Relatório BioInf 4

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Relatório 4 – Bancos de dados de variantes genéticas
· Recentemente uma notícia interessante foi publicada em relação ao potencial impacto positivo de uma mutação genética no rendimento de esportistas olímpicos. Leia a notícia e comece a explorar as bases moleculares desta mutação a ponto de identificar quais doenças são associadas com esta e sua incidência global.
Identificando informações sobre o gene
1. Encontrar o pubmed id do artigo que a reportagem se refere
O pubmed id do artigo é: 26416567
a. Forneça o link e copie e leia o abstract (Dica: o artigo é de 2015 e o nome do gene está no título. Navegando nos resultados você encontrará um título relativo a atletas olímpicos).
Segue o link para o artigo: Eighty percent of French sport winners in Olympic, World and Europeans competitions have mutations in the hemochromatosis HFE gene. O abstract para o artigo é: “The HFE gene encodes a protein involved in iron homeostasis; individuals with mutations in both alleles develop hemochromatosis. 27% of the French population is heterozygous for mutations in this gene. We found that 80% of the French athletes who won international competitions in rowing, Nordic skiing and judo display mutations in one allele of HFE, thus demonstrating the existence of a favourable phenotype linked to this heterozygosity.”
2. Após ler o abstract qual o nome da doença associada a este gene (OMIM)? 
O nome da doença é hemocromatose.
a. o OMIM id e a descrição da doença
O OMIM ID é: #235200, e a descrição da doença é: “Hereditary hemochromatosis is an autosomal recessive disorder of iron metabolism wherein the body accumulates excess iron (summary by Feder et al., 1996). Excess iron is deposited in a variety of organs leading to their failure, and resulting in serious illnesses including cirrhosis, hepatomas, diabetes, cardiomyopathy, arthritis, and hypogonadotropic hypogonadism. Severe effects of the disease usually do not appear until after decades of progressive iron loading. Removal of excess iron by therapeutic phlebotomy decreases morbidity and mortality if instituted early in the course of the disease. Classic hemochromatosis (HFE) is most often caused by mutation in a gene designated HFE on chromosome 6p21.3.”
3. Queremos estudar mais o gene e a proteína correspondente. Na página de busca inicial do OMIM perceba que além da doença existe uma entrada no OMIM para o gene afetado
a. Forneça o link e id para a entrada do gene no OMIM
O link e ID para a entrada do gene no OMIM é: *613609
b. Mostre a localização citogenética e as coordenadas genômicas
A localização citogenética é: 6p22.2. E as coordenadas genômicas são: 6:26,087,280-26,096,215.
c. Na página do gene, note que no canto superior direito existe o menu External Links, onde você obtém informações cruzadas sobre a localização genômica, proteína, variação genética, etc…​ Forneça o link para:
i. Coordenadas genômicas no Ensembl
Link para as coordenadas genômicas no: ENSEMBL 
ii. Uniprot
Link para o: Uniprot
Explorando variações genéticas
De volta à página do OMIM sobre o gene identifique as variantes moleculares associadas com a doença descrita acima. Você pode fazer isto de duas formas:
Menu à esquerda Allelic_Variants Table view
Menu à direita External_Links Variation ClinVar
4. Com o primeiro método forneça a tabela com as variantes. Note que você pode baixar a tabela como uma planilha excel (Download as à direita)
Figura 1 – Tabela para as variantes genéticas do gene HFE, no banco de dados OMIM.
5. Mostre os resultados com o ClinVar (na forma de link e tabela). Indique quantos polimorfismos foram reportados no total. 
Foram reportados 59 polimorfismos no total. O link para a tabela dos polimorfismo é: ClinVar.
 
Figura 2 – Printscreen da página do Clinvar para a buscar das variantes genéticas do gene HFE.
a. É possível filtrar os resultados com critérios no menu à direita. Quantos são os SNPs patogênicos causando uma mutação missense?
São 8 os SNPs patogênicos causados por uma mutação missense.
6. Para a primeira entrada da tabela acima (coluna Variation) forneça:
a. screenshot e link da página para a variante no banco ClinVar
O link da página para a variante pode ser visto aqui. 
Figura 3 – Printscreen para a primeira variante genética, da figura 2, na página do ClinVar.
b. Qual a mutação em termos de bases?
A mutação em termos de bases é uma mutação missense de G para C
c. Em termos da proteína, qual o resultado desta mutação? Indique a posição do amino ácido e a alteração
O resultado da mutação é a alteração do aminoácido na posição 6 Arg, para um Ser.
7. Na página do ClinVar do item anterior, identifique a entrada no dbSNP ID desta primeira variante 
A entranda para o dbSNP ID é: rs149342416.
a. Mostre um screenshot da página no dbSNP (clique no link com o id do SNP)
Figura 4 – Printscreen da página dbSNP para a primeira variante genética, do gene HFE, da figura 2.
b. Verifique que existe um link denominado Frequency que tabula a frequência alélica deste SNP em diversas populações, por meio de diversos estudos genômicos em larga escala, como The Genome Aggregation Database ou 1000Genomes. Em todos estes estudos, qual a população com maior incidência do alelo alternativo (mutado)? 
A população com a maior incidência do alelo mutado, em todos esses estudos, é a Européia. 
8. Na página do ClinVar do item anterior, verifique sessão Alleles e observe as diversas informações sobre o alelo em questão. (: Clique no símbolo ? para mais informações sobre o termo Alleles). O link para o projeto 1000 genomes mostra as frequências alélicas deste SNP em subpopulações geograficamente distintas
a. Mostre um screenshot da página
Figura 5 – Printscreen da página 1000 Genomes com as informações para o gene HFE.
b. Qual a população com maior MAF e a com menor MAF (mostre as frequências alélicas para ambos os casos)
Figura 6 - Printscreen da página ENSEMBL com as informações sobre as frequências alélicas para o gene HFE em diferentes sub-populações.