célula ou organismo. • Nos casos em que o produto final do gene é uma proteína, a expressão gênica inclui tanto a transcrição quanto a tradução. • Quando uma molécula de RNA é o produto final do gene, a expressão gênica não requer a tradução. Fernando Castro - PUC Minas 1° Período - Aula 3 – 11 e 18/08/20 5 Código Da Vince da Replicação – Profa. Carol A replicação é uma cópia de tudo, não importa se eu vou usar ou não todos aqueles pedaços do DNA, tenho que copiar tudo e, então, depois vemos onde ela vai ser usada para aí sim fazer outros processos como transcrição e tradução. • Só tem replicação do material (Fase S), quando célula precisa multiplicar (Fase M). Replicon = estrutura de replicação = todas as proteínas necessárias para reconhecimento da origem, formação da forquilha e para replicar o DNA no caminho que elas vão seguir, assim, em cada forquilha tenho um replicon • Forquilha de Replicação = Replissomo: é o conjunto funcional de proteínas que formam uma complexa máquina molecular, a qual realiza a replicação do DNA. • DNA polimerase: essa enzima só reconhece a porção da hidroxila livre (-OH), assim sempre começa o processo de ligar um nucleotídeo a outro nucleotídeo nesse local o Os nucleotídeos são sempre adicionados na porção 3’ o É a enzima responsável por fazer esse processo de crescimento do DNA DNApolimerase 1 – Reconhece o -OH 2 – Lê a base nitrog. da fita molde 3 – Adiciona na nova base na fita em construção Por isso, cresce de 5’ para 3’ (rosa cresce para baixo e a cinza para cima) Pontes de hidrogênio se formam por atração química entre as bases nitrogenadas, por isso não da para ser 5’-5’ (as base não se ligariam correto) Estágio de Replicação - Iniciação+Deselicoidização 1) As proteínas iniciadoras (várias enzimas), reconhecem, se ligam à origem de replicação, desenrolam e abrem o DNA a) DNA helicase quebra as pontes de hidrogênio, separando as fitas através de uma desnaturação b) DNA Topoisomerase ou a Girase reduz a torção que se acumula diante da forquilha a) →b) • É como se eu tivesse dois pedaços de DNA, que vão começar a replicar cada um para um lado • Uma vez desenroladas e separadas pela forquilha, as fitas parentais tendem a se reagrupar 2) Proteínas SSB (Single Strand Bind) atuam estabilizando a atração das pontes, impedindo que as fitas simples se unam novamente Estágio de Replicação - Alongamento • Desenha onde está o 5’ e o 3’ das fitas parentais e nas origens → fica mais fácil de entender como será feito o alongamento da fita líder (leading) e da fita retardada (lagging). o Sempre teremos dois tempos de crescimento para cada forquilha de replicação, uma em cada fita. 1) DNA Primase → Tipo especial de RNA Polimerase que dá início ao processo de replicação, sintetizando RNA usando DNA como um molde. • DNA Primase + DNA Helicase = Primossomo • Sintetizam um fragmento de RNA → PRIMER Primer = sequência iniciadora composta +- 12 nucleotídeos (específicos) Fernando Castro - PUC Minas 1° Período - Aula 3 – 11 e 18/08/20 6 A DNA Primase consegue perceber onde tem DNA Helicase, se junta a ele formando o Primossomo DNA Polimerase não consegue iniciar nenhum processo de síntese. Assim, o primossomo entra, dá início ao processo de síntese da nova fita, com o primer, mas logo sai de campo, assim: 2) DNA Polimerase, começa então o trabalho catalisando as ligações fosfodiéster, adicionando os nucleotídeos no sentido 5’ → 3’ à hidroxila na posição 3’ da desoxirribose do precedente • DNA Polimerase = Endonucleásica = adiciona nucleotídeos (5’→3’) a) DNA polimerase também possui atividades de Exonuclease de 5´→3´ necessária para a remoção dos primers de RNA b) Exonuclease necessária para a revisão do último nucleotídeo adicionado (3’→5’) A polimerase passa construindo, ao mesmo tempo que revisa e corrige a síntese (no sentido contrário). Se de um lado tenho uma fita contínua, sintetizada a partir da fita parental azul, de uma única vez e a partir de um único primer. Do outro lado, temos uma síntese da fita descontínua produzida a partir da fita parental vermelha, e com a inserção de diversos primers e de forma fragmentada. • Fragmentos de Okasaki = fragmentos de DNA recém-sintetizados. Os primers são removidos por outra enzima DNA Polimerase, que os substituí por sequências de nucleotídeos de DNA. → No sentido da forquilha, uma das fitas consegue ser sintetizada de maneira rápida e contínua. Enquanto, a outra fita precisa esperar que um segmento seja aberto, um primer inserido e só então sintetizar em etapas a nova fita, ou seja, um processo descontínuo. • A replicação sempre se dá de 5’ → 3’, por isso temos a continuidade acontecendo de um lado e, o seu par oposto, sendo descontínuo. E, assim, a complementariedade vai sendo construída pela DNA Polimerase, nucleotídeo a nucleotídeo, base nitrogenada pareada com base nitrogenada. → As forquilhas então vão se encontrar em um determinado momento na fita e, assim, partimos para a etapa de terminação da síntese e duplicação do DNA. Estágio de Replicação - Término 1) A DNA ligase, fecha o corte no DNA recém sintetizado. Acabou a replicação, as forquilhas se encontraram e foram fechados todos os cortes. A DNA Polimerase faz: • Mecanismo de verificação → Proof reading → 0 Fernando Castro - PUC Minas 1° Período - Aula 3 – 11 e 18/08/20 7 Observação quanto às extremidades dos cromossomos e o fechamento de lacunas Quando o primer do último fragmento de Okazaki do filamento descontínuo é removido, não há como preencher a lacuna por meio da replicação convencional. • Está todo mundo indo para a esquerda nesse exemplo, e a lacuna sobrou do lado direito, o queresultaria em um cromossomo encurtado quando o cromossomo que contém a lacuna fosse replicado. 1) Telômeros dos cromossomos = regiões constituídas de repetições TTGGG e a Telomerase = enzima que reconhece a extremidade dessa sequência • A telomerase não acrescenta base nitrogenada na fita-filha (amarelo) → ela aumenta fita-mãe o Ela aumenta a fita-mãe para que eu possa adicionar mais um primer e aí continuar no fluxo certo. (5’→3’) Telomerase carreia dentro dela uma molécula de RNA curta, que atua como um molde para a adição de uma sequência de DNA complementar, que é adicionada ao prolongamento 3′. Qual a ideia fundamental por trás da telomerase? Impedir que o nosso cromossomo diminua de tamanho durante o processo de replicação, onde ele perderia sempre pequenas porções no final. • Sabe-se que com o passar dos anos a telomerase diminui a sua atividade, isso precisa acontecer para que aconteça o processo de ENVELHECIMENTO. No auge do seu funcionamento, a telomerase entra apenas para fazer um pequeno complemento na sequência de bases nitrogenadas da fita-mãe, para que um primer seja adicionado e o DNA completado. • É uma sequencia de bases que não tem valor genético significativo, é um fechamento Por esse motivo, os cromossomos de células somáticas proliferativas se tornam progressivamente mais curtos a cada divisão celular, até que a célula interrompe todas as divisões e entra em uma fase de senescência. Fase de senescência = células param de dividir É O ENVELHECIMENTO NATURAL Agora um é um motivo de encontrarmos maior número de mutações em pessoas idosas e, consequentemente, carcinogênese aumentada. • Como imortalidade é uma característica típica das células de tumores malignos, a inativação da telomerase nessas células é uma possibilidade investigada para controle sobre o crescimento celular. • Estudos de câncer → criar uma forma de forçar a célula a entrar em fase de senescência e, assim, parar de dividir-se descontroladamente Síndrome de Werner: envelhecimento precoce devido a uma mutação no gene WRN, que codifica uma proteína que está associada a proteínas que formam a estrutura de revestimento do telômero Xeroderma pigmentosum: envelhecimento precoce e aumento na incidência de câncer, no qual a DNA Polimerase apresenta falhas no mecanismo de reparação do DNA, que mutou devido à ação de luz UV Células somáticas produzem muito pouca ou nenhuma telomerase. Maior parte das células germinativas apresente telomerase em abundância Fernando Castro - PUC Minas 1° Período - Aula 3 – 11 e 18/08/20 8 Estudo dirigido – Exercícios 1) Um gene que codifica uma das proteínas envolvidas na replicação do DNA foi inativado por uma mutação em uma célula. O que ocorreria durante a tentativa do processo de replicação do DNA se cada uma das seguintes proteínas estivesse faltando? A. DNA-polimerase Sem a DNA-polimerase, nenhuma replicação poderia ocorrer. Iniciadores de RNA seriam adicionados à origem de replicação. B. DNA-ligase A DNA-ligase une os fragmentos de DNA que são produzidos na fita retardada. Na ausência da ligase, as fitas de DNA recém-replicadas permaneceriam como fragmentos, mas nenhum nucleotídeo ficaria faltando. C. Grampo deslizante (sliding clamp) DNA-polimerase Sem o grampo deslizante, a DNA-polimerase se separaria frequentemente do molde de DNA. Em princípio, ela poderia se ligar novamente e continuar a replicar, mas o desacoplamento e reassociação continuados iriam consumir tempo e, desse modo, retardariam muito a replicação do DNA. D. Nuclease que remove os iniciadores de RNA Na ausência das enzimas de excisão de RNA, os fragmentos de RNA iriam permanecer covalentemente ligados aos fragmentos de DNA recém-replicados. Nenhuma ligação iria ocorrer, porque a DNA-ligase não iria ligar DNA a RNA. A fita retardada iria, portanto, consistir em fragmentos compostos tanto de RNA quanto de DNA. E. DNA-helicase Sem a DNA-helicase, a DNA-polimerase iria travar, porque ela não pode separar as fitas do DNA molde à frente dela. Pouco ou nenhum DNA seria sintetizado. F. Primase Na ausência da primase, os iniciadores de RNA não poderiam iniciar a fita líder e tampouco a fita retardada. A replicação do DNA não seria iniciada. 2) Explique o início do processo de replicação do DNA em relação às forquilhas. A replicação do DNA ocorre na forquilha de replicação, onde a dupla hélice está se desenrolando e os dois filamentos estão se separando. A replicação do DNA ocorre continuamente no sentido da forquilha de replicação e deselicoidização no filamento de replicação contínua (leading). Já o DNA é sintetizado em segmentos curtos, afastando-se da forquilha no filamento de replicação descontínuo. A DNA Polimerase requer um primer (conjunto de nucleotídeos específicos), montados pela DNA Helicase e Primase, para dar início ao processo de síntese. 3) Correlacione a replicação com o número de enzimas envolvidas nesse processo A replicação do DNA requer a cooperação de muitas proteínas que formam uma máquina de replicação multienzimática que copia ambas as fitas de DNA à medida que se move ao longo da dupla-hélice. 4) O que a telomerase faz em eucariotos? Em eucariotos, a enzima telomerase, replica o DNA nas extremidades dos cromossomos. 5) Como são reparados os danos eventuais causados na fita de DNA? Danos a uma das duas fitas de DNA, causados por reações químicas inevitáveis, são reparados por uma variedade de enzimas de reparo do DNA que reconhecem o DNA danificado e excisam um pequeno trecho da fita danificada. O DNA faltante é então ressintetizado por uma DNA-polimerase de reparo, usando a fita não danificada como molde. 6) Quem inicia o processo de replicação do DNA é uma DNA Polimerase. V ou F. Justifique Falso. A DNA-polimerase é incapaz de iniciar uma nova cadeia de DNA desde o princípio. Em vez disso, a síntese de DNA é iniciada por uma RNA-polimerase denominada primase, que produz pequenos fragmentos de iniciadores de RNA que são então alongados pela DNA-polimerase. Esses iniciadores são subsequentemente removidos e substituídos por DNA. 7) O que justifica cada fita parental poder ser usada de molde? Como as duas fitas de uma dupla-hélice de DNA são complementares, cada fita pode atuar como um molde para a síntese da outra. Portanto, a replicação do DNA produz duas moléculas de DNA de dupla-hélice idênticas, possibilitando que a informação genética seja copiada e transmitida de uma célula para suas células-filhas e de um progenitor para sua prole. Referências • Material dado em sala e resumos • Introdução a genética – Griffths o Cap 7 – pdf 249 • Fundamentos da Biologia Celular - Alberts o Capítulos 5 ao 10 - pdf 171
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