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Resumo de Biologia Molecular Aula 1 Dogma central: Bases nitrogenadas: Púricas: A e G (1 hexose e 1 pentose); Piramídicas: C, T e U (1 hexose). Pontes de Hidrogênio: força de atração entre um polo parcialmente negativo (N ou O) e um polo parcialmente positivo (H). G e C = 3 pontes, A e T ou A e U = 2 pontes. Ligações entre base nitrogenada e pentose: o Nitrogênio da base nitrogenada liga-se no C1 da pentose. Ligações entre fosfato e pentose: o Oxigênio da lateral direita do fosfato liga- se no C5 da pentose. Ligações entre pentoses: o C3 da primeira liga-se no C5 da segunda (ligação fosfodiéster). DNA cresce no sentido 5’ – 3’. Quando uma fita é 5’-3’, a outra será 3’-5’. Propriedades da duplicação (ou replicação): o DNA é a única molécula que autoduplica, a replicação ocorre na fase S da intérfase, é semiconservativo (uma fita é a molde, antiga. Somente a fina complementar é nova). Etapas da replicação: separação das bases nitrogenadas, inserção e pareamento da nova fita. Origem de Replicação (ORC): fitas de DNA sofrem reconhecimento químico e se separam em um ponto chamado Ponto de Origem de Replicação (ORC é bidirecional). DNA-polimerases: catalisadoras da síntese de DNA. Características: incapazes de quebrar pontes de Hidrogênio, necessitam de molde e sequência indicadora, adicionam até 1000 nucleotídeos por segundo (endonuclease), o substrato chama-se desoxirribonucleosídeo-5-trifosfatado. Primer: sequência indicadora no ponto de ORC. Fita líder: contínua (5’-3’). Fita tardia: fragmentada (fragmentos de Okazaki, sentido oposto). Tipos de DNA-polimerases: Tipo Função DNA- polimerase I Correção da cadeia de DNA. Adiciona nucleotídeos (endonuclease) no sentido 5’-3’, remove nucleotídeos (exonuclease) em ambos os sentidos. DNA- polimerase II Enzima alternativa de correção, caso haja falhas da polimerase I. DNA- polimerase III Catalisa o crescimento da cadeia de DNA no sentido 5’-3’. É a polimerase primária durante a replicação normal do DNA. Proteínas: Helicase: separa as fitas de DNA quebrando as pondes de hidrogênio utilizando a energia provinda da hidrólise de ATP. SSB: mantém as fitas separadas. Primase: também chamada de RNA-polimerase primase, sintetiza o primer. Topoisomerase: removem as supertorções causadas pelo desenrolamento do DNA depois da forquilha de replicação. Processo resumido: RNAse H degrada os primers de RNA DNA- polimerases I, II e III preenchem as lacunas deixadas pelos primers com segmentos de DNA Ligases unem os fragmentos de DNA. Aula 2 Grampos deslizantes: aumentam a ação da DNA-polimerase. Carreadores dos grampos: transportam os grampos até a DNA-polimerase. Complexo holoenzima III: permite a síntese da dupla-fita de DNA (conjunto de ação de todas as enzimas na síntese de DNA). Término da replicação (Terc): 180° de Oric nos procariotos (pois possuem DNA circular, então de um “lado” há o ponto de Oric, e do “lado” oposto, o ponto de Terc). Nos eucariotos, a telomerase faz transcriptase reserva (síntese de sequências que se repetem nos telômeros, aumentando-os). DNA Procariotos Eucariotos Localização Citoplasma Núcleo, mitocôndrias e cloroplastos Origem Uma molécula de DNA Vários cromossomos Forma Circular Linear Histonas Ausentes Presentes Transcrição Simples, direta Complexa (migração e maturação do RNA) Características dos procariotos: Códon alternativo: mesma receita para 2 ou mais proteínas (altera-se o tamanho e a função). Operon: genes codificantes com funções agrupadas (agrupamento de genes com funções diferentes para um mesmo substrato). Colinearidade: o tipo de gene determina a sequência de aminoácido das proteínas. Poucas sequências repetitivas, sequências codificadas em ambas as fitas, enzimas de restrição, ausência de complemento diploide e apenas 1 Oric. CASPR CaS9: proteína que destrói segmentos de DNA específicos de um determinado patógeno por meio do RNA-guia, grado a partir do próprio segmento de DNA do patógeno. Genome humano: linear, 46 cromossomos, telômeros, 2% de regiões gênicas. Exons: sequências que quando combinadas entre si, formam diferentes proteínas. Introns: alternam os exons. Aula 3 Transcrição: RNA-polimerases. Bactérias: na maioria dos casos, uma espécie de RNA-polimerase transcreve todos os tipos de RNA. RNA-polimerase α: liga-se à sequência reguladora. RNA-polimerase β: iniciação e alongamento, promovendo as ligações de fosfodiéster (entre nucleotídeos). RNA-polimerase β’: liga-se ao molde de DNA. Σ (sigma): reconhece o promotor e abre a cadeia de DNA. RNA-polimerases não fazem correção. Catalisam a síntese de RNA, une nucleotídeos com fosfodiester no nucleoplasma para formar RNA, não requerem primer. DNA codificante: 5’ 3’ AACGTGGCATCGGATCCGAT DNA molde: 3’ 5’ TTGCACCGTAGCCTAGGCTA RNA: 5’ 3’ AACGUGGCAUCGGAUCCGAU Iniciação: regiões que indicam o início da transcrição em procariotos são chamadas de promotores (geralmente formados por T e A). Regiões -10 e -35 (10 e 35 pares de bases nitrogenadas antes da região de replicação). Sigma fixa-se no promotor, atrai as RNA-polimerases abre a cadeia de DNA forma 8 a 9 pares de bases da fita-molde sigma se direciona a outras ligações promotoras. Alongamento: RNA-polimerase desenrola e abre a molécula de DNA forma uma bolha de transcrição (onde serão introduzidos os novos nucleotídeos na direção 5’ – 3’ do RNA fecha-se o DNA. Terminação: terminação da transcrição por meio da formação de grampos de terminação. É reconhecida uma região rica em G e C na fita-codificadora é reconhecida uma região rica em A e T na fita-molde forma-se um grampo de terminação com sequências ricas em A e U destacam-se DNA-polimerase e RNA-polimerase. Eucariotos: 3 tipos de RNA-polimerases: I: produz RNA ribossômico (RNAr). II: produz RNA mensageiro (RNAm). III: produz RNA transportador (RNAt). Fatores de Transcrição Geral (GTF): TFII: fator de transcrição RNA-polimerase II, liga-se ao DNA. TPB: liga-se ao TATA-box (região promotora). TPB geralmente está ligada ao TFII. RNA-polimerase: atraída pelo conjunto TF+TPB. Maturação do RNAm: forma-se o cap exons e introns alternam-se poli-A no final splicing (remoção dos introns) por meio do complexo spliceossomo. RNAm liga-se ao DNA-molde. Aula 4 Tradução Tipos de RNA: RNAm: mensageiro, possui o códon (carrega a fita similar ao DNA). RNAt: transportador, possui o anti-códon (carrega os aminoácidos e reconhece o códon, sendo, portanto, o oposto dele). RNAr: ribossômico, encontrado nos ribossomos para receber os demais RNAs. Procariotos: sequência Shine-Dalgarno (no RNAm) é reconhecida pelo RNAr IF-1 (Fator Iniciante 1) e IF3 ligam-se no RNAm para que a parte inferior do ribossomo seja posicionada na sequência Shine-Dalgarno IF-2 orienta os transportadores da metionina a entrar primeiro do que os demais aminoácidos no códon (sequência receptora da metionina localizada após a sequência Shine-Dalgarno IFs são liberados e a parte superior do ribossomo une-se à inferior. Eucariotos: parte menor do ribossomo já possui RNAt com metionina RNAt desloca-se e para no códon AUG subunidade maior liga-se na menor transportadores ligam-se em seus respectivos códons carregando seus respectivos aminoácidos e formam ligações peptídicas entre esses aminoácidos metionina está no espaço P (é um indicador) outro aminoácido chega no espaço A e liga-se à metionina, direcionando-se ao sítio P ribossomo desliza e deixa o espaço A livre (pois cada aminoácido que chega ao ribossomo liga-se à metionina e desloca-se do sítio A ao sítio P) códon UAA não possui aminoácido e liga-se ao fator de liberação partes do ribossomo e proteínas separam-se após essa ligação. https://www.youtube.com/watch?v=uHv1KG_heJU Iniciação: reconhecimento do ribossomo e dos IFs. Alongamento: ligações de RNAt e ligações peptídicas. Terminação: fator de liberação liberando peptídeos e ribossomos. Proteínas na forma final: Aminoácidos ligados por ligações peptídicas pontes de H formando ɑ-hélice ou β-pregueado ɑ-hélice ou β-pregueado retorcidos em forma 3D junção de 1 ou + destas estruturas. Chaperona: complexo proteico que auxilia na montagem da estrutura 3D da proteína a partir das ligações peptídicas que saem do RNAr. Proteassoma: destrói as proteínas mal formadas que saem da chaperona (marcadas pela ubiquitina), liberando os AA para serem reaproveitados. Aula 5 Endereçamento proteico: sequências de AA sinalizadoras que determinam para onde irão as proteínas. RNAm recebe RNAt proteína recebe sequências de AA sinalizadoras SRP guia a proteína com base na sequência sinalizadora após entregue a proteína, o sinal é removido e pode ser reutilizado. Aula 6 Modificações pós-traducionais: Fosforilação: acréscimo de grupos fosfatos na proteína madura. Glicosilação: acréscimo de carboidratos na proteína madura (proteína conjugada). Metilação: acréscimo de grupo metil na proteína madura. Regulação da expressão gênica: adaptação ao ambiente, diferenciação celular em organismos pluricelulares. Níveis de controle: modificações da cromatina, comprometimentos na tradução, transcrição, modificações pós-traducionais, atividade proteica, degradação de RNAm. Procariotos: ausência de lactose proteína inibitória liga-se ao DNA cobrindo a região promotora inativa o gene. Presença de lactose lactose liga-se à proteína inibitória, impedindo-a de se ligar ao DNA promotor exposto, gene ativo. Eucariotos: ausência de triptofano proteína não se liga ao DNA produção de triptofano. Presença de triptofano triptofano liga-se à proteína sinalizadora proteína liga-se ao DNA gene inativo. GAL4: liga-se à região Hanser desenrola o DNA atrai proteínas ao TATA- box (que agora está exposto). GAL80: inibe a ação da GAL4, mantendo o DNA condensado e o TATA-box oculto. GAL4 pode ativar um gene e inativar outro. Ativação da transcrição: Modificações da cromatina (regulação epigenética): citosinas metiladas e histonas acetiladas empacotamento TATA-box oculto gene inativo. Reações de metilação de DNA: ilhas CpG próximas aos promotores, CpG não metiladas estão associadas a genes ativos, CpG metiladas estão associadas a genes estão associadas a genes silenciados. Como a metilação afeta a transcrição: promotor não metilado permite a transcrição gênica metilação das ilhas CpG bloqueia a ligação dos TFs, impedindo a transcrição. Modificações das Histonas: a cauda N-terminal de histonas pode ser pós- traducionalmente modificada. Acetilação: ativa ou inibe a cromatina, permitindo ou inibindo o acesso ao DNA. Metilações: dependem da histona e dos aminoácidos metilados. Memória epigenética: genes ativados ou silenciados podem ser herdados (ex.: obesidade e diabetes devido à escassez de alimento da mãe). Imprinting genômico: certos genes apresentam expressão diferencial quanto à sua origem, materna ou paterna (se ativos no cromossomo materno, inativos no paterno, e vice-versa). Aula 7 Conceitos importantes sobre Mutação: evento aleatório (ocorre em qualquer segmento de DNA), espontâneo ou induzido, escapa dos mecanismos de reparo do DNA, frequência menor que 1% na população humana, promove variabilidade genética ou anomalias, somática ou germinativa (hereditária), maior frequência em hot spots, herdável. Ciclo celular: intérfase (fase g1 = crescimento celular, S = separação cromossômica, g2 = síntese de RNA e proteínas), fase M (mitose ou mieose). G0: células que já não se dividem mais (especializadas). Controle do ciclo: checagem em G1, G2 e M. P53: reguladora principal da fase G1. Interrompe o ciclo e ativa a apoptose. Mutações e falhas no gene P53 = Câncer. Apoptose: morte celular programada. Etapas: retração celular, condensação cromossômica, formação dos corpúsculos apoptóticos, macrófagos fagocitam. Causas: radiação, drogas, choque térmico, infecções virais, metais pesados, agentes oxidantes, inibidores metabólicos, jejum, hipóxia. Reguladores positivos: proteínas pró-apoptóticas, genes supressores tumorais, genes inativos. Reguladores negativos: proteínas anti-apoptóticas, proto-oncogenes, genes super-expressados. Família das IAPs (inibidoras de apoptose): inibe a ativação de pró-capases, inibem a atividade de capases ativadas. A via intrínseca da apoptose depende da mitocôndria (produz proteínas que ativam as procapases que iniciam a degradação das demais proteínas). Aula 8 Câncer: alteração do ciclo celular, aderência celular, inibição por contato, reparo e manutenção do DNA, apoptose (o câncer ocorre se houver falhas em todas as barreiras acima citadas). Célula-tronco do câncer: acumula vários erros. Genética do câncer: Oncogenes: 50 tipos (crescimento e sobrevivência, estimulam a divisão celular e inibem a apoptose). são os genes que desencadeiam os tumores (sequência de erros sem controle). Proto-oncogenes: genes normais. Genes supressores tumorais: controle e manutenção dos proto- oncogenes (checagem nos ciclos, controle da apoptose). Angiogênese: fatores de crescimento vascular no tumor (+ vasos = + nutrientes = mais divisões celulares). Micro RNAs: cada 1 controla mais de 200 genes (um erro em um micro RNA ocasiona erros em mais de 200 genes).