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Mutação gênica
Os genes são formados por cadeias de moléculas especiais chamadas DNA (ácido desoxirribonucléico). Essas cadeias são longas seqüências pareadas de bases aminadas (purinas e pirimidinas) que se pareiam de forma específica, formando pela sua seqüência um código que determina o aminoácido que deverá ser alocado em cada posição na proteína codificada pelo gene. Qualquer mudança nesta seqüência de bases causará uma mudança na proteína codificada, podendo então alterar sua função no organismo.
Mutação gênica é uma falha que ocorre no pareamento das bases aminadas na replicação do DNA, gerando cópias imperfeitas e alteração no código genético. Diversos fatores podem determinar a alteração da seqüência de DNA. Um erro na replicação do mesmo, no momento da sua duplicação, no processo de reprodução celular (mitose ou meiose), por exemplo. Existem também radiações capazes de atingir o DNA, causando quebras em sua estrutura e que redundam em mutações, como raios X, raios gama, etc, além de substâncias químicas capazes de reagir com o DNA e causar essas alterações. Ex: Uma mutação na mitose (somática) pode gerar tecidos diferentes em plantas, como o caso da laranja Bahia.
É extremamente improvável que uma mutação venha a trazer vantagem imediata ao organismo que a sofreu, ela será na maioria dos casos prejudicial. Mas uma vez o outra através da seleção natural surgem alguns genes mutantes favoráveis que podem se espalhar abundantemente na população no decorrer das gerações. Por isso se diz que, o acúmulo de muitas mutações em uma população é benéfico em longo prazo, pois algumas delas poderão ser úteis em outras situações futuras, ajudando a população a fazer frente a novos ambientes.
Migração Genética
Migração genética é a saída ou entrada de indivíduos de uma população. A saída de indivíduos não causará qualquer impacto na população, já que estes serão tirados ao acaso. Já a entrada de indivíduos na população causará alteração nas freqüências, pois as freqüências gênicas nos imigrantes serão as da população de origem.
Em uma migração genética a população original e a população imigrante podem ter tamanhos diferentes, ou seja, número de indivíduos diferentes, então a freqüência gênica na população resultante do cruzamento na migração natural é a média ponderada das freqüências gênicas das populações que se uniram, sendo assim, proporcional ao número de indivíduos de cada população. Como não houve alteração da estrutura reprodutiva, se a população era originalmente panmítica, ela continuará mantendo as proporções típicas dessas populações, mas com as novas freqüências, isto é, p2, 2pq, q2. Pode ser dizer também que a população resultante do cruzamento entre a população original e a população imigrante, terá maior heterozigose, mutações e variabilidade genética que as populações originais.
No melhoramento vegetal a população formada pela junção de duas ou mais populações de forma artificial é chamada de “composto”. A freqüência gênica em um composto será então a média ponderada das freqüências gênicas das populações que o compõe. No caso de plantas alógamas, a população formada após a geração do composto vai ser muito variável.
Uma outra forma pela qual os genes de uma população podem ser introduzidos em outra
é pelo cruzamento de indivíduos de uma população com indivíduos de outra. Neste caso o
número de indivíduos de cada grupo deixa de ser importante, pois na geração descendente
cada indivíduo será fruto da junção de um gameta proveniente de uma população com um
gameta proveniente da outra. Assim, a proporção de genes das duas populações será a mesma
e a nova freqüência gênica será a média aritmética simples das freqüências nas populações
originais, pois metade dos gametas vem de cada população.
A população resultante desta hibridação não manterá as proporções p2, 2pq, q2, já que não é proveniente de reprodução panmítica. Então este hibrido possuirá maior heterozigose que em uma população panmítica, tanto maior quanto mais contrastantes forem as populações cruzadas, podendo a frequência de heterozigotos chegar a 1.
Deriva Genética
Deriva genética ocorre quando a frequência gênica muda de forma errática pelas gerações, devido principalmente a erro amostrais durante os cruzamentos artificiais. Como cada geração é uma amostra da geração anterior, pode acontecer das amostras que eu seleciono na população não condizem com a população original. O efeito desse fenômeno, ao longo das gerações, se mostra pela variação nas freqüências gênicas, sem motivo aparente. Estas mudanças não são direcionais e dão a impressão que as freqüências estão flutuando, quando vistas em um gráfico. Daí o nome dado ao fenômeno, "genetical drift", ou deriva genética ou ainda oscilação genética.
É fácil perceber que se a freqüência gênica em dado momento chegar a zero ou um, neste processo, ela não mais sairá deste ponto. Podemos dizer que esses valores funcionam como barreiras absorventes. Quando a freqüência chega a zero diz-se que o gene foi perdido. E quando a freqüência chega a um diz-se que o gene foi fixado. A fixação de genes leva a população a ter uma identidade própria.
A fixação ou a perda de genes ocorre aleatoriamente para genes favoráveis ou desfavoráveis, e leva ao aumento da homozigose e perda de variabilidade, sendo assim, altamente prejudicial no melhoramento vegetal. 
As maneiras que se tem para driblar a deriva é aumentar o tamanho da amostra, pois isso diminui a variância. Quanto maior a amostra, menor será os efeitos da deriva genética.

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