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Prova Impressa GABARITO | Avaliação II - Individual (Cod.:823738) Peso da Avaliação 1,50 Prova 66493582 Qtd. de Questões 10 Acertos/Erros 10/0 Nota 10,00 A grande vantagem da utilização do RNA-seq é que, nesta tecnologia, não é necessário que se tenha prévio conhecimento do genoma ou dos transcritos que serão avaliados. Algumas das aplicações relacionadas a essa técnica são: a avaliação da expressão gênica diferencial, análise do perfil do transcriptoma e a investigação de SNPs. Com base nas etapas para do método da transcriptoma RNA- seq, ordene os itens a seguir: I- Fragmentar as moléculas por ação de enzimas de restrição, sonicação ou nebulização, formando fragmentos que serão ligados a adaptadores (pequenas sequências de nucleotídeos que indicam onde o sequenciamento deve ser iniciado em cada molécula). II- Isolar e fragmentar o RNA a ser sequenciado e convertê-lo em cDNA. III- Aplicar métodos de sequenciamento para sequenciar pequenas porções, compostas por 30 a 200 pb (pares de bases), de cada um dos fragmentos. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA: A II - I - III. B I - II - III. C I - III - II. D II - III - I. Os polimorfismos podem ser diferentes tipos, como polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) ou polimorfismos promovidos por inserções ou deleções no DNA, chamadas de polimorfismos indel, os quais podem ser do tipo polimorfismo no número de cópias (CNP), polimorfismo repetido em tandem curta (STRP) ou polimorfismo de repetição em tandem de número variável (VNTR). Sobre os polimorfismos, assinale a alternativa CORRETA: A O polimorfismo STRP é conhecido como repetição em tandem de número variável, também denominado como DNA minissatélite, com cerca de milhares de nucleotídeos. B O polimorfismo VNTR ou DNA microssatélites são difíceis de ser sequenciados, tendo sequências curtas de DNA, com 10 a 100 nucleotídeos. C O polimorfismo de nucleotídeo único ocorre em um único nucleotídeo. VOLTAR A+ Alterar modo de visualização 1 2 D As técnicas de PCR e sequenciamento pelo método Sanger conseguem identificar qualquer polimorfismo. No processo de digestão in gel, os spots contendo as proteínas de interesse são submetidos a um processo de hidrólise química e enzimática, formando fragmentos proteicos menores, capazes de migrar pela malha do gel e se difundir no sobrenadante, formando a amostra que será analisada por espectrometria de massas. De acordo com a digestão in gel, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas: ( ) As proteínas são apenas separadas de acordo com sua massa molecular, embora, nesse caso, as bandas obtidas do gel representem populações de proteínas com massas similares. ( ) A análise no espectrômetro de massas necessita que a carga líquida se torne negativa, ou seja, o processo de ionização não é necessário. ( ) A cromatografia líquida é utilizada como método de fracionamento, em que os peptídeos presentes na amostra são dissolvidos em uma fase líquida, bombeadas para passar por uma fase estacionária e direcionadas para espectrometria de massas. ( ) As amostras podem ser submetidas a outro fracionamento prévio à análise por MS, com o objetivo de reduzir a complexidade da amostra ou apenas complementar o fracionamento já realizado na eletroforese. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA: A V - V - F - V. B V - F - F - V. C F - F - V - F. D V - F - V - V. [Laboratório Virtual - RT-PCR] A transcrição reversa é uma reação que ocorre pela ação da enzima transcriptase reversa ou RT. Essa enzima é uma DNA polimerase dependente de RNA, ou seja, ela é capaz de sintetizar uma fita de DNA utilizando como molde a fita simples de RNA. Sua descoberta se deu a partir da observação de que, quando os retrovírus, cujo material genético é um RNA, infectam um hospedeiro, o RNA viral é convertido em DNA. Sobre a técnica de RT-PCR, assinale a alternativa CORRETA: A Nessa técnica, são utilizados somente os quatro dNTPs, a amostra de RNA e os cofatores enzimáticos. 3 4 B Para o processo de transcrição reversa, são necessários oligonucleotídeos sintéticos e a enzima transcriptase reversa. C Ao final da técnica, origina-se o RNA mensageiro, a partir do uso da enzima transcriptase reversa. D A técnica de RT-PCR utiliza a enzima Taq DNA polimerase que adicionará os nucleotídeos à dupla fita de RNA. Existem diferentes técnicas de ionização que podem ser aplicadas aos peptídeos, sendo as principais delas a ionização/dessorção a laser assistida por matriz (MALDI) e a ionização por eletro spray (ESI). Sobre os processos de ionização utilizados nas análises de proteômica, assinale a alternativa CORRETA: A A ionização por MALDI permite degradação de moléculas como DNA e proteínas. B A ionização ESI é considerada agressiva por desnaturar amostras peptídicas. C A ionização por MALDI é considerada branda, sendo aplicável a moléculas sensíveis como DNA e proteínas. D A ionização ESI utiliza cristais que são bombardeados por laser, sendo sublimados (convertidos em fase gasosa) e ionizados durante o processo. [Laboratório Virtual - RT-PCR] Segundo o sumário da aula prática, a transcrição reversa seguida de reação em cadeia da polimerase (RT-PCR – reverse transcription polymerase chain reaction) é um método de biologia molecular utilizado desde o início da década de 1980. A partir de conhecimentos em virologia baseados em enzimas responsáveis pela replicação viral, os cientistas estudaram a atividade da enzima transcriptase reversa (RT – reverse transcriptase). Sobre os reagentes utilizados na reação de RT-PCR, analise as opções a seguir: I- Amostra de RNA e Transcriptase reversa. II- Primer F, primer R e OligoDT. 5 6 III- Buffer e MgCl2. IV- dNTP, Taq DNA polimerase e indutor de RNAse. Assinale a alternativa CORRETA: A As opções I, III e IV estão corretas. B As opções I e IV estão corretas. C As opções I, II e III estão corretas. D As opções II e IV estão corretas. As fases de leitura aberta (ORF) compreendem os códons de início (ATG) e de parada (TAA, TAG ou TGA), que para o RNA são substituídos pela uracila. Sobre o exposto, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas: I- ORFs que contenham 100 ou mais códons podem ser indicadas como possíveis genes presentes no genoma que está sendo avaliado. PORQUE II- A presença do códon de início no genoma é um indicativo de um gene funcional, pois essa mesma sequência, quando encontrada no RNA (ou seja, na forma AUG), indica o local de início do processo de tradução da proteína codificada pelo RNA. Assinale a alternativa CORRETA: A As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. 7 B As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I. C A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira. D As asserções I e II são proposições falsas. No estudo metabolômico necessita-se da comparação do perfil de metabólitos entre distintas amostras, o que implica que o objetivo do estudo seja previamente definido para direcionar a extração quando ela for necessária, especialmente nos casos em que se deseja quantificar os metabólitos, pois cada solvente irá extrair um perfil diferenciado de metabólitos. Após a extração, os solventes devem ser evaporados para evitar contaminação nas etapas de fracionamento, detecção e quantificação. Sobre as técnicas para quantificação de metabólitos, associe os itens, utilizando o código a seguir: I- Cromatografia gasosa - espectrometria de massas (GC-MS). II- Cromatografia líquida-espectrometria de massas (LC-MS). III- Ressonância magnética nuclear (RMN). ( ) Essa técnica permite a detecção simultânea dos diferentes tipos de metabólitos, não degradando as moléculas e permitindo que a amostra seja recuperada para análises posteriores. ( ) Técnica mais indicada para o fracionamento de composto apolares e de menor peso molecular, associada à espectrometria de massas.( ) Técnica acoplada à espectrometria de massas, indicada para compostos polares, de maior peso molecular ou que não possam ser submetidos ao aumento de temperatura. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA: 8 A II - I - III. B I - II - III. C I - III - II. D III - I - II. A interação entre proteínas e o DNA é de extrema importância na genômica funcional, especialmente pelo fato de que diversas proteínas são reguladoras da expressão gênica. Com base nas técnicas utilizadas para identificar os locais de interação, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas: ( ) A MNase (nuclease microcócica), uma nuclease específica, capaz de clivar o DNA em pequenos fragmentos, é modificada com a adição de uma proteína, a proteína A (pA) no sequenciamento CUT & RUN. ( ) A MNase modificada com a pA forma regiões de interação entre a proteína e o DNA que podem ser imunoprecipitadas, formando uma amostra rica de precipitados de regiões de interação da proteína de interesse com o DNA. ( ) No sequenciamento ChIP, a proteína de interesse é reticulada ao DNA, ou seja, são formadas ligações covalentes entre a proteína e o DNA por meio da adição de anticorpos específicos para essa proteína. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA: A F - F - V. B V - V - F. C F - V - F. D V - F - V. As regiões responsáveis por codificar ou regular o DNA são conservadas entre as espécies, permitindo driblar um dos grandes desafios do Projeto Genoma Humano, ou seja, a interpretação dos dados, já que grande parte dessa informação era não codificadora. Sobre as sequências codificadoras e reguladoras de DNA, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas: I- Uma estratégia utilizada para conhecer as sequências codificadoras do genoma humano é baseada na comparação com outras espécies que sejam evolutivamente relacionadas aos seres humanos, como 9 10 os camundongos, por exemplo. PORQUE II- A partir da estratégia é possível definir quais regiões são não codificadoras entre as duas espécies, indicando que essas regiões estiveram menos sujeitas a mutações ao longo do processo evolutivo. Assinale a alternativa CORRETA: A As asserções I e II são proposições falsas. B As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I. C As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. D A asserção I é uma proposição verdadeira, e a II é uma proposição falsa. Imprimir