Simulado Bioinformática

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Disc.: BIOINFORMÁTICA   
	Aluno(a): KELLY REIS
	202107200031
	Acertos: 10,0 de 10,0
	14/11/2022
		1a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Sobre a técnica de modelagem molecular analise a relação entre as afirmativas a seguir:
I. O método de modelagem a ser escolhido depende da igualdade.
PORQUE
II. Uma igualdade superior a 25% podemos optar pela modelagem por homologia. Se for abaixo desse valor e tivermos o enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por ab initio, caso não, optamos pela modelagem threading.
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta:
		
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I.
	
	A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.
	 
	As asserções I e II são proposições falsas.
	
	A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa.
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	Respondido em 14/11/2022 17:47:16
	
	Explicação:
O método de modelagem a ser escolhido depende da identidade, caso seja acima de 25% podemos optar pela modelagem por homologia, se for abaixo desse valor e tivermos o enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por treading, caso não realizamos a modelagem por ab initio.
	
		2a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	O alinhamento molecular é a técnica importante dentro da bioinformática e para o desenvolvimento de um novo alvo terapêutico representa a primeira etapa a ser realizada. Com relação ao alinhamento molecular marque a alternativa correta:
		
	 
	É capaz de identificar se diferentes espécies possuem alguma relação evolutiva ou gene com função em comum.
	
	É a técnica responsável por combinar duas sequencias de DNA ou proteínas para que possamos identificar qual é a correta.
	
	O alinhamento é capaz de armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm.
	
	É a técnica responsável por alinhar proteínas que serão utilizadas em uma simulação, dentro de um ambiente virtual, o mais próximo possível da realidade.
	
	 O alinhamento é capaz de modelar proteínas tridimensionais, que irão auxiliar em diversas outras técnicas de bioinformática.
	Respondido em 14/11/2022 17:48:10
	
	Explicação:
O alinhamento molecular é feito pela correlação de duas ou mais sequencias de DNA ou proteínas, a partir de um algoritmo de pontuação. Assim podemos identificar genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O alinhamento não armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm, não compara sequencias para dizer qual é a correta, não realiza o modelamento de proteínas e não realiza a modelagem molecular, etapa posterior ao alinhamento e não tem a finalidade de alinhar proteínas o mais próximo da realidade, e sim encontrar os melhores alinhamentos entre as proteínas já cadastradas no banco de dados.
	
		3a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	A bioinformática ou biocomputação associa conhecimentos em distintas áreas do conhecimento a fim de decifrar o código genético contido nas biomoléculas pelo estabelecimento de modelos lógico-matemáticos e estatísticos. Tais estratégias têm assegurado a interpretação e elucidação de eventos biológicos gerados a partir do sequenciamento de genes e proteínas. Bancos de dados de informações biológicas cada vez mais crescentes, o desenvolvimento de novas abordagens para análise e apresentação desses dados e a investigação de novas e complexas perguntas são as forças motrizes da bioinformática. A partir do advento dos projetos genomas, biologistas moleculares passam a empregar ferramentas computacionais capazes de analisar grandes quantidades de dados biológicos, a predizer funções dos genes e a demonstrar relações entre genes e proteínas. A internet e sua capacidade de compartilhar dados, além do desenvolvimento de processadores mais rápidos e com maior memória, desempenharam um papel decisivo para a consolidação da bioinformática como potencial campo do conhecimento científico. A partir disso, diferentes técnicas foram criadas permitindo o reconhecimento da genética atual. Sobre as técnicas da bioinformática analise a relação entre as afirmativas a seguir:
I. A modelagem molecular é a técnica capaz de utilizar um modelo de ajuste induzido, a partir de uma simulação molecular.
PORQUE
II. Visa mimetizar um ambiente o mais próximo possível do real e com isso obter diversas informações sobre a interação entre uma proteína e o receptor.
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta:
		
	 
	As asserções I e II são proposições falsas.
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	
	A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa.
	
	A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I.
	Respondido em 14/11/2022 17:52:42
	
	Explicação:
A dinâmica molecular é a técnica capaz de utilizar um modelo de ajusto induzido, a partir de uma simulação molecular, onde um sistema é inserido em uma caixa com água visando mimetizar um ambiente o mais próximo possível do real e com isso obter diversas informações sobre a interação entre um ligante e o receptor. A modelagem molecular visa achar proteínas moldes.
	
		4a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Durante um noticiário na televisão que falava sobre notícias na área de ciência e tecnologia, o repórter citou o termo NCBI. Dona Rosângela, curiosa, perguntou a seu neto o significado daquele termo. Qual seria a resposta correta que o neto de Dona Rosângela deveria dar?
		
	
	O NCBI é um banco de dados de sequências de nucleotídeos curadas e sem redundância.
	 
	O NCBI é um portal que apresenta bancos de dados e ferramentas importantes para a área biotecnológica.
	
	O NCBI se trata apenas de um banco de dados de artigos científicos da área biomédica.
	
	O NCBI é uma ferramenta usada para o alinhamento de sequências biológicas.
	
	O NCBI é um programa on-line para o desenho de primers.
	Respondido em 14/11/2022 17:53:54
	
	Explicação:
O NCBI (Centro Nacional para Informação Biotecnológica) é uma organização que controla o portal mais famoso da bioinformática. Dentro desse portal, estão disponíveis diferentes bancos de dados biológicos e ferramentas para analisá-los. O NCBI se propõe a reunir o resultado do trabalho de pesquisadores ao redor do mundo em um só lugar, facilitando o acesso e manipulação desses registros. Essa iniciativa impulsiona o avanço do conhecimento na área biotecnológica.  Dentro do NCBI, temos o GenBank e PubMed, que são bancos de dados disponíveis no portal do NCBI, mas esse não é o único propósito desse portal. A ferramenta BLAST, usada para o alinhamento de sequências, também está implementada nesse portal.
	
		5a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Aline é biomédica e trabalha em um laboratório para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos genes mais pesquisados é o brca1, que quando sofre mutações específicas está associado ao risco aumentado de câncer. Para identificar as mutações, é necessário comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada. Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para conseguir uma sequência referência curada para o gene brca1?
		
	
	PubMed.
	
	KEGG.
	
	GenBank.
	
	BLAST.
	 
	RefSeq.
	Respondido em 14/11/2022 17:54:50
	
	Explicação:
O RefSeq é um banco de dados de sequências de nucleotídeos de referência, curado por funcionários do NCBI, que é o banco que a biomédica deveria usar para conseguir comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada de forma curada. O GenBank também é um banco de dados de sequências de nucleotídeos, mas ele não é curado. O PubMed é banco de dados de textosbiomédicos. O KEGG é um banco de dados de vias metabólicas, principalmente. Já o BLAST não é um banco de dados, e sim uma ferramenta para alinhamento de sequências.
	
		6a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	(PR4 - UFRJ - Biólogo  -UFRJ - Biologia Molecular - 2016)
Um pesquisador e sua equipe acabam de obter a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes desconhecido. Querendo saber se esse gene ou um gene similar está presente no genoma humano, ele deve recorrer à seguinte ferramenta de bioinformática:
 
		
	
	Mega.
	
	GenBank.
	
	Multialignm.
	 
	BLAST.
	
	Velvet.
	Respondido em 14/11/2022 17:55:39
	
	Explicação:
O BLAST é um software para alinhamento simples e local de sequências biológicas. Essas sequências podem ser de nucleotídeos ou aminoácidos. Como o pesquisador quer descobrir se a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes desconhecido está presente no genoma humano, essa é a ferramenta mais aplicada, pois ele vai comparar sequências simples. O Mega é um software para análises filogenéticas. Multialignm é um programa para alinhamento múltiplo de sequências. Velvet é um algoritmo para montagem de genomas. GenBank é um banco de dados.
	
		7a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Um grande avanço da bioinformática aconteceu durante a execução do Projeto Genoma Humano, que durou mais de 10 anos e teve como objetivo principal determinar a ordem dos nucleotídeos de todo genoma da nossa espécie. Essa empreitada científica estimulou o aprimoramento de computadores e de programas para lidar com a grande quantidade de dados que começou a ser gerada. Hoje vivemos o que é chamado de ¿era pós-genômica¿, como o desenvolvimento e aperfeiçoamento de técnicas e programas que permitem estudar outras ciências ômicas. De acordo com as ciências ômicas, analise as afirmativas a seguir:
 
I. Genética é o estudo de todo o DNA de um indivíduo.
II. Metabolômica estuda moléculas de baixo peso molecular produzidas por uma célula.
III. Para investigar o genoma de um indivíduo, precisamos de uma amostra de seu RNA.
 
Quais são as afirmativas corretas?
		
	
	As afirmativas 1 e 2 estão corretas.
	
	As afirmativas 1 e 3 estão corretas.
	
	Somente a afirmativa de número 1 está correta.
	 
	Somente a afirmativa de número 3 está correta.
	
	Somente a afirmativa 2 está correta.
	Respondido em 14/11/2022 17:56:42
	
	Explicação:
O estudo de todo o DNA de um indivíduo é chamado de genômica. A genética é a parte da ciência que estuda a hereditariedade, a estrutura e a função dos genes e a variação dos seres vivos. Na genética estudamos genes individuais. Às vezes, genética e genômica são usadas indistintamente, mas têm significados diferentes. Para investigar o genoma de um indivíduo, precisamos de uma amostra de seu DNA.
	
		8a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Diferentes tipos de dados biológicos podem ser armazenados em bancos de dados computacionais. Em relação aos tipos de bancos de dados biológicos, relacione as duas colunas.
1. Curado.
2. Acesso livre.
3. Especializado
4. Primário.
( ) Armazenam informações biológicas originais, resultados de experimentos científicos.
( ) Banco que contém informações processadas por um profissional com uma boa experiência no assunto.
( ) Reúnem todo conteúdo que atende a um interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV.
( ) Está disponível para qualquer tipo de usuário, sem restrição de acesso.
Qual a sequência correta?
		
	
	1-3-2-4.
	
	4-3-2-1.
	
	1-2-3-4.
	
	2-4-1-3.
	 
	4-1-3-2.
	Respondido em 14/11/2022 17:58:02
	
	Explicação:
Os bancos de dados podem ser categorizados de acordo com a disponibilidade de acesso, com o conteúdo dos dados armazenados e com a qualidade deles. O acesso pode ser livre ou restrito; o conteúdo pode ser de dados brutos ou processados, referindo-se a sequências biológicas, estruturas 3D, anotação funcional de proteínas, dentre outros. No que diz respeito à qualidade, um banco curado é aquele que passou pela análise de profissionais especialistas no assunto. Um banco primário é aquele que armazena informações biológicas originais, resultados de experimentos científicos, e um banco especializado reúne todo conteúdo que atende a um interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV.
	
		9a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Existem diversas formas de buscarmos a melhor hipótese filogenética com uma matriz de táxons × caractere. Dentre as possibilidades temos a máxima verossimilhança. Qual das alternativas a seguir define melhor este conceito?
		
	
	A probabilidade de que um evento ocorra.
	
	A probabilidade de que uma hipótese seja falsa através do método dos mínimos quadrados.
	
	A melhor árvore calculada a partir da quantidade de passos, ou mudanças, nos ramos.
	 
	A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
	
	A proporção das probabilidades de duas hipóteses alternativas.
	Respondido em 14/11/2022 17:58:56
	
	Explicação:
Gabarito: A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
Justificativa: Para calcular a probabilidade de um evento ocorrer entre outros é necessário usar o teorema de Bayes. O método dos mínimos quadrados é utilizado em métodos de distância e não em probabilidades. A máxima verossimilhança procura a probabilidade de cada hipótese fornecida os dados. A quantidade de passos é utilizada na parcimônia. A inferência Bayesiano é um método que avaliar a probabilidade posterior de uma árvore e incorporam informações prévias sobre a probabilidade de hipóteses alternativas.
	
		10a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	O quadro a seguir mostra uma matriz de dados táxons x caracteres, sendo apresentados 9 espécies (de A ao I) e 9 caracteres (de 1 ao 9):
Como uma análise de parcimônia seria afetada pela remoção das duas primeiras posições (1 e 2) e da última posição (9) da matriz de dados fornecida?
		
	 
	A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento.
	
	A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima será três etapas mais curta.
	
	A topologia de árvore ideal certamente mudará; a árvore ótima será menor.
	
	A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima terá três etapas a mais.
	
	A topologia de árvore ideal pode ou não mudar; o comprimento ideal da árvore pode ser maior ou menor.
	Respondido em 14/11/2022 18:00:09
	
	Explicação:
Gabarito: A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento.
Justificativa: Os caracteres que estão na posição 1, 2 e 9 na matriz de dados não possui variação de estados, ou seja, ao analisar a matriz de dados vemos que em todas as espécies (de A a I) na posição 1 temos a base C, na posição 2 a base G e na posição 9 a base C. Isso significa que elas não trazem informações que possam diferenciar um táxon ou um conjunto de táxons. Assim, a retirada destes caracteres, por tanto, não modifica a topologia e o comprimento de ramos, pois não houve alteração. A modificação na topografia só seria obtida caso tivesse alteração nos carateres entre os táxons, assim todas as outras alternativas estão falsas.