Relatório 01 Bioinformática

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UNIVERSIDADE FEDERAL DE GOIÁS 
INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS 
 Disciplina : Bioinformática 
Profº : Clayton Luiz Borges 
Aluna : Maria Eduarda Leopoldino da Fonsêca Xavier 
 
 
 
 
 
CURSO DE BIOMEDICINA 
 
 
 
 
RELATÓRIO 01 : REFERENTE À AULA DE BIONFOMÁTICA 
 
 
 
 
 
 
 
 
GOIÂNIA , 
2021. 
 
 
 
 
1. INTRODUÇÃO 
 
 O NCBI (National Center for Biotechnology Information) formou-se em 1988 nos Estados Unidos da 
América sendo um recurso nacional no que respeita à informação disponível na área da Biologia 
Molecular. O NCBI cria bases de dados públicas, conduz investigação em biologia computacional, 
desenvolve software para análise de dados genómicos e dissemina a informação biomédica.(Grupo de 
Ciências Biológicas do IST, 2005) 
 Nesse sentido ,o NCBI (Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia) é um site que fornece o 
acesso a informações da área biomédica e genômica, isto é , está diretamente envolvido no 
desenvolvimento de novas ferramentas analíticas que permitam um melhor entendimento dos 
processos genéticos e moleculares relacionados aos principais eventos patogênicos. 
 Dessa forma , destaca-se o PubiMed que se trata de um recurso de livre acesso desenvolvido e 
mantido pelo NCBI que contém uma vasta citação literatura médica e biomédica, periódicos e livros. 
Sendo assim , o PubMed funciona relacionando palavras ou grupo de palavras no processo de 
elaboração da busca bibliográfica. 
 Neste ínterim, faz-se relevante o BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) , que do inglês significa 
ferramenta básica de pesquisa e alinhamento local , ou seja, se trata de um programa de alinhamento, 
ele faz buscas em regiões de similaridade entre as sequências , comparando a sequência de 
nucleotídeos ou proteínas da base de dados e calcula sua similaridade estatisticamente. 
 
2. METODOLOGIA 
 
 Para realização deste relatório , foi acessado inicialmente o site do NCBI 
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.), de forma a explorar , identificar e caracterizar três funcionalidades 
dele. Dentre elas , as selecionadas foram : Phylogenetic analysis of the vertebrate glycoprotein 
hormone family including new sequences of sturgeon (Acipenser baeri) beta subunits of the two 
gonadotropins and the thyroid-stimulating hormone , Glucagon gene expression in vertebrate brain e 
Cloning of complementary DNAs encoding islet amyloid polypeptide, insulin, and glucagon precursors 
from a New World rodent, the degu, Octodon degus . 
 
 Em seguida , foi selecionado a opção "PubMed" no site do NCBI (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/), 
onde por meio da busca direta pelos termos : luteinizing hormone, glucagon e insulin. 
 
 
 Assim , foram pesquisadas 3 sequências de nucleotídeos , para encontrar o FASTA e utilizá-lo no 
BLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) , no qual foi catalogado 10 ortólogos de cada um deles , 
descrevendo possíveis funções biológicas dos genes identificados e as principais informações, como 
código de informação ,quantidade de bases nitrogenadas e porcentagem de compatibilidade. 
 
 
3. RESULTADOS 
3.1 NCBI 
 O site em questãos é de suma importância neste relatório , uma vez que possui uma gama de 
ferramentas e banco de dados, que ajudam em pesquisas de biologia molecular , genética e bioquímica. 
Diante disso , três delas foram selecionadas para serem abordadas neste relatório. 
 
 3.1.1 Taxonomia 
 
 
 O banco de dados de taxonomia se consiste na classificação ,nomenclatura e descrição de 
organismos no bancos de dados de sequências públicas.O que representa, atualmente, cerca de 
10% das espécies de vida no planeta. 
 
 
 Figura 01 : Recurso Taxonomy do NCBI 
 
 
 
 3.1.2 Banco de Dados de Genótipos de Fenótipos (dbGaP) 
 
 
 Banco de dados responsável pela arquivação e distruibuição de dados e resultados de 
estudos que pesquisaram sobre a interação do genótipo e fenótipo em humanos. 
 
 
 Figura 02 : Recurso dbGaP do NCBI 
 
3.1.3 PubChem BioAssay 
 
 O PubChem Bio Assay se trata de telas de bioatividade de substâncias químicas descritas em 
PubChem Substance.Ou seja , a ferramenta em questão fornece descrições pesquisáveis de cada 
bioensaio, incluindo descrições das condições e leituras específicas para esse procedimento de 
triagem. 
 
 
 
 Figura 03 : Recurso PubChem Bio Assay do NCBI 
 
 
 
3.2 Utilizando o PubMed 
 
 Foram pesquisados e feito posteriormente download de 3 artigos pela ferramenta do site PubMed , os 
termos chave utilizados foram luteinizing hormone, glucagon e insulin. 
 
 
 
 
 
 
 
 3.2.1 Luteinizing hormone 
 Pela pesquisa com o termo " luteinizing hormone", o artigo escolhido foi " Phylogenetic analysis of 
the vertebrate glycoprotein hormone family including new sequences of sturgeon (Acipenser baeri) beta 
subunits of the two gonadotropins and the thyroid-stimulating hormone " (figura 04) o qual foi baixado 
em pdf (figura 05) . 
 
 
Figura 04 : Página do PubMed do artigo " Phylogenetic analysis of the vertebrate glycoprotein hormone 
family including new sequences of sturgeon (Acipenser baeri) beta subunits of the two gonadotropins 
and the thyroid-stimulating hormone ". 
 
 
 Figura 05 : Artigo em PDF. 
 
 
 
 
3.2.2 Glucagon 
 Pela pesquisa com o termo " glucagon ", o artigo escolhido foi " Glucagon gene expression in 
vertebrate brain " (figura 06) o qual foi baixado em pdf (figura 07) . 
 
 
 
 Figura 06 : Página do PubMed do artigo" Glucagon gene expression in vertebrate brain ". 
 
Figura 07 : Artigo em PDF. 
 
3.2.3 Insulin 
 Pela pesquisa com o termo " insulin", o artigo escolhido foi " Cloning of complementary DNAs encoding 
islet amyloid polypeptide, insulin, and glucagon precursors from a New World rodent, the degu, Octodon 
degus" (figura 08) o qual foi baixado em pdf (figura 09) . 
 
 
Figura 08 : Página do PubMed do artigo " Cloning of complementary DNAs encoding islet amyloid 
polypeptide, insulin, and glucagon precursors from a New World rodent, the degu, Octodon degus ". 
 
 
Figura 09: Artigo em PDF . 
 
 
3.3 Resultados 
 Por meio da ferramenta de pesquisa do site NCBI , na ferramenta "nucleotide" foi possível encontrar 
genes codificadores . Portanto , mediante a pesquisa das palavras chaves luteinizing hormone, glucagon 
e insulin foram encontradas 3 sequências (FASTA) e importantes informações sobre elas. 
 
 
 
 3.3.1 Sequência 01 - Luteinizin hormone 
 
 
 
 
3.3.2 Sequência 02 - Glucagon 
 
3.3.3 Sequência 03 - Insulin 
 
 
3.4 BLAST 
 3.4.1 Acipenser baerii partial mRNA for luteinizing hormone (LH gene) splice variant 
 
 Com a sequência obtida em FASTA , com a palavra chave Luteinizin hormone , foi realizada a análise 
de homologia por BLAST. Assim , obteve-se : 
 
 
Figura 10 - Lista de 10 homólogos a partir do BLAST do gene codificador . 
 
 
 
 Figura 11 : Gráfico comparativo dos ortólogos encontrados. 
 
3.4.2 Human glucagon mRNA, complete cds 
 Com a sequência obtida em FASTA , com a palavra chave Glucagon , foi realizada a análise de 
homologia por BLAST. Assim , obteve-se : 
 
Figura 12 - Lista de 10 homólogos a partir do BLAST do gene codificador . 
 
 
Figura 13: Gráfico comparativo dos ortólogos encontrados. 
 
3.4.3 Octodon degus insulin mRNA, complete cds 
 
 Com a sequência obtida em FASTA , com a palavra chave Insulin , foi realizada a análise de homologia 
por BLAST. Assim , obteve-se : 
 
 
Figura 14 - Lista de 10 homólogos a partir do BLAST do gene codificador . 
 
 
Figura 15: Gráfico comparativo dos ortólogos encontrados. 
 
4. TABELA 
 Com as informações analisadas , foi elaborado a tabela : 
Númeroacesso Tamanho Função 
produto 
Scory 
total 
Qery 
Cover 
Perc Id Evalue 
AJ251657.1 440 luteinizing 
hormone (LH 
gene) 
813 100% 100.00% 0.0 
J04040.1 1062 glucagon 
mRNA 
1962 100% 100.00% 0.0 
M57671.1 432 insulin mRNA 798 100% 
 
100.00% 
 
0.0 
 
 
 
 
 
 
 Conclusão 
 
 
 É de suma importância conhecer todas as ferramentas que os bancos de dados 
disponibilizam, tais informações são muito importante para auxiliar em pesquisas ,além de auxiliar aos 
estudantes e pesquisadores, pois são informações fundamentais para o desenvolvimento científico e 
tecnológico . 
 Dentro desse aspecto ,cabe ressaltar que a Bioinformática é fundamental para disseminar 
informação científica para o âmbito acadêmico. 
 Ademais , todo o procedimento realizado nesse relatório a primeiro momento parece complexo , 
mas é de simples entendimento , sendo extremamente importante para difusão de informação em 
escala global entre diferentes níveis de escolaridade. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS 
 
 
 
1 NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH (NIH - Estado Unidos ) . U . S . National Library of Medicine . NCBI : 
Nacional Center for Biotechnology Information. [S.I.] . Disponível em : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 
Acesso em : 20 de Agosto de 2021. 
 
2 GRUPO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS IST. A NCBI (National Center for Biotechnology Information). 
Disponível em: http://eescola.tecnico.ulisboa.pt/biologia/a+ncbi+national+center+for+biotechnology+information 
 
Acesso em : 20 de Agosto de 2021.