Prévia do material em texto
Microbiologia Internacional(2020) 23:5–22 https://doi.org/10.1007/s10123-019-00064-6 ANÁLISE Aspergillus nidulansna era pós-genômica: um fungo filamentoso de alto modelo para o estudo de mecanismos de sinalização e homeostase Oier Etxebeste1 &Eduardo A. Espeso2 Recebido: 22 de outubro de 2018 / Revisado: 30 de janeiro de 2019 / Aceito: 4 de fevereiro de 2019/Publicado online: 20 de fevereiro de 2019 # Springer Nature Suíça AG 2019 Resumo A acessibilidade às técnicas de sequenciamento de próxima geração (NGS) permitiu o sequenciamento de centenas de genomas de espécies representando todos os reinos. No caso dos fungos, genomas de mais de mil espécies estão disponíveis publicamente. Isso está longe de cobrir o número de 2,2–3,8 milhões de espécies de fungos estimadas para povoar o mundo, mas melhorou significativamente a resolução da árvore da vida fúngica. Além disso, impulsionou análises evolutivas sistemáticas, o desenvolvimento de análises diagnósticas mais rápidas e precisas de cepas patogênicas ou a melhoria de vários processos biotecnológicos. No entanto, a diversificação da natureza das espécies de fungos usadas como modelo também enfraqueceu a pesquisa em outras espécies que eram tradicionalmente usadas como referência na era pré-genômica. Neste contexto, e depois de mais de 65 anos desde os primeiros trabalhos publicados por Pontecorvo, Aspergillus nidulanspermanece como um dos fungos filamentosos modelo mais referenciais em campos de pesquisa como morfogênese de hifas, transporte intracelular, programas de desenvolvimento, metabolismo secundário ou resposta ao estresse. Esta mini-revisão resume comoA. nidulanscontribuiu para o progresso nessas áreas durante os últimos anos e discute como poderia contribuir no futuro, auxiliado por NGS e ferramentas moleculares, de microscopia ou celulares de nova geração. Palavras-chaveAspergillus nidulans .Crescimento polar. Transporte nucleocitoplasmático. Desenvolvimento. Metabolismo secundário. Resposta ao estresse. Introdução:Aspergillus nidulansnas eras pré e pós-genômica chamados micélios. Embora haja uma grande diversidade de padrões morfogenéticos entre as hifas (ou seja, algumas são mononucleares enquanto outras multinucleadas; algumas ramificam-se apicalmente enquanto outras lateralmente), o objetivo final do micélio é a invasão de um substrato ou a busca por nutrientes (Nguyen et al.2017). Os fungos formadores de hifas são conhecidos como fungos filamentosos e são encontrados na maioria dos clados da árvore fúngica da vida (Spatafora et al.2017). Um desses clados corresponde ao gênero Aspergillus (sub-reino: Dikarya; filo: Ascomycetes; subfilo: Pezizomycetes; classe: Eurotiomycetes; ordem: Eurotiales; família: Aspergillaceae), que compreende várias espécies industrialmente e medicamente importantes. Provavelmente constitui o gênero com o maior número de genomas sequenciados (veja o site MycoCosm;https:// genome.jgi.doe.gov/programs/fungi/index.jsf; veja também (de Vries et al.2017; Kjærbølling et al.2018)). Isto promoveu um grande progresso na análise do genoma e no estudo dos mecanismos de ciclo de vida/ infecção destas espécies economicamente importantes.Aspergillus.No entanto, um agente não patogênicoAspergillusespécies têm atraído a atenção de vários pesquisadores de fungos por mais de 65 anos. Aspergillus nidulansfoi estabelecido pela primeira vez como um organismo de referência por Pontecorvo e seus estudos seminais sobre as bases Uma grande proporção dos milhões de espécies de fungos que povoam o globo é caracterizada pela geração de estruturas filamentosas chamadas hifas (Hawksworth e Lücking2017; Spatafora et al.2017). As hifas crescem polarmente, um modo de extensão unidirecional que se baseia no transporte acropetal dos compostos que formam a membrana plasmática e a parede celular para a região de crescimento (o ápice da ponta; ver Fig.1A; veja a próxima seção). As hifas também se ramificam, gerando novos eixos de crescimento que levam à formação de redes multicelulares tridimensionais * Oier Etxebeste oier.echeveste@ehu.eus 1 Laboratório de Biologia, Departamento de Química Aplicada, Faculdade de Química, Universidade do País Basco (UPV/EHU), Manuel de Lardizabal, 3, 20018 San Sebastian, Espanha 2 Departamento de Biologia Celular e Molecular, Centro de Investigaciones Biológicas (CSIC), Ramiro de Maeztu 9, 28040 Madrid, Espanha Traduzido do Inglês para o Português - www.onlinedoctranslator.com http://crossmark.crossref.org/dialog/?doi=10.1007/s10123-019-00064-6&domain=pdf http://orcid.org/0000-0002-9786-6091 https://genome.jgi.doe.gov/programs/fungi/index.jsf https://genome.jgi.doe.gov/programs/fungi/index.jsf mailto:oier.echeveste@ehu.eus https://www.onlinedoctranslator.com/pt/?utm_source=onlinedoctranslator&utm_medium=pdf&utm_campaign=attribution 6 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 Figura 1Crescimento e transporte nucleocitoplasmático emA. nidulanshifas. (A) Esquema das diferentes regiões dentro de uma colônia (esquerda), com uma amplificação de hifas periféricas de crescimento polar (direita). Septos (anéis abertos que separam, mas não isolam, células dentro das hifas), locais de ramificação, núcleos, pontas e a direção do crescimento das hifas são indicados. (B) Modelo para a distribuição da maquinaria que controla o crescimento polar na região entre o ápice e o núcleo mais próximo. A natureza de cada jogador é indicada abaixo da imagem. Setas rosa e verde indicam a direção do fluxo da vesícula. Veja o texto principal para os principais eventos. (C) Estrutura simplificada de um NPC durante a interfase (montado) e na mitose (parcialmente desmontado; o núcleo do NPC permanece montado). O transporte de cargas através do NPC durante a interfase requer energia e transportadores nucleocitoplasmáticos, como o dímero importina-α/β (KapA/B em A. nidulans).A importina-α liga o NLS (N) da carga e a importina- βatravés do domínio de ligação importina-β. Uma vez no núcleo, o complexo é desmontado e os KAPs são exportados novamente para o citoplasma. A ausência das extensões citoplasmáticas e nucleoplasmáticas do NPC durante a mitose permite a difusão da genética clássica e do ciclo parassexual, um mecanismo de transferência de material genético sem sexo (Pontecorvo 1952; Pontecorvo et al.1953; Oliver e Schweizer1999). Nas décadas subsequentes, vários autores consolidaram este fungo como um modelo para o estudo de, por exemplo, ciclos sexuais/assexuados/parassexuais, metabolismo de nucleotídeos ou aminoácidos, ciclo celular, e assim por diante. Pesquisas focadas emA. nidulanstambém resultou em avanços importantes, como a descoberta da γ-tubulina, uma proteína que desempenha múltiplas funções citoesqueléticas em todos os eucariotos (Oakley e Oakley1989; Oakley e outros.2015). Além da natureza não patogênica mencionada anteriormente, houve várias razões para priorizarA. nidulanscomo organismo de referência nesses campos. Por exemplo, naquela época, era a únicaAspergilluscom um ciclo sexual reproduzível em escala de laboratório, o que permitiu cruzamentos meióticos de linhagens com os mesmos (homotálicos) ou diferentes (heterotálicos) backgrounds genéticos em um limite de tempo aceitável. Procedimentos básicos foram desenvolvidos para reproduzir seu crescimento e reprodução, obter mutantes e realizar experimentos de genética reversa/direta. Estes, e a vantagem de um ciclo sexual reproduzível, também permitiram o mapeamento de múltiplos marcadores ao longo dos oito cromossomos doA. nidulansgenoma (http://www.fgsc.net/Aspergillus/gene_list/). A adaptaçãode A. nidulanspara a era da biologia molecular foi altamente bem-sucedido, e vários genes foram (e ainda estão sendo) isolados e sequenciados e seus produtos de tradução http://www.fgsc.net/Aspergillus/gene_list http://www.fgsc.net/Aspergillus/gene_list Microbiologia Int (2020) 23:5–22 7 caracterizado. A implementação de técnicas de microscopia de fluorescência melhorou significativamenteM, Andersen MR, Archer DB, Baker SE, Benoit I, Brakhage AA, Braus GH, Fischer R, Frisvad JC, Goldman GH, Houbraken J, Oakley B, Pócsi I, Scazzocchio C, Seiboth B, vanKuyk PA, Wortman J, Dyer PS, Grigoriev IV (2017) A genômica comparativa revela alta diversidade biológica e adaptações específicas no gênero fúngico de importância industrial e médica Aspergillus.Genoma Biol 18:28.https://doi.org/10.1186/ s13059-017-1151-0 Denison SH, Orejas M, Arst HN (1995) Sinalização do pH ambiente em Aspergillusenvolve uma protease de cisteína. J Biol Chem 270:28519– 28522.https://doi.org/10.1074/jbc.270.48.28519 Dohn JW, Grubbs AW, Oakley CE, Oakley BR (2018) Novo multimarcador estirpes e genes complementares paraAspergillus nidulansbiologia molecular. Fungal Genet Biol 111:1–6.https://doi.org/10.1016/j.fgb. 2018.01.003 Dorn G (1965) Mutantes de fosfatase emAspergillus nidulans.Ciência 150(80):1183 LP–1181184.https://doi.org/10.1126/science.150. 3700.1183 Dyer PS, O'Gorman CM (2012) Desenvolvimento sexual e sexuação críptica alidade em fungos: insights deEspécies de Aspergillus.Revista FEMS Microbiol 36:165–192 Egan MJ, Tan K, Reck-Peterson SL (2012) Lis1 é um fator de iniciação para transporte de organelas conduzido por dineína. J Cell Biol 197:971 LP–971982. https://doi.org/10.1083/jcb.201112101 Espeso EA, Tilburn J, Arst HN, Peñalva MA (1993) A regulação do pH é uma principal determinante na expressão de um gene biossintético de penicilina fúngica. EMBO J 12:3947–3956.Português https://doi.org/10.1002/ j.1460-2075.1993.tb06072.x Espeso EA, Cobeño L, Arst HN (2005) Discrepâncias entre recombinações frequências nacionais e distâncias físicas emAspergillus nidulans: implicações para identificação genética. Genetics 171:835 LP–835838. https://doi.org/10.1534/genetics.105.044578 Etxebeste O, Espeso EA (2016) Neurônios mostram o caminho: da ponta ao núcleo comunicação no desenvolvimento e patogênese de fungos filamentosos. FEMS Microbiol Rev 021:610–624.https://doi.org/ 10.1093/ femsre/fuw021 Etxebeste O, Takeshita N (2015) Métodos baseados em fluorescência para estudo da localização, interação e dinâmica de proteínas em fungos filamentosos. Springer International Publishing, Suíça, pp 27–46 Etxebeste O, Ni M, Garzia A, Kwon NJ, Fischer R, Yu JH, Espeso EA, Ugalde U (2008) O fator de transcrição do tipo zíper básico FlbB controla o desenvolvimento assexuado emAspergillus nidulans.Célula Eucariota 7: 38–48 Etxebeste O, Herrero-García E, Araújo-Bazán L, Rodríguez-Urra AB, Garzia A, Ugalde U, Espeso EA (2009a) O fator de transcrição do tipo bZIP FIbB regula distintos estágios morfogenéticos da formação de colônias emAspergillus nidulans.Mol Microbiol 73:775–789 https://doi.org/10.1111/mmi.13341 https://doi.org/10.1111/mmi.13341 https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2009.09.011 https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2009.09.011 https://doi.org/10.1016/j.mib.2010.09.011 https://doi.org/10.1016/j.mib.2010.09.011 https://doi.org/10.1073/pnas.93.4.1418 https://doi.org/10.1073/pnas.93.4.1418 https://doi.org/10.1017/S0016672300022904 https://doi.org/10.1017/S0016672300022904 https://doi.org/10.1017/S0016672300022916 https://doi.org/10.1534/genetics.114.165688 https://doi.org/10.1534/genetics.114.165688 https://doi.org/10.1099/00221287-133-5-1383 https://doi.org/10.1091/mbc.e16-07-0544 https://doi.org/10.1091/mbc.e16-07-0544 https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2010.10.011 https://doi.org/10.1021/ja401945a https://doi.org/10.1021/ja401945a https://doi.org/10.1002/anie.201507097 https://doi.org/10.1002/anie.201507097 https://doi.org/10.1016/j.tig.2009.10.005 https://doi.org/10.1186/s13059-017-1151-0 https://doi.org/10.1186/s13059-017-1151-0 https://doi.org/10.1074/jbc.270.48.28519 https://doi.org/10.1016/j.fgb.2018.01.003 https://doi.org/10.1016/j.fgb.2018.01.003 https://doi.org/10.1126/science.150.3700.1183 https://doi.org/10.1126/science.150.3700.1183 https://doi.org/10.1083/jcb.201112101 https://doi.org/10.1002/j.1460-2075.1993.tb06072.x https://doi.org/10.1002/j.1460-2075.1993.tb06072.x https://doi.org/10.1534/genetics.105.044578 https://doi.org/10.1093/femsre/fuw021 https://doi.org/10.1093/femsre/fuw021 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 19 Etxebeste O, Markina-Iãrrairaegui A, Garzia A et al (2009b) Kapl, um não- membro essencial da família da carioferina Pse1p/Imp5, controla o desenvolvimento colonial e assexuado emAspergillus nidulans. Microbiologia 155:3934–3945 Etxebeste O, Ugalde U, Espeso EAA (2010) Adaptativo e de desenvolvimento respostas mentais ao estresse emAspergillus nidulans.Curr Proteína Pept Sci 11:704–718 Etxebeste O, Herrero-García E, Cortese MS, Garzia A, Oiartzabal-Arano E, de los Ríos V, Ugalde U, Espeso EA (2012) GmcA é uma suposta glicose-metanol-colina oxidorredutase necessária para a indução do desenvolvimento assexuado emAspergillus nidulans.PLoS One 7: e40292 Etxebeste O, Villarino M, Markina-Iñarrairaegui A, Araújo-Bazán L, Espeso EA (2013) Dinâmica citoplasmática da maquinaria geral de importação nuclear em células sinciciais de crescimento apical. PLoS One 8: e85076.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0085076 Findon H, Calcagno-Pizarelli AM, Martínez JL, Spielvogel A, Markina- Iñarrairaegui A, Indrakumar T, Ramos J, Peñalva MA, Espeso EA, Arst HN Jr (2010) Análise de uma nova auxotrofia de cálcio em Aspergillus nidulans.Português Bioquímica fúngica 47:647–655.https://doi. org/ 10.1016/j.fgb.2010.04.002 Fischer R, Kües U (2006) Esporulação assexuada em fungos miceliais. Em: Kües U, Fischer R (eds) Crescimento. Diferenciação e Sexualidade. Springer, Berlin Heidelberg, pp 263–292 Fischer R, Zekert N, Takeshita N (2008) Crescimento polarizado em fungos – interação entre o citoesqueleto, marcadores posicionais e domínios de membrana. Mol Microbiol 68:813–826.https://doi.org/10. 1111/ j.1365-2958.2008.06193.x Fuller KK, Chen S, Loros JJ, Dunlap JC (2015) Desenvolvimento do Sistema CRISPR/Cas9 para interrupção genética direcionada em Aspergillus fumigatus.Célula Eucariota 14:1073 LP–1071080.https:// doi.org/10.1128/EC.00107-15 Gacek-Matthews A, Berger H, Sasaki T, Wittstein K, Gruber C, Lewis ZA, Strauss J (2016) KdmB, uma desmetilase de histona H3 Jumonji, regula a trimetilação de H3K4 em todo o genoma e é necessária para a indução normal do metabolismo secundário emAspergillus nidulans. PLoS Genet 12:e1006222.https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1006222 Galagan JE, Calvo SE, Cuomo C, Ma LJ, Wortman JR, Batzoglou S, Lee Sim, Baştürkmen M, Spevak CC, Clutterbuck J, Kapitonov V, Jurka J, Scazzocchio C, Farman M, Butler J, Purcell S, Harris S, Braus GH, Draht O, Busch S, D'Enfert C, Bouchier C, Goldman GH, Bell- Pedersen D, Griffiths-Jones S, Doonan JH, Yu J, Vienken K, Pain A, Freitag M, Selker EU, Archer DB, Peñalva MÁ, Oakley BR, Momany M, Tanaka T, Kumagai T, Asai K, Machida M, Nierman WC, Denning DW, Caddick M, Hynes M, Paoletti M, Fischer R, Miller B, Dyer P, Sachs MS, Osmani SA, Birren BW (2005) Sequenciamento de Aspergillus nidulanse análise comparativa com A. fumigatuseA. oryzae.Natureza 438:1105–1115.https://doi.org/ 10.1038/natureza04341 Galindo A, Hervás-Aguilar A, Rodríguez-Galán O, Vincent O, Arst HN Jr, Tilburn J, Peñalva MA (2007) PalC, uma das duas proteínas do domínio Bro1 na via de sinalização do pH fúngico, localiza-se em estruturas corticais e liga-se a Vps32. Tráfego 8:1346–1364.https://doi.org/10. 1111/ j.1600-0854.2007.00620.x Garzia A, Etxebeste O, Herrero-Garcia E, Fischer R, Espeso EA, Ugalde Você (2009)Aspergillus nidulansFlbE é um ativador de desenvolvimento upstream de conidiação funcionalmente associado ao fator de transcrição putativo FlbB. Mol Microbiol 71:172–184 Garzia A, Etxebeste O, Herrero-García E, Ugalde U, Espeso EA (2010) A ação concertada dos fatores de transcrição bZip e cMyb FlbB e FlbD induzbrlAexpressão e desenvolvimento assexuado em Aspergillus nidulans.Mol Microbiol 75:1314–1324 Garzia A, Etxebeste O, Rodríguez-Romero J, Fischer R, Espeso EA, Ugalde U (2013) Alterações transcricionais natransição de células vegetativas para desenvolvimento assexuado no fungo modelo Aspergillus nidulans.Célula Eucariótica 12:311–321 Gerke J, Braus GH (2014) Manipulação do desenvolvimento fúngico como fonte de novos metabólitos secundários para biotecnologia. Appl Microbiol Biotechnol 98:8443–8455.https://doi.org/10.1007/ s00253-014-5997-8 Ghavami A, van der Giessen E, Onck PR (2016) Energética do transporte através do complexo do poro nuclear. PLoS One 11:e0148876.https:// doi.org/10.1371/journal.pone.0148876 Girbardt M (1957) Der Spitzenkörper vonPolystictus versicolor.Planta 50:47–59.https://doi.org/10.1007/BF01912343 Görlich D, Kutay U (1999) Transporte entre o núcleo da célula e o citoplasma. Annu Rev Cell Dev Biol 15:607–660.https://doi.org/10. 1146/annurev.cellbio.15.1.607 Hagiwara D, Kondo A, Fujioka T, Abe K (2008) Análise funcional de Fator de transcrição de dedo de zinco C2H2 CrzA envolvido na sinalização de cálcio emAspergillus nidulans.Português Curr Genet 54:325–338.https:// doi.org/10.1007/s00294-008-0220-z Han K, Han K, Yu J et al (2001) ONSD Dgene codifica um GATA putativo - fator de transcrição tipo necessário para o desenvolvimento sexual de Aspergillus nidulans.Revista Brasileira de Microbiologia 41:299–309.https:// doi.org/10.1046/j.1365-2958.2001.02472.x Hawksworth DL, Lücking R (2017) Diversidade fúngica revisitada: 2,2 a 3,8 milhões de espécies. Microbiol Spectr 5: . doi:https://doi.org/10.1128/ microbiolspec.FUNK-0052-2016 Hernández-Ortiz P, Espeso EA (2013) Regulação de fósforo e tráfego nucleocitoplasmático de CrzA em resposta ao estresse de cálcio e pH alcalino emAspergillus nidulans.Mol Microbiol 89:532– 551.https://doi.org/10.1111/mmi.12294 Hernández-Ortiz P, Espeso EA (2017) Dinâmica espaçotemporal do alvo de calcineurina CrzA. Cell Signal 29:168–180.Português https://doi.org/ 10.1016/j.cellsig.2016.11.005 Herrero-Garcia E, Perez-de-Nanclares-Arregi E, Cortese MS, Markina- Iñarrairaegui A, Oiartzabal-Arano E, Etxebeste O, Ugalde U, Espeso EA (2015) Dinâmica de migração da ponta para o núcleo do regulador de desenvolvimento assexuado FlbB em células vegetativas. Mol Microbiol 98: 607–624.https://doi.org/10.1111/mmi.13156 Hervás-Aguilar A, Rodríguez JM, Tilburn J, Arst HN Jr, Peñalva MA (2007) Evidências do envolvimento direto do proteassoma no processamento proteolítico doAspergillus nidulansfator de transcrição de dedo de zinco PacC. J Biol Chem 282:34735–34747. https://doi.org/10.1074/jbc.M706723200 Horio T, Oakley BR (2005) O papel dos microtúbulos na ponta rápida das hifas crescimento deAspergillus nidulans.Revista Brasileira de Biologia Molecular 16:918– 926.https://doi.org/10.1091/mbc.E04-09-0798 Hunter CC, Siebert KS, Downes DJ et al (2014) Múltiplas instalações nucleares locais Os sinais de ativação mediam a localização nuclear do fator de transcrição GATA AreA. Eukaryot Cell 13:527 LP–527538.https://doi.org/ 10.1128/EC.00040-14 Inglês DO, Binkley J, Skrzypek MS, Arnaud MB, Cerqueira GC, Shah P, Wymore F, Wortman JR, Sherlock G (2013) Anotação abrangente de genes biossintéticos de metabólitos secundários e grupos de genes de Aspergillus nidulans, A. fumigatus, A. nigereA. oryzae.Revista Brasileira de Microbiologia, 13:91.https://doi.org/10.1186/1471-2180-13-91 Ishitsuka Y, Savage N, Li Y, Bergs A, Grün N, Kohler D, Donnelly R, Nienhaus GU, Fischer R, Takeshita N (2015) A microscopia de superresolução revela uma imagem dinâmica da manutenção da polaridade celular durante o crescimento direcional. Sci Adv 1:e1500947.https://doi.org/10. 1126/ sciadv.1500947 Keller NP (2015) Traduzindo grupos de genes biossintéticos em armadura fúngica e armamento. Nat Chem Biol 11:671–677.https://doi.org/10.1038/ nchembio.1897 Kim YJ, Yu YM, Maeng PJ (2017) Controle diferencial do desenvolvimento assexuado desenvolvimento e biossíntese de esterigmatocistina por um novo regulador em Aspergillus nidulans.Rep. Científica 7:46340.https://doi.org/10.1038/ srep46340 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0085076 https://doi.org/10.1016/j.fgb.2010.04.002 https://doi.org/10.1016/j.fgb.2010.04.002 https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2008.06193.x https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2008.06193.x https://doi.org/10.1128/EC.00107-15 https://doi.org/10.1128/EC.00107-15 https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006222 https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006222 https://doi.org/10.1038/nature04341 https://doi.org/10.1038/nature04341 https://doi.org/10.1111/j.1600-0854.2007.00620.x https://doi.org/10.1111/j.1600-0854.2007.00620.x https://doi.org/10.1007/s00253-014-5997-8 https://doi.org/10.1007/s00253-014-5997-8 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0148876 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0148876 https://doi.org/10.1007/BF01912343 https://doi.org/10.1146/annurev.cellbio.15.1.607 https://doi.org/10.1146/annurev.cellbio.15.1.607 https://doi.org/10.1007/s00294-008-0220-z https://doi.org/10.1007/s00294-008-0220-z https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2001.02472.x https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2001.02472.x https://doi.org/10.1128/microbiolspec.FUNK-0052-2016 https://doi.org/10.1128/microbiolspec.FUNK-0052-2016 https://doi.org/10.1111/mmi.12294 https://doi.org/10.1016/j.cellsig.2016.11.005 https://doi.org/10.1016/j.cellsig.2016.11.005 https://doi.org/10.1111/mmi.13156 https://doi.org/10.1074/jbc.M706723200 https://doi.org/10.1074/jbc.M706723200 https://doi.org/10.1091/mbc.E04-09-0798 https://doi.org/10.1091/mbc.E04-09-0798 https://doi.org/10.1128/EC.00040-14 https://doi.org/10.1128/EC.00040-14 https://doi.org/10.1186/1471-2180-13-91 https://doi.org/10.1126/sciadv.1500947 https://doi.org/10.1126/sciadv.1500947 https://doi.org/10.1038/nchembio.1897 https://doi.org/10.1038/nchembio.1897 https://doi.org/10.1038/srep46340 https://doi.org/10.1038/srep46340 20 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 Kim SJ, Fernandez-Martinez J, Nudelman I, Shi Y, Zhang W, Raveh B, Herricks T, Slaughter BD, Hogan JA, Upla P, Chemmama IE, Pellarin R, Echeverria I, Shivaraju M, Chaudhury AS, Wang J, Williams R, Unruh JR, Greenberg CH, Jacobs EY, Yu Z, de la Cruz MJ, Mironska R, Stokes DL, Aitchison JD, Jarrold MF, Gerton JL, Ludtke SJ, Akey CW, Chait BT, Sali A, Rout MP (2018) Estrutura integrativa e anatomia funcional de um complexo de poros nucleares. Natureza 555:475–482.https://doi.org/10.1038/ nature26003 Kirk P, Cannon P, Minter D, Stalpers J (2008) Dicionário dos Fungos (10ª edição), 10ª ed. CAN International, Wallingford Kjærbølling I, Vesth TC, Frisvad JC et al (2018) Vinculação secundária metabólitos para grupos de genes por meio do sequenciamento do genoma de seis diversosAspergillusespécies. Proc Natl Acad Sci 115:E753 LP–E75E761.https://doi.org/10.1073/pnas.1715954115 Kosugi S, Hasebe M, Tomita M, Yanagawa H (2009) Identidade sistemática ificação de proteínas de transporte nucleocitoplasmático de levedura dependentes do ciclo celular por predição de motivos compostos. Proc Natl Acad Sci 106: 10171 LP–10110176.https://doi.org/10.1073/pnas.0900604106 Krizsan K, Almasi E, Merenyi Z et al (2018) Atlas transcriptômico de O desenvolvimento do cogumelo destaca uma origem independente de multicelularidade complexa. bioRxiv.https://doi.org/10.1101/349894 Kurtz MB, Champe SP (1982) Purificação e caracterização do lacase conidial deAspergillus nidulans.J Bacteriol 151:1338 LP– 1331345 Kwon NJ, Garzia A, Espeso EA, Ugalde U, Yu JH (2010) FlbC é um fator de transcrição nuclear C2H2 putativo que regula o desenvolvimento em Aspergillus nidulans.Revista Brasileira de Microbiologia 77:1203–1219.https:// doi.org/10.1111/j.1365-2958.2010.07282.x Lau AW, Chou MM (2008) O complexo adaptador AP-2 regula a pós- tráfego endocítico através da via endocítica não dependente de clatrina Arf6. J Cell Sci 121:4008–4017.Português https://doi.org/ 10.1242/jcs.033522 Lee BN, Adams TH (1994a) OGripe Aspergillus nidulansgene é re- necessário para a produção de um sinal de desenvolvimento extracelular e está relacionado à glutamina sintetase I procariótica. Genes Dev 8:641– 651. https://doi.org/10.1101/gad.8.6.641Lee BN, Adams TH (1994b) Superexpressão deflbA,um regulador inicial de Aspergillusesporulação assexuada, leva à ativação debrlAe início prematuro do desenvolvimento. Mol Microbiol 14:323–334. https:// doi.org/10.1111/j.1365-2958.1994.tb01293.x Lee MK, Kwon NJ, Lee IS, Jung S, Kim SC, Yu JH (2016) Negativo regulação e competência de desenvolvimento emAspergillus.Sci Rep 6: 28874.https://doi.org/10.1038/srep28874 Li W, Mitchell AP (1997) Ativação proteolítica de Rim1p, um positivo regulador da esporulação de levedura e crescimento invasivo. Genética 145: 63 LP–63 73 Li M, Martin SJ, Bruno VM e outros (2004)Candida albicansRim13p, um protease necessária para o processamento de Rim101p em pHs ácidos e alcalinos. Eukaryot Cell 3:741 LP–741751.https://doi.org/10.1128/EC. 3.3.741-751.2004 Liu X, Osherov N, Yamashita R et al (2001) Mutantes de miosina I com apenas 1% da atividade da MgATPase ativada por actina do tipo selvagem retém o essencial na vidafunção(ões). Proc Natl Acad Sci 98:9122 LP–9129127. https://doi.org/10.1073/pnas.161285698 López-Berges MS, Arst Herbert NJ, Pinar M, Peñalva MA (2017) Estudos genéticos sobre o papel fisiológico do CORVET em Aspergillus nidulans.FEMS Microbiol Lett 364:fnx065–fnx065. https://doi.org/10.1093/femsle/fnx065 López-Franco R, Bartnicki-Garcia S, Bracker CE (1994) Crescimento pulsado de pontas de hifas fúngicas. Proc Natl Acad Sci 91:12228 LP – 12212232 Lucena-Agell D, Galindo A, Arst HN, Peñalva MA (2015)Aspergillus nidulanosa sinalização do pH ambiente não requer endocitose. Eukaryot Cell 14:545 LP–545553.https://doi.org/10.1128/EC. 00031-15 Markina-Iñarrairaegui A, Etxebeste O, Herrero-García E, Araújo-Bazán L, Fernández-Martínez J, Flores JA, Osmani SA, Espeso EA (2011) Transportadores nucleares em um organismo multinucleado: análises funcionais e de localização emAspergillus nidulans.Revista Brasileira de Biologia Molecular 22: 3874–3886.https://doi.org/10.1091/mbc.E11-03-0262 Márquez-Fernández O, Trigos Á, Ramos-Balderas JL et al (2007) A fosfopanteteinil transferase CfwA/NpgA é necessária para Aspergillus nidulansmetabolismo secundário e desenvolvimento assexuado. Eukaryot Cell 6:710 LP–710720.https://doi.org/10.1128/ EC.00362-06 Marshall MA, Timberlake WE (1991)Aspergillus nidulans molhadoAatividade- vates expressão gênica específica de esporos. Mol Cell Biol 11:55–62. https://doi.org/10.1128/MCB.11.1.55 Martzoukou O, Amillis S, Zervakou A, Christoforidis S, Diallinas G (2017) O complexo AP-2 tem um papel especializado independente de clatrina na endocitose apical e no crescimento polar em fungos. Elife 6:3643– 3659. https://doi.org/10.7554/eLife.20083 Martzoukou O, Diallinas G, Amillis S (2018) Vesícula secretora polar classificação, reciclagem do endossomo e organização do citoesqueleto requerem o complexo AP-1 emAspergillus nidulans.Genética 209:1121 LP–1121138.https://doi.org/10.1534/genetics.118.301240 McGoldrick CA, Gruver C, maio GS (1995)meuAdeAspergillus nidulanoscodifica uma miosina I essencial necessária para secreção e crescimento polarizado. J Cell Biol 128:577–587.https://doi.org/10.1083/ jcb.128.4.577 Mellado L, Calcagno-Pizarelli AM, Lockington RA, Cortese MS, Kelly JM, Arst HN Jr, Espeso EA (2015) Um segundo componente da via de tolerância a cátions dependente de SltA emAspergillus nidulans.Português Bioquímica fúngica 82:116–128.https://doi.org/10.1016/j.fgb.2015.06.002 Mellado L, Arst HN, Espeso EA (2016) Ativação proteolítica de ambos componentes da via Slt responsiva ao estresse catiônico em Aspergillus nidulans.Revista Brasileira de Biologia Molecular e Celular 27:2598–2612. https://doi.org/ 10.1091/mbc.E16-01-0049 Meyer V, Andersen MR, Brakhage AA, Braus GH, Caddick MX, Cairns TC, de Vries RP, Haarmann T, Hansen K, Hertz-Fowler C, Krappmann S, Mortensen UH, Peñalva MA, Ram AFJ, Head RM (2016) Desafios atuais da pesquisa sobre fungos filamentosos em relação ao bem- estar humano e uma bioeconomia sustentável: um white paper. Fungal Biol Biotechnol 3:6.https://doi.org/10.1186/ s40694-016-0024-8 Mims CW, Richardson EA, Timberlake WE (1988) Análise ultraestrutural análise do desenvolvimento do conidióforo no fungoAspergillus nidulans usando substituição por congelamento. Protoplasma 144:132–141. https://doi.org/10.1007/BF01637246 Morris NR, Efimov VP, Xiang X (1998) Migração nuclear, nucleocinese e lisencefalia. Trends Cell Biol 8:467–470. https:// doi.org/10.1016/S0962-8924(98)01389-0 Nayak T, Szewczyk E, Oakley CE, Osmani A, Ukil L, Murray SL, Hynes MJ, Osmani SA, Oakley BR (2006) Um sistema de segmentação genética versátil e eficiente paraAspergillus nidulans.Genética 172:1557–1566 Nguyen Ba AN, Pogoutse A, Provart N, Moses AM (2009) NLStradamus: um modelo oculto simples de Markov para predição de sinal de localização nuclear. BMC Bioinformatics 10:202.https://doi.org/ 10.1186/1471-2105-10-202 Nguyen M, Ekstrom A, Li X, Yin Y (2015) HGT-finder: uma nova ferramenta para descoberta e aplicação da transferência horizontal de genesAspergillus genomas. Toxinas (Basel) 7:4035–4053 Nguyen TA, Cissé OH, Yun Wong J, Zheng P, Hewitt D, Nowrousian M, Stajich JE, Jedd G (2017) Inovação e restrição levando à multicelularidade complexa em Ascomycota. Nat Commun 8:14444. https://doi.org/10.1038/ncomms14444 Ni M, Yu JH (2007) Um novo regulador une esporogênese e treha- perder biogênese emAspergillus nidulans.PLoS One 2:e970.https:// doi.org/10.1371/journal.pone.0000970 https://doi.org/10.1038/nature26003 https://doi.org/10.1038/nature26003 https://doi.org/10.1073/pnas.1715954115 https://doi.org/10.1073/pnas.0900604106 https://doi.org/10.1101/349894 https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2010.07282.x https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2010.07282.x https://doi.org/10.1242/jcs.033522 https://doi.org/10.1242/jcs.033522 https://doi.org/10.1101/gad.8.6.641 https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.1994.tb01293.x https://doi.org/10.1038/srep28874 https://doi.org/10.1128/EC.3.3.741-751.2004 https://doi.org/10.1128/EC.3.3.741-751.2004 https://doi.org/10.1073/pnas.161285698 https://doi.org/10.1093/femsle/fnx065 https://doi.org/10.1128/EC.00031-15 https://doi.org/10.1128/EC.00031-15 https://doi.org/10.1091/mbc.E11-03-0262 https://doi.org/10.1128/EC.00362-06 https://doi.org/10.1128/EC.00362-06 https://doi.org/10.1128/MCB.11.1.55 https://doi.org/10.7554/eLife.20083 https://doi.org/10.1534/genetics.118.301240 https://doi.org/10.1083/jcb.128.4.577 https://doi.org/10.1083/jcb.128.4.577 https://doi.org/10.1016/j.fgb.2015.06.002 https://doi.org/10.1091/mbc.E16-01-0049 https://doi.org/10.1091/mbc.E16-01-0049 https://doi.org/10.1186/s40694-016-0024-8 https://doi.org/10.1186/s40694-016-0024-8 https://doi.org/10.1007/BF01637246 https://doi.org/10.1016/S0962-8924(98)01389-0 https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-202 https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-202 https://doi.org/10.1038/ncomms14444 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000970 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000970 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 21 Nødvig CS, Nielsen JB, Kogle ME, Mortensen UH (2015) A CRISPR- Sistema Cas9 para engenharia genética de fungos filamentosos. PLoS One 10:e0133085.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0133085 Nützmann HW, Scazzocchio C, Osbourn A (2018) Gene metabólico incluído ters em eucariotos. Annu Rev Genet 52:159–183.https://doi.org/10.1146/ annurev-genet-120417-031237 O'Neil JD, Bugno M, Stanley MS et al (2002) Clonagem de um novo gene codificando uma proteína de dedo de zinco C2H2 que alivia a sensibilidade a estresses abióticos emAspergillus nidulans.Revista Mycol 106:491–498. https:// doi.org/10.1017/S0953756202005701 Oakley BR, Morris NR (1980) O movimento nuclear é β-tubulina- dependente emAspergillus nidulans.Célula 19:255–262.https:// doi.org/10.1016/0092-8674(80)90407-9 Oakley CE, Oakley BR (1989) Identificação da γ-tubulina, um novo membro da superfamília da tubulina codificada pormipAgene deAspergillus nidulans.Natureza 338:662–664 Oakley BR, Paolillo V, Zheng Y (2015) complexos de γ-Tubulina em micro-nucleação de túbulos e além. Mol Biol Cell 26:2957–2962.https:// doi.org/10.1091/mbc.e14-11-1514 Oakley CE, Ahuja M, Sun WW, Entwistle R, Akashi T, Yaegashi J, Guo CJ, Cerqueira GC, Russo Wortman J, Wang CCC, Chiang YM, Oakley BR (2016) Descoberta de McrA, um regulador mestre de Aspergillus metabolismo secundário. Mol Microbiol 103:347–365. https:// doi.org/10.1111/mmi.13562 Oiartzabal-Arano E, Garzia A, Gorostidi A, Ugalde U, Espeso EA, Etxebeste O (2015) Além do desenvolvimento assexuado: modificações no perfil de expressão gênica causadas pela ausência do Aspergillus nidulansfator de transcrição FlbB. Genética 199:1127–1142.https://doi.org/10.1534/genetics.115.174342 Oiartzabal-Arano E, Perez-de-Nanclares-Arregi E, Espeso EA, Etxebeste O (2016) Controle apical da conidiação emAspergillus nidulans.Português Curr Genet 62:371–377.https://doi.org/10.1007/s00294-015-0556-0 Ojeda-López M, Chen W, Eagle CE, Gutiérrez G, Jia WL, Swilaiman SS, Huang Z, Park HS, Yu JH, Cánovas D, Dyer PS (2018) Evolução da reprodução assexuada e sexuada naAspergillus.Stud Mycol 91: 37– 59.https://doi.org/10.1016/j.simyco.2018.10.002 Oliver RO, Schweizer M (eds) (1999) Biologia molecular de fungos. Imprensa da Universidade de Cambridge, Cambridge Orejas M, Espeso EA, Tilburn J, Sarkar S, Arst HN, Penalva MA (1995) Ativação doAspergillusO fator de transcrição PacC em resposta ao pH ambiente alcalino requer proteólise da porção carboxi-terminal. Genes Dev 9:1622–1632.https://doi.org/10.1101/gad.9.13. 1622 Osmani AH, Davies J, Liu HL, Nile A, Osmani SA (2006) Sistemático deleção e localização mitótica das proteínas do complexo do poro nuclear de Aspergillus nidulans.Revista Brasileira de Biologia Molecular e Celular 17:4946–4961. https://doi.org/10.1091/mbc.e06-07-0657 Pantazopoulou A (2016) O aparelho de Golgi: insights de células filamentosas fungos. Micologia 108:603–622.https://doi.org/10.3852/15-309 Pantazopoulou A, Pinar M, Xiang X, Peñalva MA (2014) Maturação de cisternas de Golgi tardias em portadores pós-Golgi exocíticos RabE(RAB11) visualizadosna vivo.Revista Brasileira de Biologia Molecular 25:2428–2443.Português https://doi.org/10.1091/ mbc.E14-02-0710 Park HS, Yu JH (2012) Controle genético da esporulação assexuada em filamentos fungos mentous. Curr Opin Microbiol 15:669–677.https://doi.org/10. 1016/j.mib.2012.09.006 Peñalva MA, Tilburn J, Bignell E, Arst HN (2008) Gene de pH ambiente regulação em fungos: fazendo conexões. Trends Microbiol 16:291– 300. https://doi.org/10.1016/j.tim.2008.03.006 Peñalva MA, Zhang J, Xiang X, Pantazopoulou A (2017) Transporte de vesículas secretoras de fungos RAB11 envolvem miosina-5, dineína/ dinactina/p25 e cinesina-1 e são independentes de cinesina-3. Mol Biol Cell 28:947–961 Perez-de-Nanclares-Arregi E, Etxebeste O (2014) Tag foto-conversível- pesquisa para localização e análises dinâmicas de baixa expressão proteínas em fungos filamentosos. Fungal Genet Biol 70:33–41.https:// doi.org/10.1016/j.fgb.2014.06.006 Pontecorvo G (1952) Distribuição não aleatória de múltiplas mitoses crossing-over entre núcleos de diplóides heterozigotosAspergillus. Natureza 170:204–205 Pontecorvo G, Roper JA, Chemmons LM et al (1953) A genética de Aspergillus nidulans.Adv Genet 5:141–238.https://doi.org/10.1016/ S0065-2660(08)60408-3 Ramamoorthy V, Dhingra S, Kincaid A, Shantappa S, Feng X, Calvo AM (2013) O suposto fator de transcrição C2H2 MtfA é um novo regulador do metabolismo secundário e da morfogênese em Aspergillus nidulans. PLoS One 8:e74122.https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0074122 Reck-Peterson SL, Redwine WB, Vale RD, Carter AP (2018) O cito- maquinaria de transporte de dineína plasmática e suas muitas cargas. Nat Rev Mol Cell Biol 19:382–398.https://doi.org/10.1038/ s41580-018-0004-3 Riquelme M, Aguirre J, Bartnicki-García S et al (2018) Morfo- gênese, do crescimento polarizado de hifas a estruturas complexas de reprodução e infecção. Microbiol Mol Biol Rev 82.https://doi. org/10.1128/MMBR.00068-17 Rodríguez-Galán O, Galindo A, Hervás-Aguilar A, Arst HN Jr, Peñalva MA (2009) Envolvimento fisiológico na sinalização de pH do recrutamento mediado por Vps24 deAspergillusProtease de cisteína PalB para ESCRT-III. J Biol Chem 284:4404–4412.https://doi.org/10.1074/ jbc.M808645200 Rodríguez-Urra AB, Jiménez C, Nieto MI, Rodríguez J, Hayashi H, Ugalde U (2012) A sinalização da indução da esporulação envolve a interação de dois metabólitos secundários emAspergillus nidulans. Revista Brasileira de Química 7:599–606.https://doi.org/10.1021/cb200455u Rokas A, Wisecaver JH, Lind AL (2018) O nascimento, evolução e morte de grupos de genes metabólicos em fungos. Nat Rev Microbiol 16:731–744. https://doi.org/10.1038/s41579-018-0075-3 Ruger-Herreros C, Rodríguez-Romero J, Fernández-Barranco R e outros (2011) Regulação da Condicionamento pela luz emAspergillus nidulans. Genética 188:809 LP–809822 Satterlee T, Cary JW, Calvo AM (2016) RmtA, um suposto metil arginina iltransferase, regula o metabolismo secundário e o desenvolvimento em Aspergillus flavus.PLoS One 11:e0155575 Schroeckh V, Scherlach K, Nützmann HW et al (2009) Íntimo a interação bacteriana-fúngica desencadeia a biossíntese de policetídeos arquetípicos emAspergillus nidulans.Proc Natl Acadêmico Ciência 106: 14558 LP–14514563 Schultzhaus ZS, Shaw BD (2015) Endocitose e exocitose em hifas crescimento. Fungal Biol Rev 29:43–53.https://doi.org/10.1016/j.fbr. 2015.04.002 Schultzhaus Z, Johnson TB, Shaw BD (2016a) Localização da clatrina e dinâmica emAspergillus nidulans.Revista Brasileira de Microbiologia 103:299– 318. https://doi.org/10.1111/mmi.13557 Schultzhaus Z, Quintanilla L, Hilton A, Shaw BD (2016b) Célula viva imagem da dinâmica da actina no fungo filamentosoAspergillus nidulans.Microsc Microanal 22:264–274.https://doi.org/10.1017/ S1431927616000131 Sewall TC, Mims CW, Timberlake WE (1990) Diferenciação de conídios emAspergillus nidulanstipo selvagem e branco úmido (molhadoA)cepas mutantes. Dev Biol 138:499–508.https://doi.org/ 10.1016/0012-1606(90)90215-5 Sibthorp C, Wu H, Cowley G, Wong PWH, Palaima P, Morozov IY, Weedall GD, Caddick MX (2013) Análise do transcriptoma do fungo filamentosoAspergillus nidulansdirecionado à identificação global de promotores. BMC Genomics 14:847.https://doi.org/10. 1186/1471-2164-14-847 Skromne I, Sanchez O, Aguirre J (1995) O estresse por fome modula a expressão doAspergillus nidulans brlAgene regulador. Microbiologia 141:21–28.https://doi.org/10.1099/00221287-141-1-21 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0133085 https://doi.org/10.1146/annurev-genet-120417-031237 https://doi.org/10.1146/annurev-genet-120417-031237 https://doi.org/10.1017/S0953756202005701 https://doi.org/10.1016/0092-8674(80)90407-9 https://doi.org/10.1016/0092-8674(80)90407-9 https://doi.org/10.1091/mbc.e14-11-1514 https://doi.org/10.1091/mbc.e14-11-1514 https://doi.org/10.1111/mmi.13562 https://doi.org/10.1534/genetics.115.174342 https://doi.org/10.1007/s00294-015-0556-0 https://doi.org/10.1016/j.simyco.2018.10.002 https://doi.org/10.1101/gad.9.13.1622 https://doi.org/10.1101/gad.9.13.1622 https://doi.org/10.1091/mbc.e06-07-0657 https://doi.org/10.1091/mbc.e06-07-0657 https://doi.org/10.3852/15-309 https://doi.org/10.1091/mbc.E14-02-0710 https://doi.org/10.1091/mbc.E14-02-0710 https://doi.org/10.1016/j.mib.2012.09.006 https://doi.org/10.1016/j.mib.2012.09.006 https://doi.org/10.1016/j.tim.2008.03.006 https://doi.org/10.1016/j.fgb.2014.06.006 https://doi.org/10.1016/j.fgb.2014.06.006 https://doi.org/10.1016/S0065-2660(08)60408-3 https://doi.org/10.1016/S0065-2660(08)60408-3 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0074122 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0074122 https://doi.org/10.1038/s41580-018-0004-3 https://doi.org/10.1038/s41580-018-0004-3 https://doi.org/10.1128/MMBR.00068-17 https://doi.org/10.1128/MMBR.00068-17 https://doi.org/10.1074/jbc.M808645200 https://doi.org/10.1074/jbc.M808645200 https://doi.org/10.1021/cb200455u https://doi.org/10.1038/s41579-018-0075-3https://doi.org/10.1016/j.fbr.2015.04.002 https://doi.org/10.1016/j.fbr.2015.04.002 https://doi.org/10.1111/mmi.13557 https://doi.org/10.1017/S1431927616000131 https://doi.org/10.1017/S1431927616000131 https://doi.org/10.1016/0012-1606(90)90215-5 https://doi.org/10.1016/0012-1606(90)90215-5 https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-847 https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-847 https://doi.org/10.1099/00221287-141-1-21 22 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 Soid-Raggi G, Sánchez O, Aguirre J (2005) TmpA, membro de um romance família de supostas flavoproteínas de membrana, regula o desenvolvimento assexuado emAspergillus nidulans.Revista Brasileira de Microbiologia 59:854–869. https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2005.04996.x Soid-Raggi G, Sánchez O, Ramos-Balderas JL, Aguirre J (2016) O as enzimas formadoras de adenilato AfeA e TmpB estão envolvidas em Aspergillus nidulansautocomunicação durante o desenvolvimento assexuado. Front Microbiol 7:353.https://doi.org/10.3389/fmicb.2016. 00353 Soriani FM, Malavazi I, Da Silva Ferreira ME et al (2008) Funcional caracterização doAspergillus fumigatusHomólogo de CRZ1, CrzA. Mol Microbiol 67:1274–1291.Português https://doi.org/10.1111/ j.1365-2958.2008.06122.x Soukup AA, Chiang YM, Bok JW, Reyes-Dominguez Y, Oakley BR, Wang CCC, Strauss J, Keller NP (2012) Superexpressão do Aspergillus nidulanshistona 4 acetiltransferase EsaA aumenta a ativação da produção de metabólitos secundários. Mol Microbiol 86: 314–330.https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2012.08195.x Spatafora JW, Aime MC, Grigoriev IVet al (2017) A árvore da vida fúngica: da sistemática molecular às filogenias em escala genômica. Microbiol Spectr 5.https://doi.org/10.1128/microbiolspec.FUNK-0053-2016 Spielvogel A, Findon H, Arst HN et al (2008) Duas transcrições de dedo de zinco Os fatores de ação, CrzA e SltA, estão envolvidos na homeostase e desintoxicação de cátions emAspergillus nidulans.Bioquímica J 414. https://doi.org/10.1042/BJ20080344 Suresh S, Markossian S, Osmani AH, Osmani SA (2017) Nuclear mitótico a segregação do complexo de poros envolve Nup2 emAspergillus nidulans.Revista Brasileira de Neurologia, 2009.https://doi.org/10.1083/ jcb. 201610019 Taheri-Talesh N, Horio T, Araujo-Bazán L, Dou X, Espeso EA, Peñalva MA, Osmani SA, Oakley BR (2008) O aparelho de crescimento da ponta de Aspergillus nidulans.Revista Brasileira de Biologia Celular 19:1439–1449.https://doi.org/10.1091/ mbc.E07-05-0464 Taheri-Talesh N, Xiong Y, Oakley BR et al (2012) As funções de homólogos da miosina II e da miosina V no crescimento da ponta e septação em Aspergillus nidulans.PLoS One 7:e31218.https://doi.org/10.1371/ journal.pone.0031218 Takeshita N, Evangelinos M, Zhou L, Serizawa T, Somera-Fajardo RA, Lu L, Takaya N, Nienhaus GU, Fischer R (2017) Pulsos de Ca2+ coordenam a montagem de actina e exocitose para extensão celular gradual. Proc Natl Acad Sci 114:5701–5706.https://doi.org/ 10.1073/pnas.1700204114 Teichert I, Wolff G, Kück U, Nowrousian M (2012) Combinando laser microdissecção e RNA-seq para mapear a paisagem transcricional do desenvolvimento fúngico. BMC Genomics 13:511.https://doi.org/10. 1186/1471-2164-13-511 Tilburn J, Sarkar S, Widdick DA, Espeso EA, Orejas M, Mungroo J, Peñalva MA, Arst HN Jr (1995) OAspergillusO fator de transcrição de dedo de zinco PacC medeia a regulação de genes expressos em ácido e alcalino pelo pH ambiente. EMBO J 14:779–790 Todd RB, Davis MA, Hynes MJ (2007) Manipulação genética de Aspergillus nidulans:progênie meiótica para análise genética e construção de linhagens. Nat Protoc 2:811–821.https://doi.org/10.1038/ nprot. 2007.112 Tsitsigiannis DI, Keller NP (2007) Oxilipinas como desenvolvimento e hospedeiro– sinais de comunicação fúngica. Trends Microbiol 15:109–118. https://doi.org/10.1016/j.tim.2007.01.005 Twumasi-Boateng K, Yu Y, Chen D, Gravelat FN, Nierman WC, Sheppard DC (2009) O perfil transcricional identifica um papel para BrlA na resposta à depleção de nitrogênio e para StuA na regulação de grupos de metabólitos secundários emAspergillus fumigatus. Célula Eucariota 8:104–115.https://doi.org/10.1128/EC.00265-08 Ukil L, De Souza CP, Liu HL et al (2009) Separação nucleolar de cromossomos duranteAspergillus nidulansa mitose pode ocorrer sem forças do fuso. Mol Biol Cell 20:2132–2145.https://doi.org/ 10.1091/mbc.e08-10-1046 Upadhyay S, Shaw BD (2008) O papel da actina, fimbrina e endocitose no crescimento de hifas emAspergillus nidulans.Revista Brasileira de Microbiologia 68: 690–705.https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2008.06178.x Vincent O, Rainbow L, Tilburn J et al (2003) YPXL/I é uma proteína inter- motivo de ação reconhecido porAspergillusPalA e seu homólogo humano, AIP1/Alix. Mol Cell Biol 23:1647 LP–1641655.https:// doi.org/10.1128/MCB.23.5.1647-1655.2003 Wu MY, Mead ME, Lee MK, Ostrem Loss EM, Kim SC, Rokas A, Yu JH (2018) Dissecção sistemática do regulador de desenvolvimento WetA evolutivamente conservado em um gênero de fungos filamentosos. MBio 9:e01130–e01118.https://doi.org/10.1128/mBio.01130-18 Xiang X, Beckwith SM, Morris NR (1994) A dineína citoplasmática é in- envolvido na migração nuclear emAspergillus nidulans.Proc Natl Acadêmico Ciência 91:2100–2104 Xiang X, Qiu R, Yao X, Arst HN, Peñalva MA, Zhang J (2015) Dineína citoplasmática e transporte precoce do endossomo. Cell Mol Life Sci 72:3267–3280.https://doi.org/10.1007/s00018-015-1926-y Yamashita RA, May GS (1998) Ativação constitutiva da endocitose por mutação demeuA,o gene da miosina I deAspergillus nidulans.Revista Brasileira de Química 273:14644–14648.https://doi.org/10.1074/jbc.273.23.14644 Yamashita RA, Osherov N, May GS (2000) Localização de tipo selvagem e proteínas de miosina mutantes de classe I emAspergillus nidulans usando proteínas de fusão GFP. Cell Motil 45:163–172.https://doi.org/ 10.1002/ (SICI)1097-0169(200002)45:23.0.CO;2-D Yang L, Ukil L, Osmani A, Nahm F, Davies J, de Souza CPC, Dou X, Perez-Balaguer A, Osmani SA (2004) Produção rápida de construções de substituição de genes e geração de um marcador centromérico marcado com proteína fluorescente verde emAspergillus nidulans. Célula Eucariota 3:1359–1362.https://doi.org/10.1128/EC.3.5.1359-1362.2004 Yeh HH, Chang SL, Chiang YM, Bruno KS, Oakley BR, Wu TK, Wang CCC (2013) Engenharia de sintase de policetídeo não redutor fúngico por expressão heteróloga e troca de domínio. Org Lett 15:756–759.https://doi.org/10.1021/ol303328t Yu JH, Wieser J, Adams TH (1996) OAspergillusDomínio FlbA RGS proteína antagoniza a sinalização da proteína G para bloquear a proliferação e permitir o desenvolvimento. EMBO J 15:5184–5190 Zhang C, Meng X, Wei X, Lu L (2016) Mutação CRISPR altamente eficiente gênese por junção de extremidades mediada por microhomologiaAspergillus fumigatus.Português Bioquímica fúngica 86:47–57.https://doi.org/10.1016/j. fgb.2015.12.007 https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2005.04996.x https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2005.04996.x https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00353 https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00353 https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2008.06122.x https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2008.06122.x https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2012.08195.x https://doi.org/10.1128/microbiolspec.FUNK-0053-2016 https://doi.org/10.1042/BJ20080344 https://doi.org/10.1042/BJ20080344 https://doi.org/10.1083/jcb.201610019 https://doi.org/10.1083/jcb.201610019 https://doi.org/10.1091/mbc.E07-05-0464 https://doi.org/10.1091/mbc.E07-05-0464 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031218 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031218 https://doi.org/10.1073/pnas.1700204114 https://doi.org/10.1073/pnas.1700204114 https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-511 https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-511 https://doi.org/10.1038/nprot.2007.112 https://doi.org/10.1038/nprot.2007.112 https://doi.org/10.1016/j.tim.2007.01.005 https://doi.org/10.1128/EC.00265-08 https://doi.org/10.1091/mbc.e08-10-1046 https://doi.org/10.1091/mbc.e08-10-1046 https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2008.06178.xhttps://doi.org/10.1128/MCB.23.5.1647-1655.2003 https://doi.org/10.1128/MCB.23.5.1647-1655.2003 https://doi.org/10.1128/mBio.01130-18 https://doi.org/10.1007/s00018-015-1926-y https://doi.org/10.1074/jbc.273.23.14644 https://doi.org/10.1002/(SICI)1097-0169(200002)45:23.0.CO;2-D https://doi.org/10.1002/(SICI)1097-0169(200002)45:23.0.CO;2-D https://doi.org/10.1128/EC.3.5.1359-1362.2004 https://doi.org/10.1128/EC.3.5.1359-1362.2004 https://doi.org/10.1021/ol303328t https://doi.org/10.1016/j.fgb.2015.12.007 https://doi.org/10.1016/j.fgb.2015.12.007 Aspergillus... Abstract Introduction: Aspergillus nidulans in the pre- and post-genomic eras A tunnel-boring machine at the tip of hyphae: how A. nidulans grows polarized Avoiding traffic jams in the nuclear envelope: control of nucleo-cytoplasmic transport The ESC key is in the genome: asexual multicellularity in A. nidulans With or without you: balance between sexual and asexual programs Mining in the search of active compounds: secondary metabolism in A. nidulans Did you think I would crumble? No, I will survive (a tribute to Aretha): adaptation to ambient pH and cation stress conditions Future prospects: A. nidulans in the near future Referencesnosso conhecimento do ciclo de vida deA. nidulanse o papel dessas proteínas. Esses procedimentos inicialmente usavam corantes fluorescentes para rastrear em cepas selvagens ou mutantes organelas específicas, como núcleos, membrana plasmática ou parede celular. Sequenciamento deA. nidulansgenoma (Galagan et al.2005) promoveu o desenvolvimento de um conjunto de ferramentas de segunda geração paraA. nidulansbiologia molecular, como a técnica de PCR de fusão (Yang et al.2004). Esta metodologia permite a geração de estirpes que expressam formas selvagens ou mutantes epitomarcadas da proteína de interesse. O uso de estirpes com o Δ nkuAo fundo garantiu uma alta porcentagem de recombinação homóloga entre os transformantes (Nayak et al.2006), que em combinação com microscópios de fluorescência mais potentes (ver referências em (Etxebeste e Takeshita2015)), promoveu a análise in vivo da localização, dinâmica e função das proteínas correspondentes. A aplicação de técnicas de sequenciamento massivo, como espectrometria de massa acoplada a LC ou sequenciamento de RNA, foi relatada durante a última década (veja os primeiros relatórios de RNAseq emA. nidulansou a marcação TAP da proteína aveludada VeA para identificar interatores; (Bayram et al.2008; Sibthorp et al.2013; Garzia et al.2013)). Iniciativas como o projeto 1000 genomas fúngicos pretendem ampliar nossa compreensão da diversidade fúngica por meio do sequenciamento de pelo menos dois genomas de referência de mais de 500 famílias de fungos reconhecidas (http://1000.fungalgenomes.org/ página inicial/). Os genomas de mais de mil espécies estão atualmente disponíveis (último lançamento do banco de dados MycoCosm; agosto de 2018;https://genome.jgi.doe.gov/ programs/fungi/index.jsf), aumentando o número de espécies de fungos que podem ser utilizadas como organismos de referência. Consequentemente, esta tendência deverá ser acompanhada por uma diminuição do impacto da investigação baseada emA. nidulanscomo um organismo modelo. No entanto, ele continua sendo um organismo de referência fundamental em vários campos de pesquisa. Devido a restrições de comprimento, esta mini-revisão se concentrará apenas em alguns desses campos de pesquisa: crescimento polar, transporte nucleocitoplasmático, metabolismo secundário, programas de desenvolvimento e resposta ao estresse de pH ou cátion. Finalmente, discutimos comoA. nidulanspoderia contribuir para essas e outras áreas de pesquisa no futuro. Além disso, a diferença em ambos os valores provavelmente reflete a importância das condições ambientais, como a temperatura, no crescimento das hifas, sendo muito mais rápido emA. nidulansa 37 °C do que a 25 °C. No entanto, no segundo caso, um mês seria suficiente para colonizar quase completamente um volume equivalente a um globo ocular humano, enquanto, no primeiro, onze dias resultariam na colonização de um volume correspondente a um cérebro humano. Esses números certamente representam superestimativas do ritmo de crescimento das hifas no ambiente porque (1) foram medidos em condições de cultura favoráveis, (2) não consideram a natureza do substrato e (3) ignoram, em caso de patogênese, o efeito da resposta imune do hospedeiro à infecção. No entanto, são exemplos representativos do potencial deA. nidulansem particular, mas também fungos filamentosos em geral para colonizar um substrato. Juntamente com espécies de fungos filamentosos, como Neurospora crassaouUstilago maydis, A. nidulansé um dos organismos de referência mais importantes para o estudo da extensão de hifas. O crescimento de hifas significa que um substrato deve ser penetrado, qualquer que seja a natureza desse substrato (ou seja, tecidos, órgãos, ágar ou meio líquido), e isso ocorre exercendo alta pressão de turgor nas pontas das hifas por meio da entrega maciça, mas coordenada (exocitose) de vesículas de tamanho e composição variáveis (Fig.1A e B). A fusão de vesículas exocíticas com a membrana plasmática não é um processo contínuo em fungos. A natureza oscilatória do crescimento de hifas foi descrita na década de 1990 (López-Franco et al.1994) mas o mecanismo molecular subjacente (modelo de montagem de polaridade transitória) foi elegantemente descrito recentemente usandoA. nidulanscomo referência (Takeshita et al.2017). Resumidamente, o crescimento pulsado é a consequência de uma repetição de eventos que incluem a montagem/desmontagem de complexos marcadores de extremidade celular, polimerização/despolimerização de actina e exocitose (Riquelme et al.2018). Os complexos de proteínas, estruturas e organelas necessárias para o transporte acropetal de materiais apicais também são polarizados (Fig. 1B). Isso significa que eles mostram uma distribuição semelhante a um gradiente dentro da região entre o ápice e o núcleo mais próximo (A. nidulanshifas são multinucleadas). De acordo com o modelo aceito de crescimento de hifas, as cargas transitam inicialmente pela rede definida pelo retículo endoplasmático (RE) e pelo aparelho de Golgi (Fig.1B). Vários marcadores foram gerados para as etapas gerais de processamento e transporte dentro da rede ER-Golgi. Em geral, os resultados obtidos usando A. nidulansas hifas apoiam o Modelo de Maturação Cisternal, no qual as cisternas iniciais de Golgi geradas com materiais originados no RE modificam progressivamente sua identidade em cisternas tardias de Golgi, levando a portadores secretores que partem em direção à ponta (para uma revisão, veja (Pantazopoulou2016)). A. nidulanstambém foram usados como sistema de referência no estudo do papel da clatrina e do complexo adaptador AP-1, ambos necessários para a invaginação e revestimento de vesículas secretoras geradas no final do Golgi (Schultzhaus et al.2016a; Martzoukou et al.2018). Uma máquina de perfuração de túneis na ponta das hifas: comoA. nidulanscresce polarizado Lee e Adams descreveram que, em superfícies sólidas,A. nidulans colônias formaram estruturas superficiais radialmente simétricas que se expandiram a uma taxa constante de cerca de 0,5 mm/h a 37 °C (Lee e Adams1994b; Adams e outros.1998). Um estudo posterior descreveu que pontas deA. nidulanshifas de tipo selvagem se estenderam mais ou menos em linha reta a um ritmo médio de 0,506 μm por minuto a 25 °C (Horio e Oakley2005). A primeira figura corresponde a uma observação macroscópica enquanto a segunda a uma observação microscópica. http://1000.fungalgenomes.org/home/ http://1000.fungalgenomes.org/home/ https://genome.jgi.doe.gov/programs/fungi/index.jsf https://genome.jgi.doe.gov/programs/fungi/index.jsf 8 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 RabE é uma GTPase usada como marcador das vesículas secretoras que alimentam o ápice das hifas (Pantazopoulou et al.2014). Duas etapas principais de transporte podem ser diferenciadas (Fig.1B). O primeiro depende de microtúbulos (MTs), filamentos do citoesqueleto que nucleiam em complexos embutidos no complexo do poro nuclear (centros organizadores de microtúbulos; MTOCs) e crescem em direção à ponta da hifa, e do motor de cinesina KinA (Peñalva et al.2017). O transporte de vesículas secretoras baseado em MT continua até que os MTs se sobreponham espacialmente aos filamentos de actina, que nucleiam nos ápices das hifas e crescem em direção às regiões distais (Schultzhaus e Shaw2015; Schultzhaus et al.2016b; Peñalva et al.2017; Riquelme et al.2018). Isso ocorre preferencialmente em uma região subapical (3–4 μm de distância do ápice) onde a endocitose é um processo massivo: o colar endocítico (também conhecido como zona de carga de dineína; veja abaixo; (Upadhyay e Shaw2008; Abenza et al.2009 )). Lá, as vesículas secretoras são transferidas para cabos de actina e transportadas pelo motor de miosina MyoE (Fig.1B) (Taheri-Talesh et al.2012; Peñalva et al.2017). Eles se acumulam em uma pseudo- organela conhecida comoCunha de espeto (S na Fig.1B), originalmente descrito no AgaricomicetoPolystictus versicoloresupostamente atua como fornecedor de vesículas secretoras que alimentam o ápice (Girbardt1957; Bartnicki-Garcia et al. 1989). O local da exocitose é determinado por proteínas marcadoras da extremidade celular, como TeaA e TeaR (Fischer et al.2008) e a fusão da vesícula com a membrana e a parede celular no ápice é mediada por diferentes proteínas e complexos, como o polarissomo ou o exocisto. Embora algumas das proteínas do polarissomo/ exocisto tenham sido caracterizadas funcionalmente em A. nidulans,a atividade e a dinâmica desses complexos foram (ou estão sendo) originalmente caracterizadas usando outras espécies de fungos como modelo (ver referências em (Schultzhaus e Shaw 2015; Riquelme et al.2018)). Estima-se que o ápice das hifas receba através de vesículas secretoras mais material do que o necessário para construir a membrana e a parede celular (Riquelme et al.2018). A entrega massiva (mas pulsada) dessas vesículas também faz com que compostos apicais se tornem subapicais. Além disso, os polissacarídeos da parede celular são rapidamente modificados após a exocitose. Essas características geram uma necessidade de endocitose que é satisfeita no colar endocítico por patches de actina, proteínas de ligação à actina (Abps), a miosina tipo I MyoA (necessária também para nucleação e secreção de filamentos de actina) e complexos auxiliares (McGoldrick et al.1995; Yamashita e maio1998; Yamashita et al.2000; Liu et al. 2001; Araujo-Bazán et al. 2008; Upadhyay e Shaw2008). Um estudo recente sobre o segundo complexo adaptador deA. nidulans, AP-2 sugeriu que há pelo menos duas vias endocíticas operando no subápice das hifas (Martzoukou et al.2017). Uma dessas vias seria independente da clatrina e dependente do complexo AP-2, bem como de Abps e SlaB, enquanto a segunda via seria independente do complexo AP-2 e dependente de clatrina e α-arrestina (Lau e Chou2008; Martzoukou et al.2017). Existem duas opções para materiais endocitados (setas pretas na Fig.1B) OA. nidulansA proteína v-SNARE sinaptobrevina, SynA, junta-se novamente à via exocítica (Taheri-Talesh et al.2008) enquanto a maioria dos materiais são incorporados em endossomos iniciais marcados com Rab5 (Abenza et al. 2009), que são transportados basipetalmente pela dineína e suas proteínas auxiliares para regiões distais para sua transformação/reciclagem (setas verdes na Fig.1B) (veja as revisões de (Xiang et al.2015; Reck-Peterson et al.2018)). Evitando engarrafamentos no envelope nuclear: controle do transporte nucleocitoplasmático Além de ser importante para o transporte bidirecional de cargas e, portanto, para a extensão polar, o citoesqueleto MT também desempenha um papel fundamental no posicionamento e distribuição de organelas como os núcleos (Oakley e Morris1980; Xiang et al. 1994). A principal característica que define as células eucarióticas é, de fato, o desenvolvimento de núcleos como um compartimento para preservar a informação genética. O núcleo é delimitado pela membrana nuclear ou envelope, uma bicamada que se estende para o retículo endoplasmático. No entanto, a presença do envelope nuclear aumenta a complexidade da conexão entre os processos associados ao DNA e outros processos celulares, como tradução ou transdução de sinal. É por isso que o envelope nuclear é poroso, e esses poros são formados por complexos de proteínas conhecidos como complexos de poros nucleares ou NPCs (Fig. 1C) (Kim et al.2018). Moléculas menores que 30 kDa atravessam o NPC passivamente, sem necessidade de energia (Görlich e Kutay1999). Macromoléculas maiores requerem uma maquinaria específica capaz de transportá-las ativamente para o núcleo (importação nuclear; importinas; Fig.1C) ou para o citoplasma (exportação nuclear; exportinas) (Ghavami et al.2016). Uma característica deA. nidulanshifas é que elas contêm múltiplos núcleos que são regularmente distribuídos da ponta para as regiões distais (Fig.1A). É claro que todos esses núcleos recebem na forma de proteínas informações do citoplasma e de organelas citoplasmáticas, como o retículo endoplasmático ou a ponta (Bat-Ochir et al.2016; Etxebeste e Espeso 2016). Eles também incorporam proteínas necessárias para processos associados ao DNA. A referência fúngica mais amplamente usada no campo do transporte nucleocitoplasmático e NPCs é, sem dúvida,Saccharomyces cerevisiae.No entanto, a presença de múltiplos núcleos, a sua distribuição regular ao longo das hifas e a sua divisão semissíncrona tornam A. nidulanshifas um modelo cenocítico adequado para o estudo da composição/dinâmica do NPC durante o ciclo celular, bem como a localização/dinâmica dos transportadores nucleares, que em quase todos os casos pertencem à família das carioferinas (KAPs). O primeiro caso foi e está atualmente sendo estudado pelo grupo de SA Osmani, enquanto a caracterização sistemática deA. nidulansO KAPs foi realizado pelo grupo de Microbiologia Int (2020) 23:5–22 9 EA Espeso (De Souza e Osmani2009; Markina- Iñarrairaegui et al.2011). As proteínas que constituem o NPC são conhecidas como nucleoporinas (NUPs) e se agrupam em subcomplexos que formam as estruturas de ordem superior características do NPC (Fig.1C) (ver referências em (Kim et al.2018)). Todos eles geram o ambiente específico dentro do poro para a translocação de heterocomplexos transportadores/carga para dentro ou para fora do núcleo (Markina-Iñarrairaegui et al.2011). Os NPCs são ativos durante a interfase de eucariotos superiores, mas se desmontam durante a mitose, sendo um dos principais eventos que levam ao colapso do envelope nuclear e possibilitando a interação entre centríolos e cinetocoros por meio de MTs cinetocoros. Uma das principais descobertas na caracterização funcional deA. nidulansA diferença entre NUPs e NPCs é que eles mantêm sua estrutura central durante a mitose, enquanto os NUPS periféricos geralmente se dispersam (com algumas exceções, como Gle1) (Fig.1C) (Osmani et al.2006; Chemudupati et al.2016). Isso levou os autores a definirA. nidulansmitose como parcialmente aberta, permitindo a livre difusão de macromoléculas entre os núcleos e o citoplasma nesta fase (Osmani et al.2006; De Souza e Osmani2007,2009). Por meio da caracterização de NUPs e proteínas relacionadas, ou proteínas nucleolares, o mesmo grupo também foi capaz de descrever a dinâmica dos nucléolos durante A. nidulansmitose (Ukil et al.2009; Chemudupati et al. 2016) ou a dependência do DNA da segregação de NPC para núcleos filhos (Suresh et al.2017). Dezassete transportadores nucleares foram identificados por análises in silico emA. nidulans,um número menor do que em eucariotos superiores (Markina-Iñarrairaegui et al.2011). Três deles pertencem à família de transportadores NTF e 14 à família das carioferinas (portanto, foram chamados de KapA-N). A ausência de 11 desses 17 transportadores levou a colônias viáveis. Oito dos deletantes apresentaram um fenótipo de tipo selvagem, enquanto três apresentaram defeitos de crescimento ou desenvolvimento (veja, por exemplo, (Etxebeste et al.2009b)). Os seis transportadores essenciais são agrupados em quatro vias de transporte, como a via de importação mais amplamente caracterizada, definida por importinas-α e importinas-β, KapA/B (Fig.1C), ou a via de exportação definida por exportina Crm1, KapK. A presença de apenas quatro vias essenciais de transporte nuclear sugere fortemente que há uma redundância funcional entre as vias de transporte nucleocitoplasmático emA. nidulans,tornando a atribuição de uma função a cada KAP altamente complexa (Markina-Iñarrairaegui et al.2011). Esta hipótese está correlacionada com a presença de múltiplos sinais de localização nuclear (NLSs) em reguladores transcricionais essenciais do metabolismo ou da resposta ao estresse, como PacC, CrzA ou AreA (veja abaixo; nosso trabalho não publicado sobre PacC; (Hernández-Ortiz e Espeso2013; Hunter e outros. 2014)), sugerindo que os fatores de transcriçãosão geralmente importados para os núcleos usando diferentes vias de transporte. Infelizmente, o conhecimento sobre a natureza e as características dos NLSs vinculados por cada KAP dentro de suas cargas é escasso e é geralmente limitado ao dímero importin-α/β (ver, por exemplo, os algoritmos NLStradamus e cNLSmapper; (Kosugi et al.2009; Nguyen Ba et al.2009)). É por isso que mais trabalho experimental é essencial para determinar o conjunto de KAPs que cada TF pode ligar. Todos os transportadores nucleares deA. nidulansmostram uma distribuição regular em todos os núcleos dentro das hifas durante a interfase, sugerindo que todos os núcleos possuem os elementos necessários para mediar o transporte ativo (Markina-Iñarrairaegui et al.2011). Durante a mitose, modificações na localização e dinâmica de múltiplos KAPs foram descritas, como por exemplo, a relocalização de KapI/Kap121/Pse1 para nucléolos. Esta observação está provavelmente diretamente relacionada às modificações de NPC que ocorrem durante a mitose e sugere que os KAPs desempenham funções específicas nesta fase do ciclo celular (Markina-Iñarrairaegui et al. 2011). Um trabalho posterior também mostrou que os KAPs têm um papel além da periferia nuclear. As importinas-α e as importinas-β movem-se bidirecionalmente ao longo do citoplasma emA. nidulans, alcançando a ponta da hifa e regiões distais. Esse movimento depende do citoesqueleto MT, dineína e provavelmente cinesina-3 UncA, sugerindo que KapA e KapB poderiam estar envolvidos no transporte de longa distância e importação nuclear de cargas, como ocorre em outros tipos de células polarizadas, como neurônios (Etxebeste et al.2013). A chave ESC está no genoma: multicelularidade assexuada emA. nidulans O desenvolvimento e a otimização de recursos que permitem o crescimento dentro de um nicho específico são essenciais para que as espécies prosperem. Nesse sentido, as seções anteriores desta revisão mostraram comoA. nidulans,e fungos filamentosos em geral, gerenciam o crescimento e as máquinas de transporte nucleocitoplasmático para gerar micélios que são estruturas altamente bem-sucedidas em termos de colonização do substrato e aderência a ele. Mas, de um ponto de vista ecológico, tão importante quanto o crescimento é a capacidade de se propagar para novos nichos quando as condições ambientais são subótimas (estresse abiótico) ou outros organismos ameaçam a sobrevivência (estresse biótico). Os fungos filamentosos se comportam como fábricas de milhares de células, esporos assexuados, especialmente programados com esse objetivo: dispersão para um ambiente mais favorável. A diversidade de tipos e morfologias de esporos assexuados de fungos é impressionante (Kirk et al.2008). Aqueles produzidos porA. nidulanssão conhecidos como conídios e são produzidos em estruturas multicelulares complexas chamadas conidióforos (Fig.2A) (Mims et al.1988). A formação de conidióforos compreende estágios de crescimento polar e isotrópico, bem como brotamento.A. nidulansé a referência mais amplamente utilizada para o estudo do controle genético e molecular do desenvolvimento assexuado (Meyer et al.2016). A maioria dos reguladores de A. nidulansdesenvolvimento de conidióforos foram identificados em triagens de mutantes nas décadas de 1980 e 1990, e funcionalmente 10 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 caracterizado nos últimos 30 anos (revisado por (Adams et al. 1998; Etxebeste et al.2010; Oiartzabal-Arano et al.2016)). Relatórios recentes sugerem que os reguladores conhecidos do desenvolvimento assexuado emA. nidulanssurgiu progressivamente na evolução (de Vries et al.2017; Ojeda-López et al.2018). Este surgimento gradual iria reconectar os caminhos do desenvolvimento estabelecendo entre os reguladores relações hierárquicas/democráticas não necessariamente conservadas no resto dos fungos filamentosos, resultando em uma vasta gama de possíveis morfologias de esporos (Etxebeste et al., não publicado).Aspergillus,o fator de transcrição BrlA desempenha um papel central na indução e controle do desenvolvimento do conidióforo (Fig.2C) (Adams et al. Microbiologia Int (2020) 23:5–22 11 ƒFigura 2Controle e equilíbrio dos ciclos de desenvolvimento emA. nidulans. (UM) Em meio ágar, a luz e o ar induzem a geração de conidióforos em A. nidulanscolônias. Os conidióforos são desenvolvidos nas regiões subperiféricas e centrais da colônia, enquanto as hifas periféricas continuam crescendo para fora (ver Fig.1). Cada conidióforo contém milhares de esporos assexuados (meióticos) chamados conídios, que são o resultado de um número limitado de transformações morfológicas. (B) Estímulos como escuridão e baixo O2concentrações induzem a produção de cleistotécios. Cada cleistotécio carrega vários sacos chamadosascie cadaAscocontém oito esporos meióticos chamados ascósporos. Os cleistotécios são cercados por células de Hülle, que supostamente alimentam as estruturas sexuais com nutrientes. (C) Modelo simplificado para o controle do equilíbrio entre programas de desenvolvimento assexuado e sexual. Por um lado, ativadores a montante do desenvolvimento assexuado induzem a expressão debrlA,e, portanto, a via central que controlará as transformações morfológicas que levam à produção de conídios. Os ativadores a montante também inibem o crescimento e o desenvolvimento sexual. Por outro lado, os indutores sexuais ligam o promotor debrlA para inibir o desenvolvimento do conidióforo e induzir as transformações morfológicas e rearranjos nucleares que levam à produção de cleistotécios e ascósporos. Para simplificação, o quadro de leitura a montante no promotor debrlA,o efeito dos remodeladores de cromatina, ou o evento de splicing alternativo foram intencionalmente omitidos. Veja o texto principal para mais detalhes Um grande número de relatórios sobre a via central de desenvolvimento (CDP) da conidiação foi publicado principalmente pelo grupo de WE Timberlake e depois dele TH Adams (Adams et al.1998). Além da atividade dos reguladores transcricionais em seu promotor, existem mecanismos adicionais para o controle debrlAexpressão/tradução: remodelação da cromatina, a existência de doisbrlAtranscrições que são necessárias em diferentes estágios do desenvolvimento do conidióforo, um quadro de leitura aberto a montante ou loops regulatórios por meio de fatores CDP tardios (Fischer e Kües2006; Ni e Yu2007; Twumasi-Boateng et al.2009; Cánovas et al.2014; Oiartzabal-Arano et al.2016). No entanto, nossa compreensão de como todos esses mecanismos são coordenados e modificados durante o desenvolvimento é limitada e merece esforços colaborativos futuros. Devido à sua centralidade na indução e no controle da progressão da formação de conidióforos, BrlA foi definido como suficiente e necessário para direcionar o desenvolvimento dos conidióforos emA. nidulans (Adams e outros.1988). Considerou-se também que a ativação debrlAirreversivelmente levou à conclusão de todas as mudanças morfológicas necessárias para a produção de conídios. Mais tarde, foi demonstrado que isso é verdade se as condições ambientais que desencadearam o desenvolvimento foram mantidas (Skromne et al.1995; Etxebeste et al.2009a). Juntamente com BrlA, os fatores de transcrição AbaA e WetA constituem a estrutura básica da via CDP (Fig.2C). O modelo geral desenha uma relação hierárquica entre esses três reguladores (BrlA > AbaA > WetA). AbaA controla estágios finais da formação de conidióforos enquanto WetA regula a expressão gênica conidial e a produção/deposição de diversos metabólitos em esporos assexuados, sendo, portanto, essencial para sua integridade e pigmentação (Sewall et al. 1990; Marshall e Timberlake1991; Andrianopoulos e Timberlake1994; Wu e outros.2018). No entanto, AbaA e WetA também devem controlarbrlAexpressão através de alças regulatórias, diretamente ou por fatores de transcrição adicionais que inibembrlAno final do processo (Ni e Yu2007). 1988). Constitui umgargalo entre as vias de sinalização do desenvolvimento a montante que convergem no promotor de brlA, decidindo sua indução/repressão, e a via central que regula todas as transições morfológicas que levam à produção de aproximadamente 10.000 conídios por conidióforo (Oiartzabal- Arano et al.2016). Interessantemente,brlA surgiu na evolução após a maioria desses reguladores a montante e a jusante (nossos resultados não publicados; veja também (de Vries et al.2017)) e desenvolveu a capacidade de recrutar alguns deles para seu promotor (tanto indutores quanto repressores; veja abaixo) e controlar transcricionalmente a expressão do restante. Pesquisas publicadas nos últimos dez anos melhoraram significativamente nossa compreensão dos mecanismos moleculares que controlam a localização, dinâmica e atividade de reguladores upstream específicos. Alguns deles mostram uma relação próxima com a maquinaria de transporte subcelular descrita em seções anteriores. O fator de transcrição FlbB e seu parceiro FlbE devem ser primeiro localizados na ponta das hifas como um pré-requisito para a indução da conidiação (Etxebeste et al.2008,2009a; Garzia et al.2009; Herrero-Garcia et al.2015). Depois disso, FlbB supostamente transmite sinais apicais aos núcleos e induz diretamente a expressão debrlAem coordenação com um segundo fator de transcrição conhecido como FlbD (Garzia et al. 2010; Herrero-Garcia et al.2015). Um terceiro regulador transcricional, FlbC, é o último efetor de uma segunda via essencial para a indução debrlAexpressão (Kwon et al.2010). A proteína RGS FlbA participa da indução da conidiação inibindo a maquinaria de crescimento polar (Yu et al.1996; Parque e Yu2012). Várias proteínas necessárias para a síntese de metabólitos que induzembrlA expressão e, portanto, conidiação também foram identificadas (Lee e Adams1994a; Soid-Raggi et al.2005,2016; Márquez-Fernández et al.2007; Rodríguez-Urra et al.2012; Etxebeste et al.2012). Com ou sem você: equilíbrio entre programas sexuais e assexuados Enquanto os conídios são esporos mitóticos (geneticamente idênticos) produzidos em massa, o segundo tipo de esporos produzidos por A. nidulans,ascósporos são esporos meióticos (recombinantes) contidos em estruturas multicelulares complexas sexuais chamadas cleistotécios (Fig.2B) (Todd et al.2007). Morfologicamente, os cleistotécios são estruturas muito mais sofisticadas do que os conidióforos e, consequentemente, incluem mais tipos de células. A formação dos conidióforos é, portanto, mais rápida e precede o desenvolvimento dos cleistotécios. Os conídios constituem o principal veículo para propagação, enquanto os ascósporos são programados para sobrevivência a longo prazo e troca genética (Etxebeste et al. 12 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 2010). Também há correlação oposta entre os estímulos que induzem ou inibem cada ciclo de desenvolvimento. Enquanto sinais como luz e a exposição de colônias ao ar estimulam o desenvolvimento de conidióforos, escuridão e alto CO2 concentrações favorecem a produção de cleistotécios (Fig.2A e B) (para uma revisão, veja (Dyer e O'Gorman2012)). Isto tem sido interpretado como um mecanismo de adaptação às condições ambientais, uma vez que se considera queA. nidulansé um habitante do solo, a luz e o ar informariam sobre a limitação de nutrientes, induzindo a produção de conídios. Escuridão e CO2 (baixo O2) teria o significado oposto, favorecendo a produção de ascósporos. Levando em consideração as características acima mencionadas, ambos os ciclos de desenvolvimento parecem mutuamente exclusivos e, de fato, a atividade de fatores de transcrição específicos na indução/repressão de cada ciclo de desenvolvimento apoia essa hipótese (Fig.2C). Também foi sugerido que o ciclo sexual deA. nidulanspode ter efeitos de aptidão, uma vez que mutações deletérias se acumulam em uma taxa menor na via sexual do que durante a conidiação (Bruggeman et al.2003). De novo,A. nidulansé a principal espécie dentro do seu gênero no estudo do desenvolvimento sexual (Dyer e O'Gorman2012), provavelmente devido ao fato de que seu ciclo sexual está sendo reproduzido com sucesso em laboratórios desde a década de 1950. Assim, as transições morfológicas e a posição dos compartimentos dentro dos cleistotécios são bem conhecidas. Vários reguladores transcricionais envolvidos neste processo também são conhecidos, alguns dos quais estabelecem ligações funcionais/genéticas com outros processos celulares, como o estudo da degradação de proteínas através do sinalossomo COP9 (Braus et al.2010) ou metabolismo secundário (veja a próxima seção). No entanto, nesta revisão, focaremos nas múltiplas camadas de crosstalk e exclusão mútua entre ambos os programas de desenvolvimento (Fig.2C). Isto significa queA. nidulansinveste uma grande quantidade de recursos genéticos e moleculares no controle do tempo de cada ciclo, sempre dependendo dos sinais recebidos. Uma primeira camada é exercida no nível metabólico através de um grupo de compostos conhecidos como fatores psi (indutores sexuais precoces). Essas oxilipinas são derivados de ácidos graxos poliinsaturados cuja importância paraA. nidulansO desenvolvimento sexual foi descrito pela primeira vez no final da década de 1980 (Champe et al.1987; Champe e El-Zayat1989). O grupo de NP Keller caracterizou o papel das oxigenases produtoras de psi na década anterior, descrevendo que a inativação de qualquer um dos genes correspondentes derivados em níveis alterados de fatores psi específicos e a proporção conídios- ascósporos (revisado em (Tsitsigiannis e Keller2007)). Além disso, a eliminação de gripe,que codifica um regulador a montante do desenvolvimento assexuado, causa uma inibição da produção de conídios devido à falta de um metabólito produzido endogenamente (Lee e Adams1994a). O grupo de U. Ugalde mostrou que o fenótipo aconidial de um nulogripea tensão foi revertida pela combinação de dois compostos: dehidroaustinol, o metabólito ativo, e diorcinol, que impediu a formação de cristais do primeiro na superfície das hifas aéreas (Rodríguez-Urra et al. 2012). Vários reguladores transcricionais atuam como balanceadores do desenvolvimento. Proteínas como VeA e VelB modificam seus padrões de interação/localização para controlar os ciclos de desenvolvimento em resposta a sinais de luz. O complexo de veludo mostra fortes conexões genéticas/moleculares com reguladores do desenvolvimento sexual e assexuado, bem como do metabolismo secundário (Ruger-Herreros et al.2011; Bayram e Braus2012). NsdD é essencial para a produção de cleistotécios, mas ao mesmo tempo reprimebrlAexpressão direcionando múltiplas sequências dentro de seu promotor (Han et al.2001; Lee e outros.2016). Ao contrário do que acontece comnsdD,eliminação de qualquer umosaAouurdAinibe a produção de conídios e induz prematuramente o desenvolvimento sexual (Alkhayyat et al.2015; Oiartzabal-Arano et al.2015). Mineração em busca de compostos ativos: metabolismo secundário emA. nidulans Espécies do gêneroAspergillustêm um impacto biotecnológico significativo. Por exemplo,A. nigeré a principal fonte de ácido cítrico em todo o mundo (Meyer et al.2016).Aspergillustambém produzem antibióticos como a penicilina β-lactâmica ou micotoxinas como as aflatoxinas (Espeso et al.1993; Brakhage et al.2009; Alshannaq e Yu 2017). Os fungos filamentosos em geral foram uma fonte importante de antibióticos no século passado e estima-se que serão uma fonte-chave de novos no futuro. Em um contexto em que o surgimento de cepas bacterianas resistentes a antibióticos se tornará uma das maiores ameaças aos humanos, é importante entender como os fungos produzem metabólitos secundários e desenvolver ferramentas moleculares para maximizar ou redesenhar a síntese de compostos bioativos. Rokas e outros (2018) definiu o metabolismo secundário como a parte do metabolismo que envolve vias associadas à produção de pequenas moléculas bioativas, comomicotoxinas, pigmentos e antibióticos. Assim, os metabólitos secundários fúngicos podem ser considerados recursos químicos produzidos por fungos para obter uma vantagem em um nicho com relação a outros (micro)organismos (Keller 2015). A capacidade de sintetizar esses compostos em fungos é codificada no genoma por grupos de genes que são agrupados (Fig.3). Os grupos de genes de metabólitos secundários codificam todas ou quase todas as informações necessárias para a síntese e modificação, compartimentalização celular e secreção de um ou mais compostos ativos (Nützmann et al.2018). E nós dizemostodas ou quase todas as informaçõesporque a organização de grupos de genes de metabólitos secundários em fungos é variável. Conforme revisado recentemente por Nützmann et al. (2018), um cluster metabólico pode incluir todos os genes acima mencionados, mas em outros casos, subgrupos satélites podem estar localizados fora do cluster principal (mesmo como genes não vinculados). Chiang et al. (2015) descreveu recentemente que a colaboração entre clusters também era possível emA. nidulanse que, Microbiologia Int (2020) 23:5–22 13 por exemplo, o lipopeptídeo aspercriptina B foi o produto de dois compostos produzidos por dois grupos de genes separados. No geral, essas observações modificam a hipótese inicial de um cluster de genes - um compostopara uma mais flexível, na qual os autores sugerem um controle coordenado e flexível da expressão de grupos de genes de metabólitos secundários para aumentar a variedade de metabólitos produzidos. Um cluster de genes de metabólitos secundários fúngicos é (na maioria dos casos) definido pela presença de um gene que codifica uma enzima que constrói a estrutura básica de um produto final (enzima de base; Fig.3) (Inglis et al.2013; Nützmann et al.2018). Essas enzimas podem pertencer às famílias de policetídeos sintases (PKSs), peptídeos sintetases não ribossômicos (NRPSs), preniltransferases ou terpeno sintases e, portanto, definem o tipo de produto final que pode ser gerado. Elas costumam ser flanqueadas por genes que codificam enzimas auxiliares envolvidas na modificação do primeiro precursor, transportadores necessários para secreção ou para evitar autoenvenenamento e fatores de transcrição que controlam especificamente a expressão dos genes desse cluster (Fig.3). Inglis e colegas propuseram a presença de mais de 65 grupos de genes de metabólitos secundários emA. nidulans,enquanto Rokas et al. limitaram recentemente esse número a 60 (Inglis et al.2013; Rokas et al.2018). Considerando a possibilidade de colaboração entre clusters para a síntese de produtos combinados, o número de compostos bioativos produzidos porA. nidulansprovavelmente será significativamente maior. Alguns grupos metabólicos deA. nidulanstêm uma distribuição taxonômica estreita, uma característica geral de aglomerados de fungos, que atingem o nível específico de espécie ou mesmo de cepa (ver referências em (Kjærbølling et al.2018; Nützmann et al. 2018; Rokas et al.2018)). Duas hipóteses principais foram propostas para explicar a origem dos clusters de metabólitos secundários, a transferência horizontal de genes (HGT) e a montagem de novo por meio da duplicação de genes e rearranjos do genoma. A HGT foi proposta como o principal mecanismo para a presença no genoma deA. nidulansde pelo menos odbacluster (fonte proposta, Talaromyces stipitatus;todosdbaos genes correspondiam à posição e orientação dos seus ortólogos em(T. stipitatus)e o cluster An2030-2038 (fonte proposta,Metarhizium robertsii (planta de origem vegetal);um gene perdido e dois genes trocaram de posição) (Nguyen et al.2015; Oiartzabal-Arano et al.2015). Um dos principais problemas para a caracterização genética/ molecular de clusters metabólicos, bem como o isolamento dos compostos associados, são os baixos níveis de expressão dos genes do cluster em condições de laboratório. Isso se deve, com toda a probabilidade, ao crescimento ótimo e às condições nutricionais usadas para cultivar fungos em laboratório, bem como à ausência de qualquer (micro)organismo concorrente. Diferentes estratégias para a indução de clusters de genes, a identificação de metabólitos secundários, a Figura 3Um modelo representativo para o controle da expressão e da atividade de clusters de genes de metabólitos secundários. Neste caso, o cluster é composto por sete genes, codificando todas as funções necessárias para a síntese e secreção do composto ativo. (1) Reguladores transcricionais de ordem superior (TF) induzem a expressão do gene que codifica o TF específico da via. Os remodeladores de cromatina modificam a conformação do DNA para permitir a indução dos genes do cluster. (2) Síntese do TF e sua importação para os núcleos. (3) Indução da expressão do restante dos genes do cluster. (4) Síntese das proteínas correspondentes. (5) Via de reação, partindo de um composto inicial (reagente) que é transformado pela enzima de backbone (PKS, NRPS,…) no primeiro precursor do produto final. Enzimas adicionais transformam esse precursor no produto final, que é secretado por um transportador específico 14 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 elucidação da cadeia de reações químicas que levam à sua síntese, ou a caracterização de sua via de secreção foram desenvolvidas durante os últimos anos. Em todas essas linhas de pesquisa,A. nidulans (e outrosAspergillus)tem sido um importante organismo de referência. A primeira e provavelmente uma das estratégias mais fáceis é a modificação das condições de crescimento, seja cultivando as amostras sob condições nutricionais sup-ótimas (estresse abiótico) ou induzindo programas de desenvolvimento. Esta é, por exemplo, uma maneira de induzir o cluster de genes da esterigmatocistina (stc) (produção de micotoxinas) e awAcluster de genes (pigmentação de esporos) (Kurtz e Champe1982; Brown e outros.1996; Inglis et al.2013). Diretamente relacionado a essa abordagem está o uso de origens mutantes nas quais o desenvolvimento ou outros processos celulares importantes são atrasados ou interrompidos, como por exemplo a ausência de FlbB, FlbD ou AslA (reguladores transcricionais da conidiação; veja antes); CsnE (componente do sinalossomo COP9), MtfA e McrA (fatores de transcrição do tipo dedo de zinco); ou os remodeladores de cromatina KdmB, RmtA e EsaA (Soukup et al.2012; Ramamoorthy e outros.2013; Gerke e Braus2014; Oiartzabal-Arano et al.2015; Gacek-Matthews et al. 2016; Oakley e outros.2016; Satterlee et al.2016; Kim e outros. 2017). Abordagens mais sofisticadas eliminaram/superexpressaram genes específicos dentro de um cluster, genes de metabólitos secundários expressos heterologamente emA. nidulansou domínios trocados dentro de PKSs específicos (veja, por exemplo, Chiang et al.2013; Yeh et al.2013 ). Finalmente, uma estratégia elegante projetada pelo grupo de A. Brakhage para a indução de grupos de genes de metabólitos secundários é a exposição ao estresse biótico exercido por outros microrganismos, como espécies bacterianas específicas (Schroeckh et al. 2009). Por meio dessa abordagem, os autores foram capazes de induzir a expressão de um conjunto de mais de 30 genes que incluíam três grupos de genes de metabólitos secundários sequenciais. Além disso, esse trabalho apoiou a visão de que fungos e bactérias estabelecem relações transcricionais, peptídicas e metabólicas das quais compostos com potencial bioatividade podem ser isolados se os grupos de genes correspondentes forem induzidos (Chiang et al.2011). e outros.1986a,b). Desde então, vários trabalhos foram publicados usandoA. nidulans (e também outras espécies de fungos) como organismo de referência. Esses trabalhos mostraram que a função do PacC vai além da regulação da expressão de proteínas extracelulares, como fosfatases alcalinas e ácidas, e inclui a produção de antibióticos e micotoxinas, bem como a modulação da virulência de leveduras e fungos filamentosos. PacC é um fatorde transcrição de dedo de zinco que reconhece a sequência alvo 5′-GCCAAG-3′dentro daqueles promotores sob sua regulação direta (Tilburn et al.1995). As análises genéticas iniciais deram alguns fenótipos contraditórios que foram compreendidos quando as análises bioquímicas foram realizadas. Duas classes de mutações podem ser encontradas em PacC, aquelas que exibem um fenótipo que imita o crescimento do fungo em pH ácido (baixos níveis de fosfatase alcalina extracelular, mas altos níveis de fosfatase ácida) e, por outro lado, mutações que exibem o fenótipo oposto (Tilburn et al.1995). As mutações que levaram ao primeiro tipo de fenótipo foram classificadas como mutações de perda de função porque o nuloPacC-Ca cepa exibe um fenótipo semelhante. O segundo grupo de mutações foi designado como PacCc, mutações constitutivas do PacC. A explicação para esses fenótipos opostos veio da elucidação do mecanismo que ativa o PacC (Fig.4A) (Orejas et al.1995). Três formas de PacC estão presentes em células cultivadas em condições de pH neutro: uma forma primária de 72 kDa (PacC72), uma versão truncada de 53 kDa (PacC53) e uma terceira versão de 27 kDa (PacC27). Mutações que truncam a proteína e imitam PacC53ou versões mais curtas até PacC27exibir um PacCcfenótipo. No entanto, aquelas mutações que causam um truncamento precoce ou antes do resíduo 250 (limite de PacC27) apresentam um fenótipo de perda de função (Arst e Peñalva2003a). A maquinaria molecular após essas duas etapas proteolíticas é a via Pal através de PalB, uma protease de cisteína da família das calpaínas, e o proteassoma (Fig. 4A) (Denison et al.1995; Hervás- Aguilar et al.2007). Os produtos Pal mediam a única etapa proteolítica regulada pelo pH do PacC, da forma de 72 kDa para a de 53 kDa. Então, PacC53está comprometido com a degradação do proteassoma para o PacC27forma. Este processo demonstrou ser conservado entre espécies, embora algumas diferenças tenham sido encontradas em sistemas de levedura, nos quais PacC é designado como RIM101 (Li e Mitchell1997; Li et al.2004; Peñalva et al.2008). O grupo de MA Peñalva tem sido referencial no estudo do PacC e da via de sinalização Pal e estabeleceu uma ligação entre a maquinaria que controla o tráfego interno de vesículas e o sistema regulador do pH (Vincent et al.2003; Galindo et al.2007; Rodríguez- Galán et al.2009), embora esta via de sinalização não exija endocitose (Lucena-Agell et al.2015). Muitos grupos descreveram possíveis fenótipos associados a defeitos no suposto sistema regulador de pH mediado por PacC/ RIM101 em outros organismos de referência. No entanto, alguns fenótipos foram contraditórios e evidenciaram a presença de sistemas reguladores adicionais responsáveis pela resposta a mudanças no pH ambiente, especialmente quando alcalino (Arst e Você achou que eu iria desmoronar? Não, eu vou sobreviver (um tributo a Aretha): adaptação ao pH ambiente e condições de estresse catiônico Foi em 1965 que Gordon Dorn publicou um manuscrito descrevendo o número e a regulação das fosfatases em Aspergillus nidulans (Dorno1965). Talvez ele não tenha percebido que o que estava publicando era a primeira análise genética de um sistema regulatório baseado na detecção do pH ambiente. Então, vinte anos depois, em 1986, HN Arst e seu então aluno MX Caddick publicaram seu trabalho resgatando os mutantes de Dorn e isolando novos elementos da, hoje bem conhecida, via regulatória PacC-Pal (Caddick e Arst1986; Caddick Microbiologia Int (2020) 23:5–22 15 Figura 4Vias de resposta ao estresse de cátions e pH ambiente. (A) Visão geral esquemática da via regulatória PacC/Pal (veja o texto principal e as revisões de Arst e Penalva para uma explicação extensa). (B) Modelo de sinalização para a via calcineurina/CrzA. A localização subcelular de CrzA é determinada por seu estado fosforilado dependendo das atividades de fosfato de calcineurina e diversas cinases (veja Hernández- Ortiz e Espeso2013). (C) Representação das duas etapas proteolíticas da via Slt. A autoproteólise de SltB produz duas subunidades, uma delas com atividade protease específica de SltA, levando à geração do SltA ativo32forma (ver Mellado et al.2016). Zf-DBD: domínio de ligação ao DNA do dedo de zinco Penalva2003b). Estudos posteriores emA. nidulansdemonstraram que outros dois sistemas regulatórios gerais são necessários para que o fungo tolere o pH ambiente alcalino: (1) a via de resposta à calcineurina mediada pelo fator de transcrição do dedo de zinco CrzA, um homólogo de Crz1p emS. cerevisiae,e (2) o fator de transcrição de dedo de zinco específico de fungos filamentosos SltA. A exclusão de CrzA tem dois efeitos principais emA. nidulans (também emA. fumigatus),aumento da sensibilidade ao pH alcalino ambiente e a concentrações elevadas de cálcio extracelular (> 10 mM) (Hagiwara et al.2008; Soriani et al.2008; Spielvogel et al.2008). A regulação da atividade do CrzA depende dos seus níveis de fosforilação (Hernández-Ortiz e Espeso 2013). A calcineurina (CN) é uma proteína fosfatase dependente de cálcio e um dos seus alvos é a CrzA. A CrzA altamente fosforilada, observada principalmente quando a calcineurina está inativa, está localizada no citoplasma e excluída dos núcleos (Fig. 4B). Uma elevação repentina de cálcio extracelular causa ativação de CN por interação com calmodulina (CaM), outra proteína de ligação de cálcio. CN ativo atraca e subsequentemente desfosforila CrzA. Isso causa a ativação dos mecanismos de importação nuclear e a inativação de sinais de exportação nuclear e, consequentemente, CrzA se localiza no núcleo (Fig. 16 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 4B) (Hernández-Ortiz e Espeso2013). A localização nuclear de CrzA é transitória e depende da intensidade da sinalização do cálcio e de outros sinais, como alcalinidade, luz ou mesmo contato mecânico (Hernández-Ortiz e Espeso2017). É importante ressaltar que o sinal de pH alcalino deve ser convertido em um sinal de cálcio, pois, na ausência de calcineurina, CrzA permanece citoplasmático após a alcalinização extracelular. A fosforilação de CrzA é mediada por diferentes cinases; entre elas estão CkiA (caseína cinase I), bem como GskA (glicogênio sintase cinase) (Hernández-Ortiz e Espeso 2017), e provavelmente PkaA (proteína quinase A; nossos resultados não publicados). Como a localização celular dessas quinases é diferente, elas podem agir em níveis diferentes em CrzA, causando fosfoversões diferenciais de CrzA para modular sua atividade. O terceiro membro deste grupo de fatores de transcrição necessários para a tolerância à alcalinidade emA. nidulansé SltA. Este fator de transcrição de dedo de zinco foi descrito pela primeira vez por O'Neil et al. (2002) quando se busca por mutantes defeituosos em resposta a numerosos estresses abióticos. A peculiaridade do SltA é que ele só é encontrado em genomas de fungos do subfilo Pezizomycotina e seu grau de conservação de sequência é muito baixo fora da região de ligação ao DNA, mesmo entreAspergillus (Spielvogel et al.2008; Mellado et al.2015). A atividade SltA é necessária emA. nidulanspara crescimento na presença de concentrações elevadas de muitos cátions mono e divalentes, como sódio, lítio, potássio, césio e magnésio, mas não cálcio (Spielvogel et al.2008). Na verdade, o armazenamento de cálcio é bastante aumentado em um estado nulosltAmutante. É importante notar a interação genética com mutações no gene que codifica a cinase HalA (Espeso et al.2005; Findon et al.2010). HalA participa da homeostase do sódio e do potássio, e um duplo ΔsltA, ΔhalAmutante requer concentrações elevadas de cálcio extracelular para exibir crescimento colonial normal. Este fenótipo foi designado comoBauxotrófico de cálcio e estudos genéticos posteriores demonstraram que era resultado do comprometimento do armazenamento e liberação corretos de cálcio dos vacúolos (Findon et al.2010). Mutações supressoras do fenótipo de auxotrofia de cálciomapeadas em genes que codificam sódio (nhaA)e potássio ( (trkB)transportadores indicando uma conexão entre a homeostase do cálcio e do sódio/potássio. Assim como PacC (veja acima), a função SltA também é regulada pela proteólise (Mellado et al.2016). Duas formas de SltA são detectadas em extratos de proteínas celulares, a versão completa de 78 kDa (SltA78) e uma versão truncada de 32 kDa (SltA32) (Figo. 4C). SltA32também é fosforilada por um mecanismo ainda desconhecido. A protease responsável pelo processamento de SltA é SltB, uma proteína de 1272 aminoácidos com dois domínios bem definidos: (1) um domínio pseudo- quinase N-terminal estruturalmente relacionado a quinases, mas sem resíduos funcionais conservados no sítio catalítico, e (2) um domínio C- terminal relacionado à família quimotripsina de serina proteases (Mellado et al.2015). Mutagênese dirigida e caracterização da perda de mutações de função emsltBdefiniram a sequência de eventos necessária para a ativação de SltA (Mellado et al.2016). SltB é primeiramente ativado por autoproteólise, separando o domínio pseudo-quinase do domínio serina protease. Então, o domínio serina protease processa SltA78para renderizar SltA32, a forma funcional que irá controlarsltBexpressão, homeostase de cátions e provavelmente tráfego intracelular (Fig.4C) (Spielvogel et al.2008; Mellado et al.2016; López-Berges et al.2017). Perspectivas futuras:A. nidulans num futuro próximo Uma breve pesquisa no site do NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov /) usando as palavras-chaveAspergillus nidulansmais o ano (de 1995 a 2018) mostrou um mínimo de 125 entradas de publicações no PubMed para o ano de 2017. Uma busca equivalente para o ano de 2018 gerou 152 entradas. Comparado a uma média estimada de 159 entradas no PubMed por ano para este período de 24 anos e um pico de 190 entradas em 2008, encontramos uma média de 165 entradas por ano para o período de 2010–2018. No geral, esses números sugerem que o número de publicações que usaramA. nidulanscomo organismo de referência não diminuiu significativamente desde 2010. Claro, A. nidulansnão pode ser considerado um fungo de referência adequado no estudo de, por exemplo, síntese e patogênese de efetores, mas prevemos que ele continuará fazendo grandes contribuições nos campos revisados acima e em outros adicionais. Isso exige a adaptação de técnicas recentemente desenvolvidas para a biologia celular e molecular deste modelo ascomiceto e o aprimoramento de técnicas previamente existentes. Nesse sentido, alguns relatórios recentes mostram o caminho para esse cenário. Um primeiro exemplo pode ser a melhoria dos procedimentos para a geração de estirpes recombinantes. Até recentemente, as estirpes geneticamente modificadas deA. nidulanspoderia combinar um número limitado de mutações/deleções direcionadas ao local ou marcadores genéticos. Isso se deveu à disponibilidade limitada de marcadores de seleção (principalmenteA. fumigatus pyrG, pyroA,eriboB).O grupo BR Oakley desenvolveu recentemente cepas recombinantes multimarcadoras com até sete marcadores selecionáveis, o que sem dúvida facilitará múltiplas transformações sequenciais no futuro (Dohn et al.2018). A combinação desses marcadores com o uso de marcadores fotoconversíveis/comutáveis e técnicas de microscopia de fluorescência mais potentes, como a microscopia de super-resolução (adaptada paraA. nidulans pelos grupos de N. Takeshita e R. Fischer) melhorará significativamente nossa compreensão da localização/dinâmica/reorganização de complexos de proteínas (Perez-de-Nanclares-Arregi e Etxebeste 2014; Etxebeste e Takeshita2015; Ishitsuka e outros.2015). Embora os procedimentos de mutagênese dirigida ao local emA. nidulans são altamente eficientes e facilmente reprodutíveis, a adaptação da tecnologia CRISPR/Cas9 é essencial, https://www.ncbi.nlm.nih.gov https://www.ncbi.nlm.nih.gov Microbiologia Int (2020) 23:5–22 17 como já foi feito para outrosAspergillus (Fuller e outros. 2015; Nødvig et al.2015; Zhang e outros.2016; Al Abdallah e outros. 2018). Da mesma forma, o estudo de complexos proteicos e a elucidação de sua estrutura também requerem procedimentos proteômicos aprimorados, como o desenvolvido para o isolamento de NPCs deS. cerevisiaee a determinação do tipo/ quantidade de cada NUP ou da morfologia de todo o poro (Kim et al.2018). A. nidulanstem sido usado como modelo para o estudo de não- genes/proteínas essenciais que de fato são essenciais em plantas e animais. Isso ocorre, por exemplo, com a caracterização dos constituintes do sinalossomo COP9 emA. nidulans,realizado pelo grupo de GH Braus et al. (2010). Considerando as vantagens de usar um sistema haploide ótimo para manipulação genética comoA. nidulans,esta tendência deverá ser reforçada no futuro. Neste contexto, a caracterização de A. nidulansNudF, necessário para o início do transporte de cargas induzido por dineína, contribuiu para a compreensão do papel de seu ortólogo humano Lis1 em doenças neurológicas (Morris et al. 1998; Egan e outros.2012). Da mesma forma, existem vários paralelos nos mecanismos que permitem a comunicação de locais de polaridade e núcleos em neurônios eA. nidulanshifas (Etxebeste e Espeso2016), levantando a possibilidade de usar este último como modelo para transporte retrógrado de cargas de longa distância para neurônios. Análises massivas deA. nidulanso desenvolvimento se beneficiaria enormemente do acoplamento da microdissecção de células individuais ao RNAseq ou espectrometria de massa, como foi feito anteriormente no AgaricomicetoSordaria macrospora (Teichert e outros. 2012). Isso permitiria uma análise mais precisa dos genes regulados para cima ou para baixo em cada estágio do desenvolvimento de conidióforos ou cleistotécios (mesmo células de Hülle), e o estudo subsequente de seu papel. Um desenho experimental equivalente aplicado a diferentes seções de hifas, como por exemplo crescimento versus regiões distais ou núcleos mais apicais (mais próximos da ponta) versus núcleos distais, renderia informações valiosas sobre como a assimetria das hifas (polarização) é moldada ou se todos os núcleos dentro de uma hifa são transcricionalmente/proteicamente não equivalentes. Conforme mencionado anteriormente nesta revisão, os ciclos de desenvolvimento sexual e assexuado deA. nidulanssão provavelmente o sistema mais amplamente estendido para o estudo do mecanismo genético/molecular que controla a produção de esporos fúngicos. Consequentemente, a maioria dos reguladores e vias que controlam a iniciação ou progressão do desenvolvimento que até agora foram identificados e caracterizados pertencem a A. nidulans.Estudos de filoestratigrafia desses reguladores, ou seja, a identificação das classes filogeneticamente mais antigas nas quais ortólogos de uma proteína de consulta específica poderiam ser detectados (Krizsan et al.2018), sugeriram que eles surgiram gradualmente na evolução (Etxebeste et al., em revisão). Assim, A. nidulansé um modelo adequado para estudar como as relações democracia/hierarquia dentro das redes transcricionais o controle do desenvolvimento foi moldado em cada espécie de fungo, bem como a importância da reconfiguração da rede na determinação da vasta gama de tipos de estruturas multicelulares formadas pelos fungos. AgradecimentosO trabalho no laboratório UPV/EHU foi financiado pela Universidade do País Basco (bolsa EHUA15/08). O trabalho no CIB-CSIC foi financiado pelo MINECO/FEDER/EU (bolsa BFU2015- 66806-R). Conformidade com os padrões éticos Conflito de interessesOs autores declaram não haver conflito de interesses. Nota do editorA Springer Nature permanece neutra em relação a reivindicações jurisdicionais em mapas publicados e afiliações institucionais. Referências Abensa JF, Pantazopoulou A, Rodríguez JM, Galindo A, Peñalva MA (2009) Movimento de longa distância deAspergillus nidulansendossomos iniciais em trilhas de microtúbulos. Tráfego 10:57–75.https://doi.org/10.1111/j.1600-0854.2008.00848.x Adams TH, Boylan MT, Timberlake WE (1988)brlAé necessário e suficiente para direcionar o desenvolvimento do conidióforo em Aspergillus nidulans.Célula 54:353–362.https://doi.org/ 10.1016/0092-8674(88) 90198-5 Adams TH, Wieser JK, Yu JH (1998) Esporulação assexuada emAspergillus nidulanos.Microbiol Mol Biol Rev 62:35–54 Al Abdallah Q, Souza ACO, Martin-Vicente A et al (2018) Integral- sequenciamento do genoma revela direcionamento de genes altamente específicos porem vitro complexos de Cas9-ribonucleoproteína montados em Aspergillus fumigatus.Biotecnologia fúngica 5:11.https://doi.org/10.1186/ s40694-018-0057-2 Alkhayyat F, Ni M, Kim SC, Yu JH (2015) A proteína do domínio WOPR OsaA orquestra o desenvolvimento emAspergillus nidulans.PLoS One 10:e0137554 Alshannaq A, Yu JH (2017) Ocorrência, toxicidade e análise dos principais micotoxinas em alimentos. Int J Environ Res Public Health 14:632.https:// doi.org/10.3390/ijerph14060632 Andrianopoulos A, Timberlake WE (1994) OAspergillus nidulans abaAgene codifica um ativador transcricional que atua como um interruptor genético para controlar o desenvolvimento. Mol Cell Biol 14:2503–2515. https://doi.org/10.1128/MCB.14.4.2503 Araujo-Bazán L, Peñalva MA, Espeso EA (2008) Localização preferencial- A ligação da maquinaria de internalização endocítica às pontas das hifas fundamenta a polarização do citoesqueleto de actina emAspergillus nidulans. Revista Brasileira de Microbiologia 67:891–905.Português https://doi.org/10.1111/ j.1365-2958.2007.06102.x Arst HN, Peñalva MA (2003a) Regulação de pH emAspergilluse paralelos com sistemas regulatórios eucarióticos superiores. Trends Genet 19:224– 231.https://doi.org/10.1016/S0168-9525(03)00052-0 Arst HN, Peñalva MA (2003b) Reconhecendo a regulação genética pelo ambiente pH. Genética fúngica Biol 40:1–3.https://doi.org/10.1016/ S1087-1845(03)00077-X Bartnicki-Garcia S, Hergert F, Gierz G (1989) Simulação computacional de morfogênese fúngica e a base matemática para o crescimento de hifas (pontas). Protoplasma 153:46–57.https://doi.org/10.1007/ BF01322464 Bat-Ochir C, Kwak JY, Koh SK, Jeon MH, Chung D, Lee YW, Chae SK (2016) A peptidase peptídica sinalizadora SppA está envolvida na clivagem da proteína de ligação ao elemento regulador do esterol e na adaptação à hipóxia https://doi.org/10.1111/j.1600-0854.2008.00848.x https://doi.org/10.1111/j.1600-0854.2008.00848.x https://doi.org/10.1016/0092-8674(88)90198-5 https://doi.org/10.1016/0092-8674(88)90198-5 https://doi.org/10.1186/s40694-018-0057-2 https://doi.org/10.1186/s40694-018-0057-2 https://doi.org/10.3390/ijerph14060632 https://doi.org/10.3390/ijerph14060632 https://doi.org/10.1128/MCB.14.4.2503 https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.06102.x https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.06102.x https://doi.org/10.1016/S0168-9525(03)00052-0 https://doi.org/10.1016/S1087-1845(03)00077-X https://doi.org/10.1016/S1087-1845(03)00077-X https://doi.org/10.1007/BF01322464 https://doi.org/10.1007/BF01322464 18 Microbiologia Int (2020) 23:5–22 emAspergillus nidulans.Revista Brasileira de Microbiologia 100:635–655.https:// doi.org/10.1111/mmi.13341 Bayram Ö, Braus GH (2012) Coordenação do metabolismo secundário e desenvolvimento em fungos: a família de veludo de proteínas reguladoras. FEMS Microbiol Rev 36:1–24 Bayram Ö, Krappmann S, Ni M et al (2008) Complexo VelB/VeA/LaeA coordena o sinal de luz com o desenvolvimento fúngico e o metabolismo secundário. Science 320(80):1504 LP–1501506 Brakhage AA, Thön M, Spröte P, Scharf DH, al-Abdallah Q, Wolke SM, Hortschansky P (2009) Aspectos sobre a evolução de clusters de genes de biossíntese de β-lactâmicos fúngicos e recrutamento de fatores trans- atuantes. Fitoquímica 70:1801–1811.https://doi.org/10.1016/ j.phytochem.2009.09.011 Braus GH, Irniger S, Bayram Ö (2010) Desenvolvimento fúngico e a Sinalossoma COP9. Curr Opin Microbiol 13:672–676.https://doi.org/ 10.1016/j.mib.2010.09.011 Brown DW, Yu JH, Kelkar HS, Fernandes M, Nesbitt TC, Keller NP, Adams TH, Leonard TJ (1996) Vinte e cinco transcrições co-reguladas definem um cluster de genes de esterigmatocistina emAspergillus nidulans.Proc Natl Acad Sci 93:1418–1422.https://doi.org/10.1073/ pnas.93.4. 1418 Bruggeman J, Debets AJM, Wijngaarden PJ et al (2003) Sexo desacelera o acúmulo de mutações deletérias no fungo homotálico Aspergillus nidulans.Genética 164:479 LP–479485 Caddick MX, Arst HN (1986) Genes estruturais para fosfatases em Aspergillus nidulans.Português Genet Res 47:83–91.https://doi.org/10.1017/ S0016672300022904 Caddick MX, Brownlee AG, Arst HN (1986a) Regulação da expressão gênica pressão pelo pH do meio de crescimento emAspergillus nidulans.Mol Gen Genet 203:346–353 Caddick MX, Brownlee AG, Arst HN (1986b) Regulação da fosfatase em Aspergillus nidulans:respostas à fome nutricional. Genet Res 47:93–102.https://doi.org/10.1017/S0016672300022916 Cánovas D, Marcos AT, Gacek A, Ramos MS, Gutiérrez G, Reyes- Domínguez Y, Strauss J (2014) A histona acetiltransferase GcnE (GCN5) desempenha um papel central na regulação daAspergillus desenvolvimento assexuado. Genética 197:1175–1189.https://doi.org/ 10.1534/genetics.114.165688 Champe SP, El-Zayat AA (1989) Isolamento de um hormônio de esporulação sexual dinheiro deAspergillus nidulans.J Bacteriol 171:3982 LP–3983988 Champe SP, Rao P, Chang A (1987) Um indutor endógeno de sexualidade desenvolvimento emAspergillus nidulans.Microbiologia 133:1383– 1387.https://doi.org/10.1099/00221287-133-5-1383 Chemudupati M, Osmani AH, Osmani SA, Solomon MJ (2016) Um mi- a amarra do envelope nuclear tótico para Gle1 também afeta a arquitetura nuclear e nucleolar. Mol Biol Cell 27:3757–3770.Português https://doi.org/ 10.1091/mbc.e16-07-0544 Chiang YM, Chang SL, Oakley BR, Wang CCC (2011) Anúncios recentes avanços no despertar de clusters de genes biossintéticos silenciosos e na ligação de clusters órfãos a produtos naturais em microrganismos. Curr Opin Chem Biol 15:137–143.https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2010.10.011 Chiang YM, Oakley CE, Ahuja M, Entwistle R, Schultz A, Chang SL, Sung CT, Wang CCC, Oakley BR (2013) Um sistema eficiente para expressão heteróloga de genes de metabólitos secundários em Aspergillus nidulans.Revista Brasileira de Química 135:7720–7731. https://doi.org/10.1021/ja401945a Chiang YM, Ahuja M, Oakley CE, Entwistle R, Asokan A, Zutz C, Wang CCC, Oakley BR (2015) Desenvolvimento de linhagens de desreplicação genética emAspergillus nidulansresulta na descoberta da Aspercryptin. Angew Chem Int Ed 55:1662–1665. https://doi. org/10.1002/anie.201507097 De Souza CPC, Osmani SA (2007) Mitose, não apenas aberta ou fechada. Célula Eucariota 6:1521 LP–1521527 De Souza CP, Osmani SA (2009) Dupla função para proteínas nucleares – a preço de formas mais abertas de mitose. Trends Genet 25:545–554. https://doi.org/10.1016/j.tig.2009.10.005 de Vries RP, Riley R, Wiebenga A, Aguilar-Osorio G, Amillis S, Uchima CA, Anderluh G, Asadollahi M, Askin M, Barry K, Battaglia E, Bayram Ö, Benocci T, Braus-Stromeyer SA, Caldana C, Cánovas D, Cerqueira GC, Chen F, Chen W, Choi C, Clum A, dos Santos RAC, Damásio ARL, Diallinas G, Emri T, Fekete E, Flipphi M, Freyberg S, Gallo A, Gournas C, Habgood R, Hainaut M, Harispe ML, Henrissat B, Hildén KS, Hope R, Hossain A, Karabika E, Karaffa L, Karányi Z, Kravocêevec N, Kuo A, Kusch H, LaButti K, Lagendijk EL, Lapidus A, Levasseur A, Lindquist E, Lipzen A, Logrieco AF, MacCabe A, Mäkelä MR, Malavazi I, Melin P, Meyer V, Mielnichuk N, Miskei M, Molnár ÁP, Mulé G, Ngan CY, Orejas M, Orosz E, Ouedraogo JP, Overkamp KM, Park HS, Perrone G, Piumi F, Punt PJ, Ram AFJ, Ramón A, Rauscher S, Record E, Riaño-Pachón DM, Robert V, Röhrig J, Ruller R, Salamov A, Salih NS, Samson RA, Sándor E, Sanguinetti M, Schütze T, SepéeuCK, Shelest E, Sherlock G, Sophianopoulou V, Squina FM, Sun H, Susca A, Todd RB, Tsang A, Unkles SE, van deWiele N, van Rossen-Uffink D, Oliveira JVC, Vesth TC, Visser J, Yu JH, Zhou