Atividade Fixacacao -Primers

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ATIVIDADE DE FIXAÇÃO 
 
1. Você trabalha em um laboratório de diagnóstico de enfermidades infecciosas e irá 
padronizar três PCRs para três diferentes micro-organismos (você escolhe). Desenhe primers 
para os protocolos que irá padronizar. Os primers devem preencher os critérios da tabela 01. 
Tabela 01 – Critérios para escolha de primers 
01 Específico 
02 18-28 nt 
03 40-60% GC 
04 Distribuição uniforme de domínios G/C e A/T 
05 Sem sequências longas de uma mesma base (<4) 
06 Diferença máxima da temperatura de 5ºC entre primers 
07 Tm entre 52-65ºC 
08 Última base na extremidade 3’ = C ou G 
09 5 últimas bases na extremidade 3’< 4xCG 
10 Dímeros com ΔG > -9 kcal/mole 
11 3 bases complementares intra e inter-primers 
 
2. Os primers descritos abaixo foram obtidos de literatura. Obtenha a Tm de cada uma e o ΔG 
das estruturas secundárias formadas. Quantos e quais deles se enquadram nos critérios da 
tabela 01? 
 Sequências de oligonucleotideos (5’-3)’ TM Hairpin Self-dimer Hetero-dimer 
1F GAACGAACGCTGGCGGCAAGC 
1R CGTATTACCGCGGCTGCTGGCA 
2F ATCGGAAACATGAGTGCTGC 
2R AGTCTTTATGCTTCCGCTAG 
3F CACATGCAAGTCGAACGGATTATTC 
3R TTCCGTTAAGAAGGATCTAATCTCC 
4F GGCAGTATTAAAAGCAGCTCCAGG 
4R AACGGATTATTCTTTATAGCTTGCT 
5F AITGGGCTGGTAITGAAAT 
5R CCICCIGGIACIAIACCTTC 
6F ATWGCWAARGAAGCATAGTC 
6R CTCAACAGCAGCTCTAGTAGC 
7F ATYAGTSAAARTAYRTRCCAA 
7R TTARAARGYAAAYCTKCCTCC 
8F GGT ACC YAC AGA AGA AGT CC 
8R TAG CAC TCA TCG TTT ACA GC 
9F AAT ACC CAA TCC TGA CAC AGG G 
9R TTA AAT ACG AAT GCC CCC AAC 
10F GGC CCA CTA TAT TAC ACC AAC CCC 
10R GGG GTA GGG GCG TTC TGC GAA