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Material de Estudo: Bioinformática - Material 22 Tema: Análise de Sequências e Genômica Comparativa 1. Qual algoritmo é mais eficiente para alinhar duas sequências de DNA e identificar regiões de similaridade, considerando a possibilidade de inserções, deleções e substituições? a) Algoritmo de busca binária. b) Algoritmo de ordenação por bolha (bubble sort). c) Algoritmo de alinhamento global de Needleman-Wunsch. d) Algoritmo de alinhamento local de Smith- Waterman. e) Algoritmo de busca em profundidade (DFS). Resposta: d) O algoritmo de Smith-Waterman é ideal para alinhamentos locais, identificando as regiões mais similares entre sequências, mesmo com inserções, deleções e substituições. 2. Em um estudo de genômica comparativa, qual técnica é usada para identificar regiões conservadas em diferentes genomas, indicando possíveis funções biológicas essenciais? a) PCR (Reação em Cadeia da Polimerase). b) BLAST (Ferramenta de Busca de Alinhamento Local Básico). c) Análise de árvores filogenéticas. d) Análise de SNPs (Polimorfismos de Nucleotídeo Único). e) Sequenciamento de RNA-Seq. Resposta: b) O BLAST é usado para comparar sequências e identificar regiões de similaridade, auxiliando na identificação de regiões conservadas e funções potenciais. 3. Qual método é usado para montar genomas a partir de fragmentos de DNA sequenciados, reconstruindo a sequência completa do genoma? a) Alinhamento de sequências pareadas (pair-end). b) PCR multiplex. c) Análise de expressão gênica. d) Filogenética molecular. e) Espectrometria de massas. Resposta: a) O alinhamento de sequências pareadas ajuda a montar genomas, usando informações sobre a distância e orientação dos fragmentos para reconstruir a sequência completa. 4. Qual banco de dados é usado para armazenar e acessar informações sobre sequências de proteínas e suas anotações funcionais? a) PubMed. b) UniProt. c) GenBank. d) KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). e) PDB (Protein Data Bank). Resposta: b) O UniProt é um banco de dados abrangente de sequências de proteínas e suas anotações funcionais, crucial para estudos de proteômica e genômica. 5. Em uma análise de metagenômica, qual técnica é usada para identificar e quantificar os microrganismos presentes em uma amostra ambiental, sem a necessidade de cultivo em laboratório? a) Eletroforese em gel. b) PCR quantitativo (qPCR). c) Sequenciamento de rRNA 16S. d) Espectrometria de absorção atômica. e) Microscopia de fluorescência. Resposta: c) O sequenciamento de rRNA 16S é usado para identificar e quantificar microrganismos em amostras ambientais, analisando regiões conservadas e variáveis do gene rRNA 16S. 6. Qual ferramenta é usada para prever a estrutura secundária de proteínas a partir de suas sequências de aminoácidos, auxiliando na compreensão de sua função e interação? a) CLUSTALW. b) Phyre2. c) MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis). d) STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins). e) Cytoscape. Resposta: b) O Phyre2 é uma ferramenta usada para prever a estrutura secundária e terciária de proteínas com base em suas sequências de aminoácidos.