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Há inúmeras hipóteses sobre a causa da Fibromialgia, mas o que se sabe é que há uma predisposição genética e pouco pode se fazer sobre isso, sendo que o que desencadeia é algum trauma físico ou psicológico, ou mesmo uma infecção viral. Existem estudos que comprovam tendência familiar, além de desencadeada por traumas, outro fato muito considerado é a disfunção do eixo hipotálamo-hipófise-adrenal relacionada com a influência do estresse. Algumas possibilidades: Alguma coisa no sistema imune provoca respostas excessivas, resultando no aumento da produção de citocinas. Infecções persistentes em neurônios e glia podem ocorrer (encefalopatia viral), possivelmente sem uma resposta imune. Ou mesmo infecções virais persistentes que podem alterar a produção dos neurotransmissores, como também modificar o comportamento celular. E a redução da plasticidade neural pode desenvolver um aumento de chances ao estresse ambiental, e combinando-se às influência genéticas redes neurais podem ser prejudicadas. Alguns estudos também demonstram que a disfunção do hormônio tireoidiano pode estar relacionado à fibromialgia.
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