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Diagnóstico microbiológico das infecções humanas A microbiologia clínica é a prática do diagnóstico das infecções humanas, desde a requisição do exame à análise laboratorial. Todos os protocolos em microbiologia clínica seguem as recomendações da CLSI (Sigla em inglês: Clinical and Laboratory Standards Institute), que foi traduzido e adotado pela ANVISA (Agência Nacional de Vigilância Sanitária) (ANVISA, 2013a). Tudo começa com a coleta da amostra biológica, que segue protocolos específicos dependendo do tipo de amostra, sempre visando a preservação dos microrganismos e impedindo a sua contaminação. Após a coleta e recebimento da amostra, a mesma deve ser semeada em um meio de cultura apropriado recomendado pela ANVISA (ANVISA, 2013b). A técnica de semeadura utilizada inicialmente deve ser por esgotamento para isolar as UFCs (Unidades Formadoras de Colônias), assim é possível coletar a amostra de uma única população bacteriana (que conterá apenas uma única espécie microbiana), essa amostra (a partir da UFC) será usada para todas as análises microbiológicas posteriores (como identificação e antibiograma por exemplo). Após o isolamento microbiano é realizada a análise macroscópica, que identifica fatores como tamanho, forma das colônias, consistência, cheiro e densidade. O tamanho das colônias pode ser: puntiforme (<1 mm de diâmetro) , com colônias muito pequenas, características de bactérias mais exigente; pequena (até 2 mm de diâmetro) como os gêneros Shigella e Yersinia, Salmonella, Acinetobacter spp, Enterococcus spp, pneumococos, Streptococcus spp. Cândida spp.; média (até 3 mm de diâmetro), como as demais Enterobactérias, as bactérias não fermentadores e Estafilococos ou então colônias grandes (mais de 4 mm de diâmetro), como os gêneros de Bacillus spp, Klebsiella e Enterobacter, o mesmo ocorre com não fermentadores como Pseudomonas. A forma das colônias pode ser: redonda (E. coli, Klebsiella, Serratia, Stenotrophomonas, Acinetobacter, Estafilococos, Estreptococos); irregular (Pseudomonas, Proteus, Providencia, Morganella, Bacillus); produção de véu (Proteus, Comamonas); filamentosas (fungos filamentosos – bolores); formando pontas, como estrelas (Candida spp.); com depressão no centro (Pneumococo); elevada (Klebsiella, Bacillus); ou achatada (Enterobacter, Pseudomonas). Já a consistência pode ser: mucóide (Klebsiella, Pseudomonas,Bacillus); seca (E. coli, Citrobacter, S. aureus); butirosa (manteiga) (Candida spp.). O cheiro pode ser adocicado, como o do gênero Pseudomonas spp. ou ainda fétido, como as bactérias anaeróbias. Por fim, a densidade pode ser opaca, como a E. coli, Candida, S. aureus ou brilhante, como Stenotrophomonas e Pneumococo (TORTORA, FUNKE, CASE, 2017). Após o isolamento bacteriano e análise macroscópica, de modo geral, deve-se confeccionar uma lâmina e realizar a coloração de Gram. Deste modo é possível seguir com a identificação do microrganismo, que dependerá se é uma bactéria Gram-positiva ou Gram-negativa (ANVISA, 2013b). Quando se trata do diagnóstico fúngico das micoses, é necessário semear a amostra inicialmente em meio de cultura adequada (ágar saboraud, mycosel ou ágar batata). A semeadura deve sempre ser feita em duas placas, para que sejam incubadas em temperaturas diferentes. Pois os fungos patogênicos normalmente são dimórficos, ou seja, possuem ambos os fenótipos: fungos filamentosos (bolores) à temperatura ambiente e leveduriformes à 37ºC. Para fungos filamentosos o diagnóstico é feito pela técnica de microcultivo, para análise microscópica da morfologia. Já para as leveduras, leva-se em consideração o tipo de amostra e a hipótese diagnóstica, pois caso a suspeita seja de um fungo previamente conhecido, como a Candida albicans, existem testes específicos (ANVISA, 2013c). Dentre as bactérias Gram-negativas de importância clínica podemos destacar os grupos: Enterobactérias e as Bactérias não fermentadoras como as Neisserias e os Bacilos Não-Fermentadores (BNFs). As Enterobactérias são parte do grupo mais heterogêneo das bactérias. São mais de 40 gêneros de bactérias pertencentes a este grupo, e todas têm em comum algumas características como: são bacilos gram-negativos, fermentadores de glicose, anaeróbias facultativas e todas são teste oxidase negativas, chave para a sua identificação. Já as Neisserias são bactérias de morfologia esférica, em cocos ou diplococos, e dentre as suas 10 espécies do gênero, apenas duas são patogênicas para o ser humano: a Neisseria meningitidis e a Neisseria gonorrhoeae. As amostras devem ser semeadas em ágar, sangue ou chocolate suplementado e sua diferenciação se dá pela oxidação de diferentes carboidratos. No teste da oxidase e catalase são positivas. Os bacilos Não-Fermentadores (BNFs) também são um grupo bem heterogêneo, que como o próprio nome diz, têm em comum a sua morfologia, são todos em forma de bacilos, e não fermentam glicose (diferentemente das enterobactérias), e são todos oxidase positivos. Para a diferenciação e identificação de todos esses grupos bacterianos é realizada uma série de testes bioquímicos padronizados pela ANVISA, e para liberação do laudo é necessário que pelo 80% dos testes sejam confirmatórios, por isso quanto mais testes forem realizados, maior será a acurácia do resultado (ANVISA, 2013a). Dentre as bactérias Gram-positivas de importância clínica, podemos ressaltar três gêneros: Staphylococcus spp., Streptococcus spp. e Enterococcus spp. Para sua identificação, o teste inicial, além da coloração de Gram, é a catalase. Os Estafilococos são catalase positivos, já os Estreptococos e os Enterococos são negativos. Os Staphylococcus spp. são bactérias em forma de cocos agrupados, e sua principal espécie é o Staphylococcus aureus, segundo maior causador das infecções humanas. Para sua identificação é necessário realizar o teste da coagulase, DNA e manitol, sendo positivo para todos, já os demais estafilococos são liberados como “Estafilocos coagulase negativa”. Já os Streptococcus spp., bactérias em cocos em cadeia, são classificados em relação à sua capacidade de hemólise nas hemácias íntegras presentes no ágar sangue. Os alpha- hemolíticos realizam hemólise parcial, os beta-hemolíticos realizam hemólise total e os gamma-hemolíticos não realizam hemólise. Neste último grupo se enquadra as bactérias do gênero Enterococcus spp., cocos aos pares (diplococos), que são todos gamma-hemolíticos e no teste de PYR são positivos (ANVISA, 2013a).
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