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Aula 04 – Nutrição de Microorganismos Nutrição de Micro-organismos Estudo de micro-organismos em laboratório: Fornecimento de condições químicas e físicas adequadas ↓ Crescimento celular: - identificação - caracterização - controle do crescimento 1) Condições químicas: - Nutrientes: - síntese dos componentes celulares - obtenção de energia - Uso de nutrientes na classificação de microrganismos: - grande diversidade de nutrientes utilizados - exigências nutricionais típicas para cada espécie - localização em determinadas regiões - Macronutrientes – grandes quantidades: - Fonte de Carbono: - Formação de componentes estruturais, obtenção de energia Fonte inorgânica (CO2) → Célula autotrófica Fonte orgânica (carboidratos, lipídios, proteínas) → Célula heterotrófica - Fonte de energia: Compostos químicos → Célula quimiotrófica (orgânicos e inorgânicos) Luz → Célula fototrófica Bactérias quimioheterotróficas: - Importância médica → obtenção de moléculas orgânicas em hospedeiro animal ou vegetal - Importância industrial → degradação de poluentes (pesticidas, plásticos, hidrocarbonetos) - Versatilidade do metabolismo: Algumas bactérias → uso exclusivo de glicose Pseudomonas → uso de diferentes carboidratos, aminoácidos, hidrocarbonetos, pesticidas Bactérias quimioheterotróficas: - Uso de polímeros → necessidade de hidrolases extracelulares: - Fonte de Nitrogênio: - Componente estrutural, obtenção de energia - Proteínas, carboidratos, ácidos nucléicos Fonte inorgânica: N2, NO3-, NO2-, NH3 Fonte orgânica: aminoácidos, peptídeos Uso de peptídeos → necessidade de hidrolases extracelulares - Fonte de Enxofre: - Componente estrutural, obtenção de energia - Proteínas Fonte inorgânica → SO42-, H2S Fonte orgânica → aminoácidos sulfurados (cisteína, metionina) - Fontes de Potássio, Magnésio, Cálcio, Sódio, Ferro, Fosfato - Micronutrientes ou elementos-traço: - Necessários em pequenas quantidades - Presença na água e outros componentes - Zn → cofator de enzimas - Co → vitamina B12 - Mn, Vn - Fatores de crescimento: - Compostos orgânicos que não são sintetizados por determinado microrganismo - Não são utilizados para obtenção de energia - Variável para cada espécie - Aminoácidos, nucleotídeos, vitaminas - Microrganismo prototrófico: - Não necessita de fatores de crescimento - Grande capacidade biossintética - Microrganismos do solo, água - Ex: Escherichia coli, algumas leveduras - Microrganismo auxotrófico: - Precisa de fatores de crescimento - Menor capacidade biossintética - Microrganismos de alimentos, mucosas, sangue Microrganismos patogênicos - Ex: Staphylococcus aureus, Salmonella typhi, Bacillus anthracis - Meios de cultura: - Grande quantidade de água (70-80% peso celular) - Nutrientes necessários - Meio básico: - fonte de Carbono - fonte de Nitrogênio - sais minerais - Meio mínimo: - mínimo necessário para o desenvolvimento de um microrganismo - sem fatores de crescimento - cultivo de microrganismos prototróficos - Meio definido: - constituintes conhecidos qualitativamente e quantitativamente - com fatores de crescimento - cultivo de microrganismos auxotróficos de metabolismo conhecido - Meio complexo: - composição química indefinida - todos os fatores de crescimento presentes - sangue, extrato de levedura, extrato de carne, peptona, leite - cultivo de microrganismos auxotróficos de metabolismo desconhecido - Bactérias que não crescem em meios de cultura: - Falta de um meio de cultura universal - Necessidade de grande quantidade de fatores de crescimento - Patógenos intracelulares obrigatórios - Uso de culturas de células, animais de laboratório, ovos embrionados - ex: Treponema pallidum 2) Condições físicas: - Temperatura: - Faixa de temperatura ideal (30-40°C) - Classificação de microrganismos quanto à temperatura de crescimento - Microrganismos psicrófilos: - Crescimento abaixo de 20°C - Bactérias e arqueas do Ártico, Antártica, geladeira - Limitação: presença de água em estado líquido Água do mar, alimentos: congelamento abaixo de 0°C - Microrganismos mesófilos: - Crescimento entre 20°C e 40°C - Microrganismos patogênicos - Microrganismos psicrotolerantes: mesófilos que também crescem na faixa de microrganismos psicrófilos → deterioração de alimentos Bactérias psicrotróficas: Listeria monocytogenes ; Staphylococcus aureus - Microrganismos termófilos: - Crescimento entre 40°C e 70°C - Bactérias e arqueas do solo - Microrganismos hipertermófilos: - Extremófilos - Crescimento acima de 70°C - Arqueas de fontes termais, gêiseres Adaptações a baixas temperaturas: - membrana plasmática com ácidos graxos insaturados - proteínas com predomínio de estruturas α-hélice e aminoácidos polares Adaptações a altas temperaturas: - membrana plasmática em monocamada, ácidos graxos saturados e ligações do tipo éter em fosfolipídeos - proteínas com aminoácidos hidrofóbicos no interior da estrutura - teor GC em ácidos nucleicos Membrana de Arqueas hipertermófilas - pH: Microrganismo acidófilo: pH abaixo de 7 - Fungos, bactérias, arqueas - Presença em certos alimentos → impedem a contaminação por outros microrganismos: iogurte, mucosas Microrganismo neutrófilo: pH 7 – 8,5 - Bactérias e protozoários patogênicos Microrganismo basófilo: pH acima de 8,5 - Bactérias, arqueas - Lagos e solos especiais - Aplicação industrial: produção de hidrolases extracelulares basófilas → proteases de detergentes Presença de determinados microrganismos em determinados alimentos/ambientes de acordo com o pH pH do citoplasma sempre mais próximo da neutralidade: - Passagem de íons pela membrana plasmática - Estabilidade de macromoléculas (proteínas, DNA, RNA) Controle do pH em meio de cultura: tampões de pH - O2 (potencial de oxi-redução): Microrganismo aeróbio obrigatório: - necessidade da presença de O2 → aceptor final de elétrons na respiração aeróbia - capacidade de remoção de radicais livres de Oxigênio → presença de 3 enzimas: Superóxido dismutase (SOD), Peroxidase e Catalase Microrganismo aeróbio microaerófilo: - necessidade de pequena quantidade de O2 - presença de moléculas sensíveis a altos níveis de O2 Microrganismo anaeróbio: - sobrevivência apenas na ausência de O2 → não usa O2 como aceptor final de elétrons na respiração aeróbia - incapacidade de remoção de radicais livres de Oxigênio → ausência de SOD, peroxidase e catalase - Anaeróbio estrito: O2 é letal - Aerotolerante: - tolera pequenas quantidades de O2 - remoção de O2 por oxidação de compostos orgânicos: glicose → ácido glicônico Microrganismo facultativo: - crescimento na presença ou ausência de O2 - metabolismo versátil - presença de SOD, peroxidase e catalase Resazurina: indicador redox Tioglicolato: agente redutor (redução de O2 a H2O) Crescimento de bactérias anaeróbias Aula 05 - Crescimento de Micro-organismos Crescimento: Aumento do númerode células → população ou cultura 1) Fissão ou divisão binária: - Divisão celular simétrica - Realizado pela maioria das bactérias -Etapas da fissão binária: 1- Aumento do tamanho da célula - autolisinas → ação na parede celular: - hidrólise das ligações β1-4 da glicana - hidrólise das ligações cruzadas - adição de novas unidades básicas da peptidoglicana - síntese de todos os componentes celulares 2 – Replicação do DNA – ligação à membrana plasmática (FtsK) 3 – Formação do septo de divisão - invaginações dos envoltórios celulares - separação das duas moléculas de DNA - Bacilos: divisão em apenas um plano - Cocos: divisão em 1, 2 ou 3 planos Streptococcus, Staphylococcus – divisão celular incompleta 4 – Separação das duas células-filhas Proteínas Fts de procariotos (filamentosas termossensíveis) FtsZ: similar à tubulina de eucariotos FtsA: similar à actina de eucariotos Divissomo – interação de proteínas Fts para formação do septo de divisão Determinação da morfologia celular: Posicionamento da proteína MreB em estrutura em espiral, ao longo de bacilos Similaridade à actina de eucariotos Ausência em cocos 2) Tempo de geração: - Intervalo de tempo para ocorrência de uma fissão binária - Crescimento exponencial → dobro do número de células 1 → 2 → 4 → 8 → 16 ................... 2n células 21 22 23 24 n = número de gerações Tempo de geração (G) = Tempo total Número de gerações (n) n = log Nt – log N0 Nt – número final de células Nt = N02n log 2 N0 – número inicial de células - Fatores que alteram o tempo de geração: - Espécie bacteriana - fatores estruturais e genéticos: Escherichia coli – 20 min Staphylococcus aureus – 30 min Mycobacterium tuberculosis – 18 horas Treponema pallidum – 33 h - Nutrientes disponíveis: E. coli: 20 min (caldo simples) 13 min (leite) - Temperatura: E. coli: 20 min (37°C) 60 min (30°C) - pH, disponibilidade de O2 3) Curva de crescimento: Fase lag / Fase log / Fase estacionária / Fase de morte 1 – Fase lag: adaptação ao meio de cultura - transporte de nutrientes - síntese de enzimas induzidas - duração variável de acordo com a composição do meio de cultura: Meio complexo → meio mínimo: aumento da fase lag Transferência entre meios iguais, em fase log: supressão da fase lag 2 – Fase log ou exponencial: divisões celulares consecutivas 3 – Fase estacionária: nº constante de células viáveis - exaustão de nutrientes - acúmulo de produtos tóxicos - inativação de enzimas - produção de antibióticos - esporulação 4 – Fase de morte ou declínio: diminuição do nº de células viáveis - acúmulo excessivo de produtos tóxicos 6) Métodos de crescimento bacteriano em laboratório: - Crescimento em batelada - Curva de crescimento - Sistema fechado - Crescimento contínuo – Manutenção da cultura em fase log - Sistema aberto - Turbidostato: Controle do nº de células por medida da turvação - Quimiostato: Controle do nº de células pela quantidade limitante de crescimento de um dos nutrientes - Fermentadores industriais - Estudos enzimáticos - Crescimento sincrônico – toda a população em uma mesma fase da fissão binária - Estudos de regulação enzimática, síntese de componentes - Métodos: - alternância de temperatura - esporulação - ausência de um nutriente 7) Quantificação do crescimento bacteriano: - Contagem de células: - Células totais: câmara de contagem - rápido, fácil - pouca precisão (células mortas / partículas) - Câmara de Neubauer - Células viáveis: diluições seriadas e plaqueamento - medicamentos, alimentos, água - grande sensibilidade - variações na incubação (meio de cultura, tempo de cultivo, temperatura) - uso de meios de cultura seletivos para detecção específica - Determinação da massa celular: - Peso seco (20-30% do peso úmido) - Medida da turvação: - rápido, não-destrutivo - pouca precisão - Avaliação de atividades bioquímicas: - Produção de ATP - Consumo de O2 - Correlação direta crescimento x atividade bioquímica Aula 06 - Obtenção de energia por micro-organismos procarióticos - Importância → manutenção do metabolismo celular - Vias catabólicas: - degradação de compostos - obtenção de energia - Vias anabólicas: - síntese de compostos - gasto de energia - ATP → molécula de transferência de energia: ATP → ADP + PO42- + energia - Processos de síntese de ATP: 1 - Fosforilação em nível do substrato: 2 - Via ATPase membranar → necessidade de moléculas doadoras de elétrons: - Coenzimas reduzidas em vias catabólicas: NAD+ + 2 e- + 2 H+ → NADH + H+ FAD+ + 2 e- + 2 H+ → FADH2 - Compostos inorgânicos: H2, Fe2+, NO2- 1) Bactérias quimioheterotróficas: - Uso de moléculas orgânicas - Principal molécula orgânica → glicose - Dois mecanismos: - Respiração - Fermentação - Respiração: - oxidação completa da molécula orgânica: C6H12O6 + 6 O2 → 6 CO2 + 6 H2O Glicose - Três etapas: - vias glicolíticas (Embden-Meyerhof , Entner-Doudoroff e Pentoses- fosfato ) - ciclo de Krebs - fosforilação oxidativa -Via de Embden-Meyerhof: - via glicolítica clássica - eucariotos, procariotos Glicose + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+ ↓ 2 Piruvato + 2 ATP + 2 NADH - Glicose → Glicose 6-fosfato: Eucariotos, vários procariotos: hexocinase / gasto de ATP Alguns procariotos: translocação de substrato (sistema fosfotransferase) Modificação química do substrato na passagem pela membrana - Vantagem do sistema fosfotransferase: Uso preferencial da glicose pelo bloqueio do transporte de outros carboidratos que utilizam o mesmo sistema Proteína IIAGlc defosforilada: presença de glicose no meio – bloqueio de proteínas membranares dos outros sistemas de fosfotransferase - Via de Entner-Doudoroff: - via das Pseudomonas - ausência de fosfofrutocinase - produção de NADPH → uso em biossíntese Glicose + ADP + Pi + 2 NADP+ ↓ 2 Piruvato + ATP + 2 NADPH -Via das pentoses-fosfato: Glicose + ATP + 2 NADP+ ↓ Ribulose 5-fosfato + CO2 + ADP + Pi + 2 NADPH - NADPH → biossíntese -Ribulose 5-fosfato → estrutura de DNA, RNA, NAD, ATP Relação da via das pentoses-fosfato com a via glicolítica clássica - Ciclo de Krebs: - Citoplasma de procariotos - Oxidação total da glicose - Grande produção de coenzimas reduzidas 2 Piruvato + 2 ADP + 2 Pi + 2 FAD+ + 8 NAD+ ↓ 6 CO2 + 2 ATP + 2 FADH2 + 8 NADH Via glicolítica, Ciclo de Krebs: conversão de aminoácidos, lipídeos, carboidratos vias anfibólicas - Fosforilação oxidativa: - Cadeia transportadora de elétrons: - membrana plasmática de procariotos - composição variada: flavoproteínas / quinonas / citocromos - organização em valores crescentes de potencial de redução (E ) Menor valor de E → tendênciaa perder elétrons (oxidação) Maior valor de E → tendência a receber elétrons (redução) Par oxidação-redução: Quanto maior ΔE, maior a energia liberada. - Coenzimas reduzidas na via glicolítica, ciclo de Krebs → baixo valor de E - Compostos inorgânicos (O2, NO3-) → alto valor de E (aceptores de elétrons) - Energia liberada → formação de gradiente de prótons na membrana → força próton-motora - ATPase na membrana: - canal de prótons - síntese de ATP 1 NADH → síntese de 3 ATP 1 FADH2 → síntese de 2 ATP Força próton-motora em procariotos: - síntese de ATP - movimento do flagelo - transporte de substratos contra o gradiente de concentração Respiração aeróbia: - O2 é o aceptor final dos elétrons da cadeia - eucariotos, vários procariotos Respiração anaeróbia: - O2 não é o aceptor final de elétrons da cadeia - vários procariotos - processo anaeróbico Possíveis aceptores de elétrons: NO3- → NO2- Pseudomonas, Bacillus, Escherichia SO42- → H2S S0 → H2S Fe3+ → Fe2+ Menores valores de E do que O2 → menor liberação de energia: 1 NADH → 2 ATP 1 FADH2 → 1 ATP - ocupação de diferentes ambientes - crescimento mais lento do que em aerobiose - Fermentação: - oxidação parcial da molécula orgânica - síntese de ATP por fosforilação em nível do substrato - via mais utilizada: glicólise - sem cadeia transportadora de elétrons - presença de ATPase membranar → gasto de ATP para formação de gradiente de prótons - produto final → nome da fermentação - importância: - identificação do microrganismo - processos industriais - Fermentação lática: Streptococcus mutans → cárie Acidificação de mucosas Acidificação de alimentos → preservação (leite, iogurte, picles) -Fermentação etanólica: Leveduras, algumas bactérias Álcool combustível, bebidas alcoólicas Liberação de CO2 → fermento biológico -Fermentação de aminoácidos: - Clostridium - Fermentação de pares de aminoácidos: - Clostridium perfringens: putrescina, cadaverina - Comparação Respiração x Fermentação: Bactéria facultativa: - com O2 → respiração aeróbia (↑ ATP) - sem O2 → respiração aneróbia ou fermentação E. coli: respiração aeróbia/ respiração anaeróbia do nitrato / fermentação Presença de O2 → respiração aeróbia (repressão da expressão de nitrato redutase, enzimas de fermentação) Ausência de O2, presença de NO32- → respiração anaeróbia (ausência da repressão de nitrato redutase, repressão da expressão de enzimas de fermentação) Ausência de O2 e NO32- → fermentações 2) Bactérias quimioautotróficas: - Fonte de energia: oxidação de compostos químicos inorgânicos - Variedade de compostos químicos usados (H2, NO2-, Fe2+, S0) - Cadeia transportadora de elétrons na membrana - Formação de gradiente de prótons → síntese de ATP - Aceptor de elétrons variado - Oxidação de H2: - Presença de hidrogenases: - membranar: doação de elétrons para a cadeia - citoplasmática: redução de NAD+ para a síntese de compostos orgânicos - Oxidação de compostos contendo Nitrogênio: - Nitrosomonas: NH4+ → NO2- - Nitrobacter: NO2- → NO3- 3) Bactérias fotoautotróficas: - Energia luminosa ↓ Energia química (ATP) - Pigmentos para absorção de energia luminosa: Bacterioclorofilas → membrana Carotenóides, ficobilinas - Emissão de elétrons pelos pigmentos para a cadeia transportadora de elétrons -Fotossíntese anoxigênica: - bactérias verdes e púrpuras - anaerobiose - doador de elétrons variável, menos H2O → composto inorgânico (H2, H2S) - Fotossíntese oxigênica: - vegetais, algas, cianobactérias - produção de O2 a partir de H2O 4) Bactérias fotoheterotróficas: - fotossíntese anoxigênica - bactérias verdes e púrpuras - doador de elétrons → composto orgânico (*) Aula 07 – Antimicrobianos I 1) Definições: - Antibióticos → substancias químicas produzidas por microrganismos que são capazes de inibir o crescimento de outros microrganismos - Quimioterápicos → agentes antimicrobianos sintetizados em laboratório Definição atual: Antimicrobianos → substancias produzidas por microrganismos ou por síntese química (parcial ou total) que inibem o crescimento de outros microrganismos 2) Histórico: - Paul Ehrlich (1909): Salvarsan (sífilis) - 1929: Alexander Fleming → contaminação de Penicillium notatum em uma placa com crescimento de Staphylococcus aureus→ morte bacteriana - 1935: Prontosil (Streptococcus) - 1940: Howard Florey, Ernst Chain → purificação da penicilina do sobrenadante de cultura de P. notatum - 1944: Selman Waksman → estreptomicina no sobrenadante de cultura de Streptomyces griseus 3) Microrganismos produtores: - Bacterias: Streptomyces, Bacillus - Fungos: Penicillium, Cephalosporium Objetivo → controle de populações microbianas no ambiente (solo, agua) Produção industrial x produção microbiana 4) Propriedades desejáveis: Toxicidade seletiva - o agente deve agir de forma que cause morte celular do patógeno ou iniba o seu crescimento, produzindo pouco ou nenhum efeito tóxico no hospedeiro: Ação em estruturas celulares/vias metabólicas exclusivas do micro-organismo - Poucos efeitos colaterais - Absorção via oral - Amplo espectro de ação - Bactericida, e não bacteriostático - Efeito prolongado - Eficaz em baixa concentração - Estável quimicamente - Ativo em diversos fluidos corporais - Não-alergênico - Custo baixo e fácil produção - Não-susceptível a resistência microbiana Distribuição de antimicrobianos pelo corpo humano: Sistema nervoso central → penicilinas, cloranfenicol Ouvido → Penicilinas, sulfas Pleura, Pericárdio → penicilinas, sulfas, clindamicina, cloranfenicol Pulmão → Tetraciclinas, isoniazida, rifampicina Pele → tetraciclinas, clindamicina Trato urinário → Quinolonas Seleção do antimicrobiano apropriado (com toxicidade seletiva): 1) Susceptibilidade do patógeno 2) Efeitos colaterais – hospedeiro e microbiota 3) Capacidade de alcançar o sitio da infecção em concentração/atividade adequadas Trato urinário (quinolonas), SNC – lipossolúveis (penicilinas) 4) Espectro de ação – contra Gram + e/ou Gram – 5) Ação bactericida ou bacteriostática (de acordo com o estado imunológico) Não havendo efeito: troca do antimicrobiano (possibilidade de resistência) 5) Métodos para avaliação da susceptibilidade dos patógenos aos antimicrobianos: 1) Antibiograma 2) CMI (Concentração mínima inibitória) 3) CMB (Concentração mínima bactericida) 6) Mecanismos de ação dos antimicrobianos: - Síntese da parede celular - Função da membrana plasmática - Reações enzimáticas centrais do metabolismo - Síntese de proteínas - Estrutura e funcionamento dos ácidos nucleicos 7) Inibidores da síntese da parede celular bacteriana: - Parede celular → resistência a pressão osmótica - Bactericida em células em divisão - Com toxicidade seletiva (peptidoglicana exclusiva de bactérias) - Sem ação em Mycoplasma 7.1) Beta-lactamicos: - Penicilinas, Cefalosporinas - Mecanismo de ação: analogia estrutural do anel beta-lactamico com o dimero D-alanil-D- alanina Analogia estrutural ↔ Inibição competitiva de uma enzima - Alvos de beta-lactâmicos: Transpeptidase – formação de ligações cruzadas D-alaninacarboxipeptidase (Gram -) – remoção de D-alanina terminal PBPs → proteínas de ligação a penicilina Escherichia coli → PBPs 1a, 1b, 2, 3, 4, 5, 6 Alterações morfológicas especificas: 1a, 1b → transpeptidases (alongamento) 2 → manutenção da forma em bastonete 3 → formação do septo de divisão 4, 5, 6 → D-alanina carboxipeptidases - Efeito: lise em células em divisão (ação das autolisinas) - Mecanismos de resistência a beta-lactamicos: 1) Inativação do antibiótico → beta-lactamases (penicilinases, cefalosporinases) Gram +: enzima extracelular Gram -: enzima Periplasmática Possibilidade → associação do beta-lactâmico com um inibidor de beta-lactamase (ex: acido clavulânico) 2) alteração do sitio-alvo → produção de PBP (transpeptidase) com maior afinidade pelo dímero D-alanil-D-alanina e menor afinidade pelo antibiótico Staphylococcus aureus: produção de PBP2 distinta 3) bloqueio da entrada do antibiótico na célula: Gram -: presença da membrana externa Pseudomonas aeruginosa: - beta-lactamase - PBPs diferentes - membrana externa com sistema restrito de transporte por porinas - Variedade estrutural das penicilinas: - Penicilinas naturais: Penicilina G (benzil penicilina): - só para Gram + - só por via IV (sensível ao suco gástrico) - sensível a beta-lactamase - vários casos de alergia na população Penicilina V: - só para Gram + - resistente ao suco gástrico (uso por via oral) - sensível a beta-lactamase - menos casos de alergia - Penicilinas semi-sintéticas: a partir do ácido 6-amino penicilânico a) Penicilinas resistentes a beta-lactamase: meticilina - Só eficaz contra bactérias Gram + - Staphylococcus aureus → cepas resistentes a meticilina (MRSA) → produção de PBPs distintas b) Penicilinas de amplo espectro (Gram + e Gram-): - ampicilina, amoxicilina - associação com acido clavulânico – sensibilidade a beta-lactamase c) Penicilinas anti-Pseudomonas: carbenicilina - maior espectro de ação - sensível a beta-lactamase - Variedade estrutural das cefalosporinas: 7.2) Cicloserina: - Streptomyces orchidaceus - Análogo estrutural da D-alanina - Alvos: alanina racemase D-alanil-D-alanina sintetase - Resistência: produção de grande quantidade das enzimas - Efeitos colaterais: tóxico ao SNC 7.3) Vancomicina: - Streptomyces orientalis - Glicopeptídeo → ligação irreversível ao dímero D-alanil-D-alanina da peptidoglicana - Alvos: transglicosilação / transpeptidação - Apenas para Gram + → MRSA e enterococos - Efeitos colaterais (rins, ouvidos) - Resistencia: bactérias que só sintetizam tetrapeptídeo → impedimento da ligação da vancomicina (1997) 7.4) Bacitracinas: - Bacillus subtilis - Polipeptideo - Efeitos colaterais → uso tópico - Alvo: ligação ao pirofosfato do bactoprenol-PP inibição da pirofosfatase Aula 08 – Antimicrobianos II 8) Inibidores da função da membrana plasmática: - Importância da membrana plasmática – estrutura essencial - Independente da divisão celular - Baixa toxicidade seletiva – semelhanças com a membrana de eucariotos 8.1) Polimixinas: - Bacillus polymyxa - Polipeptídeo com diaminobutírico (DAB) e ácido graxo - Alvo: inserção na membrana plasmática alteração da estrutura e propriedades da membrana 8.2) Poliênicos: - Alvo: ligação ao ergosterol formação de poros na membrana (fungos, Mycoplasma) - Possível ligação ao colesterol - Anfotericina B e Nistatina 8.3) Imidazóis: - Cetoconazol, miconazol - Bloqueio da síntese de ergosterol por impedir a demetilação do precursor lanosterol - Ativos contra fungos e protozoários - Toxicidade seletiva: obtenção de colesterol na alimentação 9) Inibidores de reações enzimáticas centrais do metabolismo: 9.1) Sulfas: - Análogo estrutural do ácido p-amino benzóico (PABA), componente do ácido fólico - Ácido fólico → participação na síntese de vitaminas, purinas e aminoácidos - Alvo: dihidropteroato sintetase → síntese do ácido fólico - Ação bacteriostática - Toxicidade seletiva: - homem → obtenção de ácido fólico na dieta - bactérias → membrana impermeável ao ácido fólico - Mecanismos de resistência: - bactérias com membrana permeável ao ácido fólico - síntese de dihidropteroato sintetase com maior afinidade por PABA do que por sulfas - Uso em sinergia com trimetoprim: - inibidor da dihidrofolato redutase - potencialização do efeito dos dois compostos 9.2) Isoniazida: - Três mecanismos de ação: 1º - Interrupção da síntese de ácido micólico - Tratamento de infecções por micobactérias - Tuberculose, hanseníase Analogia estrutural com a nicotinamida e a vitamina B6 2º - Ação sobre a enzima NADase - Degradação do excesso de NAD - Análogo estrutural de nicotinamida (NAD) - Membrana plasmática: NADase-proteína repressora - Ação: rompimento da ligação à proteína repressora - Toxicidade seletiva: - homem: NADase na membrana mitocondrial interna → impermeável à isoniazida 3º - Ação sobre transaminases - Síntese de aminoácidos - Análogo estrutural de piridoxamina (vitamina B6) - Sem toxicidade seletiva: - necessidade de administração de vitamina B6 - ação da isoniazida apenas sobre a NADase 10) Inibidores da síntese de proteínas: 10.1) Aminoglicosídeos: - Estreptomicina, gentamicina, neomicina, tobramicina, kanamicina - Alvo: proteína S12 da subunidade 30S do ribossoma procarioto → deformação do ribossoma e interrupção da síntese proteica - Toxicidade seletiva: - homem: subunidade 40S com proteínas distintas - mitocôndria impermeável - Mecanismos de resistência: - fosforilação, adenilação ou acetilação do antibiótico - bloqueio da entrada na célula 10.2) Tetraciclinas: - Alvos: - proteínas S4, S14 e S18 da subunidade 30 S - bloqueio da ligação do aminoacil-RNAt ao ribossoma → interrupção do alongamento da cadeia - Toxicidade seletiva: - homem: subunidade 40S com proteínas distintas - mitocôndria impermeável - Mecanismos de resistência: - produção de proteínas ribossomais distintas - bloqueio da entrada do antibiótico na célula - efluxo do antibiótico 10.3) Cloranfenicol: - Alvos: - proteína L16 da subunidade 50S do ribossoma procarioto - peptidil transferase - alteração da conformação do ribossoma → interrupção da síntese protéica - Sem toxicidade seletiva: - entrada na mitocôndria → interrupção da síntese de hemeproteínas - Resistência: acetilação do antibiótico 10.4) Eritromicina: -Alvos: - proteína L15 da subunidade 50S - fixação do RNAt ao ribossoma - interrupção da translocação do ribossoma pelo RNAm - Toxicidade seletiva: - homem: subunidade 60S com proteínas distintas - mitocôndria impermeável - Mecanismo de resistência: alterações na estrutura da subunidade 50S 10.5) Lincomicina, clindamicina: - Alvos: - proteína L16 da subunidade 50S - fixação do RNAt ao ribossoma - Toxicidade seletiva: - homem: subunidade 60S com proteínas distintas - mitocôndria impermeável - Mecanismo de resistência: alterações na estrutura da subunidade 50S 10.6) Mupirocina: - Alvo: ligação à isoleucil-RNAt sintetase bacteriana bloqueio da incorporação de isoleucina à proteína - Uso tópico (rápida metabolização) - Toxicidade seletiva: - homem: enzimas com estrutura distinta 10.7) Linezolid: - Nova classe de antibióticos:oxazolidinonas - Alvo: - ligação ao RNAr 23S da subunidade 50S - interação do RNAm com as 2 subunidades do ribossoma procarioto → interrupção da síntese de proteínas - Ativo contra MRSA e enterococos resistentes à vancomicina - Restrição da comercialização para retardar a seleção de resistência 11) Inibidores da função de ácidos nucleicos: 11.1) Rifamicinas: - Alvo: subunidade β da RNA polimerase → interrupção da síntese de RNA → interrupção da síntese de proteínas - Toxicidade seletiva: - homem: RNA polimerase com composição distinta - mitocôndrias impermeáveis ao antibiótico - Mecanismo de resistência → produção de RNA polimerase distinta 11.2) Quinolonas: - Ácido nalidíxico, norfloxacina, ciprofloxacina - Alvo: subunidade A da DNA girase (topoisomerase) sem desenrolamento do DNA procarioto → sem transcrição e sem replicação do DNA - Toxicidade seletiva: - homem: topoisomerase com composição distinta - Mecanismo de resistência → modificações na DNA girasse 11.3) Novobiocina: - Alvo: subunidade B da DNA girase sem desenrolamento do DNA procarioto sem transcrição e sem replicação do DNA - Toxicidade seletiva: - homem: topoisomerase com composição distinta - Mecanismo de resistência → modificações na DNA girasse 11.4) Nitro-imidazóis: - Metronidazol - Alvo: ligação à ferredoxina da cadeia transportadora de elétrons de bactérias e protozoários anaeróbios transferência de elétrons para o grupo nitro do metronidazol ↓ formação de radicais livres (hidroxilamina) ↓ ionização do DNA ↓ alteração da conformação → interrupção de replicação e transcrição - Toxicidade seletiva: - homem: metabolismo aeróbio → sem ferredoxina Aula 09 – Noções de Genética Bacteriana I 1) Organização do material genético bacteriano: 1.1) Estrutura do cromossoma bacteriano: - estrutura essencial à viabilidade celular - função: codificação de genes essenciais ao metabolismo - DNA fita dupla, geralmente circular, único - nucleotídeos: citosina, timina (pirimidinas) adenina, guanina (purinas) - pareamento C-G e A-T por pontes de hidrogênio (fracas, rompidas pelo aumento de temperatura) - sem envoltório nuclear (citoplasma) - altamente compacto: DNA super-enrolado e estabilizado por poliaminas - Topoisomerases (DNA girases): empacotamento e relaxamento do DNA - Duplicação: semiconservativa (início: sítio ori) DNA helicase: separação das fitas DNA polimerase III: mais importante – incorporação de nucleotídeos complementares; necessita de “iniciador” de RNA - Gene: sequência de nucleotídeos necessária para a síntese de RNA para a formação de uma proteína RNA polimerase: síntese de RNA a partir de uma das fitas do DNA formada por várias subunidades Fator sigma (σ): ligação da RNA polimerase ao promotor Promotor: sequência do DNA que determina o início da transcrição – sítio de ligação da RNA polimerase (Diferentes fatores σ: ligação a promotores distintos) Operon: genes de função relacionada transcritos juntos, a partir de um só promotor Tradução: leitura do RNAm em ribossomas códons: sequência de três nucleotídeos especificidade códon – aminoácido sequência de leitura – sítio de ligação ao ribossoma Comparação do processamento da informação genética: 1.2) Elementos móveis em bactérias: A) Plasmídios: - DNA fita dupla, geralmente circular - tamanho variável (menores do que o cromossoma) - número de cópias variável - plasmídios distintos em uma mesma célula - duplicação independente do cromossoma - presença geralmente facultativa - função: conferir características fenotípicas adicionais: - Transferência de material genético entre duas bactérias por conjugação (plasmídio F) - Resistência a antibióticos (plasmídios R): Outras funções relacionadas com genes de plasmídios: - Produção de toxinas - Produção de antibióticos - Degradação de poluentes e pesticidas - Utilização de diferentes fontes de Carbono - Fixação de N2 - Cura: perda espontânea de plasmídios (mantidos apenas pela pressão seletiva) B) Elementos de transposição (Transposons): - Segmentos lineares de DNA fita dupla em número variável - Duplicação dependente de outras moléculas de DNA - Capacidade de mudar de posição (transpor) entre diferentes moléculas de DNA - transposase - Consequências: transferência de características fenotípicas para outras moléculas de DNA; possível inativação de genes no DNA receptor - Transposons Simples (sequências de inserção): - gene da transposase - repetições invertidas nas duas extremidades -Transposons compostos: - transposons simples nas duas extremidades - genes para resistência a drogas, toxinas entre os transposons simples Consequências da transposição: - Transferência de genes de resistência a antimicrobianos - Inativação de genes – indução de mutagênese C) Integrons: - transposons contendo gene da integrase e sequência de nucleotídeos específica para reconhecimento por essa enzima - integrase: une (integra) duas moléculas de DNA Consequência da integração: incorporação de vários genes de resistência a antibióticos D) Ilhas de patogenicidade: - grandes sequências de nucleotídeos (> 30kb) inseridas no cromossoma bacteriano - vários genes de patogenicidade agrupados - presentes apenas em cepas patogênicas de uma certa espécie ou em parasitas relacionados - flanqueadas por transposons simples, contêm integrases, transposases, sequência de origem de replicação de plasmídios - alta mobilidade (adaptação ambiental) - mecanismo de transferência – desconhecido 2) Variabilidade genética em bactérias: 2.1) Mutação: alteração na sequência de bases de um gene - Espontânea: - erro na duplicação do DNA pela DNA polimerase - evento raro: 1 mutante em 106 – 1010 células - mecanismos de reparo da DNA polimerase - gera variações na população - pode ser causada por elementos de transposição - Induzida: - agentes exógenos capazes de modificar a sequência do DNA de forma aleatória - agentes químicos – ex: análogos de base 5-bromo-uracil: capacidade de parear com guanina - agentes físicos – ex: radiação ultravioleta, raios X inserção ou deleção de bases - Consequências da ocorrência de uma mutação - Substituição de um par de bases (mutação pontual): - Adição ou deleção de um par de bases: alteração na fase de leitura do RNAm - proteína não-funcional - Importância das mutações: - controle do crescimento bacteriano (mutantes defeituosos) - geração de mutantes auxotróficos - possíveis efeitos benéficos – correção de um defeito em um gene - Teste Ames: avaliação do poder mutagênico de compostos químicos Salmonella typhimurium auxotrófica para histidina ↓ Obtenção de mutantes prototróficos em meio mínimo 2.2) Recombinação não-homóloga: Ação de enzimas que reconhecem determinadas sequências de nucleotídeos e promovem a combinação de diferentes moléculas de DNA A) Transposição: transposases (repetições invertidas) B) Recombinação sítio-específica: integrases Aula 10 – Noção de Genética Bacteriana II 2.3) Recombinação homóloga: troca de material genético homólogo entre duas moléculas de DNA - Diferentes processos de transferênciado DNA de uma célula doadora para uma célula receptora - Importância: transferência de características fenotípicas entre duas células Célula doadora Arg+ x Célula receptora Arg- ↓ Células receptora Arg+ Proteína Rec – responsável pela recombinação do DNA A) Conjugação: - necessidade de contato físico entre a célula doadora e a célula receptora - transferência principal de plasmídios F Contato físico entre as células: - bactérias Gram negativas: pilus sexual - possível transferência de genes do cromossoma pela conjugação: - células Hfr – alta frequência de recombinação - transposons simples no plasmídio e no cromossoma sofrem recombinação Contato físico entre bactérias Gram positivas: Bactéria receptora: feromônios sexuais Bactéria doadora: substância de agregação (parede celular) Ocorrência da conjugação: Alta: - entre espécies do mesmo gênero; - entre espécies de gêneros diferentes. Grande disseminação de genes de resistência a antimicrobianos. B) Transformação: - presença de DNA no meio ambiente proveniente de bactérias lisadas - ocorrência: baixa: - entre espécies do mesmo gênero; Gram positivas: Streptococcus, Staphylococcus, Bacillus Gram negativas: Haemophilus, Neisseria - entre gêneros diferentes: apenas entre Staphylococcus e Streptococcus C) Transdução: - transferência de DNA via bacteriófagos Bacteriófagos: - material genético envolto por proteínas (capsídeo) com especificidade de ligação a componentes da superfície bacteriana que tenham variação estrutural (antígeno O, cápsula) - controle da própria replicação apenas no citoplasma bacteriano - Transdução generalizada: transferência de qualquer segmento de DNA - Transdução especializada: - transferência de determinados segmentos de DNA - fagos temperados: DNA contém o gene da integrase e se insere no cromossoma bacteriano - ocorrência - baixa: entre espécies do mesmo gênero D) Variabilidade: - Conjugação > Transformação > Transdução - Rápida disseminação de genes – seleção das células mais adaptadas - Expansão da resistência a antimicrobianos - Ausência de pressão seletiva: perda dos caracteres de patogenicidade, como plasmídios 3) Tecnologia do DNA recombinante: Expressão de proteínas eucarióticas em células procarióticas - Etapa 1 - Obtenção e fragmentação do DNA de interesse: - Proteína eucariótica: - obter RNAm - transcriptase reversa (RNAm → DNA) para remoção de introns - Uso de endonucleases de restrição bacterianas para fragmentar o DNA com extremidades complementares (coesivas) - Etapa 2 – Ligação dos fragmentos de DNA de interesse com um vetor de clonagem Vetor de clonagem: - replicação autônoma - replicação em grande número de cópias - vários sítios únicos para enzimas de restrição - promotores adequados para sua expressão - incorporação de sequência que codifique a excreção da proteína de interesse - marcadores metabólicos (resistência a antibióticos, degradação de metabólitos) - Exemplos: plasmídios, fagos temperados, cosmídios (plasmídio + DNA fago) - Etapa 3 – Introdução do DNA em uma bactéria hospedeira (clone recombinante) Conjugação, transdução ou transformação (íons Ca2+, eletroporação) - Etapa 4 - Amplificação dos clones recombinantes em meio de cultura Verificação da presença do vetor de clonagem: - detecção da resistência a antimicrobianos - genes repórter (degradação de metabólito do meio) - Etapa 5 – Detecção do clone recombinante produtor da proteína eucariótica: - Detecção da proteína de interesse (anticorpos) - Sondas moleculares - Segmento de DNA com sequência complementar ao DNA de interesse, com nucleotídeos radioativos - Mutação sítio-dirigida: - Indução da mutação em pontos específicos de um gene: Síntese de pequena sequência de nucleotídeos contendo a alteração (mutação) desejada Importância: melhoria da proteína a ser produzida
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