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Lista de exercícios – Cadeia transportadora de elétrons; fosforilação oxidativa: Letícia Fernanda Nanami - 110616 1. Qual a estratégia adotada pela célula para converter a energia armazenada nas coenzimas reduzidas (NADH e FADH2) em ATP? A estratégia adotada pela célula é transformar a energia armazenada nas coenzimas em um gradiente de prótons na mitocôndria e utilizar este gradiente para sintetizar ATP. A oxidação das coenzimas reduzidas pela cadeia transportadora de elétrons acontece na membrana interna da mitocôndria. 2. Quais os principais grupos prostéticos envolvidos no transporte de elétrons na cadeia respiratória? Os principais grupos são aqueles que transportam prótons e elétrons (flavina, nad) e aqueles que transferem somente elétrons (centro Fe-S, e os citocromos). 3. Calcule a variação de energia livre padrão para a transferência de dois elétrons do NADH e do Succinato até o O2 na cadeia transportadora de elétrons, sabendo que os potenciais de redução padrão (E´o) são: NAD+/NADH = -0,32V; Fumarato/Succinato = +0,031V; O2/H2O = +0,81 . 4. Na transferência de elétrons, apenas a porção quinona da ubiquinona sofre oxidação-redução. A cadeia lateral isoprenoide permanece inalterada. Qual a função desta cadeia? A porção quinona sofre a redução, e tem uma cadeia lateral muito grande ( composta basicamente de C-H), e esta não participa dos eventos de oxidação-redução, ainda apresenta uma característica hidrofóbica, tendo como função conferir a hidrofobicidade necessária para ubiquinona fixar-se na membrana, e trazer mobilidade. 5. Todas as desidrogenases da glicólise e do ciclo do ácido cítrico usam NAD+ (E´° para NAD+/NADH = -0,32 V) como aceptor de elétrons, exceto pela succinato desidrogenase, que usa FAD covalentemente ligado ( E´° para FAD/FADH2 = 0,05 V). Sugira por que o FAD e não o NAD+ é o aceptor de elétrons mais apropriado na desidrogenação do succinato (E´° para fumarato/succinato = 0,031). Os elétrons fluem espontaneamente (variação de energia livre (-)) do par com o menor potencial redox para o par que apresenta o maior potencial de redução padrão. Assim, o par de NAD+/NADH possui um potencial de redução padrão menor que o de fumarato/succinato, dessa forma o par NAD+/NADH como coenzima, faria com que o fluxo de elétrons fosse do NADH para o succinato, e não ao contrário. 6. Rotenona, um produto tóxico natural de plantas, inibe fortemente a NADH desidrogenase em mitocôndrias de insetos e peixes. Antimicina A, um antibiótico tóxico, inibe fortemente a oxidação do ubiquinol. a. Explique por que a ingestão de rotenona é letal para algumas espécies de peixes e insetos. Ela inibe o complexo I, prejudicando uma das fontes de energia, inibe a oxidação do NADH e a síntese de ATP fica reduzida, e então as células acabam morrendo. b. Explique por que a antimicina A é um veneno Esta bloqueia a geração de ubiquinol para o complexo III, e cessa a transferência de elétrons para o O2, não gerando um gradiente de prótons e consequentemente, diminuindo a produção de ATP, dentro da mitocôndria. c. Considerando que a rotenona e a antimicina A são igualmente efetivas em bloquear seus respectivos sítios na cadeia de transferência de elétrons, qual delas seria um veneno mais potente? Explique. A antimicina, uma vez que a ubiquinona é o ponto centro de recepção de elétrons entre si e outras vias, assim, caso o complexo III fosse inibido teria maior consequência. 7. Quando O2 é adicionado a uma suspensão anaeróbia de células consumindo glicose em alta velocidade, esta velocidade diminui marcantemente à medida que o O2 é consumido e o acúmulo de lactato cessa. Este efeito, primeiramente observado por Louis Pasteur na década de 1860, é característico da maioria das células capazes tanto de catabolismo aeróbio quanto anaeróbio da glicose. a. Por que o acúmulo de lactato cessa depois que o O2 é adicionado? Em condições anaeróbias a célula realiza fermentação lática, e sem o O2 o NADH não pode ser oxidado na cadeia transportadora de elétrons. Assim, o piruvato é reduzido a lactato no citosol regenerando então o NAD+ que pode continuar a ser usado na via da glicólise. E então, na medida que adiciona-se O2 no meio, as coenzimas reduzidas passam a ser oxidadas na cadeia transp. de elétrons, e a fermentação deixa de ser necessária. b. Por que a presença de O2 diminui a taxa do consumo de glicose? Porque a oxidação completa da glicose aerobicamente resulta em um saldo/ rendimento maior de ATP, consequentemente, uma concentração menor de glicose é consumida na presença de O2. c. De que forma o início do consumo de O2 reduz a taxa de consumo de glicose? Explique em termos de enzimas específicas. A fosfofrutoquinase 1 e a piruvato quinase são inibidas alostericamente, em altos níveis de ATP, reduzindo a taxa do consumo de glicose pela via. 8. Sabendo que: 1) quantidade de energia livre necessária para transportar 1 mol de H+ da matriz mitocondrial para o espaço intermembranas é de +20 kJ/mol, e 2) a transferência de 2 elétrons do NADH ao O2 é acompanhada pelo bombeamento para fora de 10 H+. Calcule a eficiência deste processo de conservação de energia (em porcentagem). 9. O complexo II da cadeia transportadora de elétrons não atua como bomba de prótons, ao contrário dos demais complexos. Considerando os seguintes potenciais de redução padrão (E´o): Fumarato/Succinato = +0,031V e CoQ/CoQH2 = +0,045V, formule uma explicação plausível para este fato. 10.A variação de energia livre para a hidrólise do ATP em ADP+Pi é grande e negativa (-30,5 kJ/mol). Todavia, na superfície da ATP sintase, a variação de energia livre para esta reação é de praticamente zero. Como esta contradição pode ser explicada? A formação de interações fracas entre o ATP e o sítio ativo das subunidades B da porção F1 da ATP sintase proporciona a energia de ligação suficiente para trazer a energia livre do ATP ligado à enzima perto daquela do ADP+ Pi, de forma que a reação é reversível. 11.Explique o fenômeno de catálise rotacional. De que forma o fluxo de prótons pode produzir o movimento rotacional na ATP sintase? Uma corrente de prótons através do poro do Fo, na subunidade A, faz o cilindro de subunidades C e Y girar, assim, a subunidade Y passa pelo centro de F1 alfa3beta3, que é mantido de forma estacionária pelas subunidades beta2 e sigma. A cada rotação de 120º do eixo Y entra em contato com uma subunidade beta, e o contato força essa subunidade a assumir uma conformação beta-vazio, que libera o ATP. Os três sítios ativos da F1 se revezam catalisando a síntese de ATP, uma subunidade começa em forma de beta-ADP, que liga ADP e Pi, ela muda de conformação, assumindo beta-ATP, e quando o eixo Y entra em contato com a subunidade beta, ela muda de conformação novamente beta-vazio, que possui baixa afinidade para com o ATP, que então é liberado. 12.As mitocôndrias de leveduras possuem 10 subunidades C (porção Fo da ATP sintase). Neste caso, qual seria a quantidade exata de moléculas de moléculas de ATP produzidas pela oxidação do NADH em leveduras? 13.Comoa fosforilação oxidativa é regulada? A fosforilação oxidativa é regulada pelo controle pelo aceptor (RC), sendo assim, é regulada pela disponibilidade de ADP. Quando a razão ATP/ADP é alta, e consequentemente a concentração de ADP diminui, não há síntese de ATP, por falta de ADP, e os prótons não podem retornar do espaço intermembrana para a matriz. Dessa forma, a força próton motriz se acumula ao ponto de que a energia necessária para transportar prótons da matriz para o espaço intermembrana se iguala ou fica maior que a energia obtida pela transf. dos elétrons e neste ponto, a oxidação das coenzimas reduzidas é interrompida. 14.O tecido adiposo marrom é rico em uma proteína desacopladora (UCP1 ou termogenina). Qual é o mecanismo de ação desta proteína na mitocôndria? Qual sua importância para este tecido? A proteína desacopladora UCP1 cria um canal de prótons alternativo, em que os prótons podem fluir espontaneamente a favor de um gradiente de concentração (espaço intermembrana para a matriz). Este retorno não está acoplado à síntese de ATP, e por isso, a energia gerada é liberada na forma de calor. 15.O que são espécies reativas de oxigênio? Como e quando elas são geradas na mitocôndria? Espécies reativas de oxigênio (ROS) é um termo utilizado para designar as substâncias reativas que incluem radicais livres e outras não radicalares que são produzidas a partir de oxigênio molecular. Os ROS, podem ser gerados na mitocôndria quando os elétrons saem, através do complexo I, II, III ou da ubiquinona e então, são transferidos diretamente ao oxigênio molecular, e ao receber um elétron, ele é convertido a ânion superóxido, este ânion pode ser rapidamente convertido em peróxido de hidrogênio pela ação da enzima superóxido dismutase, e ainda, caso na presença de Fe2+, estas espécies podem dar origem ao radical hidroxila, que é extremamente reativo e oxidante, podendo causar danos oxidativos às biomoléculas. 16.Quais são as principais defesas antioxidantes da mitocôndria? As defesas se resumem em enzimas como a superóxido dismutase e catalase, ainda a glutationa reduzida (GSH), que pode atuar como agente redutor em reações de eliminação de peróxidos, como o próprio peróxido de hidrogênio. 17.Sob condições aeróbias, o NADH extramitocondrial precisa ser oxidado pela cadeia transportadora de elétrons. Considere um preparado de hepatócitos de ratos contendo mitocôndrias e todas as enzimas citosólicas. Se [4-3H]NADH é introduzido, radioatividade logo aparece na matriz mitocondrial. No entanto, se [7-14C]NADH é introduzido, nenhuma radioatividade aparece na matriz. O que estas observações revelam sobre a oxidação do NADH extramitocondrial pela cadeia transportadora de elétrons? O citosol e a mitocôndria possuem conjunto ‘’pool’’ separados de coenzimas reduzidas. O NADH gerado pelas reações oxidativas no citosol pode ser oxidado na mitocôndria por um sistema de lançadeiras, neste sistema apenas elétrons do NADH são transferidos para a mitocôndria, e a poção adenina dinucleotídeo (NAD+) não atravessa a membrana mitocondrial interna. 18.Explique como ocorre o transporte de fosfato (H2PO4-) e de ATP e ADP pela membrana interna da mitocôndria. O fosfato é transportado pelo transportador fosfato translocase, que o transporta em simporte com H+, aproveitando o gradiente de prótons gerado pela cadeia transportadora. O ATP e o ADP são transportados pela adenina nucleotídeo translocase, que transporta um ATP da matriz para o espaço intermembrana e um ADP do espaço intermembrana para a matriz. Como o ATP tem 3 cargas negativas e o ADP só 2, o sistema de antiporte é favorecido pelo gradiente eletroquímico. 19.O que é apoptose? Explique o envolvimento das mitocôndrias neste processo. A apoptose é considerada uma morte celular programada, é organizada e divide a célula em pacotes pequenos que podem ser recolhidos e reciclados por outras células, as mitocôndrias estão envolvidas neste processo, pois a via da apoptose é dependente de ATP. 20.O gráfico abaixo mostra o resultado de um experimento onde se avaliou a respiração de mitocôndrias isoladas de fígado de rato. Analise-o e responda: a. Explique o aumento da velocidade do consumo de oxigênio com a adição de ADP. Com adição de ADP, e substratos, a mitocôndria respira mais, consequentemente o consumo de oxigênio é aumentado, formando uma curva elevada no gráfico. b. Qual a razão da diminuição da velocidade do consumo de oxigênio em 4? Em 4 a mitocôndria já consumiu todo o ADP que havia sido colocado, por conta do RC (controle respiratório), a respiração tende a diminuir. c. Qual seria o efeito da adição do composto 2,4-dinitrofenol em 5? Por quê? A adição de um desacoplador como o 2,4 dinitrofenol iria inibir a produção de ATP, uma vez que um desacoplador age perturbando a membrana celular e cadeia transportadora de elétrons, fazendo com que perturbe a geração de ATP. d. Ainda, o que ocorreria se, após a adição do 2,4-dinitrofenol, fosse adicionado cianeto (CN-)? O cianeto é um composto extremamente tóxico, e atua desativando as enzimas que contêm ferro Fe3+, produzindo anoxia devido a ligação ao sítio ativo do citocromo c oxidase – proteína terminal na cadeia transportadora de elétrons na membrana mitocondrial, assim, impossibilita o transporte de O2 e síntese de ATP na cadeia respiratória, interrompendo o metabolismo aeróbico nas células, assim as células do tecido não podem utilizar oxigênio, e não há o funcionamento adequado, ocorrendo então a morte celular.