Aula 10 Desenho de primers Parte 01

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UNIVERSIDADE FEDERAL DO PIAUÍ 
CAMPUS DE PARNAÍBA 
CURSO DE BIOMEDICINA 
Disciplina: BIOINFORMÁTICA 
Prof. Jefferson Soares de Oliveira 
 
 
Roteiro de atividades da Aula Pratica – Desenho de Primers 
 
Questão 01. Construa um par de primers para estudar polimorfismos genéticos que estão 
associados a processos patológicos no éxon 03 do gene F8 de humanos. 
 
1ª Parte – 1ª AULA 
 
1 - Utilizando o site do NCBI, busque pelo gene F8 e a partir desta busca, acesse o banco de 
dados do RefSeqGene para obtenção da região do DNA onde se encontra localizado o gene 
F8; 
2 – Procure na página o local onde são encontradas as informações do éxon em questão; 
3 – Acesse o banco de dados do Ensenmbl (http://www.ensembl.org/index.html) e procure pela 
região do DNA onde se encontra o gene F8 em seres humanos; 
4 – Encontre a região do éxon 3 neste banco de dados; 
5 – Confirme a identidade das duas sequências utilizando a ferramenta “Align two (or more) 
sequences using BLAST (bl2seq)” presente da guia “Specialized BLAST” no site do BLAST do 
NCBI (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/); 
6 – Uma vez encontrado o éxon 3 do gene F8 de humanos no banco de dados do Ensembl, 
clique em “configure this page” escolha a opção de mostrar as variações (Show variations: 
Yes); 
7 – Selecione o éxon de interesse, lembrando de selecionar uma região antes e depois deste; 
copie e em seguida cole no Word. 
8 – Prepare a sequência selecionada para ser levada ao programa Primer3. Neste momento a 
região central, cujo par de primer irá flanquear, deve ser marcada com [e], como por exemplo: 
...ATCT[CCCC]TCAT... e regiões indesejáveis, como polimorfismos ou repetições, devem ser 
marcadas com <e>. Ex.: ...ATCT<CCCC>TCAT... 
09 – Uma vez que a sequência foi preparada, acesse o site do programa Primer 3 
(http://primer3.ut.ee/), cole a sua sequência devidamente configurada e solicite que o 
programa sugira um par de primers. 
10 – Copie e cole no Word os pares de primers sugeridos pelo programa.