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UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL INSTITUTO DE BIOCIÊNCIAS DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA MOLECULAR E BIOTECNOLOGIA BIO12007 – BIOLOGIA MOLECULAR BÁSICA Questões para estudo As questões propostas devem servir como guia para estudo do conteúdo ministrado nas aulas correspondentes. Elas não serão utilizadas em quaisquer das provas da disciplina neste ou em futuros semestres. Para correção de resposta e esclarecimentos de dúvidas relativas a estas questões, estará(ão) disponível(eis) o(s) Monitor(es) da Disciplina, nos dias e horários previamente informados em sala de aula. Questionário 1: Estrutura e propriedades físico-químicas de ácidos nucleicos 1. Explique as diferenças entre uma base nitrogenada, um nucleosídeo e um nucleotídeo. 2. O desenho abaixo representa um trifosfato de adenosina, nome que pode ser abreviado como ATP. a. Identifique os três partes principais que constituem esta molécula b. Esse nucleotídeo seria passível de incorporação em uma molécula de RNA ou de DNA? Por quê? 3. Cite 3 características que distinguem uma molécula de RNA de uma molécula de DNA. 4. Que tipo de ligação mantém os nucleotídeos unidos entre si em cada uma das fitas do DNA? Entre quais grupamentos químicos de nucleotídeos adjacentes de uma mesma fita é formada uma ligação deste tipo? Identifique estes grupamentos na molécula ilustrada abaixo. Aproveite para numerar os átomos de carbono da desoxirribose. http://www.google.com.br/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&docid=ILN9k2YmfglEDM&tbnid=SKRjxMSUaqqEXM:&ved=0CAUQjRw&url=http://2012books.lardbucket.org/books/introduction-to-chemistry-general-organic-and-biological/s22-01-nucleotides.html&ei=6-vfU5a7ApDNsQS_s4CIBw&bvm=bv.72197243,d.cWc&psig=AFQjCNGD_dG8VzuR3hAmTCdqlCSYiNLAYA&ust=1407270235066198 5. Que tipo de interações mantêm pareados os nucleotídeos complementares de uma molécula de DNA de fita dupla típica? Entre que partes dos nucleotídeos são estabelecidas estas interações? Que tipos de pares de nucleotídeos podem ser formados? Qual é o número de interações em cada tipo de par formado? 6. Em relação à estrutura típica de fita dupla do DNA explique: a. O que são e qual é a importância das interações hidrofóbicas. b. O antiparalelismo das fitas. c. A complementaridade das fitas. 7. Na estrutura de fita-dupla do DNA, o que são a fenda (ou sulco) maior e menor? Qual a relevância destas fendas para interações específicas (dependentes da sequência nucleotídica) entre DNA e proteínas? 8. O passo da hélice de uma fita dupla de DNA corresponde ao número de pares de bases por volta da molécula. Sabendo que o passo da hélice pode ser alterado para mais ou para menos, com a alteração do grau de torção da molécula, discuta as possíveis implicações disso para interações específicas (dependentes da sequência nucleotídica) entre DNA e proteínas. 9. Abaixo, está ilustrada uma curva representativa da cinética de desnaturação do DNA em função da temperatura. Em relação à cinética de desnaturação do DNA, responda: a. Em que faixa de temperatura este fenômeno tipicamente ocorre. b. Que estrutura a molécula de DNA apresenta no ponto da curva correspondente à temperatura mais baixa? c. Que estrutura a molécula de DNA apresenta no ponto da curva correspondente à temperatura mais alta? d. O que representa a Tm? e. O comportamento e/ou a Tm da curva podem diferir se o experimento for realizado com moléculas de DNA que possuem diferentes porcentagens de bases G+C? Por quê? f. Supondo que a curva acima representa a cinética de desnaturação de uma molécula de DNA com uma porcentagem de G+C de 50%, desenhe no gráfico curvas que representariam moléculas de DNA com porcentagens de G+C de 40% e de 60%.