PCR: Temperaturas para Amplificação de DNA

Prévia do material em texto

BIOINFORMÁTICA 
Aluno(a): ANDREZZA DA CRUZ RODRIGUES 202108386499 
Acertos: 9,0 de 10,0 24/10/2022 
 
 
 
1a 
 Questão 
Acerto: 1,0 / 1,0 
 
A informação da sequência completa de aminoácidos de uma proteína purificada de um 
organismo eucarioto seria suficiente para se deduzir a sequência exata de bases dos códons 
presentes RNAm que foi traduzido durante a síntese dessa proteína? 
 
 
Sim, pois o RNA traduzido já havia passado pelo processo de splicing e estava 
maduro quando foi traduzido. 
 
Não, pois o mRNA dos organismos eucariotos passa por modificações pós 
transcricionais com a retirada dos éxons. 
 Não, pois o código genético é degenerado. 
 
Sim, pois o código genético além de universal e pode sofrer oscilações. 
 
Sim, já que o código genético é universal e os códons já foram todos decifrados. 
Respondido em 24/10/2022 07:58:20 
 
Explicação: 
Não, pois durante a tradução a cada 1 códon (3 bases de nucleotídeos) temos a inserção de um 
aminoácido à cadeia de polipeptídio que está sendo sintetizada. No entanto, o código genético é 
degenerado, ou seja, um aminoácido é representado por diferentes códons. Assim, ficaria difícil a 
partir de uma proteína descobrir os códons existentes no RNAm. O código genético é dito 
universal, pois os códons têm o mesmo significado em quase todos os organismos. Oscilações é a 
tolerância para sofrer alterações na terceira base nitrogenada sem alterar o códon garantindo 
assim que ele seja degenerado. O splicing com a retirada dos íntrons acontece na transcrição e 
não na tradução, não estando assim relacionada com o enunciado da questão. 
 
 
2a 
 Questão 
Acerto: 1,0 / 1,0 
 
A determinação da estrutura do Ácido Desoxirribonucléico foi um marco importante para a 
Biologia, esclarecendo como a informação hereditária é codificada em sequências de 
nucleotídeos de DNA nas células. A respeito desse tema, analise as alternativas a seguir: 
I. Os genes humanos são de grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente 
curtos de DNA, que codificam proteínas (íntrons), intercalados com longos segmentos de DNA 
não codificantes (éxons). 
II. As sequências de íntrons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de éxons são 
removidas por meio de um processo conhecido como splicing. 
III. O dogma central da biologia nos mostra o fluxo de informações que vai do DNA até a 
formação de uma unidade proteica, na ordem DNA > transcrição > RNAm > tradução > 
proteína 
IV. Eucromatina é o nome dado ao padrão de cromatina desenovelado do DNA. 
É correto o que se afirma em: 
 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_avaliacao_parcial_resultado.asp?cod_hist_prova=296757384&cod_prova=5814957305&f_cod_disc=
 III e IV. 
 
I e III. 
 
II e IV. 
 
II e III. 
 
I e II. 
Respondido em 24/10/2022 08:02:27 
 
Explicação: 
As sequências de éxons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de íntrons são 
removidas por meio de um processo conhecido como splicing de RNA. Os genes humanos são de 
grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente curtos de DNA. Durante a 
regulação de quais genes irão ser transcritos, temos a formação de regiões mais condensadas, 
que não são transcritos a heterocromatina e regiões com padrão de cromatina desenovelado que 
o DNA assume quando está aberto para a chegada da maquinaria de expressão ou replicação. O 
padrão desnovelado recebe o nome de eucromatina. 
 
 
3a 
 Questão 
Acerto: 1,0 / 1,0 
 
Nos organismos __________ a expressão de um determinado gene é dependente do quão 
enovelado o DNA está, as ___________ regulam essa compactação. A reação de _________ 
ocorre o maior enovelamento, já a reação de ____________ faz com que o DNA fique mais 
relaxado, possibilitando sua expressão. 
 
 eucariotos / histona / metilação / acetilação 
 
eucariotos / polimerases / acetilação / metilação 
 
procariotos / histona / metilação /acetilação 
 
procariotos / polimerase / metilação / acetilação 
 
 procariotos / polimerase /acetilação / metilação 
Respondido em 24/10/2022 08:03:04 
 
Explicação: 
Nos organismos eucariotos a expressão de um determinado gene é dependente do quão 
enovelado o DNA está, as histonas regulam essa compactação. A reação de metilação ocorre o 
maior enovelamento, já a reação de acetilação faz com que o DNA fique mais relaxado, 
possibilitando sua expressão. Os organismos procariotos apresentam outro tipo de regulação, 
como a presença do operon lac. As polimerases são enzimas responsáveis enzima que catalisa a 
reação de polimerização de ácidos nucleicos a partir dos seus monômeros. 
 
 
4a 
 Questão 
Acerto: 1,0 / 1,0 
 
 (UFSM, 2006, Biólogo) As temperaturas são essenciais para realização da amplificação do 
DNA por PCR. Associe a segunda coluna com a primeira. 
 
1. de 0°C a 10°C 
2. de 35°C a 65°C 
3. 72°C 
4. 82°C 
5. de 90°C a 96°C 
( ) Maior probabilidade de alinhamento dos primers com a fita molde. 
( ) Formação de fitas-molde a partir de todos os seguimentos. 
( ) Ideal para ação da enzima Taq-DNA-polimerase. 
( ) Ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3'. 
( ) Estabelecimento de ligações - pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. 
 
 
 
3 - 4 - 5 - 4 - 2. 
 
4 - 2 - 3 - 2 - 1. 
 2 - 5 - 3 - 3 - 2. 
 
2 - 3 - 1 - 3 - 4. 
 
5 - 4 - 1 - 5 - 3. 
Respondido em 24/10/2022 08:03:50 
 
Explicação: 
Durante a etapa de desnaturação, a temperatura está entre 90-96°C e a dupla fita do DNA se 
separa, por desnaturação, etapa em que ocorre a formação de fitas-molde a partir de todos os 
seguimentos. O anelamento ocorre entre 35°C a 65°C, quando os primers se anelam na região 
complementar do molde, esse é o momento de estabelecimento de ligações ¿ pontes de 
hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. Após, a DNA polimerase pode adicionar os 
nucleotídeos, em 72°C, essa é a temperatura ideal para extensão dos primers a partir da 
extremidade 3¿. Durante o ciclo do PCR, a faixa entre 0°C a 10°C e as temperaturas de 82°C não 
são utilizadas. 
 
 
5a 
 Questão 
Acerto: 1,0 / 1,0 
 
Muitos programas de computador já foram e vêm sendo desenvolvidos para auxiliar no 
desenho de primers usados na PCR (Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, 
podemos citar o Primer3, que pode ser usado de forma on-line por qualquer pessoa. Qual 
das opções abaixo contém uma informação essencial que o usuário precisa fornecer 
obrigatoriamente, para que um programa consiga desenhar primers? 
 
 
Conteúdo GC. 
 
Temperatura de melting. 
 
Temperatura de anelamento. 
 
Tamanho do produto amplificado. 
 Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA. 
Respondido em 24/10/2022 08:06:15 
 
Explicação: 
Os primers são uma sequência de nucleotídeos que é complementar à sequência molde, que 
queremos amplificar. Essas sequências moldes podem ser obtidas em bancos de dados biológicos 
de sequências de nucleotídeos, como GenBank e RefSeq, disponíveis no portal no NCBI. Nos 
programas utilizados para desenhar esses oligonucleotídeos, é impossível desenhar uma 
sequência complementar de primers sem ter essa sequência. As outras alternativas da questão 
são todos parâmetros para o desenho de primers, mas o usuário não precisa alterar as 
configurações do programa, só se ele achar necessário. 
 
 
6a 
 Questão 
Acerto: 1,0 / 1,0 
 
(PR4 - UFRJ - Biólogo -UFRJ - Biologia Molecular - 2016) 
Um pesquisador e sua equipe acabam de obter a sequência de nucleotídeos de um gene de 
camundongo antes desconhecido. Querendo saber se esse gene ou um gene similar está 
presente no genoma humano, ele deve recorrer à seguinte ferramenta de bioinformática: 
 
 
 
Mega. 
 BLAST. 
 
Velvet. 
 
Multialignm. 
 
GenBank. 
Respondido em 24/10/2022 08:06:44 
 
Explicação: 
O BLAST é um software para alinhamento simples e local de sequências biológicas. Essas 
sequências podem ser de nucleotídeos ou aminoácidos. Como o pesquisador querdescobrir se a 
sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes desconhecido está presente no 
genoma humano, essa é a ferramenta mais aplicada, pois ele vai comparar sequências simples. O 
Mega é um software para análises filogenéticas. Multialignm é um programa para alinhamento 
múltiplo de sequências. Velvet é um algoritmo para montagem de genomas. GenBank é um banco 
de dados. 
 
 
7a 
 Questão 
Acerto: 1,0 / 1,0 
 
Diferentes tipos de dados biológicos podem ser armazenados em bancos de dados 
computacionais. Em relação aos tipos de bancos de dados biológicos, relacione as duas colunas. 
1. Curado. 
2. Acesso livre. 
3. Especializado 
4. Primário. 
( ) Armazenam informações biológicas originais, resultados de experimentos científicos. 
( ) Banco que contém informações processadas por um profissional com uma boa experiência 
no assunto. 
( ) Reúnem todo conteúdo que atende a um interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV. 
( ) Está disponível para qualquer tipo de usuário, sem restrição de acesso. 
Qual a sequência correta? 
 
 
1-3-2-4. 
 
2-4-1-3. 
 
1-2-3-4. 
 
4-3-2-1. 
 4-1-3-2. 
Respondido em 24/10/2022 08:18:16 
 
Explicação: 
Os bancos de dados podem ser categorizados de acordo com a disponibilidade de acesso, com o 
conteúdo dos dados armazenados e com a qualidade deles. O acesso pode ser livre ou restrito; o 
conteúdo pode ser de dados brutos ou processados, referindo-se a sequências biológicas, 
estruturas 3D, anotação funcional de proteínas, dentre outros. No que diz respeito à qualidade, 
um banco curado é aquele que passou pela análise de profissionais especialistas no assunto. Um 
banco primário é aquele que armazena informações biológicas originais, resultados de 
experimentos científicos, e um banco especializado reúne todo conteúdo que atende a um 
interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV.