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Universidade Federal do Rio de Janeiro Instituto de Química Departamento de Bioquímica Bioquímica/LQ-LN – Lista 1 de Exercícios – 1. Represente o equilíbrio das diversas formas neutra/iônicas de um aminoácido em função do pH do meio. 2. Defina pKa. 3. Defina pI. 4. Construa a curva de titulação (pH VS mole de OH- por mol de aminoácido) dos aminoácidos: Asp, His, Tyr e Arg. Calcule o pI destes aminoácidos. 5. Considere uma proteína em um meio cujo pH=6,0. Esta proteína possui em sua sequência um resíduo Glu. Qual a carga deste aminoácido nesta proteína? Por que? 6. Existe algum aminoácido que possa ser utilizado para a formulação de uma solução tampão pH=8,0? Qual? Por que? 7. Considere os seguintes peptídeos: FESM e VWCL. Estes peptídeos tem cargas diferentes em pH 1,0? E em pH 7,0? Indique as cargas nos dois valores de pH. 8. Identifique os tipos de aminoácidos no peptídeo VMSIFRCYLH. 9. Por que uma ligação peptídica tem o caráter de uma ligação dupla? Em que isto implica? 10. As cadeias laterais dos aminoácidos podem ocupar qualquer lugar no espaço? Por que? 11. Desenhe os planos formados por duas ligações peptídicas e os ângulos no carbono alfa. Com o desenho explique o gráfico de Ramachandran. 12. Quais as diferentes estruturas secundárias e quais as forças que as estabilizam? 13. Por que é dito que uma alfa hélice contém um momento de dipolo? 14. É possível prever as estruturas secundárias de uma proteína de posse apenas de sua sequência de aminoácidos? Por que? 15. Defina domínio. 16. Defina motivo. 17. Quais as forças que estabilizam a estrutura terciária das proteínas? 18. O que é uma chaperona? 19. Em que consiste a desnaturação de uma proteína? Na desnaturação todos os níveis estruturais são desfeitos? 20. Comente a desnaturação provocada por calor e busque explicar como os microrganismos hipertermofílicos mantêm a estrutura de suas proteínas.