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Exercícios de compreensão - Aula 7 Iniciado: 25 out em 22:28 Instruções do teste Pergunta 1 0,15 pts Pergunta 2 0,15 pts Perguntas relativas às tecnologias de sequenciamento NGS do tipo long-reads. A plataforma PacBio utiliza a estratégia de Sequenciamento por ligação (SBB) trabalha com duas estratégias de sequenciamento, que podem gerar reads longas (10 a 20kbp) ou muito longas (>>25kbp). A estratégia que possibilita a obtenção de bases com qualidade superior a PHRED 40 no sequenciamento de reads longas é: Não é possível gerar reads de tão alta qualidade neste tipo de sequênciamento. A utilização de bibliotecas circularizadas, onde cada uma das fitas sequenciadas é lida dezenas de vezes possibilitando a determinação de consenso. A utilização de bibliotecas circularizadas, onde cada uma das fitas é lida uma vez. A utilização de biblioteacas lineares, onde cada molécula é lida apenas umas vez, utilizando fluorescência ultra- sensível. Entre o DNA fita dupla, acessível às proteínas de transcrição gênica e replicação, representa o estado menos condensado do genoma. Entre esta conformação e um cromossomo completamente condensado, presente nas células em metafáse, existem vários níveis de organização. Sobre estes níveis, podemos afirmar que: O cromossomo é um enovelado de DNA enrolado sobre si mesmo. Só existem histonas no cromossomo condensado. A histona é uma proteína monomérica em formato de carretel. O primeiro nível de condensação após a fita dupla é quando o DNA se enrola em histonas formando nucleossomos. 25/10/2025, 22:43 Teste: Exercícios de compreensão - Aula 7 https://pucminas.instructure.com/courses/251041/quizzes/577755/take 1/5 Pergunta 3 0,15 pts Pergunta 4 0,15 pts Pergunta 5 0,15 pts A transcriptomica é a investigação dos RNAs produzidos por um tecido/célula em contextos e sob estímulos determinados, e possibilita a determinação de variações da expressão gênica. A transcriptômica pode ser realizada tanto com plataformas de sequenciamento do tipo long reads quanto do tipo short reads. Uma vantagem de utilizar as plataformas do tipo long reads para esta aplicação é: A capacidade de sequenciar transcritos inteiros, possibilitando determinar todos os éxons utilizados. A possibilidade de se sequenciar íntrons. A capacidade de sequênciar regiões não transcritas. A possibilidade de sequenciar um exon por read. A plataforma PacBio utiliza a estratégia de Sequenciamento por ligação (SBB), onde um nucleotídeo marcado pareia temporariamente com a base a ser sequenciada, mas não é incorporado pois a base da posição anterior possui um bloqueador reversível. Uma vez realizada a leitura da fluorescência da base a ser sequenciada, este bloqueador é removido, possibilitando a incorporação de um novo nucleotídeo, sem marcação fluorescente, e também bloqueado, para possibilitar o mesmo tipo de detecção para a base seguinte. Qual estratégia metodológica que possibilita a detecção de uma única base fluorescênte sofrendo pareamento com uma única molécula de DNA? A construção de clusters para a amplificaçação de sinal. A passagem de uma única molécula de DNA fita simples através de um poro. O chip de sequênciamento apresenta poços de análise tão pequenos que a luz só consegue excitar os nucleotídeos associados ao complexo DNA/polimerase, que está preso ao fundo do poço. A utilização de lasers ultra-violeta. A tecnologia de sequênciamento utilizada pelas plataformas de sequenciamento MinIon, da Oxford Nanopore, utiliza um poro molecular que guia a molécula de DNA a ser sequenciada através de uma membrana, desencadeando uma alteração de voltagem correspondente ao conjunto de bases passando pelo poro. Sobre esta tecnologia podemos afirmar que, exceto: O sequenciamento de DNA é do tipo indireto. 25/10/2025, 22:43 Teste: Exercícios de compreensão - Aula 7 https://pucminas.instructure.com/courses/251041/quizzes/577755/take 2/5 Pergunta 6 0,15 pts Pergunta 7 0,15 pts É possível sequenciar moléculas de DNA diretamente retiradas de uma célula, adicionando apenas adaptadores de sequênciamento. É possível sequenciar nesta plataforma moléculas diferentes, como DNA, RNA ou proteínas. Esta tecnologia não utiliza primers. Com a evolução de tecnologias de sequenciamento, os sequenciadores adiquiriram inúmeras capacidades. A portabilidade, que possibilita um pesquisador realizar um sequenciamento sem a necessidade de um laboratório, até mesmo a céu aberto ou em locais remotos, é um grande ganho para algumas aplicações do sequenciamento de DNA. Podemos citar, como exemplo de tecnologias portáteis e não-portáteis, respectivamente: Illumina e Nanopore. PacBio e Illumina. Nanopore & PacBio. Illumina & PacBio. A determinação da sequência de uma molécula de DNA pode ser obtida utilizando diferentes estratégias, como por exemplo: - Sequenciamento por terminação de cadeia (CTS) - Sequenciamento por síntese (SBS) - Sequenciamento por ligação (SBB) - Sequenciamento direto (DS) Sobre estes métodos, podemos afirmar que: Todos os 4 métodos requerem a utilização de primers. O método SBB é utilizado no sequenciamento de Sanger. O método CTS não requer amplificação do DNA. 25/10/2025, 22:43 Teste: Exercícios de compreensão - Aula 7 https://pucminas.instructure.com/courses/251041/quizzes/577755/take 3/5 Pergunta 8 0,15 pts Pergunta 9 0,15 pts Pergunta 10 0,15 pts O método DS não requer a utilização de uma DNA polimerase. Apesar da maior parte da informação genética de um organismo estar armazenada na sequência de bases do DNA, existem outras camadas de informação independentes da sequência, que conjuntamente são denominadas como Informação Epigenética. Esta informação pode ser modificada de maneira reversível, sem alterção na sequência, e pode ser transmitida ao longo de gerações. Os principais tipos de modificações epigenéticas são: Condensação da cromatina. Metilação de adeninas e guaninas. Silenciamento gênico. Metilação de citosinas e acetilação/metilação de histonas. As tecnologias de sequenciamento evoluiram muito desde sua primeira geração comercial. Entre as capacidades adiquiridas pelas tecnologias de sequênciamento de terceira geração, exemplificadas pelos sequenciadores da marca PacBio, se incluem, exceto: Capacidade de detectar bases incorporadas em uma única molécula de DNA, sem necessidade de geração de clusters para amplificação de sinal. Capacidade de sequenciar mais de 20.000 pares de base. Sequenciamento direto do DNA molde. Capacidade de determinar bases modificadas, como citosinas metiladas. Entre os benefícios da utilização de plataformas de sequenciamento do tipo long reads com relação às plataformas de sequenciamento do tipo short reads, se incluem, exceto: Facilitação da montagem de genomas, em que as reads longas podem ser utilizadas como arcabouço para regiões gênicas complexas. Diminuição do custo de sequenciamento. Facilidade de sequenciamento de regiões de baixa complexidade, como repetições em tandem. 25/10/2025, 22:43 Teste: Exercícios de compreensão - Aula 7 https://pucminas.instructure.com/courses/251041/quizzes/577755/take 4/5 Salvo em 22:43 Capacidade de detecção direta ou indireta de modificações epigenéticas. Enviar teste 25/10/2025, 22:43 Teste: Exercícios de compreensão - Aula 7 https://pucminas.instructure.com/courses/251041/quizzes/577755/take 5/5