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Presença de elementos químicos nos seres vivos e superfície da terra Composição Química da célula • Os compostos celulares são baseados em compostos de carbono • C, H, N e O constituem quase 99% do peso celular • Água = 70% do peso da célula, logo a maioria das reações químicas da célula ocorrem em ambiente aquoso. Composição química Composição química Componente Porcentagem do peso total E. coli Célula de mamífero H2O 70 70 Íons inorgânicos (Na+, K+, Mg2+, Ca2+, Cl-, etc.) 1 1 Vários substâncias metabólicas 3 3 Proteínas 15 18 RNA 6 1,1 DNA 1 0,25 Fosfolipídeos 2 3 Outros lipídeos - 2 Polissacarídeos 2 2 Volume total da célula 2 × 10-12 cm3 4 × 10-9 cm3 Volume celular relativo 1 2000 Principais moléculas orgânicas encontradas nas células • Açúcares; • Lipídios; • Ácidos nucleícos (DNA e RNA); • Proteínas FRACIONAMENTO CELULAR - Centrifugação - 1. Rompimento das células em uma solução tampão que preserve as estruturas intracelulares (HOMOGENIZAÇÃO por choque osmótico, ultrasom, processo físico); 2. Separação dos componentes celulares por tamanho e densidade na centrifugação; A separação de estruturas maiores como o núcleo ou mitocôndrias é feita em centrífugas denominadas de preparativas, com velocidades até 20.000 r.p.m. Primeiras Etapas centrífuga preparativa 20.000 rpm Centrifugação 2 A separação de estruturas pequenas como o ribossomo é feita em centrífugas denominadas de ultracentrífugas, com velocidades acima de 20.000 r.p.m., podendo chegar a 80.000 r.p.m. 3.000 a 5.000 r.p.m. Até 20.000 r.p.m. Acima de 50.000 r.p.m. Etapas finais Ultracentrífugas 80.000 rpm Centrífugas Centrifugação 3 Centrifugação ZONAL ou por velocidade de sedimentação e ISOPÍCNICA ou sedimentação por equilíbrio Tamanho é mais importante Densidade é mais importante Steep Cloreto de Césio gradient Stabilizing Sucrose gradient Densidades de estruturas celulares em sacarose Estrutura Densidade (g/cm3) Golgi 1.06-1.10 Membrana Plasmática 1.16 REL 1.16 Mitocôndria 1.19 Lisossomos 1.21 Peroxissomos 1.23 Vírus de Planta 1.30-1.45 Rhino- and enterovirus 1.30-1.45 Ácidos nucleicos, ribossomos 1.60-1.75 Glicogênio 1.70 Coeficiente de sedimentação (s) Definido pela relação entre a velocidade com que uma partícula sedimenta em uma dada solução e a aceleração centrífuga aplicada. S = v/a = m {1-(d/d’)}/f onde: m = massa da partícula; d = densidade da partícula; d’ = densidade do solvente; f = coeficiente de fricção (depende da forma da partícula e viscosidade da solução) ISOLAMENTO DE LINFÓCITOS VIA GRADIENTE (FICOLL) Centrifugação Purificação de DNA plasmidial de bactérias por centrifugação isopícnica. Plant Virus Purification Virus Biological Isolation: •Host range and virus multiplication •Extraction Step •Clarification Step •Concentration Step •Virus Yield and Quality Steps of Virus Purification: PLYV Symptoms Purification PLYV Buffer pH- 5.2 • Tipos de cromatografia: • a = Partição (papel ou de camada fina); • b = Coluna (troca iônica, hidrofóbica, filtração em gel, afinidade) material da coluna pode ser celulose ou silica; • c = HPLC (high performance liquid chromatography) Cromatografia Cromatografia Papel ou camada fina Coluna Cromatografia de coluna Cromatografia 3 Tipos de cromatografia de coluna Cromatografia 4 3 passos cromatográficos consecutivos usados para purificar uma proteína. Em A: resultados de uma coluna de troca iônica; B: Filtração em gel C: Cromatografia de afinidade. Colunas de HPLC Eletroforese Eletroforese Eletroforese SDS-PAGE Eletroforese Gel bi-dimensional Western-blot Espectrometria de massa • Espectrometria de massa para identificação de proteínas e seqüência de peptídeos. • Espectrômetro de massa pode ser usado para identificar proteínas determinando a sua massa precisa e massa de peptídeos derivados delas. • Os fragmentos polipeptídicos são inseridos no espectrômetro de massa e as suas massas são medidas. • Esse tratamento gera peptídeos de vários tamanhos diferindo um do outro por apenas um amino ácido. • A diferença da massa entre dois peptídeos muito parecidos pode ser deduzida indicando os aminoácidos diferentes. • Pela repetição desse procedimento, uma seqüência de aminoácidos parcial da seqüência original pode ser determinada Eletroforese de ácidos nucleicos Ag vAp Eletroforese PLYV Symptoms Buffer pH- 5.2 Viral RNA and Coat Protein 4.8 kb 36 kDa M 1 2 3 M 1 2 3 CSS Construction of Physical and Genetic Maps of the Genome of Spiroplasma kunkelii. 1.66 Mb Técnica de Pulsed-Field bidimensional utilizada para fazer o mapeamento físico do S. kunkelii. M S M M S M Excise sample lane(s). Digest DNA in gel strips MM L MRI Bs Sm Sl 33.5 kb 15.0 kb 82.0 kb 145.5kb 194.0 kb 242.5 kb 97.0 kb Single restriction enzyme digestion of the S. kunkelii chromosome resolved in PFGE. A M I / I Sl D Sm I / l MSma Sal Sal Sma A B C D E F G H I J K A B C D E G H I J K Two-Dimensional PFGE. Reciprocal digestions with endonucleases Sma I and Sal I. Physical map of S. kunkelii chromosome. Total of 1.5 Mb
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