O Packet Tracer é um excelente simulador e deve ser utilizado por todos aqueles que estão começando seus estudos ou se preparando para o exame do CCNA

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O Packet Tracer é um excelente simulador e deve ser utilizado por todos aqueles que estão começando seus estudos ou se preparando para o exame do CCNA. No entanto, para aqueles que estão estudando para um nível mais avançado o Packet Tracer não atende a todas as necessidades, pois cenários de redes mais complexas não podem ser criados no Packet Tracer.
O simulador GNS3 é um software grátis, open source, e que pode ser baixado e utilizado livremente. O GNS3 funciona com imagens IOS da Cisco reais, que são emuladas através de um programa chamado Dynamips. Podemos dizer que o GNS3 é a interface gráfica para o Dynamips, que é o programa que faz todo o trabalho pesado de emular os equipamentos utilizando IOS reais da Cisco.Com sua interface gráfica intuitiva e bem fácil de se utilizar o GNS3 se mostra como uma poderosa ferramenta, capaz de emular redes complexas e que pode ser utilizada por todos aqueles que estejam em busca de uma certificação avançada da Cisco.
 Pontos Positivos e negativos de usar GNS3.
Como podemos notar é possível fazer muita coisa com o GNS3.
Você será capaz de montar topologias diversas, com diferentes níveis de complexidade e com as características necessárias para o exame de certificação específico que estiver estudando.
Um dos principais pontos negativos é que você irá precisar de IOS Cisco reais.
O GNS3 não vem com imagens IOS embutidas no simulador, ou seja, você deverá ter disponível os IOS que irá utilizar e informar o caminho da pasta para o GNS3, caso contrário o simulador não irá funcionar.
 
Para baixar essas imagens diretamente do site da Cisco você deverá possuir uma conta CCO.É claro que existem outras fontes de onde conseguir imagens IOS da Cisco, mas definitivamente nós não recomendamos essa alternativa.
O recomendado é que você realmente utilize imagens IOS baixadas diretamente da Cisco.
Outro ponto importante é a quantidade de recurso de CPU e memória RAM consumidos ao se utilizar GNS3.
Quanto mais complexa a topologia montada, maior quantidade de memória e CPU será consumida. Portanto, saiba que para rodar esse simulador será necessário um computador com uma certa robustez.
O Wireshark (anteriormente conhecido como Ethereal ) é um programa que analisa o tráfego de rede, e o organiza por protocolos. As funcionalidades do Wireshark são parecidas com o tcpdump mas com uma interface GUI, com mais informação e com a possibilidade da utilização de filtros. Através dessa aplicação é possível controlar o tráfego de uma rede e monitora a entrada e saída de dados do computador, em diferentes protocolos, ou da rede à qual o computador está ligado. Também é possível controlar o tráfego de um determinado dispositivo de rede numa máquina que pode ter um ou mais desses dispositivos. Se você estiver numa rede local, com micros ligados através de um hub ou switch, outro usuário pode usar o Wireshark para capturar todas as suas transmissões.	
Diferença entre PT ,GNS3 e WIRESHARK :
Com o GNS3 você realmente precisa do IOS! Não há necessidade disso com o Packet Tracer. A única coisa com o Packet Tracer é que você precisa estar na Cisco Network Academy para obter uma cópia legal! Também com o GNS3 você não precisa fazer muito com os Switches. Já o Wireshark é um programa onde analisa o tráfego de rede e organiza protocolos monitorando a entrada e saída de dados do computador, onde se você estiver em uma rede local outros usuários podem utilizar o Wireshark para capturar todas suas transmissões. 
Bibliografia :
https://learningnetwork.cisco.com/thread/90642
http://www.dltec.com.br/blog/cisco/simulador-de-redes-gns3/
https://pt.wikipedia.org/wiki/Wireshark