Aula prática - Eletroforese in silico

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AULA PRÁTICA: ANÁLISE DE RESTRIÇÃO ENZIMÁTICA 
POR ELETROFORESE in silico 
 
 
Introdução 
 
O bacteriófago é um vírus de DNA muito estudado e que ataca bactérias. Seu genoma 
possui aproximadamente 48,5 kpb. O objetivo dessa aula consiste na análise de uma restrição 
enzimática in silico. Para isso, o programa pDraw será empregado para a realização do “corte” 
dessa molécula, utilizando algumas enzimas de restrição como exemplo. Em seguida, será realizada 
uma eletroforese virtual para visualização e análise dos produtos gerados. Esse procedimento é um 
dos mais importantes na Biologia Molecular e proporcionou grande avanço científico nessa área. 
 
Procedimentos 
 
1) Abrir o programa pDRAW. 
 
Etapa 1: Adição da sequência 
 
2) Adicionar a sequência do DNA (NC_001416.1) 
File > New > Enter New Sequence > Colar a sequência ou 
File > Open > Arquivo: DNA_Lambda (all files!) 
 
Etapa 2: Restrição da sequência 
 
3) Selecionar a(s) enzima(s) de restrição para a análise. 
Settings > Enzyme selection 
 
 Na guia Explicitly select: Observar o universo de enzimas disponível e suas 
respectivas possibilidades de corte. Depois, selecionar as enzimas EcoRI, BamHI e 
HindIII. Por fim, clicar em Explicitly selected enzymes only; Apply, Ok. 
 Observe o que aconteceu. 
 
4) Checar os parâmetros. 
View > Restriction analysis 
 
Etapa 3: Análise dos fragmentos por eletroforese 
 
5) Visualizar o padrão de bandas da digestão no gel de eletroforese. 
View > Agarose Gel Electrophoresis 
 
 Alterar a concentração do gel para 0,5% 
 Alterar Min. bp. para 500 
 Alterar DNA MW-marker para Promega 1 kb DNA ladder 
 Clicar na caixa Color dyes 
 Clicar na caixa Show BP 
Como você interpreta a imagem observada? 
 
UNIVERSIDADE FEDERAL RURAL DE PERNAMBUCO 
DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA 
ÁREA DE GENÉTICA 
Exercícios 
 
1) Quantas vezes a sequência GAATTC ocorre no λ DNA? E as sequências AAGCTT e 
GGATCC? 
2) O número de bandas observadas no gel correspondeu ao número esperado após a digestão? 
Se o número de bandas foi diferente, explique o que aconteceu.