Prévia do material em texto
LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG ➢ Propriedades catalíticas: são fortemente capazes de simular as condições ambientais favoráveis à ocorrência de determinada reação química. ➢ Participam da reação sem alteração no final ➢ Não alteram o equilíbrio de reação ➢ Reduzam a energia de ativação ➢ Alteram a velocidade da reação ➢ A atividade depende da estrutura proteína ➢ Alguns RNA podem atuar como enzimas, geralmente catalisado a quebra e a síntese de ligações fosfodiéstier ➢ As enzimas conseguem fazer as reações em condições menos exigentes do que alguns catalisadores químicos As enzimas precisam ✓ Ser maior que seu substrato ✓ Ser capaz de se mover no meio ✓ Ter resistência no meio onde atua Nomenclatura Cada enzima recebe dois nomes. O primeiro é o nome curto e recomendado, conveniente para uso corriqueiro. O segundo é o nome mais completo e sistemático, utilizado quando a enzima precisa ser identificada sem ambiguidades. Sufixo -ase O que afeta a eficiência da enzima? ➢ A ligação química ➢ Ph ➢ Temperatura ➢ Presença de inibidores Categorias enzimáticas ➢ Oxidorredutases: tranferência de elétrons ➢ Transferases: reações de transferência de grupos ➢ Hidrolases: reações de hidrólise (transferência de grupos funcionais para a água). ➢ Liases: Clivagem de C¬C, C¬O, C¬N ou outras ligações por eliminação, rompimento de ligações duplas ou anéis, ou adição de grupos a ligações duplas. ➢ Isomerases: transferência de grupos dentro de uma mesma molécula produzindo formas isoméricas. ➢ Ligases: Formação de ligações C¬C, C¬S, C¬O e C¬N por reações de condensação acopladas à hidrólise de ATP ou cofatores similares. Sítios ativos Esses sítios contêm cadeias laterais de aminoácidos que participam da ligação com o substrato e da catálise. Os substratos se ligam à enzima formando um complexo enzima-substrato (ES), através de interações. Alteração conformacional → catálise ES → enzima – produto (EP) Contém grupos catalíticos que favorecem a formação do estado de transição Eficiência catalítica: as reações ocorrem muito mais rápido Especificidade: As enzimas são altamente específicas Holoenzimas: enzima com o seu componente não proteico • Algumas enzimas precisam de outras moléculas além da proteína para ter sua atividade enzimática Apoenzimas: sem o componente proteico e é inativa • Se o componente for um íon, ele é chamado de cofator • Se for uma molécula orgânica é chamada de coenzima Cossubstratos – transitoriamente associada Grupos prostético – permanente Regulação: enzimas podem ser ativadas ou inibidas, de acordo com a necessidade • Muitas enzimas estão localizadas em organelas específicas dentro da célula. Essa compartimentalização serve para isolar o substrato ou o produto da reação de outras reações competitivas. Isso garante um meio favorável para a reação e organiza as milhares de enzimas presentes na célula em vias definidas. Propriedades das enzimas LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG As enzimas proporcionam um ambiente específico adequado para que uma dada reação possa ocorrer adequadamente. As reações ocorrem em um bolsão de enzimas → sítio ativo. 1. As enzimas fornecem uma rota alternativa mais energeticamente favorável 2. Como o sítio ativo facilita quimicamente a catálise • Alterações de energia que ocorrem durante a reação Barreira de energia = energia livre de ativação • Na ausência de uma enzima, somente uma pequena proporção da população de moléculas possui energia suficiente para atingir o estado de transição entre reatante e produto. • O estado de transição é um momento molecular transitório em que eventos como a quebra de ligação, a formação de ligação ou o desenvolvimento de carga ocorrem com a mesma probabilidade de seguirem tanto para formar novamente o substrato como para formar o produto. Etapa limitante da reação → aquela que possui maior energia de ativação A enzima não altera o equilíbrio (CADU → a reatividade do substrato depende apenas da natureza dele. A enzima não interfere nisso) O equilíbrio entre S e P reflete a diferença entre as energias livres dos seus estados fundamentais. No exemplo mostrado na Figura , a energia livre do estado fundamental de P é menor do que a de S, e então G° para a reação é negativa (reação exergônica) e o equilíbrio favorece mais P que S. A posição e a direção do equilíbrio não são afetadas pelos catalisadores. • O equilíbrio é determinado pela energia livre. Um grande valor negativo de Delta G° reflete um equilíbrio de reação favorável, mas, como foi observado, isso não significa que a reação ocorrerá com velocidade alta. • A enzima não altera a energia livre dos reatantes ou dos produtos, assim, ela não altera o equilíbrio da reação. Ele só acelera a velocidade na qual o equilíbrio é atingido. • A velocidade da reação é influenciada pela concentração do reagente e por uma constate de velocidade. Quanto menor a energia de ativação mais rápida é a velocidade Como é que esse enorme e altamente seletivo aumento de velocidade pode ser explicado? Qual é a fonte de energia para essa grande diminuição nas energias de ativação de reações específicas? ➢ Rearranjo de ligações covalentes durante a reação catalisada pela enzima. (CADU → ocorre interferência na disposição da nuvem eletrônica e consegue realizar choques efetivos mais rapidamente, promovendo o contato físico do substrato com o sítio (fragilização e desestabilização do substrato, podendo se romper e gerar produto) Muitas reações ocorrem entre os substratos e grupos da enzima. Ligações transitórias podem ser formadas para ativar o substrato ou grupos podem ser transferidos para a enzima. Essas interações diminuem a energia de ativação ➢ Interações não covalentes entre ES Como funcionam? LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG Muito da energia necessária provém de interações fracas não covalentes entre enzima e substrato. A interação ES é estabilizada por ligações de hidrogênios e iônicas A energia proveniente da interação enzima-substrato é chamada de energia de ligação → sendo a principal fonte de energia utilizada pelas enzimas 1- Muito do poder catalítico das enzimas provém basicamente da energia livre liberada na formação de muitas ligações fracas e interações entre a enzima e seu substrato. Essa energia de ligação contribui tanto para a especificidade como também para a catálise. 2- Interações fracas são otimizadas no estado de transição da reação. Os sítios ativos das enzimas são complementares aos estados de transição do substrato. Como é que as enzimas utilizam a energia de ligação para diminuírem a energia de ativação de uma reação? Uma enzima totalmente complementar ao seu substrato seria pobre ➢ Questionamento do modelo chave-fechadura Uma enzima não pode estabilizar seu substrato, pois é preciso que aja um estado de transição, que não será, necessariamente, igual ao estado inicial do substrato. • Portanto, a enzima deve ser complementar ao estado de transição Assim, as interações longe do ponto de quebra do bastão fornecem energia necessária para a catálise da quebra. Esse pagamento de energia gera uma diminuição da energia de ativação. • A necessidade de múltiplas interações fracas para impedir a catálise ajuda a explicar por que as enzimas são tão grandes. • A formação de uma ligação adequada é atingida mais facilmente pelo posicionamento do substrato em uma cavidade onde a água é removida. É possível demonstrar quantitativamente que a energia de ligação é responsável pela enorme aceleração na velocidade proporcionada pelas enzimas? A resposta é sim ➢ A energia de ligação contribui para a especificidadedas enzimas ➢ Se o substrato não tiver os grupos que interagem com o sítio, formando ligações fracas, será um substrato pobre. ➢ A energia de ligação é importante para a catálise ➢ Uma enzima pode ter vários mecanismos ➢ Redução da entropia – a energia de ligação mantém o substrato na orientação adequada para reagir • A formação do ES é fundamental pela catálise Em baixa [S], a maior parte da enzima está na forma não combinada E. Assim, a velocidade é proporcional à [S] porque o equilíbrio da Equação 1 é deslocado na direção da formação de mais ES à medida que [S] aumenta. • A Vmáx é atingida quando quase toda enzima está na forma de ES. • Estado pré-estacionário → concentração de ES aumenta • Estado estacionário → ES constante E quantitativamente? A etapa limitante da velocidade em uma reação enzimática é a quebra do complexo ES em produto e enzima livre • Essa equação descreve como a velocidade da reação varia com a concentração do substrato. V0 é determinada pela quebra de ES formando o produto, que é determinado por [ES]: A porcentagem de substrato total ligado à enzima em qualquer momento é pequena. Km = [S] quando V0 = ½ Vmáx Conclusões: Características do Km: Algumas vezes o termo Km é usado (em geral, inapropriadamente) como indicador da afinidade da enzima pelo seu substrato. O significado verdadeiro do Km depende de aspectos específicos do mecanismo da reação, como o número e as velocidades relativas das várias etapa. Km = [S] quando V0 = ½ Vmáx Equação de Michaelis-Menten LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG Relação entre velocidade e concentração da enzima: é diretamente proporcional à concentração da enzima em qualquer concentração de substrato. Ordem de reação: Quando a [S] é muito menor que o Km, a velocidade da reação é aproximadamente proporcional à concentração do substrato. A velocidade da reação é, então, dita de primeira ordem com relação ao substrato. Quando a [S] é muito maior do que o Km a velocidade é constante e igual à V máx· A velocidade da reação, nesse caso, é independente da concentração de substrato e é dita de ordem zero em relação à concentração de substrato Gráfico de Lineweaver-Burk Concentração do substrato 1- Velocidade máxima: A velocidade é o número de moléculas de substrato convertidas em produto por unidade de tempo. Em concentrações relativamente baixas de substrato, V0 aumenta quase linearmente com o aumento de [S]. Em altas concentrações de substrato, V0 aumenta em pequenas quantidades em resposta ao aumento da [S]. Enfim, é atingido um ponto além do qual o aumento de [S] leva a um aumento insignificantemente pequeno em V0. Essa região de V0 tipo platô está próxima Irreversível à velocidade máxima, Vmáx. 2- Formato hiperbólico da curva cinética enzimática. A curva de velocidade de reação inicial em função da concentração do substrato possui forma hiperbólica, exceto as enzimas alostéricas. Temperatura 1- Aumento da velocidade: isso ocorre pois existe um aumento do número de moléculas com energia suficiente para atravessar a energia de ativação. 2- Diminuição da velocidade: em temperaturas muito altas por ocorrer a desnaturação das enzimas. Ph 1- Ionização do sítio ativo: alguns processos catalíticos geralmente requerem que a enzima e o substrato tenham interações iônicas determinadas, na qual alguns grupos devem estar ionizado ou não. Em Ph alto ou baixo esses grupos podem ser protonados ou desprotonados, sem atender a necessidade das enzimas. 2- Desnaturação da enzima: a estrutura da molécula proteica ativa depende do caráter iônico das cadeias laterais dos aminoácidos. 3- Cada enzima tem seu ph ótimo de atividade Inibidor: qualquer substância que possa diminuir a velocidade das reações catalisadas por enzimas. Inibidores irreversíveis: ligam-se por meio de ligações covalentes Inibidores reversíveis: ligam-se por meio de ligações não covalentes, de modo que a diluição do complexo enzima-inibidor resulta na dissociação do inibidor reversivelmente ligado e na recuperação enzimática. Reversível ➢ Competitiva ➢ Acompetitiva ➢ Mista: Tem sítios de ligações diferentes, o próprio produto pode inibir o funcionamento da enzima. ➢ Não competitiva Fatores que afetam a atividade de uma enzima Inibição enzimática LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG Inibição competitiva: ocorre quando o inibidor se liga reversivelmente ao mesmo sítio que o substrato normalmente ocuparia e, dessa forma, compete com o substrato por esse sítio. • Efeitos sobre a Vmáx: o efeito do inibidor é revertido pelo aumento da concentração do S. Em concentrações de substrato suficientemente altas, a velocidade da reação atinge a V máx observada na ausência do inibidor. • Efeito sobre o Km: aumenta o Km aparente. Ou seja, mais substrato é preciso para atingir a ½ Vmáx. • Efeito sobre o gráfico de Lineweaver-Burk: As curvas da reação inibida e não inibida interceptam o eixo y no mesmo ponto ( Vmáx não é alterada ). Já o eixo X é interceptado em pontos diferentes, o que indica uma alteração no Km. Inibição não competitiva: acontece quando o inibidor e o substrato se ligam a sítios diferentes na enzima. Esse inibidor pode se ligar à enzima livre ou ao complexo ES, impedindo a reação de ocorrer. • Efeito sobre a Vmáx: essa inibição não pode ser superada pelo aumento da concentração do S, ocorre a diminuição da Vmáx. • Efeito sobre o Km: eles não interferem na ligação do substrato com a enzima, por isso o Km não muda. • Efeito sobre o gráfico de Lineweaver-Burk: A Vmáx aparente diminui na presença de um inibidor, enquanto o Km não (corta o eixo x no mesmo ponto) Inibição incompetitiva: Nela, o sítio regulatório do inibidor está mais distante, e o inibidor só se liga à enzima se ela estiver ligada ao substrato. O que atrai o inibidor, portanto, é a própria ligação da enzima ao substrato. Portanto, é ainda mais eficiente. Na inibição não-competitiva, o inibidor pode se ligar antes disso, e pode acabar não se ligando tempo necessário para a enzima captar o substrato. • Só leva em conta o sítio catalítico individual, não dependendo da concentração do substrato, pois só cabe um por vez dentro do sítio. • Se refere a quanto tempo a enzima leva para catalisar a reação e se tornar apta para catalisar outra. Velocidade da reação catalítica LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG Depende de: ✓ Temperatura: Quanto maior a temperatura, maior a energia cinética do sistema, mais favorável fica para os encontros efetivos. ✓ Ph ✓ Existem outros fatores do meio que também interferem Não confundir com velocidade da reação enzimática: que é a taxa de formação do produto. Depende de temperatura, sais, pH e concentração do substrato. • Muitas vezes o produto de uma enzima é o substrato de outra. Dessa forma, pode ficar difícil medir o produto da primeira enzima, pois ele está sendo imediatamente consumido. Em um estudo de quantidade de produto produzido, isso pode gerar distorções. • Tem-se que o sítio catalítico de uma enzima age especificamente sobre a nuvem eletrônica única de seu substrato. Assim, a enzima é capaz de reconhecer ligações específicas. Os bioquímicos são capazes de simular essas nuvens eletrônicas em substratos análogos, normalmente adicionando agentes corantes no substrato que não interverem no sítio catalítico • Ao utilizar um substrato análogo, a ação da enzima vai gerar um produto que pode ser melhor observado, sem a interferência do meio ou de outras enzimas. • Existem substratos análogos que agem como inibidores irreversíveis • As velocidades da maioria das reaçõesenzimáticas respondem às mudanças na concentração dos substratos, pois o nível intracelular de muitos substratos se encontra na faixa do Km. • Algumas enzimas com funções reguladoras especializadas respondem a efetores alostéricos ou a modificações covalentes, ou ainda, apresentam sua velocidade de síntese (ou degradação) alterada quando as condições fisiológicas mudam. Regulação das enzimas alostéricas • Tem o domínio catalítico e regulador • São reguladas por efetores, que se ligam de forma não covalente a outro sítio (sítio regulatório) que não o sítio ativo. Efetores negativos: inibem a atividade enzimática Positivos: aumentam a afinidade • Efetores homotrópicos: quando o substrato atua como efetor. A presença de um substrato em um sítio aumenta a afinidade dos outros sítios da enzima (curva sigmoide) • Efetores heterotrópicos: quando o efetor é diferente do substrato Regulação por modificação covalente Adição ou pela remoção de grupos fosfato de resíduos específicos de serina, treonina ou tirosina na enzima. Fosforilação → principal forma 1- Fosforilação e desfosforilação: as reações de fosforilação são catalisadas pelas proteínas- cinases, que utilizam trifosfato de adenosina como doador de fosfato. 2- Resposta da enzima à fosforilação: a forma fosforilada pode ser mais ou menos ativa Indução e repressão da síntese de enzimas As enzimas sujeitas a essa regulação, com frequência, são aquelas necessárias em apenas um estágio do desenvolvimento ou em condições fisiológicas específicas. As enzimas plasmáticas podem ser classificadas em dois grupos: 1- Secretadas de modo ativo no sangue Fígado → zimogênios (percursores inativos) de enzimas envolvidas na coagulação sanguínea. 2- Liberadas das células durante a renovação celular normal: Quase sempre atuam intracelularmente Normalmente as enzimas estão em um estado estacionário, no qual a velocidade de liberação delas no plasma pelas células danificadas é equilibrada pela remoção delas no plasma. O aumento na atividade dessas enzimas no plasma pode indicar lesão. • Alteração dos níveis plasmáticos de enzimas em estados patológicos Doenças que causam lesão tecidual Determinação do grau de aumento da atividade de uma enzima no plasma → ajuda a entender a extensão da lesão Regulação da atividade enzimática Substratos análogos Enzimas no diagnóstico clínico LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG • Enzimas plasmáticas como ferramentas diagnósticas Algumas enzimas apresentam alta atividade em um tecido e o aumento delas no plasma sugere lesão no tecido correspondente. • Isoenzimas e doenças cardíacas Isoenzimas são enzimas que catalisam a mesma reação. Elas podem conter diferentes números de aminoácidos com carga e podem ser separadas por eletroforese. Creatina-cinase → infarto do miocárdio LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG Na presença de um inibidor competitivo, a enzima parece ter menor afinidade pelo substrato, mas quando a concentração do substrato aumenta, a velocidade observada se aproxima da Vmáx. Coenzimas cossubstratos são pequenas moléculas que se associam transitoriamente com a enzima. Grupo prostético: se associam permanentemente Efetores heterotrópicos: não são substratos, são reguladores Cofator: são íons metálicos LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG